More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrub_0002 on replicon NC_013946
Organism: Meiothermus ruber DSM 1279



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013946  Mrub_0002  DNA polymerase III subunit beta  100 
 
 		 361 aa  720    Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00000320383  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0002  DNA polymerase III, beta subunit  73.64 
 
 		 366 aa  544  1e-154  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00540998  normal  0.944506 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0003  DNA polymerase III, beta subunit  48.76 
 
 		 360 aa  328  8e-89  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  unclonable  0.0000000103313  normal  1 
 
 
 
NC_011004  Rpal_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.64 
 
 		 372 aa  172  1e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.83 
 
 		 372 aa  166  4e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0730917  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.29 
 
 		 372 aa  165  1.0000000000000001e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.205747 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.56 
 
 		 372 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.120269  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.29 
 
 		 372 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3063  DNA polymerase III, beta subunit  34.04 
 
 		 367 aa  161  1e-38  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.27 
 
 		 367 aa  159  9e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.150547  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2239  DNA polymerase III subunit beta  31.03 
 
 		 373 aa  152  1e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0102545  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.56 
 
 		 372 aa  151  2e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000259068  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.56 
 
 		 372 aa  150  3e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.42 
 
 		 367 aa  150  4e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000348538  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3374  DNA polymerase III subunit beta  28.16 
 
 		 372 aa  148  1.0000000000000001e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.68 
 
 		 373 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0003  DNA polymerase III, beta subunit  29.12 
 
 		 396 aa  147  2.0000000000000003e-34  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0953  DNA polymerase III, beta subunit  27.85 
 
 		 374 aa  148  2.0000000000000003e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0686  DNA polymerase III, beta subunit  27.79 
 
 		 366 aa  148  2.0000000000000003e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0347365  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.07 
 
 		 373 aa  147  2.0000000000000003e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0861969  hitchhiker  0.000000929484 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.26 
 
 		 366 aa  147  3e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000466477  normal  0.315264 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.5 
 
 		 365 aa  146  5e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.610199  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.78 
 
 		 370 aa  146  7.0000000000000006e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.61 
 
 		 369 aa  146  7.0000000000000006e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1226  DNA polymerase III, beta subunit  28.88 
 
 		 366 aa  145  9e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.123805  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9328  DNA-directed DNA polymerase  28.65 
 
 		 365 aa  145  1e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.608924  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.32 
 
 		 398 aa  144  2e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.298765  normal  0.252015 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0826  DNA polymerase III subunit beta  29.35 
 
 		 398 aa  144  2e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.16 
 
 		 372 aa  144  2e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000275643  normal  0.722211 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0003  DNA polymerase III subunit beta  30.13 
 
 		 373 aa  144  3e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.174848  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.38 
 
 		 380 aa  143  5e-33  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.376275  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0662  DNA polymerase III, beta subunit  27.25 
 
 		 366 aa  143  5e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000326321  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.08 
 
 		 372 aa  142  8e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0003  DNA polymerase III subunit beta  29.6 
 
 		 373 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.991791  normal  0.512948 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.6 
 
 		 373 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.969312  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0002  DNA polymerase III subunit beta  27.93 
 
 		 372 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.34 
 
 		 373 aa  140  3e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0823829  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1437  DNA polymerase III subunit beta  28 
 
 		 374 aa  140  3e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.6 
 
 		 372 aa  140  3e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3032  DNA polymerase III, beta subunit  29.08 
 
 		 366 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0002  DNA-directed DNA polymerase  27.89 
 
 		 379 aa  140  4.999999999999999e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000640008  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2834  DNA polymerase III subunit beta  28.15 
 
 		 372 aa  139  7e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0004  DNA polymerase III subunit beta  29.33 
 
 		 372 aa  139  8.999999999999999e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000114385  unclonable  5.12755e-25 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.4 
 
 		 376 aa  139  8.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.13 
 
 		 408 aa  138  1e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0010  DNA polymerase III subunit beta  28.14 
 
 		 398 aa  137  2e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.716793  normal  0.123554 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.14 
 
 		 398 aa  138  2e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.042032 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.14 
 
 		 398 aa  137  2e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.86 
 
 		 376 aa  137  2e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1227  DNA polymerase III, beta subunit  26.26 
 
 		 378 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000128167  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0749  DNA polymerase III, beta subunit  27.15 
 
 		 377 aa  137  3.0000000000000003e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00160623  normal  0.0661529 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0002  DNA polymerase sliding clamp subunit  26.53 
 
 		 376 aa  137  4e-31  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000188302  unclonable  1.4129e-28 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.15 
 
 		 374 aa  136  5e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.017071  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.89 
 
 		 372 aa  136  7.000000000000001e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.474691  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1009  DNA polymerase III, beta subunit  26.26 
 
 		 378 aa  135  7.000000000000001e-31  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.0000000000512645  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3047  DNA polymerase III subunit beta  27.69 
 
 		 371 aa  135  8e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.579013  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0002  DNA polymerase III subunit beta  28 
 
 		 374 aa  135  1.9999999999999998e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.73 
 
 		 368 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000101704  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0993  DNA polymerase III, beta subunit  24.87 
 
 		 376 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.23 
 
 		 366 aa  134  1.9999999999999998e-30  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0811992  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1036  DNA polymerase III, beta subunit  25.46 
 
 		 378 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000328779  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.23 
 
 		 366 aa  134  1.9999999999999998e-30  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0011847  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.27 
 
 		 388 aa  134  1.9999999999999998e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0002  DNA-directed DNA polymerase  27.51 
 
 		 409 aa  134  3e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0535  DNA polymerase III, beta subunit  29.49 
 
 		 366 aa  133  3.9999999999999996e-30  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.23 
 
 		 378 aa  133  3.9999999999999996e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0259305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0002  DNA-directed DNA polymerase  27.61 
 
 		 367 aa  132  6.999999999999999e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3543  DNA polymerase III subunit beta  26.54 
 
 		 372 aa  132  6.999999999999999e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.99 
 
 		 378 aa  132  6.999999999999999e-30  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.9 
 
 		 408 aa  132  7.999999999999999e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0002  DNA polymerase III subunit beta  25.6 
 
 		 378 aa  132  9e-30  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.73 
 
 		 372 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0618208  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.95 
 
 		 367 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.53 
 
 		 366 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000158001  unclonable  0.00000341195 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4406  DNA polymerase III, beta subunit  27.63 
 
 		 377 aa  131  2.0000000000000002e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.150139  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.63 
 
 		 366 aa  131  2.0000000000000002e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.039801  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3705  DNA polymerase III subunit beta  27.08 
 
 		 372 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0432616 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4329  DNA polymerase III subunit beta  26.54 
 
 		 372 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.34 
 
 		 366 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000267756  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.72 
 
 		 366 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000136085  unclonable  0.00000000917615 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2552  DNA polymerase III subunit beta  23.42 
 
 		 377 aa  130  3e-29  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0587336  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1551  DNA polymerase III, beta subunit  22.87 
 
 		 367 aa  130  3e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.422589  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.01 
 
 		 375 aa  130  3e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00020  DNA polymerase III subunit beta  26.43 
 
 		 367 aa  130  3e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.07 
 
 		 367 aa  130  4.0000000000000003e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.226085  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.49 
 
 		 367 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000396971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.43 
 
 		 367 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0011  DNA polymerase III subunit beta  27.35 
 
 		 367 aa  129  6e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.12322  hitchhiker  0.00002839 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.46 
 
 		 372 aa  129  6e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00020  DNA polymerase III, beta subunit  28.5 
 
 		 374 aa  129  6e-29  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.218776  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.35 
 
 		 367 aa  129  6e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.123405  normal  0.0743731 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0815  DNA polymerase III, beta subunit  23.77 
 
 		 375 aa  129  7.000000000000001e-29  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  unclonable  0.000000015774  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2506  DNA polymerase III subunit beta  26.76 
 
 		 366 aa  129  7.000000000000001e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000126636  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00003  DNA polymerase III, beta subunit  26.56 
 
 		 366 aa  129  8.000000000000001e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000112219  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.45 
 
 		 366 aa  129  9.000000000000001e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.279408  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.45 
 
 		 366 aa  129  9.000000000000001e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.316057  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.08 
 
 		 367 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.121469  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.05 
 
 		 389 aa  128  1.0000000000000001e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.105928  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.28 
 
 		 381 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000678483  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0351  DNA polymerase III subunit beta  27.27 
 
 		 412 aa  128  1.0000000000000001e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>