More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3120 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3120  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  100 
 
 		 1653 aa  3417    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1512  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.72 
 
 		 1480 aa  478  1e-133  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0878697 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1381  Signal transduction histidine kinase-like protein  42.67 
 
 		 1468 aa  459  1e-127  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.770562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3409  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.51 
 
 		 2654 aa  438  1e-121  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3788  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.91 
 
 		 1042 aa  409  1.0000000000000001e-112  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0067  signal transduction histidine kinase-like protein protein  38.07 
 
 		 1021 aa  403  9.999999999999999e-111  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01175  GGDEF domain protein  41.86 
 
 		 1351 aa  395  1e-108  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0617  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.44 
 
 		 1398 aa  387  1e-106  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.536457  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1564  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.61 
 
 		 1550 aa  389  1e-106  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.047002  normal  0.324166 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4645  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.91 
 
 		 948 aa  384  1e-105  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1029  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.87 
 
 		 1820 aa  384  1e-104  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.165868 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2488  ribosomal-protein-alanine acetyltransferase  36 
 
 		 1109 aa  382  1e-104  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.876623  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0601  Signal transduction histidine kinase-like protein  35.6 
 
 		 1442 aa  382  1e-104  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0290  histidine kinase  41.47 
 
 		 931 aa  381  1e-104  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000039083 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1949  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.98 
 
 		 1397 aa  382  1e-104  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.539898  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2694  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.72 
 
 		 1118 aa  379  1e-103  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5573  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.32 
 
 		 1203 aa  374  1e-101  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.805596  normal  0.315829 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2369  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.98 
 
 		 1316 aa  372  1e-101  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2152  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.97 
 
 		 985 aa  368  1e-100  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0146455  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2216  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.17 
 
 		 812 aa  363  2e-98  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.368148  normal  0.0314025 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3200  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.95 
 
 		 1768 aa  362  4e-98  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1204  sensory box histidine kinase/response regulator  36.44 
 
 		 1177 aa  361  7e-98  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2952  sensory box histidine kinase/response regulator  36.07 
 
 		 1763 aa  359  2.9999999999999997e-97  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.684028  normal  0.230032 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0965  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  33.86 
 
 		 1331 aa  358  5e-97  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0258  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.61 
 
 		 1040 aa  357  1e-96  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.119641 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2078  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.97 
 
 		 990 aa  357  1e-96  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.553649  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4165  sensory box histidine kinase/response regulator  35.2 
 
 		 1683 aa  356  2e-96  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.418603  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1271  hybrid signal transduction histidine kinase and diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.6 
 
 		 1499 aa  356  2e-96  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.422796  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1056  two component hybrid sensor histidine kinase  35.67 
 
 		 1014 aa  355  5e-96  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3119  Signal transduction histidine kinase-like  36.72 
 
 		 861 aa  354  8e-96  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4142  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.96 
 
 		 916 aa  352  3e-95  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1730  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.57 
 
 		 833 aa  352  4e-95  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0859  sensory box histidine kinase/response regulator  36.4 
 
 		 1765 aa  351  6e-95  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0628  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.5 
 
 		 1765 aa  351  8e-95  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1616  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.32 
 
 		 1240 aa  350  1e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.98218  normal  0.696471 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1850  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.06 
 
 		 946 aa  349  2e-94  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0866059  normal  0.191772 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2865  Signal transduction histidine kinase-like protein  35.99 
 
 		 2213 aa  347  1e-93  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000726448 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4311  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.74 
 
 		 1090 aa  347  1e-93  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3847  Hpt sensor hybrid histidine kinase  34.54 
 
 		 921 aa  346  2e-93  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2953  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.69 
 
 		 1202 aa  346  2e-93  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.999143  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4059  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.95 
 
 		 1326 aa  346  2.9999999999999997e-93  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.129878 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2554  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.44 
 
 		 876 aa  345  5e-93  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00476673 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2194  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.45 
 
 		 1363 aa  344  9e-93  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0979  sensor histidine kinase  34.78 
 
 		 1574 aa  342  4e-92  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00449169 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1703  histidine kinase  38.38 
 
 		 1346 aa  342  4e-92  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1576  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.7 
 
 		 1267 aa  342  5e-92  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3307  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.62 
 
 		 1767 aa  341  7e-92  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0715  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.62 
 
 		 1767 aa  341  9e-92  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2762  PAS sensor protein  37.46 
 
 		 1135 aa  339  1.9999999999999998e-91  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.449168  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0835  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.78 
 
 		 1165 aa  340  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3505  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.21 
 
 		 1784 aa  339  2.9999999999999997e-91  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1117  ATPase domain-containing protein  37.84 
 
 		 847 aa  339  2.9999999999999997e-91  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.511479  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3164  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.19 
 
 		 1245 aa  338  3.9999999999999995e-91  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.26571  hitchhiker  0.00125378 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0913  PAS sensor protein  35.72 
 
 		 2035 aa  337  7.999999999999999e-91  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.271495  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0835  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.32 
 
 		 1782 aa  337  1e-90  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2220  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.56 
 
 		 928 aa  337  1e-90  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.467526 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0858  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.66 
 
 		 1792 aa  337  1e-90  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3419  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.94 
 
 		 1767 aa  337  1e-90  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4029  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  37.33 
 
 		 835 aa  336  2e-90  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.15703 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0357  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.87 
 
 		 1310 aa  337  2e-90  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.464939  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3350  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase A, N-terminal:Hpt  33.29 
 
 		 923 aa  334  7.000000000000001e-90  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.634179 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50630  Periplasmic hybrid histidine protein kinase, two-component  34.69 
 
 		 1030 aa  333  1e-89  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.366718  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2106  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.22 
 
 		 993 aa  333  2e-89  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.295041 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0870  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.8 
 
 		 1786 aa  331  6e-89  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2979  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.12 
 
 		 1340 aa  331  8e-89  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.698765 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1977  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.09 
 
 		 1072 aa  330  1.0000000000000001e-88  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.732577  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2370  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.75 
 
 		 1433 aa  330  2.0000000000000001e-88  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4113  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.68 
 
 		 801 aa  330  2.0000000000000001e-88  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0059237 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1958  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.5 
 
 		 816 aa  328  4.0000000000000003e-88  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.952692  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0092  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.82 
 
 		 1313 aa  328  5e-88  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.783031 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1908  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.42 
 
 		 991 aa  328  5e-88  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3142  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.6 
 
 		 1771 aa  328  5e-88  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1474  Hpt sensor hybrid histidine kinase  35.34 
 
 		 950 aa  328  6e-88  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1501  Hpt sensor hybrid histidine kinase  35.34 
 
 		 925 aa  328  7e-88  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2361  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.12 
 
 		 1560 aa  327  8.000000000000001e-88  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0366  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.31 
 
 		 1266 aa  328  8.000000000000001e-88  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.926091  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0903  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.38 
 
 		 977 aa  327  1e-87  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.393558  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2858  signal transduction histidine kinase-like protein  33.43 
 
 		 1001 aa  327  1e-87  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.920291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0943  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.5 
 
 		 1384 aa  327  1e-87  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.292303  normal  0.468485 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1596  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.98 
 
 		 705 aa  327  1e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1548  Hpt sensor hybrid histidine kinase  33.73 
 
 		 929 aa  327  2e-87  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4069  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.66 
 
 		 1284 aa  325  3e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.92301  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0678  ammonium transporter  33.04 
 
 		 1322 aa  326  3e-87  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.760367  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3604  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.38 
 
 		 1172 aa  326  3e-87  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1096  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.79 
 
 		 1548 aa  325  4e-87  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.363033 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1392  PAS sensor protein  36.14 
 
 		 977 aa  325  4e-87  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.802774  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3920  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  38.16 
 
 		 758 aa  325  6e-87  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1598  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.72 
 
 		 964 aa  325  6e-87  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.349888 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0961  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.22 
 
 		 1611 aa  324  7e-87  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.100608  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2711  Hpt sensor hybrid histidine kinase  34.99 
 
 		 818 aa  324  9.000000000000001e-87  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0181892 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2842  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.54 
 
 		 936 aa  323  9.999999999999999e-87  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.870655 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3314  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.47 
 
 		 1582 aa  322  3e-86  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.660804  hitchhiker  0.0000234203 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2718  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.98 
 
 		 1255 aa  322  3.9999999999999996e-86  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0403107 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3028  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.53 
 
 		 1426 aa  322  5e-86  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.514624  normal  0.437775 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3702  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.37 
 
 		 1234 aa  321  6e-86  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1670  ATPase domain-containing protein  33.12 
 
 		 750 aa  321  6e-86  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.081803  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1268  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.65 
 
 		 1069 aa  321  1e-85  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2663  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.81 
 
 		 1369 aa  320  1e-85  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2104  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.62 
 
 		 1042 aa  320  1e-85  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0040  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.21 
 
 		 1193 aa  319  3e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.802864 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>