87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_1024 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_1024  DNA polymerase III subunit delta  100 
 
 		 342 aa  664    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1406  DNA polymerase III subunit delta  84.21 
 
 		 342 aa  545  1e-154  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.242045 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1652  DNA polymerase III subunit delta  72.43 
 
 		 343 aa  488  1e-137  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.884155 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1587  DNA polymerase III subunit delta  70.97 
 
 		 343 aa  480  1e-134  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0083136 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1866  DNA polymerase III subunit delta  70.97 
 
 		 343 aa  478  1e-134  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0971828 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4096  DNA polymerase III subunit delta  68.42 
 
 		 345 aa  433  1e-120  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.327315  normal  0.0146653 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1448  DNA polymerase III subunit delta  46.65 
 
 		 342 aa  266  4e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0093  DNA polymerase III subunit delta  45.8 
 
 		 342 aa  261  1e-68  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.194892 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0169  DNA polymerase III subunit delta  44.9 
 
 		 342 aa  254  2.0000000000000002e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0100  DNA polymerase III subunit delta  44.9 
 
 		 342 aa  251  1e-65  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.427702  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0286  DNA polymerase III subunit delta  43.73 
 
 		 342 aa  249  5e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0387  DNA polymerase III subunit delta  43.31 
 
 		 342 aa  248  1e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.252909  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0292  DNA polymerase III subunit delta  42.61 
 
 		 343 aa  242  7e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.259297  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0434  DNA polymerase III subunit delta  42.57 
 
 		 342 aa  236  4e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3317  DNA polymerase III subunit delta  42.03 
 
 		 345 aa  229  4e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2057  DNA polymerase III subunit delta  38.62 
 
 		 347 aa  226  3e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0863  DNA polymerase III subunit delta  38.62 
 
 		 347 aa  226  4e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0339  DNA polymerase III, delta subunit  42.27 
 
 		 338 aa  224  1e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00729017 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1977  DNA polymerase III subunit delta  38.33 
 
 		 388 aa  223  4e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.286095  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0222  DNA polymerase III, delta subunit  42.06 
 
 		 340 aa  218  1e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.730888  normal  0.129327 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4252  DNA polymerase III subunit delta  37.25 
 
 		 346 aa  200  3e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.400931 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3200  DNA polymerase III subunit delta  36.71 
 
 		 343 aa  199  5e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3926  DNA polymerase III subunit delta  37.54 
 
 		 346 aa  199  7e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.455818 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0050  DNA polymerase III subunit delta  37.33 
 
 		 347 aa  196  7e-49  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4384  DNA polymerase III subunit delta  34.01 
 
 		 347 aa  187  2e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3629  DNA polymerase III subunit delta  36.86 
 
 		 342 aa  169  6e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.628858  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2959  DNA polymerase III, delta subunit  34.53 
 
 		 350 aa  150  2e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2048  DNA polymerase III subunit delta  37.35 
 
 		 334 aa  136  7.000000000000001e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.296688  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1278  DNA polymerase III subunit delta  35.37 
 
 		 347 aa  134  3e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0639  DNA polymerase III subunit delta  35.64 
 
 		 337 aa  130  4.0000000000000003e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.858672 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2850  DNA polymerase III, delta subunit  31.41 
 
 		 340 aa  99.8  7e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.160345  normal  0.104898 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0043  DNA polymerase III, delta subunit  29.51 
 
 		 342 aa  99  1e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.302173 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5028  DNA polymerase III subunit delta  28.48 
 
 		 350 aa  88.2  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.726212 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0077  DNA polymerase III, delta subunit  19.41 
 
 		 334 aa  82  0.00000000000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0055  DNA polymerase III, delta subunit  28.28 
 
 		 341 aa  75.5  0.000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000100325 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0126  hypothetical protein  23.08 
 
 		 334 aa  75.5  0.000000000001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3018  DNA polymerase III, delta subunit  29.75 
 
 		 343 aa  73.9  0.000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2767  DNA polymerase III, delta subunit  28.13 
 
 		 342 aa  72.4  0.00000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0409  DNA polymerase III, delta subunit  28.23 
 
 		 343 aa  68.2  0.0000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4959  DNA polymerase III subunit delta  29.91 
 
 		 345 aa  67.8  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.67916 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2496  DNA polymerase III, delta  27.22 
 
 		 330 aa  66.2  0.0000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.776259 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4671  DNA polymerase III subunit delta  28 
 
 		 345 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0838  DNA polymerase III, delta subunit  27.22 
 
 		 330 aa  65.5  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4796  DNA polymerase III subunit delta  28 
 
 		 345 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.306681 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4849  DNA polymerase III subunit delta  28 
 
 		 351 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1564  DNA polymerase III, delta subunit  24.54 
 
 		 340 aa  65.1  0.000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3137  DNA polymerase III, delta  27.91 
 
 		 330 aa  64.3  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.226338  hitchhiker  0.0000037205 
 
 
-
 
NC_002978  WD0364  hypothetical protein  20.36 
 
 		 330 aa  63.2  0.000000006  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3379  DNA polymerase III, delta subunit  27.1 
 
 		 346 aa  62.4  0.00000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.126679  normal  0.707778 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0625  DNA polymerase III subunit delta  29.15 
 
 		 351 aa  60.8  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3788  DNA polymerase III subunit delta  29.41 
 
 		 342 aa  60.1  0.00000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.350473  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4354  DNA polymerase III subunit delta  30.2 
 
 		 345 aa  60.1  0.00000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0755  DNA polymerase III, delta subunit  24.92 
 
 		 329 aa  58.9  0.0000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00516911  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0770  DNA polymerase III, delta subunit  24.77 
 
 		 329 aa  58.9  0.0000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3217  DNA polymerase III, delta subunit  24.92 
 
 		 340 aa  58.2  0.0000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4814  DNA polymerase III, delta subunit  29.21 
 
 		 345 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.664461  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0703  DNA polymerase III, delta subunit  22.02 
 
 		 344 aa  55.1  0.000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000446236  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1119  DNA polymerase III subunit delta  28 
 
 		 345 aa  54.3  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.774232  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2931  DNA polymerase III, delta subunit  22.07 
 
 		 343 aa  54.3  0.000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.118412  decreased coverage  0.00725914 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12200  DNA polymerase III subunit delta  28 
 
 		 345 aa  54.3  0.000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.754313  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3132  DNA polymerase III, delta subunit  22.49 
 
 		 331 aa  53.5  0.000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000219361  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0402  DNA polymerase III, delta subunit  29.12 
 
 		 338 aa  52  0.00001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.745977  normal  0.62254 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3310  DNA polymerase III subunit delta  27.94 
 
 		 348 aa  51.6  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0143934 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1733  DNA polymerase III, delta subunit  25.26 
 
 		 338 aa  50.8  0.00003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12890  DNA polymerase III, delta subunit  24.22 
 
 		 337 aa  50.8  0.00003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  6.02263e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2277  DNA-directed DNA polymerase  27.12 
 
 		 344 aa  51.2  0.00003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2443  DNA polymerase III, delta subunit  30.34 
 
 		 344 aa  50.4  0.00004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2298  DNA polymerase III, delta subunit  24.32 
 
 		 334 aa  50.4  0.00005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0132973  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3192  DNA polymerase III, delta subunit  27.13 
 
 		 354 aa  49.3  0.0001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000207223  normal  0.0841532 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2346  DNA polymerase III subunit delta  29.47 
 
 		 352 aa  47.8  0.0002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.21014  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3075  DNA polymerase III, delta subunit  25.42 
 
 		 315 aa  48.1  0.0002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000036033  hitchhiker  0.00284668 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2663  DNA polymerase III, delta subunit  25 
 
 		 344 aa  46.2  0.0008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.193878  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3591  DNA polymerase III, delta subunit  23.92 
 
 		 328 aa  45.8  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.490351  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08980  DNA polymerase III subunit delta  30.2 
 
 		 346 aa  45.4  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0881789  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01661  putative DNA polymerase III, delta subunit, probably ATP hydrolase  21.32 
 
 		 320 aa  45.4  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000516884  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00831  DNA polymerase III subunit delta  33.91 
 
 		 336 aa  45.4  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0698432 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3481  DNA-directed DNA polymerase  19.62 
 
 		 346 aa  45.4  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000216936  unclonable  0.0000000000757173 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2207  DNA polymerase III, delta subunit, putative  25.41 
 
 		 337 aa  45.4  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2917  DNA polymerase III, delta subunit  23.37 
 
 		 342 aa  45.4  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0743  DNA polymerase III, delta subunit  32.08 
 
 		 324 aa  45.4  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0513  DNA polymerase III, delta subunit  28.66 
 
 		 338 aa  45.1  0.002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2356  DNA polymerase III, delta subunit  39.39 
 
 		 374 aa  45.1  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.855853 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0767  DNA polymerase III, delta subunit  32.08 
 
 		 324 aa  45.4  0.002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.844156  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2110  DNA polymerase III, delta subunit  25.28 
 
 		 336 aa  43.9  0.004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2143  DNA polymerase III, delta subunit  29.85 
 
 		 334 aa  43.9  0.004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10260  DNA polymerase III, delta subunit  23.1 
 
 		 327 aa  43.5  0.006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00535946  hitchhiker  0.0000000366409 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2297  phosphoglucomutase  27.59 
 
 		 552 aa  42.7  0.009  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0327545 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>