148 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_2960 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008577  Shewana3_2960  restriction modification system DNA specificity subunit  100 
 
 		 587 aa  1200    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4264  type I restriction-modification system, S subunit  50.2 
 
 		 495 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02063  type I restriction-modification system, S subunit  43.31 
 
 		 501 aa  368  1e-100  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1672  restriction modification system DNA specificity domain protein  41.28 
 
 		 493 aa  250  5e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4930  type I restriction enzyme StySJI specificity protein  40.23 
 
 		 469 aa  205  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3649  restriction modification system DNA specificity domain protein  36.72 
 
 		 464 aa  178  3e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  28.4 
 
 		 477 aa  175  1.9999999999999998e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1032  restriction modification system DNA specificity subunit  30.95 
 
 		 457 aa  166  1.0000000000000001e-39  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.41908  normal  0.322454 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04178  hypothetical protein  45.33 
 
 		 236 aa  166  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.695524  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3673  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.78 
 
 		 459 aa  166  1.0000000000000001e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.372341  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  26.49 
 
 		 492 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0899  restriction endonuclease S subunit  37.16 
 
 		 396 aa  132  2.0000000000000002e-29  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000000681459  hitchhiker  0.00000169581 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  65.69 
 
 		 435 aa  130  7.000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  26.65 
 
 		 479 aa  129  2.0000000000000002e-28  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0900  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.01 
 
 		 471 aa  129  2.0000000000000002e-28  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.963501 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1216  restriction modification system DNA specificity subunit  40.1 
 
 		 427 aa  124  4e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3599  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.03 
 
 		 532 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.743632  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.84 
 
 		 477 aa  108  3e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.14 
 
 		 495 aa  107  8e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0750  putative type I restriction-modification system  32.02 
 
 		 436 aa  105  2e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.769779  normal  0.272821 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0501  restriction modification system DNA specificity subunit  26.9 
 
 		 612 aa  104  4e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.435558 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  23.09 
 
 		 390 aa  102  1e-20  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0835  restriction modification system DNA specificity domain  28.37 
 
 		 563 aa  100  5e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.835919  normal  0.945638 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0686  type I restriction-modification system, S subunit, putative  28.37 
 
 		 561 aa  101  5e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.840975  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  25.28 
 
 		 511 aa  93.6  1e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2744  type I restriction-modification system, S subunit  25.08 
 
 		 532 aa  92  3e-17  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0181132  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0854  restriction modification system DNA specificity subunit  23.28 
 
 		 595 aa  92  3e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.221182  normal  0.0643125 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1204  restriction modification system DNA specificity subunit  23.43 
 
 		 547 aa  91.7  4e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.340549  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0822  restriction modification system DNA specificity subunit  23.29 
 
 		 577 aa  91.3  4e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0227  restriction modification system DNA specificity domain  24.89 
 
 		 395 aa  90.1  1e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  27.33 
 
 		 460 aa  89.4  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3515  restriction modification system DNA specificity domain  26.93 
 
 		 514 aa  88.6  3e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.78 
 
 		 520 aa  88.2  4e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  22.53 
 
 		 476 aa  87.4  6e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1253  Type I restriction enzyme EcoAI specificity protein  26.82 
 
 		 597 aa  85.5  0.000000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00376854  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1635  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.93 
 
 		 419 aa  85.9  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0235263  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0086  restriction modification system DNA specificity protein  26.25 
 
 		 538 aa  85.9  0.000000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1414  restriction modification system DNA specificity domain  23.55 
 
 		 447 aa  85.1  0.000000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00014984  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1201  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.91 
 
 		 572 aa  84.3  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0268  restriction endonuclease S subunits  22.33 
 
 		 444 aa  83.2  0.00000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1095  restriction modification system DNA specificity subunit  24.79 
 
 		 450 aa  82.4  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0901  restriction endonuclease S subunit  27.08 
 
 		 363 aa  80.5  0.00000000000007  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000124976  hitchhiker  0.000000573897 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1061  putative type I restriction-modification system, S subunit  23.35 
 
 		 528 aa  78.2  0.0000000000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  26.92 
 
 		 611 aa  77.4  0.0000000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184495 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1132  restriction modification system DNA specificity subunit  22.34 
 
 		 556 aa  76.3  0.000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.817215  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1481  restriction endonuclease S subunits-like protein  24.1 
 
 		 443 aa  77  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0355  restriction modification system DNA specificity subunit  24.9 
 
 		 590 aa  75.9  0.000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1015  restriction modification system DNA specificity subunit  22.7 
 
 		 575 aa  75.9  0.000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  20.35 
 
 		 439 aa  73.9  0.000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0076  type I restriction-modification system subunit S  22.39 
 
 		 464 aa  73.6  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1237  restriction modification system DNA specificity subunit  23.06 
 
 		 633 aa  72.4  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2652  Restriction endonuclease S subunits-like protein  24.36 
 
 		 413 aa  71.6  0.00000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.252104  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1978  restriction modification system DNA specificity subunit  27.34 
 
 		 616 aa  72  0.00000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1991  restriction modification system DNA specificity domain  21.89 
 
 		 490 aa  71.2  0.00000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120232  normal  0.112136 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2862  restriction modification system DNA specificity subunit  27.24 
 
 		 589 aa  70.9  0.00000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1153  restriction modification system DNA specificity subunit  22.74 
 
 		 429 aa  68.2  0.0000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.487263  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0796  restriction modification system DNA specificity domain  29.32 
 
 		 441 aa  68.6  0.0000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00343889 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0735  restriction modification system DNA specificity subunit  23.12 
 
 		 392 aa  66.6  0.000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2869  type I restriction-modification system, S subunit  21.28 
 
 		 448 aa  65.5  0.000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0947716  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.77 
 
 		 456 aa  65.1  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0414  restriction modification system DNA specificity subunit  25.67 
 
 		 439 aa  63.9  0.000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.405933  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2743  type I restriction-modification system, S subunit, truncation  28.98 
 
 		 175 aa  63.5  0.000000009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.441032  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4252  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.23 
 
 		 462 aa  63.2  0.00000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.35 
 
 		 565 aa  63.5  0.00000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  27.06 
 
 		 402 aa  62.4  0.00000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0371  type I restriction-modification system S subunit  25.93 
 
 		 323 aa  62.8  0.00000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0614  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.02 
 
 		 401 aa  61.6  0.00000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3267  restriction modification system DNA specificity subunit  24.36 
 
 		 557 aa  62.4  0.00000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0920403  decreased coverage  0.00535253 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0951  restriction modification system DNA specificity subunit  19.96 
 
 		 419 aa  61.6  0.00000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000406123 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1398  restriction modification system DNA specificity subunit  20.21 
 
 		 557 aa  61.6  0.00000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4742  type I restriction-modification system, S subunit  25.18 
 
 		 576 aa  61.2  0.00000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266617  hitchhiker  0.00441093 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0233  restriction modification system DNA specificity subunit  21.57 
 
 		 461 aa  61.2  0.00000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0967889  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3180  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.55 
 
 		 390 aa  61.2  0.00000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  21.86 
 
 		 400 aa  60.8  0.00000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3358  restriction modification system DNA specificity subunit  25.35 
 
 		 429 aa  59.3  0.0000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0521612  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  23.62 
 
 		 425 aa  58.9  0.0000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6044  type I restriction-modification system subunit S  26.11 
 
 		 547 aa  58.9  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.061065  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4880  putative type I restriction-modification system S subunit  22.89 
 
 		 571 aa  58.5  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.960431 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  30.6 
 
 		 453 aa  58.2  0.0000004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3569  restriction modification system DNA specificity domain  24.67 
 
 		 395 aa  58.2  0.0000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0185936  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4611  restriction modification system DNA specificity subunit  21.12 
 
 		 561 aa  58.2  0.0000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.483614  hitchhiker  0.0000795371 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1452  restriction modification system DNA specificity domain  23.43 
 
 		 392 aa  57.8  0.0000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0462219  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2496  subunit S of type I restriction-modification system  22.3 
 
 		 565 aa  57.8  0.0000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00268922  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5859  putative type I restriction-modification system, S subunit  23.91 
 
 		 584 aa  57.4  0.0000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1551  type I restriction enzyme  23.72 
 
 		 439 aa  56.2  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0041  restriction modification system DNA specificity subunit  24.72 
 
 		 397 aa  56.2  0.000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0416  type I restriction-modification system S subunit  21.94 
 
 		 457 aa  56.2  0.000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0531711 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1015  hypothetical protein  36.26 
 
 		 477 aa  55.8  0.000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7555  Restriction endonuclease S subunits-like protein  24.19 
 
 		 402 aa  55.8  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.51 
 
 		 442 aa  55.5  0.000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  20.48 
 
 		 457 aa  55.8  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3719  restriction modification system DNA specificity subunit  24.63 
 
 		 585 aa  54.7  0.000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5008  Restriction endonuclease S subunits-like protein  26.11 
 
 		 465 aa  54.3  0.000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.441656 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1281  restriction modification system DNA specificity subunit  24.5 
 
 		 398 aa  54.3  0.000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3075  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.13 
 
 		 388 aa  54.3  0.000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.40504  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1311  restriction modification system DNA specificity subunit  23.4 
 
 		 578 aa  53.9  0.000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3777  restriction endonuclease S subunits-like protein  24.45 
 
 		 419 aa  53.5  0.00001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3850  restriction endonuclease S subunits-like protein  24.45 
 
 		 419 aa  53.5  0.00001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.554786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  25.84 
 
 		 393 aa  52.4  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3227  restriction modification system DNA specificity subunit  23.65 
 
 		 575 aa  51.2  0.00005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>