More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_3996 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_4293  sensory box histidine kinase/response regulator  89.45 
 
 		 793 aa  1452    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3996  PAS  100 
 
 		 796 aa  1646    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.447634  normal  0.187563 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5228  multi-sensor hybrid histidine kinase  51.34 
 
 		 1224 aa  544  1e-153  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5234  multi-sensor hybrid histidine kinase  51.31 
 
 		 946 aa  528  1e-148  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2852  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.68 
 
 		 1057 aa  521  1e-146  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1131  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.31 
 
 		 826 aa  514  1e-144  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.120114  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3634  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.78 
 
 		 944 aa  511  1e-143  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.103342  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3047  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.71 
 
 		 814 aa  509  1e-143  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4267  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.04 
 
 		 1076 aa  507  9.999999999999999e-143  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.715458 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0063  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.49 
 
 		 837 aa  485  1e-135  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3021  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  50.6 
 
 		 812 aa  473  1e-132  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.510865  normal  0.160517 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0150  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.28 
 
 		 581 aa  471  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2081  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.73 
 
 		 899 aa  468  9.999999999999999e-131  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00980702 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0144  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.2 
 
 		 764 aa  468  9.999999999999999e-131  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.131271 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4387  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.28 
 
 		 946 aa  464  1e-129  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0428  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.58 
 
 		 943 aa  462  9.999999999999999e-129  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.94781  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0040  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.74 
 
 		 809 aa  456  1e-127  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0581395 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4051  PAS sensor protein  47.22 
 
 		 783 aa  450  1e-125  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.688401  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4421  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.22 
 
 		 783 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4533  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.48 
 
 		 785 aa  440  9.999999999999999e-123  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.955834 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4588  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.78 
 
 		 585 aa  428  1e-118  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.179057  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2108  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.27 
 
 		 1014 aa  428  1e-118  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.659699  normal  0.848073 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0712  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.02 
 
 		 827 aa  423  1e-117  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4107  PAS sensor protein  46.55 
 
 		 587 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0206968  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4475  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.55 
 
 		 587 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5223  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  54.39 
 
 		 722 aa  419  9.999999999999999e-116  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0092  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.63 
 
 		 742 aa  412  1e-114  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3622  PAS sensor protein  56.47 
 
 		 684 aa  412  1e-114  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  56.47 
 
 		 684 aa  410  1e-113  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.62869  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3272  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.83 
 
 		 1011 aa  406  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1053  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.27 
 
 		 1059 aa  405  1e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.111783  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0508  histidine kinase  55.94 
 
 		 632 aa  406  1e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3343  histidine kinase  55.09 
 
 		 632 aa  402  9.999999999999999e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2970  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  54.66 
 
 		 584 aa  401  9.999999999999999e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.653031  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2885  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.45 
 
 		 818 aa  392  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0237924  normal  0.0700462 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0560  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.98 
 
 		 821 aa  389  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0540  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.67 
 
 		 1089 aa  388  1e-106  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0232  sensor histidine kinase  52.08 
 
 		 716 aa  389  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.786809  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1173  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.42 
 
 		 795 aa  388  1e-106  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.524225  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4105  multi-sensor hybrid histidine kinase  50.87 
 
 		 888 aa  387  1e-106  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3335  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  52.22 
 
 		 942 aa  383  1e-105  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0146  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.9 
 
 		 1381 aa  386  1e-105  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.436687 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5221  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  51.65 
 
 		 703 aa  385  1e-105  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0097  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  49.41 
 
 		 720 aa  381  1e-104  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5233  histidine kinase  50.75 
 
 		 638 aa  380  1e-104  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1666  ATP-binding region, ATPase-like  38.52 
 
 		 1427 aa  379  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.207779 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0802  PAS sensor protein  38.62 
 
 		 1065 aa  374  1e-102  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.92 
 
 		 1022 aa  375  1e-102  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.1  normal  0.0660292 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4456  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.58 
 
 		 1415 aa  374  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3818  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.05 
 
 		 1426 aa  373  1e-102  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6444  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  52.02 
 
 		 736 aa  374  1e-102  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.114269  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0149  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.26 
 
 		 957 aa  370  1e-101  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.324886  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3336  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.73 
 
 		 1065 aa  369  1e-100  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.115718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3535  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37 
 
 		 695 aa  365  1e-99  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.02065  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4905  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.1 
 
 		 822 aa  365  2e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.28937 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4196  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  48.11 
 
 		 693 aa  363  5.0000000000000005e-99  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2252  GAF sensor hybrid histidine kinase  49.87 
 
 		 732 aa  363  9e-99  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.535804  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3794  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  49.87 
 
 		 708 aa  359  9.999999999999999e-98  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.475023 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2079  GAF sensor hybrid histidine kinase  49.13 
 
 		 727 aa  359  9.999999999999999e-98  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.79077 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0235  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.46 
 
 		 941 aa  357  5.999999999999999e-97  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3651  GAF sensor hybrid histidine kinase  48.38 
 
 		 727 aa  356  1e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.125923 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2256  GAF sensor hybrid histidine kinase  47.9 
 
 		 727 aa  355  2e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.903593 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0135  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.6 
 
 		 1631 aa  354  4e-96  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0221  GAF sensor hybrid histidine kinase  39.73 
 
 		 1651 aa  349  1e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7104  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.07 
 
 		 1646 aa  348  2e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1809  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.03 
 
 		 927 aa  345  1e-93  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.295908 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3039  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.63 
 
 		 1067 aa  345  2.9999999999999997e-93  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.635771  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3679  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.74 
 
 		 979 aa  340  5e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.138825  normal  0.0339746 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2137  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.65 
 
 		 943 aa  340  7e-92  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3491  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.06 
 
 		 966 aa  336  1e-90  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.691252 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5808  sensor histidine kinase  47.67 
 
 		 1299 aa  334  5e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.284316  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0114  Signal transduction histidine kinase  36.67 
 
 		 939 aa  332  2e-89  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.153209 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4108  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.36 
 
 		 1095 aa  327  6e-88  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0123  PAS sensor protein  34.75 
 
 		 692 aa  327  6e-88  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1490  sensory box histidine kinase/response regulator  34.54 
 
 		 695 aa  326  1e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.135352  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5545  two component sensor kinase/response regulator hybrid  29.36 
 
 		 1036 aa  325  2e-87  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4112  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.47 
 
 		 573 aa  321  3e-86  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2535  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.43 
 
 		 688 aa  321  3e-86  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.121998  normal  0.468356 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3298  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.21 
 
 		 922 aa  320  5e-86  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.25103 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0855  GAF sensor hybrid histidine kinase  46.84 
 
 		 776 aa  320  5e-86  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3692  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.94 
 
 		 951 aa  315  1.9999999999999998e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.408416  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1300  PAS  33.23 
 
 		 695 aa  315  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.233563 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1455  PAS sensor protein  36.72 
 
 		 1092 aa  314  4.999999999999999e-84  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.534076  normal  0.193101 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1449  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.3 
 
 		 977 aa  314  4.999999999999999e-84  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.416631 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1730  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.72 
 
 		 1103 aa  313  5.999999999999999e-84  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.747769  normal  0.0625523 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.92 
 
 		 630 aa  310  5e-83  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.21488  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0508  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.47 
 
 		 1215 aa  305  3.0000000000000004e-81  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.722414  normal  0.07841 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0471  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.07 
 
 		 1225 aa  300  6e-80  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221036  normal  0.153067 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6183  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.15 
 
 		 916 aa  299  1e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.24256 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0437  PAS sensor protein  34.07 
 
 		 1225 aa  298  3e-79  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.719852  normal  0.440419 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3791  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.76 
 
 		 492 aa  295  2e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.107728 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5329  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.28 
 
 		 936 aa  293  1e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.180092  normal  0.501472 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2354  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.02 
 
 		 795 aa  291  4e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.250771 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3087  ATP-binding region, ATPase-like  28.87 
 
 		 847 aa  289  1e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.373882  normal  0.0754896 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1794  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.23 
 
 		 795 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.477207 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3341  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.77 
 
 		 795 aa  284  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.679688 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4307  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.59 
 
 		 806 aa  280  8e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.767019  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0495  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.84 
 
 		 1076 aa  277  5e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.359716  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1954  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.99 
 
 		 795 aa  277  7e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.576685  normal  0.0880633 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0098  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.17 
 
 		 1050 aa  273  9e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>