289 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2194 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2194  ferrichrome/ferrioxamine B periplasmic transporter  100 
 
 		 377 aa  756    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.301282  normal  0.0100465 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4137  ferrichrome/ferrioxamine B periplasmic transporter  58.78 
 
 		 365 aa  455  1e-127  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2696  periplasmic binding protein  43.19 
 
 		 377 aa  295  7e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.773462  normal  0.636131 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3611  periplasmic binding protein  38.97 
 
 		 380 aa  253  5.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.486041  normal  0.0848378 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2751  periplasmic binding protein  36.02 
 
 		 389 aa  234  1.0000000000000001e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.369256  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1538  putative ABC transporter periplasmic iron siderophore/cobalamin-binding protein  36.02 
 
 		 381 aa  235  1.0000000000000001e-60  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.204367 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2669  putative ABC transporter, periplasmic iron siderophore/cobalamin-binding protein  36.02 
 
 		 389 aa  234  1.0000000000000001e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1015  periplasmic binding protein  34.29 
 
 		 371 aa  231  1e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.543354 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0283  periplasmic binding protein  36.92 
 
 		 383 aa  226  6e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.996344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2567  periplasmic binding protein  35.84 
 
 		 365 aa  223  4e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0204616  normal  0.363885 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3531  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system periplasmic component-like protein  35.14 
 
 		 382 aa  216  4e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.826718  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1058  periplasmic binding protein  32.69 
 
 		 370 aa  216  5e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.530502  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4418  periplasmic binding protein  33.42 
 
 		 377 aa  216  5e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.468441 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1221  ABC transporter substrate binding protein (iron)  33.33 
 
 		 406 aa  211  2e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3900  periplasmic binding protein  32.47 
 
 		 386 aa  210  3e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7105  ABC Fe3+-hydroxamate transporter, periplasmic ligand binding protein  37.36 
 
 		 401 aa  206  4e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.320123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3089  periplasmic binding protein  32.48 
 
 		 375 aa  205  1e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1127  periplasmic binding protein  33.91 
 
 		 368 aa  204  2e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1693  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system periplasmic component-like protein  34.29 
 
 		 370 aa  203  4e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4771  periplasmic binding protein  33.91 
 
 		 370 aa  202  9e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4077  periplasmic binding protein  31.82 
 
 		 383 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3141  periplasmic binding protein  32.29 
 
 		 371 aa  199  9e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2249  periplasmic binding protein  31.12 
 
 		 378 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.254495 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3000  periplasmic binding protein  33.6 
 
 		 369 aa  197  4.0000000000000005e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.796809  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0154  hypothetical protein  30.72 
 
 		 366 aa  193  4e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000656293 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0816  periplasmic binding protein  30.72 
 
 		 366 aa  193  4e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0919646  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0816  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  30.72 
 
 		 366 aa  193  4e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2027  periplasmic binding protein  30.32 
 
 		 378 aa  191  2.9999999999999997e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.683361  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1097  periplasmic binding protein  27.22 
 
 		 373 aa  186  4e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.508447  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3040  periplasmic binding protein  26.36 
 
 		 375 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.174043  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1235  periplasmic binding protein  26.33 
 
 		 375 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0467  Fe(III) dicitrate ABC transporter, permease  27.91 
 
 		 384 aa  182  1e-44  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2758  periplasmic binding protein  27.22 
 
 		 373 aa  180  4e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.593995  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0797  periplasmic binding protein  33.99 
 
 		 367 aa  177  4e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0161104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2140  periplasmic binding protein  28.57 
 
 		 394 aa  173  5e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.07383  normal  0.925288 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1240  periplasmic binding protein  29.59 
 
 		 372 aa  171  2e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3035  periplasmic binding protein  29.04 
 
 		 372 aa  169  5e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.938947  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1220  ABC transporter substrate binding protein (iron)  29.14 
 
 		 383 aa  169  6e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0484482  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2755  ABC transporter, substrate binding protein  28.49 
 
 		 375 aa  169  1e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.0000138231  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1100  ABC transporter, substrate binding protein  30.05 
 
 		 374 aa  162  7e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0595516  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0573  ABC transporter, substrate binding protein  29.28 
 
 		 374 aa  159  5e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.470776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2735  putative iron complex transport system substrate-binding protein  26.97 
 
 		 427 aa  144  2e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0180927  decreased coverage  0.0000609348 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1774  periplasmic binding protein  29.79 
 
 		 363 aa  143  4e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.363885 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0745  periplasmic binding protein  25.39 
 
 		 407 aa  136  6.0000000000000005e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.300436 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2718  periplasmic binding protein  27.22 
 
 		 360 aa  127  4.0000000000000003e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.410203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1702  periplasmic binding protein  25.71 
 
 		 364 aa  123  5e-27  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7622  ABC transporter substrate binding protein (iron)  24.13 
 
 		 429 aa  111  2.0000000000000002e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2539  periplasmic binding protein  23.48 
 
 		 368 aa  110  4.0000000000000004e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  28.18 
 
 		 483 aa  106  6e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2635  iron chelate ABC transporter periplasmic iron/siderophore-binding protein  25.35 
 
 		 363 aa  105  1e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  3.97529e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2720  periplasmic binding protein  25.35 
 
 		 363 aa  105  1e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000000254593  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2396  iron(III) ABC transporter, solute-binding protein  25.48 
 
 		 375 aa  104  2e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.507465 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1701  periplasmic binding protein  23.28 
 
 		 365 aa  103  3e-21  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1708  periplasmic binding protein  21.37 
 
 		 392 aa  95.9  9e-19  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1645  periplasmic binding protein  25.22 
 
 		 354 aa  94.4  3e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.399451  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1216  copper amine oxidase domain-containing protein  27.91 
 
 		 478 aa  93.2  7e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000673824  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1314  periplasmic binding protein  23.75 
 
 		 380 aa  88.2  2e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0394754 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1591  periplasmic binding protein  26.18 
 
 		 377 aa  88.6  2e-16  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0970823  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2617  periplasmic binding protein  25.22 
 
 		 380 aa  87  5e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2098  periplasmic binding protein  26.15 
 
 		 402 aa  84.3  0.000000000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0024  periplasmic binding protein  28.08 
 
 		 360 aa  79.7  0.00000000000007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0373  periplasmic binding protein  25.34 
 
 		 723 aa  78.6  0.0000000000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.390993 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0435  periplasmic binding protein  26.14 
 
 		 362 aa  78.6  0.0000000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  hitchhiker  0.0000278634  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1593  periplasmic binding protein  26.3 
 
 		 372 aa  78.6  0.0000000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0653353  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2326  periplasmic binding protein  26.11 
 
 		 346 aa  77.4  0.0000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.300944 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1218  periplasmic binding protein  24.33 
 
 		 358 aa  77  0.0000000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0017043  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0972  periplasmic binding protein  26.74 
 
 		 429 aa  76.3  0.0000000000008  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0231  periplasmic binding protein  25.07 
 
 		 723 aa  75.5  0.000000000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.999715  normal  0.640564 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0029  periplasmic binding protein  27.51 
 
 		 361 aa  75.5  0.000000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1195  periplasmic binding protein  26.11 
 
 		 374 aa  75.1  0.000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0025  FMN-binding domain protein  23.76 
 
 		 517 aa  75.1  0.000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1477  periplasmic binding protein  25 
 
 		 345 aa  73.9  0.000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.47905  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0426  periplasmic binding protein  24.29 
 
 		 375 aa  71.6  0.00000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0148  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  24.87 
 
 		 349 aa  71.6  0.00000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0440522  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1424  periplasmic binding protein  24.58 
 
 		 354 aa  71.2  0.00000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0219  periplasmic binding protein  23.67 
 
 		 370 aa  72  0.00000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.293771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1470  periplasmic binding protein  29.17 
 
 		 419 aa  72  0.00000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  hitchhiker  0.000805448  normal  0.0690389 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1321  periplasmic binding protein  23.25 
 
 		 366 aa  71.6  0.00000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.77394  normal  0.0125945 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0547  periplasmic binding protein  22.62 
 
 		 359 aa  71.6  0.00000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2847  periplasmic binding protein  23.96 
 
 		 354 aa  70.9  0.00000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1042  periplasmic binding protein  23.96 
 
 		 354 aa  70.9  0.00000000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1316  periplasmic binding protein  21.61 
 
 		 390 aa  70.1  0.00000000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.867732  normal  0.0135564 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1283  periplasmic binding protein  25.51 
 
 		 409 aa  69.7  0.00000000008  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.907  normal  0.591849 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1690  periplasmic binding protein  23.44 
 
 		 366 aa  69.7  0.00000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00951352  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0890  ABC-transporter periplasmic-binding component  24.8 
 
 		 344 aa  68.9  0.0000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00338938  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0444  periplasmic binding protein  26.11 
 
 		 356 aa  68.9  0.0000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5751  periplasmic binding protein  28.52 
 
 		 313 aa  68.6  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.48327  hitchhiker  0.000000000101276 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  23.37 
 
 		 315 aa  68.6  0.0000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  26.56 
 
 		 307 aa  68.6  0.0000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  22.52 
 
 		 315 aa  68.6  0.0000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0528  periplasmic binding protein  25.29 
 
 		 361 aa  68.2  0.0000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.147263  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0513  ABC transporter, solute-binding protein  24.01 
 
 		 365 aa  67.4  0.0000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0388  periplasmic binding protein  26.06 
 
 		 396 aa  67.4  0.0000000004  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1597  periplasmic binding protein  23.24 
 
 		 409 aa  67  0.0000000005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.465677  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1424  periplasmic binding protein  25.33 
 
 		 374 aa  67  0.0000000005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.813522  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1151  hypothetical protein  23.83 
 
 		 333 aa  66.6  0.0000000007  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1286  ABC transporter, solute-binding protein  25.48 
 
 		 370 aa  65.5  0.000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0493  periplasmic binding protein  26.02 
 
 		 323 aa  65.9  0.000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.328857 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1870  iron(III) dicitrate-binding protein  22.89 
 
 		 403 aa  65.5  0.000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.874813  normal  0.198975 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0273  periplasmic binding protein  24.18 
 
 		 381 aa  63.9  0.000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000312893  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>