More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_03220 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_03220  Transcriptional regulator  100 
 
 		 347 aa  721    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  43.84 
 
 		 309 aa  258  8e-68  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 333 aa  191  1e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0925  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 323 aa  188  1e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  33.89 
 
 		 323 aa  184  1.0000000000000001e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 323 aa  183  3e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0112  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 319 aa  179  7e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2696  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 322 aa  178  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 342 aa  176  4e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0100  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 318 aa  172  6.999999999999999e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183121  normal  0.148828 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0145  transcriptional regulator, LysR family  31.86 
 
 		 326 aa  168  1e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3947  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 321 aa  166  5.9999999999999996e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0144  transcription regulator protein  36.92 
 
 		 321 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 334 aa  157  2e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 308 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 307 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 301 aa  153  4e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 308 aa  153  5e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 308 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 311 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0017  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 301 aa  152  8.999999999999999e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3517  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 308 aa  152  1e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.147017 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 314 aa  151  2e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4870  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 313 aa  150  3e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.42222  normal  0.01712 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3381  transcriptional regulator, LysR family  32.85 
 
 		 305 aa  150  3e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.750017  normal  0.450038 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  30.51 
 
 		 309 aa  150  3e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.77 
 
 		 309 aa  150  4e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2746  transcriptional regulator MexT  32.88 
 
 		 304 aa  149  7e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32410  transcriptional regulator MexT  32.88 
 
 		 304 aa  149  7e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.282605  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 295 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 310 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  29.15 
 
 		 310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  30.07 
 
 		 300 aa  147  3e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2183  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 304 aa  147  3e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.573437  normal  0.0364497 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 313 aa  147  3e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 332 aa  147  3e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 300 aa  146  5e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 300 aa  146  5e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2956  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 304 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.801513 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3040  transcriptional regulator, LysR family  32.64 
 
 		 304 aa  145  1e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.120446  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2913  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.64 
 
 		 304 aa  145  1e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0160728 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 315 aa  144  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2826  transcriptional regulator MexT  31.6 
 
 		 304 aa  144  3e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2978  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 304 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0300552 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  32.75 
 
 		 298 aa  143  3e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  30.21 
 
 		 310 aa  143  4e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2863  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 304 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1894  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 297 aa  142  6e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0904  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 297 aa  142  6e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.427435  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1710  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 297 aa  142  6e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1192  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 297 aa  142  6e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5270  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 315 aa  142  6e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.444493  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3501  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 301 aa  143  6e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.356591  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2167  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 297 aa  142  6e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.229693  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.22 
 
 		 300 aa  142  8e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4165  transcriptional regulator  32.86 
 
 		 297 aa  142  9e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.548504  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0352  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 297 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0260  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 297 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.184545  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  32.77 
 
 		 314 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  32.77 
 
 		 314 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 297 aa  140  3e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2045  transcriptional regulator, LysR family  34.17 
 
 		 297 aa  140  3e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4334  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 301 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.106421  normal  0.740204 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 332 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3034  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 301 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0386168  normal  0.816732 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5015  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 301 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.305612  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5845  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 301 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.151621  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6199  transcriptional regulator, LysR family  30.39 
 
 		 308 aa  140  3.9999999999999997e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.2151  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2666  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 304 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.380766 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5308  transcriptional regulator, LysR family  31.21 
 
 		 317 aa  139  4.999999999999999e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.459598  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2201  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 300 aa  139  6e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00946947 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 312 aa  139  7.999999999999999e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4016  transcriptional regulator, LysR family  31.16 
 
 		 297 aa  138  1e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.393902  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 331 aa  138  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3902  transcriptional regulator, LysR family  31.16 
 
 		 297 aa  138  1e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.981327 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3222  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 301 aa  138  1e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5082  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 301 aa  138  1e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 301 aa  138  2e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0902  transcriptional regulator, LysR family  30.59 
 
 		 321 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 314 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 309 aa  136  4e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2704  transcriptional regulator, LysR family  28.76 
 
 		 323 aa  136  4e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.613515 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2417  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 306 aa  137  4e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000194873  normal  0.0826267 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 432 aa  136  4e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64780  putative transcriptional regulator  29.41 
 
 		 298 aa  137  4e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.166653  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 317 aa  136  5e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3800  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 307 aa  136  5e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0503398 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3724  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 307 aa  136  5e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.153047 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4563  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 307 aa  136  5e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.340631  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1383  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 308 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 312 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.487782 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 298 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3766  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 297 aa  135  8e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.536746  normal  0.203175 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4597  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 297 aa  135  8e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 313 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4833  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 308 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.939705 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  30.63 
 
 		 300 aa  135  9.999999999999999e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3796  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.75 
 
 		 299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00027848 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  29.76 
 
 		 305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>