142 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3870 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3870  Co/Zn/Cd efflux system component  100 
 
 		 448 aa  906    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0665  outer membrane efflux protein  66.67 
 
 		 453 aa  608  1e-173  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000306808  hitchhiker  0.00231848 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3766  cation efflux system protein  31.96 
 
 		 415 aa  164  4.0000000000000004e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02027  putative RND efflux system protein  30.02 
 
 		 413 aa  149  1.0000000000000001e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1420  Outer membrane efflux protein  29.14 
 
 		 472 aa  144  2e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1957  putative RND efflux system protein  28.92 
 
 		 444 aa  144  4e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3981  outer membrane efflux protein  30.87 
 
 		 423 aa  144  4e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.161912  normal  0.377505 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2106  Outer membrane efflux protein  29.06 
 
 		 471 aa  141  1.9999999999999998e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.343125  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3371  outer membrane efflux protein  31.89 
 
 		 407 aa  141  1.9999999999999998e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.252246  normal  0.409086 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7266  putative outer membrane cobalt-zinc-cadmium resistance protein czcC precursor  29.81 
 
 		 424 aa  140  3.9999999999999997e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.217099  normal  0.831215 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0617  outer membrane efflux protein  30.19 
 
 		 438 aa  140  3.9999999999999997e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2029  outer membrane efflux protein  28.64 
 
 		 422 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.769975  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4156  outer membrane efflux protein  27.96 
 
 		 446 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.283296 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2715  outer membrane protein precursor CzcC  26.53 
 
 		 428 aa  130  3e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.727923  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0385  outer membrane efflux protein  26.21 
 
 		 474 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1970  outer membrane efflux protein  27.62 
 
 		 414 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31970  CzcC family cobalt/zinc/cadmium efflux transporter outer membrane protein  24.88 
 
 		 428 aa  126  7e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1958  aconitate hydratase 1  28.27 
 
 		 422 aa  125  2e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0713794  normal  0.321859 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2298  outer membrane efflux protein  28.45 
 
 		 423 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3455  outer membrane efflux protein  26.5 
 
 		 449 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.414344  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0227  outer membrane efflux protein  26.9 
 
 		 414 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2142  outer membrane efflux protein  27.27 
 
 		 423 aa  121  3e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.143725 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4386  outer membrane efflux protein  27.53 
 
 		 427 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.438421 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2568  outer membrane efflux protein  27.82 
 
 		 438 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.316597 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3648  outer membrane efflux protein  27.2 
 
 		 424 aa  116  8.999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.856557 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2553  outer membrane efflux protein  26.92 
 
 		 421 aa  116  1.0000000000000001e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4530  outer membrane efflux protein  27.98 
 
 		 425 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3343  outer membrane efflux protein  27.03 
 
 		 423 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.141208 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2097  Outer membrane efflux protein  24.59 
 
 		 435 aa  114  4.0000000000000004e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.771655  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3997  outer membrane efflux protein  26.86 
 
 		 427 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1455  Outer membrane efflux protein  27.35 
 
 		 423 aa  113  5e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.170729  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3557  outer membrane efflux protein  28.75 
 
 		 442 aa  111  2.0000000000000002e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2344  outer membrane efflux protein  27.13 
 
 		 423 aa  110  5e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1329  cobalt-zinc-cadmium outer membrane resistance protein  29.14 
 
 		 425 aa  109  8.000000000000001e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7183  putative outer membrane protein precursor CzcC  27.3 
 
 		 422 aa  109  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1764  outer membrane efflux protein  27.15 
 
 		 418 aa  108  2e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.715826  normal  0.306921 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1714  outer membrane efflux protein  24.8 
 
 		 443 aa  108  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.664423 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1848  outer membrane efflux protein  26.36 
 
 		 423 aa  108  3e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31040  putative cation efflux system protein  25.18 
 
 		 415 aa  107  5e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000919684  unclonable  5.14474e-22 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08520  Outer membrane efflux protein  27.41 
 
 		 424 aa  106  6e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.504267  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2339  outer membrane efflux protein  28.34 
 
 		 437 aa  106  7e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.884796  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0045  CzcC family cobalt/zinc/cadmium efflux transporter outer membrane protein  25.36 
 
 		 423 aa  105  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000529043 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1031  heavy metal resistance protein CzcC  29.43 
 
 		 443 aa  105  2e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.147927  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0062  outer membrane efflux protein  25.36 
 
 		 423 aa  105  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405972 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2284  outer membrane efflux protein  29 
 
 		 420 aa  105  2e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.185931  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0059  outer membrane efflux protein  25.36 
 
 		 423 aa  105  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.56854 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0013  heavy metal resistance protein CzcC  29.43 
 
 		 461 aa  105  2e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.238799  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0399  heavy metal resistance protein CzcC  29.43 
 
 		 461 aa  105  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.132876  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1527  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcC  29.43 
 
 		 452 aa  105  2e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1442  cobalt-zinc-cadmium resistance efflux protein  29.43 
 
 		 461 aa  105  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0705718  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1183  heavy metal resistance protein CzcC  29.43 
 
 		 461 aa  105  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.84848  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1373  heavy metal resistance protein CzcC  29.49 
 
 		 443 aa  104  3e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0033  heavy metal resistance protein CzcC  29.97 
 
 		 443 aa  103  4e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.299983  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5982  cation proton antiporter efflux protein CzcC  26.68 
 
 		 418 aa  103  5e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000196082  normal  0.0745476 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3623  Outer membrane efflux protein  28.81 
 
 		 415 aa  103  7e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2209  outer membrane efflux protein  27.44 
 
 		 433 aa  103  8e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.798472  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4801  Outer membrane efflux protein  27.6 
 
 		 408 aa  102  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00249818 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2356  RND OM export protein  28.61 
 
 		 421 aa  100  4e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0059  outer membrane efflux protein  25 
 
 		 394 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00860018 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3970  Outer membrane efflux protein  26.88 
 
 		 426 aa  100  5e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.214282  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1175  outer membrane efflux protein  24.31 
 
 		 416 aa  98.6  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4596  heavy metal cation tricomponent efflux outer membrane porin  25.53 
 
 		 431 aa  95.9  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0688687  hitchhiker  0.005842 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0377  metal ion efflux outer membrane protein, putative  26.37 
 
 		 408 aa  94.7  3e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00372  putative RND efflux system protein  25.41 
 
 		 426 aa  94.7  3e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1847  outer membrane efflux protein  24.09 
 
 		 451 aa  93.6  6e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.179966  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2433  outer membrane efflux protein  27.34 
 
 		 440 aa  93.6  7e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2294  outer membrane efflux protein  29.19 
 
 		 409 aa  87  5e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6170  outer membrane efflux protein  26.11 
 
 		 435 aa  86.7  9e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.446847 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1044  HelC protein  25.38 
 
 		 416 aa  86.3  0.000000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2373  HelC protein  23.36 
 
 		 414 aa  84.3  0.000000000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3845  outer membrane efflux protein  26.49 
 
 		 437 aa  83.6  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2504  outer membrane efflux protein  26.11 
 
 		 436 aa  83.6  0.000000000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.10477  normal  0.0160345 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2148  outer membrane efflux protein  27.32 
 
 		 400 aa  83.2  0.000000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0705  RND heavy metal ion efflux pump, outer membrane protein  28.39 
 
 		 458 aa  83.2  0.000000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.199067  normal  0.26582 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4686  outer membrane efflux protein  26.23 
 
 		 439 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.432562  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3677  outer membrane efflux protein  26.23 
 
 		 439 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.621392  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0491  cobalt-zinc-cadmium outer membrane resistance protein  25.25 
 
 		 441 aa  81.6  0.00000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1089  outer membrane efflux protein  25.71 
 
 		 444 aa  78.6  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2137  metal ion efflux outer membrane protein family protein, putative  23.54 
 
 		 437 aa  77.4  0.0000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5400  outer membrane efflux protein  29.62 
 
 		 355 aa  77  0.0000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0772872  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00307  Outer membrane efflux protein  24.16 
 
 		 400 aa  75.5  0.000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2567  outer membrane efflux protein  27.05 
 
 		 433 aa  75.5  0.000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2321  outer membrane efflux protein  22.1 
 
 		 428 aa  72.4  0.00000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.760032  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1939  outer membrane efflux protein  24.46 
 
 		 432 aa  72.8  0.00000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2408  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcC, putative  26.02 
 
 		 425 aa  71.2  0.00000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00195815  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2042  outer membrane efflux protein  25.42 
 
 		 417 aa  71.2  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.367282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3287  outer membrane efflux protein  26.13 
 
 		 464 aa  71.2  0.00000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.7008 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0538  outer membrane efflux protein  23.12 
 
 		 432 aa  67.4  0.0000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.355565  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2276  outer membrane efflux protein  24.04 
 
 		 432 aa  66.6  0.0000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0693511 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2609  outer membrane efflux protein  27.69 
 
 		 425 aa  66.2  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.153251  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1176  Outer membrane efflux protein  29.1 
 
 		 429 aa  65.1  0.000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0502  outer membrane efflux protein  21.56 
 
 		 433 aa  65.9  0.000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3362  outer membrane efflux protein  22.82 
 
 		 431 aa  65.9  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1811  outer membrane efflux protein  26.59 
 
 		 440 aa  63.9  0.000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1293  outer membrane efflux protein  27.03 
 
 		 442 aa  61.2  0.00000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.803504 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2447  outer membrane efflux protein  57.78 
 
 		 423 aa  58.2  0.0000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2803  outer membrane efflux protein  24.67 
 
 		 412 aa  53.9  0.000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.887689  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3398  metal ion efflux outer membrane protein family protein, putative  25 
 
 		 434 aa  52.8  0.00001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2110  outer membrane efflux protein  23.08 
 
 		 437 aa  52.8  0.00001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.313002  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3728  outer membrane efflux protein  25.59 
 
 		 433 aa  52.8  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0602217  normal  0.0956817 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>