More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_2226 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013501  Rmar_2226  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 
200 aa  394  1e-109  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.824868  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3811  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  40.1 
 
 
211 aa  124  7e-28  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0890  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.62 
 
 
220 aa  119  3e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2286  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.02 
 
 
200 aa  117  9e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0540242  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4879  RNA polymerase sigma factor  37.71 
 
 
236 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.452771  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4790  RNA polymerase sigma factor  36.63 
 
 
237 aa  116  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0962359 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3616  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.1 
 
 
200 aa  115  3e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.154069  normal  0.150786 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0494  RNA polymerase sigma factor  41.11 
 
 
228 aa  114  7.999999999999999e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0499  RNA polymerase sigma factor  40.57 
 
 
228 aa  114  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.505271  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0154  RNA polymerase sigma factor SigW  35.91 
 
 
183 aa  113  2.0000000000000002e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000564665  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0466  RNA polymerase sigma factor  40.33 
 
 
229 aa  113  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0794  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  31.03 
 
 
228 aa  112  5e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.078533  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2697  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.36 
 
 
226 aa  111  5e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0150  RNA polymerase sigma factor SigW  36.72 
 
 
190 aa  111  6e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1243  RNA polymerase sigma factor  34.9 
 
 
244 aa  111  6e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.077005  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2252  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  37.85 
 
 
193 aa  111  6e-24  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.708239  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0145  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.64 
 
 
192 aa  110  1.0000000000000001e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1268  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.59 
 
 
203 aa  110  1.0000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00112474  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2045  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.16 
 
 
190 aa  110  2.0000000000000002e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0525  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.61 
 
 
222 aa  107  9.000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.784341 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0843  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.66 
 
 
223 aa  107  1e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00000000467073  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2791  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.61 
 
 
201 aa  107  1e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.080251  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2772  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.89 
 
 
192 aa  106  2e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.133926  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6380  RNA polymerase sigma factor  38.25 
 
 
241 aa  106  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.505499  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2531  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.87 
 
 
192 aa  105  3e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6435  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.16 
 
 
225 aa  105  3e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2415  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40 
 
 
222 aa  106  3e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.752744 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1433  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40 
 
 
184 aa  105  4e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.735901  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2486  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.99 
 
 
202 aa  105  4e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2124  RNA polymerase sigma factor  37.1 
 
 
226 aa  105  5e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282888 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3155  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
192 aa  104  7e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000329481  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0846  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.65 
 
 
292 aa  104  9e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0794  sigma-24 (FecI-like)  36.65 
 
 
285 aa  104  1e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0842  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.65 
 
 
288 aa  104  1e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.664226  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2019  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.23 
 
 
193 aa  103  1e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1894  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.67 
 
 
206 aa  104  1e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3371  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.65 
 
 
210 aa  104  1e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0253707 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1441  RNA polymerase sigma factor  37.37 
 
 
229 aa  103  1e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2569  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.11 
 
 
193 aa  103  2e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1031  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
192 aa  103  2e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000464646  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0213  RNA polymerase sigma factor  35.56 
 
 
230 aa  103  2e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0099  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.57 
 
 
202 aa  103  2e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00980912  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2935  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.81 
 
 
192 aa  102  3e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0799622  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0050  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.95 
 
 
206 aa  102  4e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.552448  normal  0.767054 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1142  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.26 
 
 
192 aa  102  4e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000720782  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1327  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.95 
 
 
202 aa  102  4e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00289153  normal  0.01768 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1644  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.39 
 
 
222 aa  102  5e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1787  RNA polymerase sigma factor  33.52 
 
 
223 aa  102  5e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.99637  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03542  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.8 
 
 
192 aa  102  5e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3277  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.42 
 
 
259 aa  101  6e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.449183  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1237  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.26 
 
 
192 aa  101  6e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000109114  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1342  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.8 
 
 
192 aa  101  7e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2022  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.68 
 
 
199 aa  101  7e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000162889  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4197  RNA polymerase sigma factor  38.64 
 
 
223 aa  101  7e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00284291  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2263  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.59 
 
 
205 aa  101  7e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.228052  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2693  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.43 
 
 
209 aa  101  8e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2936  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.8 
 
 
192 aa  101  8e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0097263  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3187  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.81 
 
 
200 aa  101  8e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0312752  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2177  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.71 
 
 
199 aa  101  8e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.242833 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0635  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.97 
 
 
211 aa  101  9e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2854  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.8 
 
 
192 aa  101  9e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0729603  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3032  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.8 
 
 
192 aa  101  9e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207774  normal  0.587259 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1085  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.71 
 
 
199 aa  100  1e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4239  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.71 
 
 
199 aa  100  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.535457  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1920  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.5 
 
 
198 aa  100  1e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0798561  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3390  RNA polymerase sigma factor  37.57 
 
 
239 aa  100  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00687646  normal  0.166362 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1048  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.26 
 
 
192 aa  100  1e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00110624  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0647  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.71 
 
 
199 aa  100  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1956  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.39 
 
 
193 aa  100  1e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.26962  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0132  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.22 
 
 
194 aa  100  1e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000156135  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1003  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.71 
 
 
199 aa  100  1e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1127  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.71 
 
 
199 aa  100  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0459  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.87 
 
 
199 aa  100  1e-20  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0605  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.5 
 
 
202 aa  100  1e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000000948588 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3653  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.52 
 
 
243 aa  100  1e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.150168  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1007  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.71 
 
 
199 aa  100  1e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.35525  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1467  RNA polymerase sigma factor AlgU  32.26 
 
 
193 aa  100  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000401501  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2963  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.96 
 
 
243 aa  100  2e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.361546  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002491  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.8 
 
 
192 aa  100  2e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.012541  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2251  RNA polymerase sigma factor AlgU  32.4 
 
 
193 aa  99.8  2e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000015974  normal  0.140687 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2906  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.71 
 
 
199 aa  99.8  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0419523  normal  0.958584 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1078  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.71 
 
 
199 aa  99.8  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.478507  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1115  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.33 
 
 
208 aa  99.8  3e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.37407  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4136  RNA polymerase sigma factor  37.7 
 
 
239 aa  99.4  3e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1394  RNA polymerase sigma-E factor  33.33 
 
 
208 aa  99.8  3e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0732931  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0834  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.71 
 
 
199 aa  99  4e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1153  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.72 
 
 
192 aa  99  4e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000609864  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1195  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.89 
 
 
192 aa  99.4  4e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000180886  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4155  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.39 
 
 
203 aa  99  4e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00426853  hitchhiker  0.000149569 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3118  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.89 
 
 
192 aa  99.4  4e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.239779  normal  0.0316292 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1272  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.89 
 
 
192 aa  99.4  4e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.178396  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1239  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.89 
 
 
192 aa  99.4  4e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00674389  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1369  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.85 
 
 
206 aa  98.6  5e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0484883  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2793  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.93 
 
 
200 aa  98.6  5e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.129916  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1438  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.85 
 
 
206 aa  98.6  5e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.389052  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39650  RNA polymerase, sigma subunit, ECF family  33.16 
 
 
200 aa  99  5e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.81791  normal  0.37663 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2981  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.16 
 
 
206 aa  99  5e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000395274  normal  0.05783 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1796  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.16 
 
 
199 aa  98.2  8e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.7113  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2901  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.16 
 
 
199 aa  98.2  8e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2473  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.16 
 
 
199 aa  98.2  8e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>