More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1684 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1684  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 399 aa  796    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4027  secretion protein HlyD  78.93 
 
 		 399 aa  599  1e-170  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.278871  normal  0.718772 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3781  secretion protein HlyD  77.44 
 
 		 398 aa  566  1e-160  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.012367 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6935  AcrB/AcrD/AcrF family mulitdrug efflux protein  66.02 
 
 		 377 aa  468  9.999999999999999e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.532768  normal  0.737034 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3539  secretion protein HlyD  61.9 
 
 		 402 aa  459  9.999999999999999e-129  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2742  secretion protein HlyD  62.09 
 
 		 401 aa  439  9.999999999999999e-123  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.285178 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4503  RND family efflux transporter MFP subunit  55.75 
 
 		 384 aa  357  9.999999999999999e-98  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.148496 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5151  efflux transporter, RND family, MFP subunit  54.35 
 
 		 385 aa  356  2.9999999999999997e-97  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.206378  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6004  AcrB/AcrD/AcrF family mulitdrug efflux protein  53.42 
 
 		 378 aa  356  3.9999999999999996e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00823963 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3527  efflux transporter, RND family, MFP subunit  53.12 
 
 		 446 aa  354  2e-96  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3651  efflux transporter, RND family, MFP subunit  53.12 
 
 		 441 aa  353  2.9999999999999997e-96  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3327  RND family efflux transporter MFP subunit  53.12 
 
 		 441 aa  353  2.9999999999999997e-96  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2680  secretion protein HlyD  52.56 
 
 		 393 aa  348  8e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.957988  normal  0.305533 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3399  RND family efflux transporter MFP subunit  50 
 
 		 406 aa  342  7e-93  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.852955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3685  efflux transporter, RND family, MFP subunit  52.89 
 
 		 398 aa  330  2e-89  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.186863  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4472  RND family efflux transporter MFP subunit  50.14 
 
 		 447 aa  325  8.000000000000001e-88  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0821721 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2893  secretion protein HlyD  50.28 
 
 		 385 aa  321  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.127871  normal  0.371656 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3015  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.82 
 
 		 384 aa  313  3.9999999999999997e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0285  RND family efflux transporter MFP subunit  47.91 
 
 		 386 aa  308  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.884794  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2283  secretion protein HlyD  45.8 
 
 		 386 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00947214 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5495  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.94 
 
 		 384 aa  301  1e-80  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.318515  normal  0.60957 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2482  RND family efflux transporter MFP subunit  48.3 
 
 		 391 aa  301  1e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2937  RND family efflux transporter MFP subunit  48.24 
 
 		 391 aa  300  2e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0383787 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3455  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.58 
 
 		 391 aa  297  3e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.297905 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2035  secretion protein HlyD  47.27 
 
 		 430 aa  296  5e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.789986  hitchhiker  0.00327746 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2593  multidrug resistance protein, AcrA/AcrE family  46.03 
 
 		 386 aa  295  9e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.800698  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2314  RND family efflux transporter MFP subunit  48.3 
 
 		 391 aa  295  1e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4427  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.43 
 
 		 394 aa  290  4e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1117  secretion protein HlyD  46.74 
 
 		 367 aa  289  6e-77  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4831  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.34 
 
 		 424 aa  288  9e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.630346  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3714  RND family efflux transporter MFP subunit  45.58 
 
 		 408 aa  288  9e-77  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.132208 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2941  RND family efflux transporter MFP subunit  49.11 
 
 		 397 aa  288  9e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.224778  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3440  secretion protein HlyD  46 
 
 		 415 aa  288  1e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2066  secretion protein HlyD  44.17 
 
 		 428 aa  286  5e-76  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.567226  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2758  secretion protein HlyD  44.75 
 
 		 385 aa  286  5.999999999999999e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215327  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2427  RND family efflux transporter MFP subunit  45.41 
 
 		 380 aa  285  9e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.412114  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3329  secretion protein HlyD  47.2 
 
 		 386 aa  284  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0501  RND family efflux transporter MFP subunit  48.79 
 
 		 430 aa  283  6.000000000000001e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0318  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.53 
 
 		 436 aa  281  1e-74  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.199682  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60850  multidrug efflux RND membrane fusion protein  44.03 
 
 		 387 aa  281  1e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0809  secretion protein HlyD  40.79 
 
 		 392 aa  280  2e-74  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.165865 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0389  RND family efflux transporter MFP subunit  46.2 
 
 		 434 aa  278  8e-74  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5599  secretion protein HlyD  44.09 
 
 		 418 aa  278  9e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5963  RND family efflux transporter MFP subunit  44.09 
 
 		 418 aa  278  9e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0363452 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0323  RND family efflux transporter MFP subunit  45.15 
 
 		 433 aa  277  2e-73  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.827014 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2817  multidrug efflux RND membrane fusion protein MexC  45.43 
 
 		 378 aa  276  5e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.182401  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6463  RND family efflux transporter MFP subunit  43.82 
 
 		 418 aa  276  6e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.984064  normal  0.35165 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0497  RND family efflux transporter MFP subunit  44.35 
 
 		 423 aa  275  9e-73  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.479969  normal  0.274836 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3680  secretion protein HlyD family protein  42.47 
 
 		 405 aa  275  1.0000000000000001e-72  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1849  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.62 
 
 		 422 aa  274  2.0000000000000002e-72  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00425578 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4007  secretion protein HlyD  41.44 
 
 		 386 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.430649  normal  0.0665893 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5858  RND family efflux transporter MFP subunit  46.61 
 
 		 409 aa  274  2.0000000000000002e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.965315  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2201  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.01 
 
 		 390 aa  274  2.0000000000000002e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.122287 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05530  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexA precursor  40 
 
 		 383 aa  273  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3588  secretion protein HlyD  46.22 
 
 		 415 aa  272  6e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0525  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexA precursor  40 
 
 		 442 aa  272  6e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.106985  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2697  multidrug resistance protein  42.62 
 
 		 400 aa  272  7e-72  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1127  RND family efflux transporter MFP subunit  41.24 
 
 		 395 aa  272  9e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.295973  unclonable  0.0000000230672 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2369  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.22 
 
 		 433 aa  271  1e-71  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.137399  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4303  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40 
 
 		 386 aa  271  1e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51550  multidrug efflux pump membrane fusion protein  42.47 
 
 		 383 aa  270  2.9999999999999997e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.62 
 
 		 395 aa  270  2.9999999999999997e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.279031  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4090  secretion protein HlyD  41.26 
 
 		 386 aa  270  4e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3704  RND family efflux transporter MFP subunit  42.51 
 
 		 379 aa  270  4e-71  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.596756 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1990  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.88 
 
 		 392 aa  269  5.9999999999999995e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.759025  normal  0.937313 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3067  acriflavine resistance protein A  41.88 
 
 		 395 aa  268  8.999999999999999e-71  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.018659  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2880  multidrug efflux protein  41.88 
 
 		 388 aa  268  8.999999999999999e-71  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.876487 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3207  RND family efflux transporter MFP subunit  41.88 
 
 		 395 aa  268  8.999999999999999e-71  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.474787  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01888  drug efflux lipoprotein  45.78 
 
 		 409 aa  268  1e-70  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.524066  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1460  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.85 
 
 		 367 aa  268  1e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0547  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.56 
 
 		 410 aa  268  1e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3745  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.88 
 
 		 423 aa  268  1e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0011  acriflavin resistance lipoprotein A precursor  45.28 
 
 		 398 aa  268  2e-70  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.511373  normal  0.0259122 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0287  acridine efflux pump  41.57 
 
 		 394 aa  268  2e-70  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0569  RND family efflux transporter MFP subunit  42.74 
 
 		 381 aa  267  2e-70  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0943  RND family efflux transporter MFP subunit  42.23 
 
 		 397 aa  267  2.9999999999999995e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3435  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.93 
 
 		 399 aa  267  2.9999999999999995e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.169321  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3422  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.88 
 
 		 469 aa  266  4e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0395  acriflavine resistance protein A  42.66 
 
 		 409 aa  266  5e-70  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5240  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexC precursor  44.51 
 
 		 387 aa  266  5.999999999999999e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1193  HlyD family secretion protein  41.69 
 
 		 386 aa  265  8e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000622308  normal  0.342064 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00414  multidrug efflux system  42.39 
 
 		 397 aa  265  8.999999999999999e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3147  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.39 
 
 		 397 aa  265  8.999999999999999e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.035839  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00419  hypothetical protein  42.39 
 
 		 397 aa  265  8.999999999999999e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0497  acriflavine resistance protein A  42.39 
 
 		 397 aa  265  8.999999999999999e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0553  acriflavine resistance protein A  42.39 
 
 		 409 aa  265  8.999999999999999e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0539  acriflavine resistance protein A  42.39 
 
 		 397 aa  265  8.999999999999999e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3492  RND family efflux transporter MFP subunit  42.09 
 
 		 405 aa  265  8.999999999999999e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.474299  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3153  RND family efflux transporter MFP subunit  42.39 
 
 		 397 aa  265  8.999999999999999e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03361  multidrug resistance efflux transporter  39.17 
 
 		 385 aa  265  1e-69  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0200  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.17 
 
 		 385 aa  265  1e-69  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3715  multidrug efflux system protein MdtE  39.17 
 
 		 385 aa  265  1e-69  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00203932  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03314  hypothetical protein  39.17 
 
 		 385 aa  265  1e-69  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2967  multidrug resistance protein  47.42 
 
 		 415 aa  265  1e-69  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3999  multidrug efflux system protein MdtE  39.17 
 
 		 385 aa  265  1e-69  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0518  secretion protein HlyD  42.78 
 
 		 412 aa  265  1e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4582  acriflavine resistance protein E  41.71 
 
 		 385 aa  265  1e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.153462  normal  0.314671 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0506  acriflavine resistance protein A  42.39 
 
 		 409 aa  265  1e-69  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.951175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0204  multidrug efflux system protein MdtE  39.17 
 
 		 385 aa  265  1e-69  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0378135 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0331  RND family efflux transporter MFP subunit  41.99 
 
 		 394 aa  265  1e-69  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.109026  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>