More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_0315 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_0315  pseudouridine synthase  100 
 
 		 264 aa  535  1e-151  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0401  pseudouridine synthase  73.97 
 
 		 292 aa  427  1e-119  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0213  pseudouridine synthase  74.12 
 
 		 240 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0138576 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0374  putative RNA pseudouridine synthase (Uracil hydrolyase)  61.31 
 
 		 295 aa  352  5e-96  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.458686  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0516  pseudouridine synthase  63.79 
 
 		 298 aa  347  2e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0361  pseudouridine synthase  62.38 
 
 		 300 aa  330  2e-89  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.713326  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3519  pseudouridine synthase  60.24 
 
 		 234 aa  287  1e-76  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.477125  normal  0.108825 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0311  pseudouridine synthase  59.09 
 
 		 234 aa  270  2e-71  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.148955 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0208  pseudouridine synthase  54.55 
 
 		 322 aa  268  5e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.528553  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4412  pseudouridine synthase  57.14 
 
 		 228 aa  262  4e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3409  pseudouridine synthase  55.51 
 
 		 228 aa  257  1e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.386946 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2949  pseudouridine synthase  56.28 
 
 		 239 aa  258  1e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.316024  hitchhiker  0.00664146 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2722  pseudouridine synthase  56.28 
 
 		 239 aa  256  3e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2844  pseudouridine synthase  55.69 
 
 		 249 aa  253  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.556308 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1390  pseudouridine synthase  51.36 
 
 		 255 aa  244  9.999999999999999e-64  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.371905  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5337  pseudouridine synthase  54.89 
 
 		 224 aa  241  7e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.588803  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1883  pseudouridine synthase  47.49 
 
 		 264 aa  219  3.9999999999999997e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.135329  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0164  RluA family pseudouridine synthase  40.84 
 
 		 324 aa  167  2e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2006  pseudouridine synthase  41.02 
 
 		 227 aa  166  2.9999999999999998e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.309939  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2968  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  41.3 
 
 		 224 aa  160  2e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.577134 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  38.8 
 
 		 325 aa  148  1.0000000000000001e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1376  pseudouridine synthase  39.32 
 
 		 250 aa  146  3e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0453774 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0864  pseudouridine synthase  44.62 
 
 		 224 aa  144  1e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0335511  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0447  pseudouridylate synthase  37.55 
 
 		 222 aa  144  2e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.129188  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1043  pseudouridine synthase  38.66 
 
 		 227 aa  144  2e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2102  pseudouridine synthase, RluD  36.36 
 
 		 405 aa  143  2e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0291  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.43 
 
 		 348 aa  142  8e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.503835  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.25 
 
 		 368 aa  141  9.999999999999999e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0090  pseudouridine synthase, RluA family  34.2 
 
 		 349 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.768556 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1745  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.79 
 
 		 346 aa  137  1e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1312  RluA family pseudouridine synthase  34.48 
 
 		 350 aa  135  6.0000000000000005e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0391  RluA family pseudouridine synthase  35.42 
 
 		 346 aa  135  8e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2505  RluA family pseudouridine synthase  35.06 
 
 		 346 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2083  RluA family pseudouridine synthase  35.82 
 
 		 326 aa  133  1.9999999999999998e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7124  pseudouridine synthase, RluA family  37.05 
 
 		 457 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6367  RluA family pseudouridine synthase  34.8 
 
 		 469 aa  133  3e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.129788  normal  0.347421 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0315  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.57 
 
 		 348 aa  132  6e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.458148 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4308  pseudouridine synthase, RluA family  37.3 
 
 		 323 aa  131  9e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4321  RluA family pseudouridine synthase  37.25 
 
 		 350 aa  131  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.412069 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.57 
 
 		 330 aa  131  1.0000000000000001e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.397176 
 
 
-
 
NC_004310  BR1000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.89 
 
 		 326 aa  129  5.0000000000000004e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4177  pseudouridine synthase, RluD  36.9 
 
 		 318 aa  129  5.0000000000000004e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.463318  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0624  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.01 
 
 		 354 aa  129  5.0000000000000004e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2837  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.04 
 
 		 436 aa  129  6e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0449259  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0966  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.89 
 
 		 318 aa  129  6e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.948591  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4330  pseudouridine synthase, RluA family  36.72 
 
 		 323 aa  129  7.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1658  RluA family pseudouridine synthase  38.81 
 
 		 329 aa  128  8.000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.615207  normal  0.0770781 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1648  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.51 
 
 		 327 aa  126  3e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.141846  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0790  RluA family pseudouridine synthase  34.63 
 
 		 348 aa  127  3e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.143813  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2767  RluA family pseudouridine synthase  41.36 
 
 		 330 aa  125  6e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.901259 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0354  pseudouridine synthase, RluA family  35.57 
 
 		 446 aa  125  8.000000000000001e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.115819  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  30.65 
 
 		 307 aa  125  1e-27  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0857  RluA family pseudouridine synthase  34.34 
 
 		 471 aa  124  1e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000295039 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0278  RluA family pseudouridine synthase  35.18 
 
 		 468 aa  124  1e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0322  pseudouridine synthase, RluA family  35.18 
 
 		 468 aa  124  1e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.539792  normal  0.101143 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4767  RluA family pseudouridine synthase  32.67 
 
 		 364 aa  122  5e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.305838  hitchhiker  0.0012362 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1019  RluA family pseudouridine synthase  35.97 
 
 		 330 aa  122  5e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.798058 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.15 
 
 		 330 aa  120  3e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3624  pseudouridine synthase, RluA family  33.06 
 
 		 455 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1394  pseudouridine synthase, RluD  32.93 
 
 		 412 aa  119  6e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.377241  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2086  pseudouridine synthase, RluA family  35.15 
 
 		 330 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.140778  normal  0.342789 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1884  pseudouridine synthase, RluA family  34.78 
 
 		 329 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0958449  normal  0.0260992 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0730  RluA family pseudouridine synthase  31.8 
 
 		 327 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0504919  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0056  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.02 
 
 		 339 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3557  pseudouridine synthase, RluA family  33.46 
 
 		 297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1575  pseudouridine synthase, RluD  33.19 
 
 		 411 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.286446  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2822  RluA family pseudouridine synthase  37.13 
 
 		 329 aa  117  3e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000591979  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2335  pseudouridine synthase RluD  32.23 
 
 		 453 aa  117  3e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.134936 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3403  pseudouridine synthase RluD  31.82 
 
 		 501 aa  115  5e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0666836  normal  0.0916306 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0061  pseudouridine synthase, RluA family  35.02 
 
 		 339 aa  115  5e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.41 
 
 		 322 aa  115  6e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5034  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.64 
 
 		 458 aa  115  6e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0073  pseudouridine synthase, RluA family  34.6 
 
 		 339 aa  115  6e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3623  pseudouridine synthase, RluA family  33.61 
 
 		 297 aa  115  6e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2261  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.38 
 
 		 330 aa  115  6.9999999999999995e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3067  pseudouridine synthase  36.07 
 
 		 256 aa  115  7.999999999999999e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.83 
 
 		 300 aa  115  8.999999999999998e-25  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02917  rRNA ribosomal pseudouridine synthase  32.2 
 
 		 339 aa  114  1.0000000000000001e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2566  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.64 
 
 		 329 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00643292  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1751  RluA family pseudouridine synthase  33.19 
 
 		 329 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000123206  normal  0.30128 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2197  pseudouridylate synthase  34.2 
 
 		 224 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.95 
 
 		 315 aa  114  2.0000000000000002e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109224  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2133  RluA family pseudouridine synthase  34.02 
 
 		 318 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  36.36 
 
 		 560 aa  113  3e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0906  pseudouridine synthase, RluA family  35.04 
 
 		 344 aa  113  3e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.447686  normal  0.0333397 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0971  pseudouridine synthase, RluA family  35.04 
 
 		 344 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.158596 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  32.56 
 
 		 326 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1041  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C protein  35.83 
 
 		 331 aa  112  6e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.017285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1708  RluA family pseudouridine synthase  32.77 
 
 		 329 aa  112  6e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000190104  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  33.08 
 
 		 302 aa  112  6e-24  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1711  RluA family pseudouridine synthase  32.77 
 
 		 329 aa  112  6e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000334248  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.59 
 
 		 300 aa  112  6e-24  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2656  pseudouridine synthase, RluA family  32.77 
 
 		 319 aa  112  6e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0425559  hitchhiker  0.000122586 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2404  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.64 
 
 		 329 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000151583  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2474  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.64 
 
 		 329 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0799284  normal  0.0195489 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.18 
 
 		 303 aa  111  1.0000000000000001e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.52 
 
 		 307 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  38.27 
 
 		 311 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0175  RluA family pseudouridine synthase  31.8 
 
 		 296 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.408906  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  37.76 
 
 		 311 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>