151 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_4921 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_4921  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 260 aa  486  1e-136  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.320603  hitchhiker  0.00542326 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2772  XRE family transcriptional regulator  69.23 
 
 		 250 aa  115  5e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0643  XRE family transcriptional regulator  68.82 
 
 		 191 aa  113  4.0000000000000004e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.605698  hitchhiker  0.00857355 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0696  XRE family transcriptional regulator  68.82 
 
 		 228 aa  112  5e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0221  transcriptional regulator, XRE family  58.59 
 
 		 115 aa  102  6e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4898  transcriptional regulator, XRE family  68.57 
 
 		 127 aa  95.9  6e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.680756  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3537  XRE family transcriptional regulator  67.61 
 
 		 103 aa  90.5  2e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.202101 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1208  XRE family transcriptional regulator  61.18 
 
 		 106 aa  91.3  2e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00990984  normal  0.388652 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07210  Helix-turn-helix protein  63.64 
 
 		 101 aa  88.2  1e-16  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.217016  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2125  XRE family transcriptional regulator  58.23 
 
 		 104 aa  87.4  2e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2171  XRE family transcriptional regulator  58.23 
 
 		 104 aa  87.4  2e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.864046  normal  0.421103 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2112  XRE family transcriptional regulator  58.23 
 
 		 104 aa  87.4  2e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0670515 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1399  helix-turn-helix domain-containing protein  60.26 
 
 		 150 aa  85.9  5e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.277192 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23240  Helix-turn-helix protein  67.16 
 
 		 109 aa  84.3  0.000000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0729263  normal  0.0373097 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2397  XRE family transcriptional regulator  56.32 
 
 		 110 aa  84.3  0.000000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00284023 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1357  XRE family transcriptional regulator  58.97 
 
 		 150 aa  84  0.000000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.181997  hitchhiker  0.000155251 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2198  helix-turn-helix domain protein  60 
 
 		 116 aa  84.3  0.000000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3303  transcriptional regulator, XRE family  63.38 
 
 		 127 aa  84.3  0.000000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0158159  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0798  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  63.38 
 
 		 119 aa  83.6  0.000000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.529915  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2810  transcriptional regulator, XRE family  62.69 
 
 		 135 aa  83.2  0.000000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000000143995  hitchhiker  0.0000258946 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3988  XRE family transcriptional regulator  61.97 
 
 		 104 aa  84  0.000000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.475712  normal  0.319411 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1487  helix-turn-helix domain protein  57.69 
 
 		 179 aa  82.8  0.000000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.735589  normal  0.4627 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3937  helix-turn-helix domain protein  65.67 
 
 		 134 aa  82  0.000000000000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1457  XRE family transcriptional regulator  62.69 
 
 		 116 aa  82  0.000000000000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00956808  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7081  transcriptional regulator, XRE family  62.69 
 
 		 245 aa  82  0.000000000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.642165 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1459  transcriptional regulator, XRE family  62.69 
 
 		 119 aa  82  0.000000000000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000265254 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1539  transcriptional regulator, XRE family  49.06 
 
 		 120 aa  82  0.000000000000009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.12851  normal  0.11889 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1777  helix-turn-helix domain protein  63.64 
 
 		 91 aa  81.3  0.00000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1238  transcriptional regulator, XRE family  55.95 
 
 		 114 aa  81.6  0.00000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2455  transcriptional regulator, XRE family  64.18 
 
 		 104 aa  81.6  0.00000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2176  putative transcriptional regulator, XRE family  49.52 
 
 		 119 aa  79.7  0.00000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1098  XRE family transcriptional regulator  65.67 
 
 		 122 aa  80.1  0.00000000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.380138  normal  0.0621931 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1037  transcriptional regulator, XRE family  55.95 
 
 		 99 aa  79.3  0.00000000000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0211  transcriptional regulator, XRE family  51.02 
 
 		 108 aa  79.3  0.00000000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4260  transcriptional regulator, XRE family  65.15 
 
 		 119 aa  79  0.00000000000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.34478  normal  0.429613 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2325  helix-turn-helix domain-containing protein  58.21 
 
 		 89 aa  78.2  0.0000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.665096  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25140  Helix-turn-helix protein  57.75 
 
 		 158 aa  76.6  0.0000000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12758  transcriptional regulator  48.11 
 
 		 112 aa  77  0.0000000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000234539  normal  0.119719 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17970  Helix-turn-helix protein  59.7 
 
 		 108 aa  76.3  0.0000000000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.162477  normal  0.719261 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5797  helix-turn-helix domain protein  60.56 
 
 		 138 aa  75.5  0.0000000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2180  transcriptional regulator, XRE family  50.56 
 
 		 101 aa  73.2  0.000000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.165219  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2735  helix-turn-helix domain-containing protein  55.81 
 
 		 104 aa  73.2  0.000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4259  helix-turn-helix domain-containing protein  60 
 
 		 153 aa  68.2  0.0000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0867385  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10510  Helix-turn-helix protein  53.73 
 
 		 101 aa  67.8  0.0000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5209  transcriptional regulator, XRE family  55.38 
 
 		 148 aa  64.7  0.000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0654  transcriptional regulator, XRE family  63.38 
 
 		 118 aa  62.4  0.000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.213362  normal  0.631068 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1647  helix-turn-helix domain protein  48.19 
 
 		 118 aa  58.5  0.0000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.230686  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8637  putative transcriptional regulator, XRE family  45.56 
 
 		 118 aa  58.5  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1148  XRE family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 99 aa  57.4  0.0000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.406355  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0282  Xre family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 169 aa  57.8  0.0000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00774991  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25230  Helix-turn-helix protein  59.02 
 
 		 142 aa  57.8  0.0000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.129627  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1480  transcriptional regulator, XRE family  49.25 
 
 		 116 aa  56.2  0.0000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3701  transcriptional regulator, XRE family  71.43 
 
 		 140 aa  55.1  0.000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.831068 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2037  transcriptional regulator, XRE family  38.39 
 
 		 154 aa  54.3  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00457383  normal  0.0572202 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0025  transcriptional regulator, XRE family  47.37 
 
 		 183 aa  52.8  0.000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.401315  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2305  XRE family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 130 aa  52.8  0.000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0843666 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0336  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 140 aa  52  0.00001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  unclonable  0.000000000838003  normal  0.0169736 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0316  XRE family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 191 aa  50.8  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0379  XRE family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 191 aa  51.2  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0164716 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 252 aa  50.4  0.00003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0460  XRE family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 325 aa  50.1  0.00003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.321413 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0273  transcriptional regulator, XRE family  37.08 
 
 		 115 aa  50.4  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4622  transcriptional regulator, XRE family  42.67 
 
 		 170 aa  50.1  0.00004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.759922  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2483  transcriptional regulator, XRE family  43.55 
 
 		 143 aa  49.7  0.00005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3324  Cro/CI family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 212 aa  49.3  0.00006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0840  transcriptional regulator, XRE family  45.07 
 
 		 162 aa  49.3  0.00006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0488  XRE family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 145 aa  49.3  0.00006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.578439  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02480  Helix-turn-helix protein  38.04 
 
 		 156 aa  49.3  0.00007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.251654  normal  0.974666 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 		 256 aa  48.9  0.00008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3551  transcriptional regulator, XRE family  45 
 
 		 196 aa  48.5  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2927  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 130 aa  48.5  0.0001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.298234 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1892  XRE family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 390 aa  48.1  0.0002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0261519  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5702  transcriptional regulator, XRE family  39.19 
 
 		 124 aa  47.8  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0642  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 161 aa  47.4  0.0003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.112362  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0655  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 161 aa  47.4  0.0003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0535888  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0635  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 161 aa  47.4  0.0003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.453741  normal  0.0430623 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0101  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 182 aa  47  0.0003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0310115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6157  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 277 aa  47  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.540338  normal  0.674007 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0986  transcriptional regulator, XRE family  34.48 
 
 		 130 aa  47  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2995  transcriptional regulator  48.15 
 
 		 191 aa  46.6  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0735878  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0807  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 176 aa  46.6  0.0004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.163665  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  43.4 
 
 		 255 aa  46.6  0.0004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0067  XRE family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 233 aa  46.2  0.0005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8227  transcriptional regulator, XRE family  40.74 
 
 		 165 aa  46.2  0.0005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.556785  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0758  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 190 aa  46.2  0.0006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2948  transcriptional regulator, XRE family  41.43 
 
 		 225 aa  45.8  0.0006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0211039  hitchhiker  0.000112709 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1446  transcriptional regulator, XRE family  48.15 
 
 		 191 aa  46.2  0.0006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0949  putative transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 		 175 aa  45.8  0.0006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.596696  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4439  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 190 aa  45.8  0.0007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.957299  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2248  transcriptional regulator, XRE family  35.53 
 
 		 505 aa  45.4  0.0008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.99928  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10482  transcriptional regulator  42.59 
 
 		 140 aa  45.4  0.0008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4522  transcriptional regulator, XRE family  38.57 
 
 		 188 aa  45.4  0.0009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0681879  normal  0.0291061 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0107  XRE family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 128 aa  45.4  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2021  transcriptional regulator, XRE family  25.76 
 
 		 500 aa  45.1  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4867  XRE family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 192 aa  45.1  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0773  helix-turn-helix domain protein  46.3 
 
 		 141 aa  45.4  0.001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4719  transcriptional regulator, XRE family  38.89 
 
 		 156 aa  45.4  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1729  transcriptional regulator, XRE family  46.3 
 
 		 195 aa  45.1  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.114176  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5414  XRE family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 192 aa  45.1  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  36.76 
 
 		 192 aa  44.7  0.001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>