More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3893 on replicon NC_009007
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009040  Rsph17029_4146  GntR family transcriptional regulator  99.59 
 
 		 243 aa  481  1e-135  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.10084  normal  0.977946 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3893  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 243 aa  483  1e-135  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.000000224678  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0673  GntR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 233 aa  107  2e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.990367 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4803  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 225 aa  100  1e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1505  transcriptional regulator, GntR family  35.29 
 
 		 243 aa  101  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.160619  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1708  GntR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 211 aa  100  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.882341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5017  GntR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 231 aa  99.8  3e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.488746  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3350  transcriptional regulator, GntR family  30.18 
 
 		 234 aa  98.2  1e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.398966  normal  0.021988 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3048  GntR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 225 aa  98.2  1e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 225 aa  97.4  2e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5651  transcriptional regulator, GntR family  34.13 
 
 		 219 aa  95.5  7e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0870438  normal  0.299655 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3959  GntR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 219 aa  95.5  7e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.426708  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3082  GntR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 241 aa  94.7  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0349212 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3197  GntR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 242 aa  94.7  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3140  GntR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 241 aa  94.7  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000117475 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3164  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 242 aa  94  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0161984 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6499  GntR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 242 aa  93.6  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.348019  normal  0.174024 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1653  GntR family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 238 aa  93.6  2e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3577  GntR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 236 aa  93.6  3e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.0000218035  normal  0.39883 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4693  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 267 aa  93.2  4e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0405  transcriptional regulator, GntR family  31.13 
 
 		 219 aa  92.8  5e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2016  GntR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 230 aa  91.7  9e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0125173 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1174  GntR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 241 aa  91.3  1e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2531  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 242 aa  91.7  1e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3144  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 242 aa  91.7  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6280  transcriptional regulator, GntR family  35.26 
 
 		 233 aa  90.5  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.00000068764  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1544  GntR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 221 aa  89  6e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.403257  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0430  transcriptional regulator, GntR family  32.68 
 
 		 235 aa  88.2  1e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0615592  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3649  GntR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 216 aa  87.4  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0460435 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3148  GntR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 250 aa  87  2e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.275687  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0208  GntR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 229 aa  86.7  3e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00667385  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 219 aa  87  3e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000064922  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0841  GntR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 247 aa  86.3  4e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.938482 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1715  GntR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 230 aa  86.3  4e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.677468  normal  0.297998 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3720  GntR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 222 aa  85.1  8e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3766  GntR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 234 aa  85.1  9e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1713  transcriptional regulator, GntR family  30.19 
 
 		 219 aa  84.7  0.000000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.725183  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0568  GntR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 396 aa  84.7  0.000000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4064  GntR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 227 aa  84.7  0.000000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.916339  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4617  GntR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 239 aa  84.3  0.000000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1979  transcriptional regulator, GntR family  27.62 
 
 		 220 aa  84.3  0.000000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.053401  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0276  transcriptional regulator, GntR family  31.84 
 
 		 254 aa  84  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0241099  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7955  transcriptional regulator, GntR family  34.12 
 
 		 233 aa  84  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0109  transcriptional regulator, GntR family  29.17 
 
 		 229 aa  84.3  0.000000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.140287 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2372  transcriptional regulator, GntR family  29.51 
 
 		 225 aa  84  0.000000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000612735  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3127  GntR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 228 aa  83.2  0.000000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28700  transcriptional regulator, GntR family  31.86 
 
 		 243 aa  83.2  0.000000000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.915743  normal  0.0614661 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3629  GntR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 246 aa  82  0.000000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30150  transcriptional regulator, GntR family  31.16 
 
 		 233 aa  81.6  0.000000000000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.132781  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3448  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 222 aa  81.6  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5240  transcriptional regulator, GntR family  27.62 
 
 		 227 aa  81.3  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3093  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 220 aa  81.3  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.183416  normal  0.744122 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5875  GntR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 229 aa  80.5  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3629  transcriptional regulator, GntR family  33.93 
 
 		 233 aa  80.9  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3719  GntR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 232 aa  80.1  0.00000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.329499  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1614  transcriptional regulator, GntR family  31.77 
 
 		 217 aa  79.3  0.00000000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17540  transcriptional regulator, GntR family  29.52 
 
 		 224 aa  79.7  0.00000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.615531  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1173  GntR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 234 aa  79.3  0.00000000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1876  GntR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 248 aa  79.3  0.00000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.600058  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4544  GntR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 260 aa  79.3  0.00000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.377364 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0345  transcriptional regulator, GntR family  35.96 
 
 		 223 aa  79.3  0.00000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.244112  normal  0.239723 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 256 aa  79  0.00000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5802  GntR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 227 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.154475  normal  0.167902 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6599  GntR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 225 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6960  transcriptional regulator, GntR family  26.99 
 
 		 241 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1124  transcriptional regulator, GntR family  27.84 
 
 		 223 aa  78.6  0.00000000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5069  GntR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 247 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.046054  normal  0.249885 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0110  transcriptional regulator, GntR family  28.28 
 
 		 229 aa  78.2  0.0000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0300  GntR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 245 aa  77.8  0.0000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.211588 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0280  GntR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 233 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0095071 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5092  GntR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 217 aa  77.4  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00344916 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4133  GntR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 231 aa  77  0.0000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2025  transcriptional regulator, GntR family  29.66 
 
 		 232 aa  77.4  0.0000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00234923  hitchhiker  0.0065159 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1517  transcriptional regulator, GntR family  29.95 
 
 		 225 aa  77.4  0.0000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.156852  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3215  GntR family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 224 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4252  GntR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 241 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4343  GntR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 218 aa  77.8  0.0000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4995  GntR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 254 aa  77.4  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.349641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 235 aa  76.6  0.0000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1271  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 234 aa  77  0.0000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4341  transcriptional regulator, GntR family  30.15 
 
 		 221 aa  76.6  0.0000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.341994 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  34.29 
 
 		 237 aa  76.6  0.0000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28010  transcriptional regulator, GntR family  32.8 
 
 		 219 aa  77  0.0000000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0384037  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5228  transcriptional regulator, GntR family  32.21 
 
 		 262 aa  76.6  0.0000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.860524  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1667  GntR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 226 aa  76.3  0.0000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.429941  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 262 aa  76.3  0.0000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 230 aa  76.3  0.0000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4083  GntR domain protein  34.38 
 
 		 222 aa  75.9  0.0000000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1104  transcriptional regulator, GntR family  27.27 
 
 		 232 aa  76.3  0.0000000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4119  GntR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 258 aa  75.9  0.0000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.260522  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4755  transcriptional regulator, GntR family  27.52 
 
 		 227 aa  75.9  0.0000000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6303  GntR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 221 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3643  GntR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 255 aa  74.3  0.000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4139  GntR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 255 aa  74.7  0.000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2079  GntR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 240 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.70187  normal  0.119624 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0417  GntR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 254 aa  74.7  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1538  transcriptional regulator, GntR family  30.58 
 
 		 242 aa  75.1  0.000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0494418 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0982  GntR family transcriptional regulator  29 
 
 		 222 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.84517 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0606  GntR family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 223 aa  74.3  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6620  transcriptional regulator, GntR family  31.75 
 
 		 207 aa  74.7  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0364591  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>