More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_5009 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_5009  periplasmic binding protein  100 
 
 
266 aa  524  1e-148  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.756494 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0570  periplasmic binding protein  72.43 
 
 
270 aa  332  4e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0577  periplasmic binding protein  71.49 
 
 
270 aa  330  1e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0524  periplasmic binding protein  67.97 
 
 
270 aa  321  7e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06810  Periplasmic binding protein  62.5 
 
 
282 aa  312  3.9999999999999997e-84  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.251258  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0559  periplasmic binding protein  66.41 
 
 
270 aa  299  3e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3846  periplasmic binding protein  62.04 
 
 
264 aa  298  6e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.907593  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1056  hypothetical protein  57.66 
 
 
265 aa  286  2e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11530  hypothetical protein  57.66 
 
 
265 aa  286  2e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0962  periplasmic binding protein  36.4 
 
 
285 aa  178  1e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1578  putative vitamin B12 transport protein  39.52 
 
 
317 aa  176  3e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0138  periplasmic binding protein  40.56 
 
 
300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1122  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  39.59 
 
 
287 aa  173  1.9999999999999998e-42  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.583002  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2202  periplasmic binding protein  38.22 
 
 
318 aa  173  1.9999999999999998e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.134078  normal  0.0623252 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0693  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  38.15 
 
 
310 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.387352  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1632  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  38.15 
 
 
310 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.41754  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1196  putaive vitamin B12 transport protein  38.15 
 
 
332 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2207  periplasmic binding protein  35.74 
 
 
303 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00190614  normal  0.612299 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2320  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  38.15 
 
 
310 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169217  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2967  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  38.15 
 
 
310 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.956046  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1041  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  38.15 
 
 
310 aa  172  5e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.111406  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1035  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  38.15 
 
 
310 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.439367  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2394  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  38.15 
 
 
313 aa  172  6.999999999999999e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0672231 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1001  periplasmic binding protein  33.68 
 
 
300 aa  171  1e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0840  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  38.15 
 
 
339 aa  170  2e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.154461  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2660  periplasmic binding protein  38.15 
 
 
318 aa  169  3e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.166696  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0251  periplasmic binding protein  34.96 
 
 
300 aa  169  4e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5781  ABC Fe3+siderophore/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  38.55 
 
 
304 aa  169  5e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.403027 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2455  periplasmic binding protein  37.75 
 
 
305 aa  168  9e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1839  periplasmic binding protein  37.75 
 
 
305 aa  167  1e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.052226  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2450  periplasmic binding protein  37.75 
 
 
305 aa  167  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.962038  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3496  ABC Fe3+-hydroxamate/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  36.14 
 
 
303 aa  163  3e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.590547  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2782  periplasmic binding protein  33.46 
 
 
300 aa  163  3e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.21111  normal  0.398408 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0661  periplasmic binding protein  33.8 
 
 
300 aa  162  4.0000000000000004e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0844  periplasmic binding protein  37.75 
 
 
305 aa  161  1e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0274  periplasmic binding protein  34.55 
 
 
296 aa  160  3e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.880805  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1460  periplasmic binding protein  34.15 
 
 
300 aa  156  3e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.77673  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2366  periplasmic binding protein  36.95 
 
 
308 aa  156  4e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3205  parallel beta-helix repeat-containing protein  33.06 
 
 
309 aa  155  5.0000000000000005e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1923  periplasmic binding protein  32.65 
 
 
284 aa  154  1e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2498  periplasmic binding protein  36.55 
 
 
310 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.904872  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2820  periplasmic binding protein  33.74 
 
 
311 aa  151  8.999999999999999e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00857628  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004473  vitamin B12 ABC transporter B12-binding component BtuF  31.7 
 
 
274 aa  148  9e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1959  hypothetical protein  31.03 
 
 
276 aa  148  9e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2869  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  32.12 
 
 
275 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3326  vitamin B12-transporter protein BtuF  35.09 
 
 
280 aa  146  3e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0990  vitamin B12-transporter protein BtuF  34.98 
 
 
280 aa  146  3e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.224128  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3455  vitamin B12-transporter protein BtuF  34.98 
 
 
280 aa  146  4.0000000000000006e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00921  ABC-type Fe3+-siderophore transporter  30.19 
 
 
275 aa  146  4.0000000000000006e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3733  periplasmic binding protein  32.06 
 
 
321 aa  145  5e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0848  periplasmic binding protein  31.95 
 
 
274 aa  144  1e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3174  periplasmic binding protein  31.95 
 
 
274 aa  143  3e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3272  periplasmic binding protein  31.58 
 
 
274 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0719  periplasmic binding protein  31.56 
 
 
274 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0895  periplasmic binding protein  30.86 
 
 
288 aa  135  8e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3709  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  31.56 
 
 
254 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1163  putative vitamin B12 transport protein BtuF  28.51 
 
 
294 aa  132  7.999999999999999e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.543729  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0786  vitamin B12-transporter protein BtuF  32.8 
 
 
268 aa  132  7.999999999999999e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.172682 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4079  periplasmic binding protein  30.57 
 
 
276 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000203821  normal  0.165112 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3374  periplasmic binding protein  30.33 
 
 
278 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.610729  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2947  periplasmic binding protein  31.78 
 
 
275 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1005  periplasmic binding protein  31.97 
 
 
275 aa  129  3e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1017  periplasmic binding protein  32.38 
 
 
275 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3358  periplasmic binding protein  31.97 
 
 
275 aa  129  6e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0983  periplasmic binding protein  31.97 
 
 
275 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2808  periplasmic binding protein  34.78 
 
 
265 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1133  periplasmic binding protein  27.84 
 
 
349 aa  126  3e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2853  periplasmic binding protein  29.15 
 
 
294 aa  125  5e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0090  periplasmic binding protein  28.57 
 
 
331 aa  121  9.999999999999999e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.479217  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3729  periplasmic binding protein  27.63 
 
 
294 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.234745  normal  0.0538393 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1492  periplasmic binding protein  32.52 
 
 
284 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.285572  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3557  periplasmic binding protein  31.02 
 
 
276 aa  119  3.9999999999999996e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000210628  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1039  periplasmic binding protein  32.09 
 
 
272 aa  115  6e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0698  vitamin B12-transporter protein BtuF  30.42 
 
 
265 aa  115  6.9999999999999995e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  29.34 
 
 
341 aa  115  7.999999999999999e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01625  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  29.63 
 
 
308 aa  114  1.0000000000000001e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  28 
 
 
328 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2741  periplasmic binding protein  31.23 
 
 
296 aa  112  5e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0226  vitamin B12-transporter protein BtuF  30.15 
 
 
262 aa  111  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0243  vitamin B12-transporter protein BtuF  30.15 
 
 
262 aa  111  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0245  vitamin B12-transporter protein BtuF  30.15 
 
 
266 aa  111  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.168683  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0227  vitamin B12-transporter protein BtuF  30.15 
 
 
262 aa  111  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.482155  normal  0.717087 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0229  vitamin B12-transporter protein BtuF  30.15 
 
 
262 aa  111  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00157  vitamin B12-transporter protein BtuF  30.12 
 
 
266 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.35571  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2161  periplasmic binding protein  25.1 
 
 
299 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  27.94 
 
 
315 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00156  hypothetical protein  30.12 
 
 
266 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.316454  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3444  periplasmic binding protein  30.12 
 
 
266 aa  110  3e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0170  vitamin B12-transporter protein BtuF  30.12 
 
 
266 aa  110  3e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3501  vitamin B12-transporter protein BtuF  30.12 
 
 
266 aa  110  3e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0162  vitamin B12-transporter protein BtuF  30.12 
 
 
266 aa  110  3e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0163  vitamin B12-transporter protein BtuF  30.12 
 
 
266 aa  110  3e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3099  vitamin B12-transporter protein BtuF  32.72 
 
 
276 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  27.67 
 
 
309 aa  109  5e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  27.53 
 
 
315 aa  109  6e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0168  vitamin B12-transporter protein BtuF  29.72 
 
 
266 aa  108  6e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1178  vitamin B12-transporter protein BtuF  30.04 
 
 
275 aa  105  6e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3024  periplasmic binding protein  30.2 
 
 
269 aa  102  5e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2367  periplasmic binding protein  29.15 
 
 
322 aa  101  1e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  27.41 
 
 
307 aa  100  3e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>