More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_3791 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010571  Oter_3791  RNA-binding S4 domain-containing protein  100 
 
 		 266 aa  544  1e-154  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0938115  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0441  pseudouridine synthase  37.25 
 
 		 248 aa  160  2e-38  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00343055  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1401  pseudouridine synthase  39.11 
 
 		 250 aa  149  6e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.288863  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0477  pseudouridine synthase  37.08 
 
 		 254 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  40.93 
 
 		 251 aa  145  9e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06820  pseudouridine synthase family protein  35.42 
 
 		 296 aa  143  2e-33  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.493821 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1184  pseudouridine synthase  36.53 
 
 		 254 aa  144  2e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0143  pseudouridylate synthase (ribosomal large subunit pseudouridine synthase B)  36.36 
 
 		 562 aa  143  2e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.303983 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  36.21 
 
 		 249 aa  143  2e-33  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.444703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1196  pseudouridine synthase  37.55 
 
 		 238 aa  142  5e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.939109  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  36.59 
 
 		 274 aa  142  7e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0394  pseudouridine synthase  35.27 
 
 		 261 aa  142  7e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.490996  normal  0.734579 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1643  pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 238 aa  141  9.999999999999999e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.734555 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  39.17 
 
 		 567 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0497  pseudouridine synthase  33.47 
 
 		 247 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.196452  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1928  pseudouridine synthase  40 
 
 		 262 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0159722  normal  0.219047 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1820  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.9 
 
 		 288 aa  140  3e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0462  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  38.24 
 
 		 256 aa  140  3e-32  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0481234  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1997  pseudouridine synthase  33.61 
 
 		 252 aa  140  3e-32  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3411  pseudouridine synthase  35.15 
 
 		 255 aa  139  4.999999999999999e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0829  pseudouridylate synthase  36.25 
 
 		 284 aa  138  1e-31  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1367  pseudouridine synthase  33.9 
 
 		 228 aa  137  1e-31  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0494  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.3 
 
 		 243 aa  137  1e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1919  pseudouridine synthase  39.17 
 
 		 256 aa  136  3.0000000000000003e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00118075 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4425  pseudouridine synthase  38.37 
 
 		 244 aa  136  3.0000000000000003e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.223617  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2095  pseudouridine synthase  38.4 
 
 		 264 aa  135  5e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.965704 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  38.24 
 
 		 253 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1688  pseudouridine synthase, Rsu  31.45 
 
 		 250 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0542  pseudouridine synthase, Rsu  32.52 
 
 		 251 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2751  RNA-binding S4 domain-containing protein  35.92 
 
 		 295 aa  134  1.9999999999999998e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1296  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.61 
 
 		 249 aa  133  1.9999999999999998e-30  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.531864  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0369  pseudouridine synthase  36.36 
 
 		 251 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.126334 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0778  pseudouridine synthase  38.36 
 
 		 234 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.132612  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  32.79 
 
 		 271 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19880  pseudouridine synthase family protein  35.83 
 
 		 263 aa  133  3e-30  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1928  pseudouridine synthase  39.42 
 
 		 306 aa  132  3.9999999999999996e-30  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.262991  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1167  RNA-binding S4 domain protein  32.63 
 
 		 228 aa  132  3.9999999999999996e-30  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3919  pseudouridine synthase  32.63 
 
 		 555 aa  132  6.999999999999999e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1089  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.81 
 
 		 290 aa  132  6.999999999999999e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.164298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  35.66 
 
 		 309 aa  131  1.0000000000000001e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1270  pseudouridine synthase  34.58 
 
 		 265 aa  131  1.0000000000000001e-29  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4420  RNA-binding S4 domain protein  33.33 
 
 		 638 aa  130  1.0000000000000001e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3744  pseudouridine synthase  37.13 
 
 		 233 aa  130  2.0000000000000002e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.212732  normal  0.0135633 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1689  pseudouridine synthase  36.59 
 
 		 379 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0924391  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3854  pseudouridine synthase  34 
 
 		 348 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.89 
 
 		 236 aa  130  3e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1709  RNA-binding S4 domain protein  31.22 
 
 		 387 aa  130  3e-29  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.397798  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1230  pseudouridine synthase  38.29 
 
 		 587 aa  130  3e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0560095  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1396  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.35 
 
 		 239 aa  130  3e-29  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.131517  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  37.82 
 
 		 556 aa  129  5.0000000000000004e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15190  pseudouridine synthase family protein  37.18 
 
 		 284 aa  129  6e-29  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0192942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0757  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.33 
 
 		 238 aa  129  6e-29  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000912353  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03894  23S rRNA pseudouridine synthase  33.06 
 
 		 290 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3975  pseudouridine synthase  33.06 
 
 		 290 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4105  pseudouridine synthase  36.07 
 
 		 260 aa  129  7.000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03854  hypothetical protein  33.06 
 
 		 290 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1096  pseudouridine synthase  37.95 
 
 		 417 aa  128  9.000000000000001e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4258  23S rRNA pseudouridine synthase F  33.06 
 
 		 290 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.520843  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  36.21 
 
 		 243 aa  128  1.0000000000000001e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4566  23S rRNA pseudouridine synthase F  34.17 
 
 		 290 aa  127  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4008  23S rRNA pseudouridine synthase F  34.17 
 
 		 290 aa  127  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.098553 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1748  23S rRNA pseudouridine synthase F  34.17 
 
 		 309 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.442205  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4483  23S rRNA pseudouridine synthase F  34.17 
 
 		 290 aa  127  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.429263 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5500  23S rRNA pseudouridine synthase F  34.17 
 
 		 290 aa  127  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1211  pseudouridine synthase  37.24 
 
 		 243 aa  127  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4525  23S rRNA pseudouridine synthase F  34.17 
 
 		 290 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1319  RNA-binding S4 domain protein  36.48 
 
 		 268 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.834019  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2455  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  35.92 
 
 		 340 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.155456  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1206  pseudouridine synthase, Rsu  37.19 
 
 		 375 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1041  pseudouridine synthase, Rsu  35.66 
 
 		 268 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0593866  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2938  23S rRNA pseudouridine synthase F  31.72 
 
 		 355 aa  127  2.0000000000000002e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.367273  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0908  23S rRNA pseudouridine synthase F  32.39 
 
 		 328 aa  127  2.0000000000000002e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.500296  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0498  RNA-binding S4 domain protein  31.53 
 
 		 472 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.03 
 
 		 251 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.22 
 
 		 240 aa  127  3e-28  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1356  pseudouridine synthase  33.84 
 
 		 254 aa  126  3e-28  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.89 
 
 		 258 aa  126  3e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1235  pseudouridine synthase  33.05 
 
 		 248 aa  127  3e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.176862  normal  0.0316242 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.76 
 
 		 237 aa  126  3e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0855  23S rRNA pseudouridine synthase F  32.39 
 
 		 332 aa  126  4.0000000000000003e-28  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.532937 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0976  pseudouridine synthase  35.29 
 
 		 694 aa  125  6e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0989035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01258  pseudouridylate synthase  34.6 
 
 		 384 aa  125  6e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1352  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  36.25 
 
 		 240 aa  125  6e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.92415  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4054  pseudouridine synthase  37.34 
 
 		 249 aa  125  6e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.51659 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2817  pseudouridine synthase  34.16 
 
 		 329 aa  125  7e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0696867  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0652  pseudouridine synthase, Rsu  40.18 
 
 		 293 aa  125  7e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0843984  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004196  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  34.18 
 
 		 385 aa  125  7e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00815873  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4604  23S rRNA pseudouridine synthase F  33.33 
 
 		 289 aa  125  8.000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0710  pseudouridine synthase  31.38 
 
 		 244 aa  125  9e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1023  pseudouridine synthase  31.78 
 
 		 233 aa  125  9e-28  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1330  pseudouridine synthase  34.33 
 
 		 282 aa  125  9e-28  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.297072 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1927  pseudouridine synthase, Rsu  38.07 
 
 		 422 aa  125  9e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.975227  normal  0.86306 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5061  pseudouridine synthase  36.1 
 
 		 259 aa  125  9e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0210858  normal  0.0392738 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  36.61 
 
 		 247 aa  125  1e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.411992  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1204  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  32.63 
 
 		 240 aa  124  1e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.501525  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1217  pseudouridine synthase, Rsu  35.32 
 
 		 296 aa  125  1e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.970304 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0763  pseudouridine synthase, Rsu  37.7 
 
 		 253 aa  125  1e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01765  RNA pseudouridine synthase family protein  33.88 
 
 		 248 aa  125  1e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00504065  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1557  pseudouridine synthase  35.78 
 
 		 252 aa  124  2e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1581  pseudouridine synthase  35.78 
 
 		 252 aa  124  2e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>