222 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1339 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1339  outer membrane porin  100 
 
 		 422 aa  861    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.868317  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1173  porin, putative  62.41 
 
 		 412 aa  531  1e-150  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.121205  normal  0.068345 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4239  outer membrane porin  62.17 
 
 		 412 aa  531  1e-150  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1206  outer membrane porin  62.41 
 
 		 412 aa  533  1e-150  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0903  outer membrane porin  61.5 
 
 		 422 aa  530  1e-149  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1054  outer membrane porin, OprD family  59.86 
 
 		 422 aa  525  1e-148  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1190  outer membrane porin  61.23 
 
 		 412 aa  525  1e-148  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.569611  normal  0.287254 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2127  outer membrane porin  63.21 
 
 		 418 aa  523  1e-147  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265599  normal  0.364595 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1383  BenF-like porin  60.42 
 
 		 418 aa  520  1e-146  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.435313 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4340  outer membrane porin  60.19 
 
 		 418 aa  520  1e-146  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00498222  normal  0.156563 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2343  outer membrane porin, OprD family  61.2 
 
 		 418 aa  518  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3451  outer membrane porin  62.28 
 
 		 395 aa  518  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.243467 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4430  outer membrane porin  60.61 
 
 		 418 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0138033 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1023  outer membrane porin  58.96 
 
 		 417 aa  511  1e-144  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0827168 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1277  outer membrane porin  59.95 
 
 		 419 aa  499  1e-140  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224038  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3201  outer membrane porin  58.31 
 
 		 415 aa  497  1e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.27407  normal  0.0173746 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2517  BenF-like porin  56.91 
 
 		 410 aa  481  1e-134  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.274233  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4527  outer membrane porin  56.97 
 
 		 424 aa  478  1e-133  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.321558  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02980  putative porin  55.08 
 
 		 421 aa  462  1e-129  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00100388 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22450  OprD family outer membrane porin  55.34 
 
 		 422 aa  459  9.999999999999999e-129  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0324  putative porin  54.48 
 
 		 416 aa  460  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.414425  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00920  OprD family outer membrane porin  54.82 
 
 		 423 aa  458  9.999999999999999e-129  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.696381  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26920  OprD family outer membrane porin  55.91 
 
 		 424 aa  454  1.0000000000000001e-126  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.291151  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38130  OprD family outer membrane porin  52.87 
 
 		 426 aa  451  1e-125  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.764823  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3077  outer membrane porin  52.27 
 
 		 416 aa  442  1e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0293927  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49300  OprD family outer membrane porin  53.22 
 
 		 428 aa  434  1e-120  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.32887  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38140  outer membrane porin, OprD family  50.82 
 
 		 420 aa  430  1e-119  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.35855  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17140  outer membrane porin  51.93 
 
 		 405 aa  428  1e-118  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.209334  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31300  OprD family outer membrane porin  54.73 
 
 		 429 aa  424  1e-117  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5281  outer membrane porin  50.74 
 
 		 413 aa  395  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2167  outer membrane porin  46.92 
 
 		 417 aa  387  1e-106  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.049218  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2024  outer membrane porin  47.39 
 
 		 417 aa  383  1e-105  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.68601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3076  putative porin  47.97 
 
 		 416 aa  363  2e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0309641  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64720  putative porin  46.14 
 
 		 417 aa  363  3e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.916486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36090  putative porin  47.73 
 
 		 416 aa  363  4e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000105785 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5621  putative porin  45.9 
 
 		 417 aa  359  5e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08660  benzoate-specific outer membrane porin  45.32 
 
 		 423 aa  356  5e-97  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2681  outer membrane porin  45.24 
 
 		 416 aa  346  4e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.340362  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3168  benzoate-specific porin  44.52 
 
 		 416 aa  341  1e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.143323  normal  0.69398 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2547  outer membrane porin  44.05 
 
 		 416 aa  339  4e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.789024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2701  outer membrane porin  43.1 
 
 		 416 aa  333  3e-90  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.584042  normal  0.985666 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3574  outer membrane porin  43.95 
 
 		 430 aa  328  8e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.135647  normal  0.538607 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2145  outer membrane porin  43.84 
 
 		 431 aa  328  8e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.832891  normal  0.088551 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3939  porin, putative  43.46 
 
 		 430 aa  325  6e-88  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.38519  normal  0.0206091 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54520  porin  42.72 
 
 		 427 aa  325  1e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0211699  normal  0.223535 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1739  outer membrane porin  43.24 
 
 		 415 aa  322  6e-87  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4765  porin  42.47 
 
 		 427 aa  322  9.000000000000001e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0925937  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1898  outer membrane porin  43.21 
 
 		 430 aa  322  9.999999999999999e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000146891  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4392  outer membrane porin  42.68 
 
 		 429 aa  317  4e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.644568 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1419  outer membrane porin  42.68 
 
 		 429 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.319007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4302  outer membrane porin  42.68 
 
 		 429 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188975  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1059  outer membrane porin  40.43 
 
 		 429 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10440  putative porin  41.25 
 
 		 418 aa  305  8.000000000000001e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0953  putative porin  41.25 
 
 		 418 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1458  outer membrane porin  39.63 
 
 		 421 aa  297  2e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24790  putative outer membrane porin  39.72 
 
 		 421 aa  297  3e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2101  porin  39.48 
 
 		 421 aa  296  6e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.690144  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49310  outer membrane porin  39.14 
 
 		 412 aa  294  2e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3160  outer membrane porin  39.29 
 
 		 418 aa  290  2e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11340  outer membrane porin  38.12 
 
 		 428 aa  290  4e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.703793  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48920  outer membrane porin  40.42 
 
 		 422 aa  288  2e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2058  outer membrane porin  39.41 
 
 		 417 aa  286  4e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536728  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3682  outer membrane porin  39.16 
 
 		 417 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1999  outer membrane porin  38.54 
 
 		 429 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00175202 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2103  outer membrane porin  37.21 
 
 		 433 aa  283  5.000000000000001e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325058  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18150  outer membrane porin  39.86 
 
 		 411 aa  281  2e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2139  outer membrane porin  38.35 
 
 		 433 aa  280  3e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0667606  hitchhiker  0.0000330448 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3764  outer membrane porin  38.14 
 
 		 433 aa  278  1e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.522082  normal  0.130801 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1577  outer membrane porin  39.36 
 
 		 417 aa  277  2e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.107742  normal  0.53028 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2638  outer membrane porin  38.39 
 
 		 410 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00757787  normal  0.107992 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2625  outer membrane porin  37.65 
 
 		 410 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0951208  normal  0.228202 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3198  putative porin  40.3 
 
 		 409 aa  273  5.000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37260  putative porin  40.45 
 
 		 409 aa  273  5.000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.618786  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3271  outer membrane porin  37.41 
 
 		 417 aa  273  6e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4356  outer membrane porin  37.53 
 
 		 421 aa  272  8.000000000000001e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2632  outer membrane porin  37.01 
 
 		 433 aa  271  2e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17890  putative porin  40.39 
 
 		 416 aa  271  2e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2488  outer membrane porin  37.16 
 
 		 410 aa  271  2e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.246443  normal  0.663679 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1554  putative porin  38.86 
 
 		 416 aa  265  1e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.515342  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4332  outer membrane porin  37.62 
 
 		 439 aa  263  6e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.994922 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51070  porin  37.41 
 
 		 416 aa  262  1e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000811517 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3121  outer membrane porin  37.06 
 
 		 424 aa  260  4e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0914  putative porin  36.71 
 
 		 431 aa  259  6e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3656  aromatic compound-specific porin, putative  35.68 
 
 		 420 aa  259  8e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.755961  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09850  putative porin  36.07 
 
 		 431 aa  258  2e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.881809  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2074  outer membrane porin  36.26 
 
 		 420 aa  257  2e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.695569  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4306  outer membrane porin  36.71 
 
 		 437 aa  255  8e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1272  outer membrane porin OprE  35.27 
 
 		 417 aa  253  5.000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31180  OprE-like outer membrane porin  35.01 
 
 		 439 aa  253  6e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1363  outer membrane porin  35.73 
 
 		 408 aa  253  6e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.475695  normal  0.0504292 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1987  outer membrane porin  36.54 
 
 		 430 aa  251  1e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.6739 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01240  OprE-like outer membrane porin  34.36 
 
 		 440 aa  251  2e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.464345  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03800  anaerobically-induced outer membrane porin OprE precursor  35.96 
 
 		 463 aa  249  1e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.314855  normal  0.413921 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25950  OprE-like outer membrane porin  34.51 
 
 		 443 aa  248  2e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.249173  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1456  outer membrane porin  36.66 
 
 		 408 aa  246  8e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.126802  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31670  outer membrane porin OprE  37.17 
 
 		 445 aa  243  3e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1235  outer membrane porin  36.75 
 
 		 421 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188174  normal  0.966 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49580  OprE-like outer membrane porin  34.32 
 
 		 441 aa  243  5e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.607029  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0382  outer membrane porin OprE precursor  35.55 
 
 		 460 aa  243  6e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21290  OprE-like outer membrane porin  33.77 
 
 		 457 aa  242  7e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>