More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0315 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_0315  30S ribosomal protein S4  100 
 
 		 203 aa  412  1e-114  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000187386  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1825  30S ribosomal protein S4  88.67 
 
 		 203 aa  383  1e-106  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2397  30S ribosomal protein S4  89.16 
 
 		 203 aa  379  1e-104  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0284002  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0206  30S ribosomal protein S4  85.71 
 
 		 203 aa  375  1e-103  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000707941  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2203  30S ribosomal protein S4  87.68 
 
 		 203 aa  373  1e-103  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000224183  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2038  30S ribosomal protein S4  84.73 
 
 		 203 aa  369  1e-101  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00000016478  normal  0.289482 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2270  30S ribosomal protein S4  84.73 
 
 		 203 aa  369  1e-101  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0573155  hitchhiker  0.0031746 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1943  ribosomal protein S4  51.67 
 
 		 208 aa  217  8.999999999999998e-56  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2432  30S ribosomal protein S4  50.24 
 
 		 208 aa  216  2e-55  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0727  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 209 aa  213  9.999999999999999e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0058  30S ribosomal protein S4  51.2 
 
 		 208 aa  213  1.9999999999999998e-54  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1752  30S ribosomal protein S4  50.72 
 
 		 208 aa  212  2.9999999999999995e-54  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.000068654  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0326  30S ribosomal protein S4  51.2 
 
 		 208 aa  211  4.9999999999999996e-54  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1009  30S ribosomal protein S4  50.72 
 
 		 208 aa  211  7.999999999999999e-54  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.262144  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0094  30S ribosomal protein S4  50.72 
 
 		 208 aa  210  9e-54  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0810213  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3876  30S ribosomal protein S4  52.22 
 
 		 202 aa  209  2e-53  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1766  30S ribosomal protein S4  50.24 
 
 		 208 aa  209  3e-53  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.534162  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0313  30S ribosomal protein S4  47.85 
 
 		 208 aa  209  3e-53  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.977941  normal  0.670617 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1581  ribosomal protein S4  47.85 
 
 		 208 aa  209  3e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.075327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1947  30S ribosomal protein S4  50.24 
 
 		 208 aa  208  4e-53  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.134861  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1581  30S ribosomal protein S4  50.24 
 
 		 208 aa  208  4e-53  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1141  30S ribosomal protein S4  51.72 
 
 		 201 aa  207  7e-53  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.273227 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1112  30S ribosomal protein S4  51.72 
 
 		 201 aa  207  7e-53  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1129  30S ribosomal protein S4  51.72 
 
 		 201 aa  207  7e-53  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.433147  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1372  30S ribosomal protein S4  48.8 
 
 		 208 aa  207  9e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.179279  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04260  30S ribosomal protein S4  52.43 
 
 		 202 aa  206  2e-52  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.342435  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1841  30S ribosomal protein S4  49.51 
 
 		 206 aa  206  2e-52  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.470668  normal  0.674871 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2044  30S ribosomal protein S4  46.89 
 
 		 208 aa  205  3e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0881453  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1920  30S ribosomal protein S4  46.89 
 
 		 208 aa  205  3e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1959  30S ribosomal protein S4  46.89 
 
 		 208 aa  205  3e-52  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2684  30S ribosomal protein S4  46.41 
 
 		 208 aa  204  6e-52  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000106865  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1912  30S ribosomal protein S4  48.77 
 
 		 201 aa  204  8e-52  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0871  SSU ribosomal protein S4P  48.8 
 
 		 208 aa  204  9e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000406188  hitchhiker  0.0058792 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2040  ribosomal protein S4  51.2 
 
 		 208 aa  203  1e-51  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00652573  hitchhiker  0.00144976 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6584  30S ribosomal protein S4  50.74 
 
 		 201 aa  203  2e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.234143  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0705  30S ribosomal protein S4  48.33 
 
 		 208 aa  203  2e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000946412  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0372  30S ribosomal protein S4  50 
 
 		 201 aa  202  3e-51  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0959  30S ribosomal protein S4  48.33 
 
 		 208 aa  202  3e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.317804  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05845  30S ribosomal protein S4  49.02 
 
 		 201 aa  202  3e-51  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.16626  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2145  ribosomal protein S4  48.79 
 
 		 206 aa  201  4e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0738173  normal  0.592371 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1091  30S ribosomal protein S4  47.37 
 
 		 208 aa  201  4e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.510995  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2348  30S ribosomal protein S4  50.72 
 
 		 206 aa  201  5e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3302  30S ribosomal protein S4  47.85 
 
 		 208 aa  201  6e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00160725 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1435  30S ribosomal protein S4  49.75 
 
 		 201 aa  201  8e-51  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4971  30S ribosomal protein S4  49.75 
 
 		 201 aa  201  8e-51  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.557252 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1937  30S ribosomal protein S4  45.93 
 
 		 208 aa  200  9e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4369  ribosomal protein S4  49.26 
 
 		 201 aa  201  9e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.663068  normal  0.672175 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2832  30S ribosomal protein S4  47.37 
 
 		 208 aa  200  9.999999999999999e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.80203  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1254  SSU ribosomal protein S4P  49.28 
 
 		 209 aa  200  9.999999999999999e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.119667  normal  0.172003 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0868  ribosomal protein S4  46.31 
 
 		 200 aa  200  9.999999999999999e-51  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.392716  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2305  ribosomal protein S4  47.85 
 
 		 209 aa  200  9.999999999999999e-51  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00950883  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0206  30S ribosomal protein S4  48.33 
 
 		 208 aa  199  1.9999999999999998e-50  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1172  30S ribosomal protein S4  48.53 
 
 		 201 aa  199  1.9999999999999998e-50  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3980  ribosomal protein S4  46.41 
 
 		 209 aa  199  1.9999999999999998e-50  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0454614  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2998  ribosomal protein S4  47.85 
 
 		 206 aa  199  3e-50  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00785982 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0652  30S ribosomal protein S4  46.41 
 
 		 208 aa  197  7e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000063481 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2592  30S ribosomal protein S4  45.37 
 
 		 205 aa  197  7e-50  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0221081  normal  0.907343 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1284  30S ribosomal protein S4  49.26 
 
 		 200 aa  197  1.0000000000000001e-49  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00000240031  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3383  ribosomal protein S4  49.26 
 
 		 201 aa  197  1.0000000000000001e-49  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1013  30S ribosomal protein S4  47.83 
 
 		 206 aa  196  1.0000000000000001e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000212014  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1117  30S ribosomal protein S4  48.8 
 
 		 208 aa  196  1.0000000000000001e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.614224  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4291  ribosomal protein S4  48.1 
 
 		 209 aa  196  2.0000000000000003e-49  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0894  30S ribosomal protein S4  46.89 
 
 		 206 aa  196  2.0000000000000003e-49  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000013906  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13495  30S ribosomal protein S4  48.77 
 
 		 201 aa  196  2.0000000000000003e-49  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000412742  normal  0.375665 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00962  30S ribosomal protein S4  46.86 
 
 		 206 aa  195  3e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00755213  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1216  30S ribosomal protein S4  49.28 
 
 		 208 aa  195  3e-49  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0261994 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2300  30S ribosomal protein S4  48.79 
 
 		 206 aa  195  3e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.50143  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1367  30S ribosomal protein S4  45.24 
 
 		 209 aa  196  3e-49  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000845169  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1319  30S ribosomal protein S4  45.24 
 
 		 209 aa  196  3e-49  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000360982  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4480  ribosomal protein S4  48.33 
 
 		 208 aa  195  5.000000000000001e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.131718  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0333  30S ribosomal protein S4  48.33 
 
 		 208 aa  195  5.000000000000001e-49  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0897396  decreased coverage  0.000428085 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0743  ribosomal protein S4  50.48 
 
 		 206 aa  194  6e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.068041  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1810  30S ribosomal protein S4  48.28 
 
 		 200 aa  194  7e-49  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000029578  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1775  30S ribosomal protein S4  48.28 
 
 		 200 aa  194  7e-49  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.000000344809  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0732  RNA-binding S4 domain-containing protein  44.98 
 
 		 208 aa  194  8.000000000000001e-49  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00130119  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1159  ribosomal protein S4  47.09 
 
 		 206 aa  194  9e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000286157  normal  0.0899698 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0963  30S ribosomal protein S4  48.8 
 
 		 208 aa  194  9e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.877521  normal  0.697465 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0456  30S ribosomal protein S4  48.34 
 
 		 208 aa  192  2e-48  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.189833  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5761  ribosomal protein S4  48.28 
 
 		 201 aa  192  2e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0255  30S ribosomal protein S4  46.67 
 
 		 206 aa  192  3e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0223  30S ribosomal protein S4  46.67 
 
 		 206 aa  192  3e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000007109  unclonable  0.0000000000236085 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0218  30S ribosomal protein S4  46.67 
 
 		 206 aa  192  3e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000114073  hitchhiker  0.00573009 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0223  30S ribosomal protein S4  46.67 
 
 		 206 aa  192  3e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00230473  unclonable  0.0000000000516884 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0223  30S ribosomal protein S4  46.67 
 
 		 206 aa  191  4e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000278242  normal  0.0713336 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0220  30S ribosomal protein S4  46.67 
 
 		 206 aa  191  4e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000964484  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2232  30S ribosomal protein S4  45.93 
 
 		 208 aa  192  4e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0017217  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4032  30S ribosomal protein S4  46.67 
 
 		 206 aa  191  4e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000124947  hitchhiker  0.0000000000798632 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4146  30S ribosomal protein S4  46.67 
 
 		 206 aa  191  4e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000109466  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04497  30S ribosomal protein S4  46.45 
 
 		 208 aa  192  4e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.777393  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0418  30S ribosomal protein S4  49.04 
 
 		 206 aa  191  5e-48  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3896  30S ribosomal protein S4  46.89 
 
 		 208 aa  191  6e-48  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4295  30S ribosomal protein S4  47.14 
 
 		 206 aa  191  6e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000502229  hitchhiker  0.00000000110473 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4520  30S ribosomal protein S4  47.14 
 
 		 206 aa  191  6e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000540597  decreased coverage  0.000000609653 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1007  ribosomal protein S4  44.98 
 
 		 206 aa  191  6e-48  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000469854  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0394  30S ribosomal protein S4  48.56 
 
 		 206 aa  191  7e-48  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0791  30S ribosomal protein S4  46.89 
 
 		 208 aa  191  7e-48  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.068053  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0715  30S ribosomal protein S4  45.32 
 
 		 200 aa  191  7e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2724  30S ribosomal protein S4  44.83 
 
 		 200 aa  191  7e-48  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000000198678  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0237  30S ribosomal protein S4  46.67 
 
 		 206 aa  191  8e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000435795  unclonable  0.0000101717 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0628  ribosomal protein S4  47.8 
 
 		 202 aa  190  1e-47  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>