More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc3208 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc3208  putative drug efflux lipoprotein  100 
 
 
486 aa  953    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0332853  normal  0.0695421 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6141  RND efflux system outer membrane lipoprotein  80.04 
 
 
486 aa  702    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5642  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  73.79 
 
 
481 aa  641    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.20764  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1871  RND efflux system outer membrane lipoprotein  68.68 
 
 
485 aa  664    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.97882  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6534  RND efflux system outer membrane lipoprotein  79.63 
 
 
486 aa  701    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.780445  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3318  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  76.95 
 
 
492 aa  673    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2680  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  67.96 
 
 
490 aa  648    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6576  RND efflux system outer membrane lipoprotein  81.48 
 
 
486 aa  733    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.189309  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6290  RND efflux system outer membrane lipoprotein  81.48 
 
 
486 aa  718    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00975739 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3443  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  82.1 
 
 
486 aa  773    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.267273  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1296  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  79.63 
 
 
486 aa  701    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0398141  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3549  RND efflux system outer membrane lipoprotein  81.69 
 
 
486 aa  739    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.504224  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1557  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  68.45 
 
 
495 aa  640    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.275301  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2483  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  68.93 
 
 
486 aa  633  1e-180  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.183146  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5360  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  74.95 
 
 
489 aa  608  1e-173  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.22613  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5656  RND efflux system outer membrane lipoprotein  65.61 
 
 
501 aa  573  1.0000000000000001e-162  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.162521  normal  0.0223313 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2426  RND efflux system outer membrane lipoprotein  61.08 
 
 
487 aa  569  1e-161  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.335348  normal  0.737188 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5103  RND efflux system outer membrane lipoprotein  63.85 
 
 
502 aa  559  1e-158  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2191  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  63.37 
 
 
490 aa  555  1e-157  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.204067  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3299  outer membrane lipoprotein  61.62 
 
 
487 aa  541  1e-153  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.671935 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  50.76 
 
 
495 aa  394  1e-108  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.728729  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1001  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  45.4 
 
 
492 aa  364  2e-99  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0236  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  52.02 
 
 
488 aa  363  6e-99  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  36.58 
 
 
503 aa  267  4e-70  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1914  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.34 
 
 
531 aa  263  4.999999999999999e-69  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000272629  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0400  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.16 
 
 
494 aa  248  2e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1666  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.23 
 
 
546 aa  243  6e-63  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.13133 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  34.79 
 
 
569 aa  241  2e-62  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2340  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.98 
 
 
502 aa  241  2.9999999999999997e-62  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2657  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.99 
 
 
473 aa  239  1e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0121184  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1362  outer membrane efflux family protein  33.33 
 
 
558 aa  238  2e-61  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0447  Fis family transcriptional regulator  35.79 
 
 
512 aa  236  5.0000000000000005e-61  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.818927 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0783  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.92 
 
 
493 aa  235  1.0000000000000001e-60  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.436637  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1085  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.53 
 
 
486 aa  231  2e-59  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.377293  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2446  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.7 
 
 
471 aa  230  4e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.177234  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0284  outer membrane efflux family protein  34.25 
 
 
518 aa  230  5e-59  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.552621  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1415  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  37.02 
 
 
520 aa  229  6e-59  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1101  outer membrane protein  35.12 
 
 
470 aa  229  8e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4744  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.29 
 
 
503 aa  229  1e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.918566  hitchhiker  0.00837312 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3623  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.29 
 
 
503 aa  229  1e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.392647  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5539  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.5 
 
 
503 aa  228  1e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.541532  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1231  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.56 
 
 
486 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0812696  normal  0.324306 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3932  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.27 
 
 
491 aa  226  7e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37 
 
 
465 aa  226  8e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.678758  normal  0.17281 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1006  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.03 
 
 
507 aa  226  8e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0211246  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1595  multidrug efflux system outer membrane subunit  33.54 
 
 
520 aa  225  1e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1397  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.45 
 
 
483 aa  225  1e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0470639  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0630  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.12 
 
 
569 aa  224  2e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00465168 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3793  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.94 
 
 
495 aa  224  2e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.351966 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3581  outer membrane protein OprN precursor  36.31 
 
 
499 aa  224  3e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0143  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.68 
 
 
541 aa  223  6e-57  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.302016 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3101  outer membrane efflux protein  35.81 
 
 
465 aa  223  7e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00986507  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.1 
 
 
509 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1267  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  36.42 
 
 
512 aa  221  1.9999999999999999e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522165  normal  0.0121166 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0814  outer membrane protein  36.4 
 
 
479 aa  220  6e-56  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2193  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.27 
 
 
495 aa  219  8.999999999999998e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0126086  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2509  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.28 
 
 
471 aa  219  8.999999999999998e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.293505  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3427  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.06 
 
 
471 aa  218  2e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0491334  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.39 
 
 
489 aa  218  2e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2335  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.06 
 
 
471 aa  217  4e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2179  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.5 
 
 
462 aa  216  7e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.159854  normal  0.0708517 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  33.33 
 
 
479 aa  216  8e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1481  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.03 
 
 
491 aa  216  9.999999999999999e-55  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.290116  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3274  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.6 
 
 
495 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2742  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.48 
 
 
517 aa  215  1.9999999999999998e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4060  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.18 
 
 
492 aa  214  2.9999999999999995e-54  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1016  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.7 
 
 
512 aa  214  2.9999999999999995e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2820  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.26 
 
 
517 aa  214  3.9999999999999995e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1301  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.97 
 
 
514 aa  214  3.9999999999999995e-54  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1393  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.97 
 
 
461 aa  214  3.9999999999999995e-54  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0165  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.39 
 
 
477 aa  213  5.999999999999999e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  33.33 
 
 
479 aa  213  5.999999999999999e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.76 
 
 
496 aa  213  7e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.76 
 
 
496 aa  213  7e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2162  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.34 
 
 
489 aa  212  1e-53  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.26 
 
 
497 aa  212  1e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0874  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.43 
 
 
483 aa  211  2e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  29.52 
 
 
489 aa  211  3e-53  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0851  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.75 
 
 
504 aa  210  5e-53  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1086  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.34 
 
 
482 aa  209  7e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.981132  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  30.12 
 
 
479 aa  209  1e-52  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4150  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.2 
 
 
472 aa  208  1e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2159  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.75 
 
 
529 aa  209  1e-52  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4575  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.06 
 
 
483 aa  209  1e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0034  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.08 
 
 
538 aa  209  1e-52  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.677331 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.27 
 
 
525 aa  207  2e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0689129  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.94 
 
 
504 aa  207  3e-52  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32380  multidrug efflux outer membrane protein OprN precursor  36.03 
 
 
472 aa  206  6e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0450823  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3157  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.12 
 
 
480 aa  206  6e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3547  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.01 
 
 
477 aa  205  2e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.138729  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3628  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.4 
 
 
495 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.399788  normal  0.615306 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.84 
 
 
482 aa  204  2e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.328582  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.4 
 
 
495 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.624231 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4467  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.4 
 
 
495 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.419427  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1703  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  32.98 
 
 
486 aa  204  3e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.416377  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4072  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.83 
 
 
464 aa  204  3e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.153495 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2743  outer membrane protein OprN precursor  35.58 
 
 
472 aa  204  4e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.47 
 
 
501 aa  204  4e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1570  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.72 
 
 
473 aa  202  9.999999999999999e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0868  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.05 
 
 
526 aa  202  9.999999999999999e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>