More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2776 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2731  preprotein translocase subunit SecF  90.51 
 
 		 367 aa  641    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.447806  normal  0.258523 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2776  preprotein translocase subunit SecF  100 
 
 		 369 aa  744    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.686561  normal  0.719321 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3171  preprotein translocase subunit SecF  90.52 
 
 		 372 aa  615  1e-175  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.203608  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2775  preprotein translocase subunit SecF  90.09 
 
 		 334 aa  581  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.33037 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4405  preprotein translocase subunit SecF  86.53 
 
 		 335 aa  557  1e-157  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0338927  normal  0.256135 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1768  preprotein translocase subunit SecF  84.99 
 
 		 352 aa  547  1e-154  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0148605  normal  0.0118701 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1800  preprotein translocase subunit SecF  87.61 
 
 		 340 aa  537  9.999999999999999e-153  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0690803  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1002  protein-export membrane protein SecF  53.82 
 
 		 319 aa  354  2e-96  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2856  protein-export membrane protein SecF  51.72 
 
 		 318 aa  333  3e-90  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.114618 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4310  protein-export membrane protein SecF  50.88 
 
 		 357 aa  331  1e-89  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4597  protein-export membrane protein SecF  50.16 
 
 		 314 aa  317  2e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.486566  normal  0.106389 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4227  protein-export membrane protein SecF  49.84 
 
 		 314 aa  315  9e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2189  protein-export membrane protein SecF  49.68 
 
 		 316 aa  314  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.279609  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4746  protein-export membrane protein SecF  49.84 
 
 		 314 aa  314  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0265427 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2658  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  54.75 
 
 		 856 aa  311  9e-84  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2492  protein-export membrane protein SecF  49.68 
 
 		 316 aa  311  1e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.27994  normal  0.326076 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3037  protein-export membrane protein SecF  50.64 
 
 		 316 aa  311  1e-83  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2277  protein-export membrane protein SecF  51.6 
 
 		 313 aa  311  1e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1796  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  46.55 
 
 		 856 aa  308  1.0000000000000001e-82  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1694  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  49.67 
 
 		 846 aa  293  3e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1496  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  49.35 
 
 		 846 aa  286  2.9999999999999996e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.823548 
 
 
-
 
NC_004310  BR1324  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  49.83 
 
 		 845 aa  281  2e-74  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0375911  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6059  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  44 
 
 		 839 aa  280  3e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1860  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  48.82 
 
 		 844 aa  277  2e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1284  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  49.32 
 
 		 844 aa  276  4e-73  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3671  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  46.36 
 
 		 853 aa  273  5.000000000000001e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0862684  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0290  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  44.04 
 
 		 849 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.870898 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0321  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  40.23 
 
 		 848 aa  267  2e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.898839 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0181  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  47.08 
 
 		 844 aa  263  3e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1713  SecF protein  44.48 
 
 		 327 aa  263  3e-69  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.24873  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0997  preprotein translocase subunit SecF  46.69 
 
 		 322 aa  263  4.999999999999999e-69  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3211  protein translocase subunit secF  48.47 
 
 		 311 aa  261  1e-68  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1174  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  48.94 
 
 		 858 aa  259  5.0000000000000005e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149804  normal  0.102864 
 
 
-
 
NC_004310  BR0891  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  40.19 
 
 		 785 aa  258  8e-68  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.983907  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0887  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  40.19 
 
 		 785 aa  258  9e-68  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2336  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  41.45 
 
 		 759 aa  256  4e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.217617  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1415  preprotein translocase subunit SecF  40.95 
 
 		 330 aa  250  3e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.661465  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2056  protein-export membrane protein SecF  46.05 
 
 		 337 aa  246  4.9999999999999997e-64  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.880378  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1085  preprotein translocase subunit SecF  41.82 
 
 		 328 aa  245  6.999999999999999e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.161965 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1714  protein-export membrane protein SecF  46.05 
 
 		 316 aa  245  9e-64  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.611616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1858  preprotein translocase subunit SecF  41.95 
 
 		 320 aa  241  1e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.150957  normal  0.772867 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1898  protein translocase subunit secF  42.04 
 
 		 314 aa  239  6.999999999999999e-62  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.186497  normal  0.970453 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0878  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  40.38 
 
 		 834 aa  239  8e-62  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.335263  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2426  preprotein translocase subunit SecF  41.14 
 
 		 310 aa  238  2e-61  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3865  preprotein translocase subunit SecF  43.2 
 
 		 317 aa  238  2e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2065  preprotein translocase subunit SecF  42.9 
 
 		 313 aa  237  2e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0511  preprotein translocase subunit SecF  38.8 
 
 		 311 aa  236  4e-61  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.956081  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1123  preprotein translocase subunit SecF  40.19 
 
 		 315 aa  234  1.0000000000000001e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2811  preprotein translocase subunit SecF  40.4 
 
 		 323 aa  233  4.0000000000000004e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1799  preprotein translocase subunit SecF  42.9 
 
 		 324 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3807  preprotein translocase subunit SecF  41.1 
 
 		 316 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0445  preprotein translocase subunit SecF  42.9 
 
 		 324 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.222875  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0457  preprotein translocase subunit SecF  41.72 
 
 		 324 aa  233  5e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0172615  normal  0.0827508 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0687  preprotein translocase subunit SecF  40.75 
 
 		 316 aa  232  7.000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0235  preprotein translocase subunit SecF  40.75 
 
 		 316 aa  232  7.000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0719  preprotein translocase subunit SecF  40.75 
 
 		 316 aa  232  7.000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1275  preprotein translocase subunit SecF  40.07 
 
 		 316 aa  232  8.000000000000001e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2716  preprotein translocase subunit SecF  39.93 
 
 		 322 aa  231  1e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.141872 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2947  preprotein translocase subunit SecF  41.1 
 
 		 324 aa  231  1e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01348  protein-export membrane protein SecF  42.81 
 
 		 313 aa  231  2e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.256718  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0278  preprotein translocase subunit SecF  39.32 
 
 		 344 aa  231  2e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.182784  normal  0.130689 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2667  preprotein translocase subunit SecF  40.34 
 
 		 316 aa  231  2e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.452274  normal  0.524558 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2960  preprotein translocase subunit SecF  39.58 
 
 		 323 aa  231  2e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2550  preprotein translocase subunit SecF  39.58 
 
 		 323 aa  231  2e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.341971  normal  0.338499 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2072  protein translocase subunit secF  42.25 
 
 		 325 aa  230  3e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4004  preprotein translocase subunit SecF  40.8 
 
 		 317 aa  229  4e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.833906 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3365  preprotein translocase subunit SecF  39.73 
 
 		 316 aa  230  4e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3374  preprotein translocase subunit SecF  39.73 
 
 		 316 aa  230  4e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4643  preprotein translocase subunit SecF  41.03 
 
 		 317 aa  229  4e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.410756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0475  preprotein translocase subunit SecF  38.24 
 
 		 323 aa  229  5e-59  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3331  preprotein translocase subunit SecF  39.73 
 
 		 316 aa  229  7e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0935512  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0634  preprotein translocase subunit SecF  39.66 
 
 		 316 aa  228  1e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0837  preprotein translocase subunit SecF  39.14 
 
 		 316 aa  228  1e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3354  preprotein translocase subunit SecF  40.47 
 
 		 317 aa  228  1e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0836  preprotein translocase subunit SecF  40 
 
 		 302 aa  227  2e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.885534 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0702  preprotein translocase subunit SecF  40.2 
 
 		 316 aa  227  2e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.686375  normal  0.807805 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4644  preprotein translocase subunit SecF  43.24 
 
 		 317 aa  227  3e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0609  preprotein translocase subunit SecF  39.66 
 
 		 316 aa  227  3e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3993  preprotein translocase subunit SecF  40.2 
 
 		 316 aa  226  4e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.117459  normal  0.130054 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0866  preprotein translocase subunit SecF  40.4 
 
 		 302 aa  226  7e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.222243  normal  0.607881 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0072  preprotein translocase subunit SecF  38.24 
 
 		 323 aa  226  7e-58  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2528  preprotein translocase subunit SecF  39.59 
 
 		 316 aa  225  1e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1792  preprotein translocase subunit SecF  38.8 
 
 		 324 aa  225  1e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.105598  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4086  preprotein translocase subunit SecF  38.49 
 
 		 321 aa  225  1e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0605459  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1509  preprotein translocase subunit SecF  39.13 
 
 		 324 aa  225  1e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.444089 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1454  protein translocase subunit secF  41.88 
 
 		 321 aa  225  1e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.982054  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3884  preprotein translocase subunit SecF  41.69 
 
 		 317 aa  224  2e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0703005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0879  preprotein translocase subunit SecF  40.4 
 
 		 302 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0954141 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3281  preprotein translocase subunit SecF  39.35 
 
 		 314 aa  224  2e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0339451  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1231  preprotein translocase subunit SecF  41.39 
 
 		 303 aa  223  4e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.611016  normal  0.761235 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0708  preprotein translocase subunit SecF  36.98 
 
 		 323 aa  223  4e-57  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1416  protein-export membrane protein SecF  41.39 
 
 		 303 aa  223  6e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2349  preprotein translocase subunit SecF  39.62 
 
 		 312 aa  222  7e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1064  preprotein translocase subunit SecF  37.79 
 
 		 322 aa  220  3e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00204402 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2384  preprotein translocase subunit SecF  38.7 
 
 		 313 aa  219  6e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1162  preprotein translocase subunit SecF  38.7 
 
 		 313 aa  219  6e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.954336  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0300  preprotein translocase subunit SecF  38.7 
 
 		 313 aa  219  6e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2570  preprotein translocase subunit SecF  38.7 
 
 		 313 aa  219  6e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2836  protein translocase subunit secF  38.44 
 
 		 302 aa  219  7e-56  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2080  preprotein translocase subunit SecF  36.89 
 
 		 310 aa  219  7.999999999999999e-56  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.348624  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>