More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swol_0002 on replicon NC_008346
Organism: Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008346  Swol_0002  DNA-directed DNA polymerase  100 
 
 		 409 aa  830    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35 
 
 		 365 aa  211  1e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.610199  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.7 
 
 		 367 aa  205  1e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.150547  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.09 
 
 		 367 aa  181  2e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.226085  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.09 
 
 		 378 aa  176  9e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000167002  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.89 
 
 		 370 aa  174  1.9999999999999998e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000729086  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1551  DNA polymerase III, beta subunit  31.58 
 
 		 367 aa  170  3e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.422589  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0816  DNA polymerase III, beta subunit  31.05 
 
 		 366 aa  170  4e-41  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.731986  normal  0.187979 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0003  DNA polymerase III subunit beta  29.06 
 
 		 373 aa  169  9e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.174848  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.27 
 
 		 373 aa  169  1e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.969312  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.39 
 
 		 372 aa  168  2e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.74 
 
 		 373 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.66 
 
 		 372 aa  167  2.9999999999999998e-40  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.205747 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0003  DNA polymerase III subunit beta  29.02 
 
 		 373 aa  167  4e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.991791  normal  0.512948 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0003  DNA polymerase III, beta subunit  28.42 
 
 		 374 aa  166  5e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00459981  hitchhiker  0.00000116577 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00020  DNA polymerase III, beta subunit  30.16 
 
 		 367 aa  166  6.9999999999999995e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0002  DNA polymerase III subunit beta  29.02 
 
 		 379 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0872061  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.01 
 
 		 373 aa  165  1.0000000000000001e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0861969  hitchhiker  0.000000929484 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.91 
 
 		 372 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0002  DNA polymerase III subunit beta  28.87 
 
 		 381 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000341772  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5318  DNA polymerase III subunit beta  28.87 
 
 		 381 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.00172021  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.02 
 
 		 379 aa  164  3e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0173994  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.97 
 
 		 381 aa  164  3e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000678483  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.49 
 
 		 373 aa  164  3e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0823829  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0002  DNA polymerase III subunit beta  29.02 
 
 		 379 aa  164  3e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000820509  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.93 
 
 		 389 aa  163  5.0000000000000005e-39  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.105928  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.76 
 
 		 379 aa  162  7e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00656712  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.76 
 
 		 379 aa  162  7e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.478099 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2239  DNA polymerase III subunit beta  28.5 
 
 		 373 aa  162  8.000000000000001e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0102545  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4229  DNA polymerase III subunit beta  29.02 
 
 		 366 aa  161  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.79 
 
 		 378 aa  161  2e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4171  DNA polymerase III subunit beta  29.02 
 
 		 366 aa  161  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.264257  normal  0.345578 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.29 
 
 		 366 aa  161  2e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.279408  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.29 
 
 		 366 aa  161  2e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.316057  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4122  DNA polymerase III subunit beta  29.02 
 
 		 366 aa  161  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.381174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4065  DNA polymerase III subunit beta  29.02 
 
 		 366 aa  161  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00365243  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.84 
 
 		 381 aa  160  3e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.82 
 
 		 372 aa  160  3e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.120269  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.08 
 
 		 372 aa  160  3e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0730917  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.46 
 
 		 372 aa  160  3e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.142435  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4049  DNA polymerase III subunit beta  29.02 
 
 		 366 aa  160  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.22368  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03584  DNA polymerase III subunit beta  28.84 
 
 		 366 aa  160  5e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.120571  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.84 
 
 		 366 aa  160  5e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000276402  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4224  DNA polymerase III subunit beta  28.84 
 
 		 366 aa  160  5e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000133889  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0002  DNA polymerase III subunit beta  28.5 
 
 		 379 aa  160  5e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.341639  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3914  DNA polymerase III subunit beta  28.84 
 
 		 366 aa  160  5e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000199842  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4066  DNA polymerase III subunit beta  28.84 
 
 		 366 aa  160  5e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0145467  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4211  DNA polymerase III subunit beta  28.84 
 
 		 366 aa  160  5e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000853421  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03528  hypothetical protein  28.84 
 
 		 366 aa  160  5e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0779462  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5129  DNA polymerase III subunit beta  28.84 
 
 		 366 aa  160  5e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000402669  normal  0.135624 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.5 
 
 		 379 aa  160  5e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0132884  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.84 
 
 		 366 aa  160  5e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0647653  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2372  DNA polymerase III subunit beta  28.84 
 
 		 366 aa  159  8e-38  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.5 
 
 		 372 aa  158  2e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4329  DNA polymerase III subunit beta  27.46 
 
 		 372 aa  157  4e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2460  DNA polymerase III subunit beta  27.91 
 
 		 376 aa  156  6e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000810658  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.91 
 
 		 397 aa  156  6e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00789927  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3543  DNA polymerase III subunit beta  28.05 
 
 		 372 aa  156  8e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.57 
 
 		 366 aa  155  9e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000143561  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.94 
 
 		 380 aa  155  1e-36  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4152  DNA polymerase III subunit beta  30.26 
 
 		 366 aa  155  1e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000517824  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.26 
 
 		 366 aa  155  1e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.020055  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4176  DNA polymerase III subunit beta  30.26 
 
 		 366 aa  155  1e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000208549  normal  0.014688 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.08 
 
 		 372 aa  154  2e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0002  DNA polymerase III subunit beta  27.65 
 
 		 397 aa  155  2e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.41342  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2795  DNA polymerase III subunit beta  28.16 
 
 		 370 aa  155  2e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.924667  normal  0.594035 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.53 
 
 		 372 aa  154  2e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000259068  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2699  DNA polymerase III subunit beta  28.94 
 
 		 376 aa  155  2e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000020623 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2499  DNA polymerase III subunit beta  28.42 
 
 		 376 aa  154  2.9999999999999998e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000103767  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2430  DNA polymerase III subunit beta  27.91 
 
 		 376 aa  154  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000841235  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2684  DNA polymerase III subunit beta  28.42 
 
 		 376 aa  154  2.9999999999999998e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0993  DNA polymerase III, beta subunit  28.8 
 
 		 376 aa  154  2.9999999999999998e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0002  DNA polymerase sliding clamp subunit  29.58 
 
 		 376 aa  154  4e-36  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000188302  unclonable  1.4129e-28 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.97 
 
 		 366 aa  152  7e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00825161  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.68 
 
 		 366 aa  153  7e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00514307  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1009  DNA polymerase III, beta subunit  30.03 
 
 		 378 aa  152  8e-36  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.0000000000512645  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0708  DNA polymerase III subunit beta  28.87 
 
 		 371 aa  152  8e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.147601  normal  0.843721 
 
 
-
 
NC_002936  DET1227  DNA polymerase III, beta subunit  30.29 
 
 		 378 aa  152  1e-35  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000128167  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.42 
 
 		 366 aa  152  1e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000790466  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.92 
 
 		 370 aa  152  1e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2082  DNA polymerase IF1 subunit beta  31.97 
 
 		 382 aa  151  2e-35  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0161872  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0132  DNA polymerase III, beta subunit  29.5 
 
 		 370 aa  151  2e-35  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0954051  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.82 
 
 		 372 aa  151  2e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000275643  normal  0.722211 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1429  DNA polymerase III subunit beta  28.65 
 
 		 375 aa  151  3e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.314703  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4592  DNA polymerase III subunit beta  27.2 
 
 		 372 aa  150  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0352599 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0351  DNA polymerase III subunit beta  26.63 
 
 		 412 aa  150  3e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.35 
 
 		 369 aa  150  3e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2750  DNA polymerase III subunit beta  28.42 
 
 		 376 aa  150  4e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000190996  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.93 
 
 		 367 aa  150  4e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000905958  normal  0.127223 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.02 
 
 		 367 aa  150  5e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000348538  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2456  DNA polymerase III subunit beta  27.84 
 
 		 376 aa  150  6e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0115889  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.72 
 
 		 366 aa  149  7e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.161415  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0033  DNA polymerase III subunit beta  28.12 
 
 		 366 aa  149  7e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000234864  normal  0.233091 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3047  DNA polymerase III subunit beta  27.34 
 
 		 371 aa  149  8e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.579013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0004  DNA polymerase III subunit beta  27.62 
 
 		 385 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.638398  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.56 
 
 		 372 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.38 
 
 		 366 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000200886  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.12 
 
 		 366 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000544098  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2604  DNA polymerase III subunit beta  27.88 
 
 		 376 aa  148  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.756021  hitchhiker  0.0000491978 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.36 
 
 		 376 aa  148  2.0000000000000003e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>