More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_1117 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_1267  signal transduction histidine kinase  99.2 
 
 		 500 aa  1013    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1117  PAS sensor protein  100 
 
 		 500 aa  1020    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0798  PAS sensor protein  70.91 
 
 		 624 aa  481  1e-134  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6450  signal transduction histidine kinase  63.17 
 
 		 635 aa  426  1e-118  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0108  PAS sensor protein  60.44 
 
 		 620 aa  390  1e-107  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4799  signal transduction histidine kinase  60.44 
 
 		 620 aa  390  1e-107  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2379  signal transduction histidine kinase  52.66 
 
 		 655 aa  381  1e-104  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2103  PAS sensor protein  52.41 
 
 		 655 aa  379  1e-104  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365518 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2055  signal transduction histidine kinase  50 
 
 		 655 aa  375  1e-103  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.429948  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4235  signal transduction histidine kinase  53.39 
 
 		 496 aa  330  4e-89  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.942064  normal  0.0449527 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0876  signal transduction histidine kinase  53.92 
 
 		 1132 aa  325  1e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.61927  normal  0.464028 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0915  PAS sensor protein  54.22 
 
 		 1132 aa  325  2e-87  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.476466  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0851  signal transduction histidine kinase  46 
 
 		 1124 aa  318  1e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.596817 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6264  MCP methyltransferase/methylesterase, CheR/CheB with PAS/PAC sensor  50.75 
 
 		 1163 aa  307  3e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2364  signal transduction histidine kinase  50.31 
 
 		 633 aa  295  2e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.932865  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5219  signal transduction histidine kinase  37.42 
 
 		 512 aa  266  5.999999999999999e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.673975 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3974  signal transduction histidine kinase  45.07 
 
 		 635 aa  260  4e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0272817 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3000  signal transduction histidine kinase  44.97 
 
 		 495 aa  248  2e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.262442 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0288  signal transduction histidine kinase  33.05 
 
 		 514 aa  226  7e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.328365  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6262  sensor histidine kinase  42.86 
 
 		 1202 aa  226  7e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0163021  normal  0.538502 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4368  signal transduction histidine kinase  44.67 
 
 		 934 aa  225  1e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.523014 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7977  signal transduction histidine kinase  38.08 
 
 		 1039 aa  223  8e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4265  signal transduction histidine kinase  44.82 
 
 		 930 aa  222  9.999999999999999e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.588648  normal  0.462436 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5228  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.38 
 
 		 1224 aa  222  9.999999999999999e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3897  PAS sensor protein  44.48 
 
 		 930 aa  221  3e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.240133 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5794  signal transduction histidine kinase  40.79 
 
 		 717 aa  213  7e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.63151  normal  0.343732 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2344  signal transduction histidine kinase  33.82 
 
 		 500 aa  210  5e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00211814  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1297  MCP methyltransferase/methylesterase, CheR/CheB with PAS/PAC sensor  41.28 
 
 		 1168 aa  208  2e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2072  signal transduction histidine kinase  58.56 
 
 		 829 aa  202  9.999999999999999e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5220  putative GAF sensor protein  61.11 
 
 		 182 aa  196  1e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.583285  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3105  PAS sensor protein  33.84 
 
 		 728 aa  194  3e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3834  signal transduction histidine kinase  33.84 
 
 		 728 aa  193  5e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.284621 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6181  signal transduction histidine kinase  58.64 
 
 		 1191 aa  193  6e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.299797 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0094  signal transduction histidine kinase  58.49 
 
 		 929 aa  191  2e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3662  alcohol dehydrogenase  33.54 
 
 		 733 aa  189  1e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.899908  normal  0.588935 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0825  signal transduction histidine kinase  33.96 
 
 		 455 aa  188  2e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.111815  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2985  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  53.51 
 
 		 321 aa  187  3e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.369432  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2666  signal transduction histidine kinase  34.47 
 
 		 446 aa  184  4.0000000000000006e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.653198  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0118  HWE histidine kinase  56.05 
 
 		 538 aa  184  4.0000000000000006e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5237  MCP methyltransferase/methylesterase, CheR/CheB with PAS/PAC sensor  38.71 
 
 		 1324 aa  180  5.999999999999999e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.395635 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4535  putative GAF sensor protein  47.24 
 
 		 251 aa  179  7e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4542  PAS sensor protein  34.87 
 
 		 1096 aa  177  3e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.220973  normal  0.0899725 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5002  signal transduction histidine kinase  35.24 
 
 		 1096 aa  177  4e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0655  multi-sensor hybrid histidine kinase  57.96 
 
 		 864 aa  177  5e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5055  signal transduction histidine kinase  35.24 
 
 		 1111 aa  176  9.999999999999999e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.372822  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5586  signal transduction histidine kinase  51.72 
 
 		 390 aa  173  5.999999999999999e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1213  signal transduction histidine kinase  31.71 
 
 		 603 aa  173  6.999999999999999e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4215  signal transduction histidine kinase  35.91 
 
 		 582 aa  172  9e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0433147 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3048  signal transduction histidine kinase  37.91 
 
 		 1001 aa  171  3e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.143163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4271  histidine kinase  34.1 
 
 		 692 aa  169  1e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.305016  normal  0.0625064 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02127  sensor histidine kinase  51.41 
 
 		 398 aa  168  2e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.147572  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1643  diguanylate cyclase with GAF sensor  49.73 
 
 		 506 aa  168  2e-40  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.65001 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4387  multi-sensor hybrid histidine kinase  50 
 
 		 946 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1984  signal transduction histidine kinase  31.66 
 
 		 713 aa  168  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0079  signal transduction histidine kinase  32.73 
 
 		 639 aa  167  2.9999999999999998e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.464916 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3496  hypothetical protein  34.73 
 
 		 497 aa  167  4e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.676733  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1130  signal transduction histidine kinase  43.75 
 
 		 1002 aa  166  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.039296  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5599  signal transduction histidine kinase  50.28 
 
 		 389 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7959  signal transduction histidine kinase  47.75 
 
 		 416 aa  165  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03205  histidine kinase response regulator hybrid protein  49.43 
 
 		 542 aa  165  2.0000000000000002e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.132161  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1392  putative sensory transduction histidine kinase  50.31 
 
 		 401 aa  163  7e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5539  signal transduction histidine kinase  34.44 
 
 		 677 aa  161  2e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3626  signal transduction histidine kinase  33.64 
 
 		 792 aa  160  6e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0746201  normal  0.0102319 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  48.6 
 
 		 343 aa  159  8e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5198  putative PAS/PAC sensor protein  34.89 
 
 		 694 aa  159  1e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0172  signal transduction histidine kinase  42.22 
 
 		 897 aa  157  3e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1564  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.77 
 
 		 1550 aa  157  5.0000000000000005e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.047002  normal  0.324166 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1881  PAS sensor protein  33.83 
 
 		 872 aa  156  1e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2022  PAS sensor protein  30.18 
 
 		 717 aa  155  2e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.620506 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2299  signal transduction histidine kinase  30.18 
 
 		 713 aa  155  2e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.924903  normal  0.101705 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0621  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.93 
 
 		 1309 aa  154  2.9999999999999998e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.288255 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0961  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  50.96 
 
 		 465 aa  154  2.9999999999999998e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2109  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.23 
 
 		 599 aa  153  7e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.161845  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0063  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.5 
 
 		 837 aa  153  8e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  44.2 
 
 		 367 aa  152  2e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1350  signal transduction histidine kinase  43.56 
 
 		 1016 aa  150  4e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.597121 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1190  PAS sensor protein  43.11 
 
 		 1041 aa  150  4e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0314947 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3329  PAS:GGDEF  37.33 
 
 		 732 aa  148  3e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00020555 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15571  GAF domain-containing protein  46.79 
 
 		 249 aa  147  4.0000000000000006e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0414818  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1466  GAF domain-containing protein  46.79 
 
 		 249 aa  147  5e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.105134  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3858  PAS sensor protein  32.82 
 
 		 797 aa  147  5e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1677  signal transduction histidine kinase  34.43 
 
 		 840 aa  147  5e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15351  GAF domain-containing protein  42.46 
 
 		 238 aa  146  7.0000000000000006e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.581628  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3060  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  48.07 
 
 		 442 aa  145  1e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0428  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.39 
 
 		 943 aa  146  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.94781  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15721  GAF domain-containing protein  46.79 
 
 		 249 aa  145  1e-33  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3331  signal transduction histidine kinase  30.86 
 
 		 503 aa  145  2e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1946  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.13 
 
 		 722 aa  145  2e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.146362  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4345  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 890 aa  145  2e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.5665  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2090  signal transduction histidine kinase  34.91 
 
 		 372 aa  145  2e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.893944 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2310  sensor histidine kinase/GAF domain-containing protein  45.22 
 
 		 400 aa  143  6e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.40578 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4251  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.97 
 
 		 603 aa  143  8e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04155  Putative signal protein with GAF,PAS(PAC) and GGDEF domains  32.25 
 
 		 874 aa  142  9.999999999999999e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.581833  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0965  signal transduction histidine kinase  32.65 
 
 		 850 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3195  sensor histidine kinase  48.48 
 
 		 438 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.211172  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2833  signal transduction histidine kinase  31.53 
 
 		 738 aa  141  3e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2149  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.47 
 
 		 680 aa  140  3.9999999999999997e-32  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2169  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.86 
 
 		 722 aa  140  4.999999999999999e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0648584  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2182  signal transduction histidine kinase  34.84 
 
 		 528 aa  140  7.999999999999999e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4119  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.39 
 
 		 1331 aa  139  8.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>