More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_0022 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_0022  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
417 aa  854    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.68503  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1882  Spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  52.07 
 
 
413 aa  441  9.999999999999999e-123  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1010  extracellular solute-binding protein family 1  51.79 
 
 
419 aa  430  1e-119  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.227353 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1283  twin-arginine translocation pathway signal  51.85 
 
 
420 aa  425  1e-118  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00667141  normal  0.645291 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3395  extracellular solute-binding protein family 1  52.53 
 
 
416 aa  414  1e-114  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0281  putative polyamine-binding lipoprotein  51.22 
 
 
412 aa  396  1e-109  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.565719  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1496  extracellular solute-binding protein family 1  36.45 
 
 
401 aa  234  1.0000000000000001e-60  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0915  extracellular solute-binding protein family 1  33.42 
 
 
407 aa  229  7e-59  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3229  extracellular solute-binding protein  35.25 
 
 
408 aa  224  3e-57  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.712082  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3137  extracellular solute-binding protein  33.67 
 
 
393 aa  211  1e-53  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.713269  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4278  extracellular solute-binding protein family 1  32.32 
 
 
389 aa  208  2e-52  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2605  extracellular solute-binding protein  32.61 
 
 
396 aa  201  1.9999999999999998e-50  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.111757  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2611  extracellular solute-binding protein  32.34 
 
 
396 aa  200  5e-50  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.768707  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2566  twin-arginine translocation pathway signal  32.34 
 
 
396 aa  200  5e-50  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3388  extracellular solute-binding protein  31.67 
 
 
393 aa  193  5e-48  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.645484 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7093  extracellular solute-binding protein family 1  33.53 
 
 
432 aa  190  2.9999999999999997e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.069875  normal  0.148592 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4949  extracellular solute-binding protein family 1  30.92 
 
 
366 aa  150  3e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.597771  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0935  extracellular solute-binding protein  31.55 
 
 
375 aa  150  5e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.458503  normal  0.516167 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5897  extracellular solute-binding protein family 1  28.2 
 
 
383 aa  147  4.0000000000000006e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3928  extracellular solute-binding protein  29.94 
 
 
367 aa  146  5e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1551  extracellular solute-binding protein  29.6 
 
 
363 aa  146  6e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.161993  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4922  extracellular solute-binding protein  30.51 
 
 
365 aa  144  2e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3951  extracellular solute-binding protein  29.75 
 
 
366 aa  144  3e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0469175  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1556  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  29.41 
 
 
367 aa  144  3e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8157  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  29.77 
 
 
345 aa  143  5e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1612  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein, putative  29.13 
 
 
367 aa  142  9e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.875795  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1018  extracellular solute-binding protein  29.09 
 
 
369 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1221  extracellular solute-binding protein family 1  25.87 
 
 
359 aa  142  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03930  polyamine transport protein  29.24 
 
 
365 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2837  extracellular solute-binding protein  32.88 
 
 
396 aa  140  6e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.000153831  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0392  polyamine transport protein  29.25 
 
 
365 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2003  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  30.65 
 
 
348 aa  138  1e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.59191 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1636  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  30.29 
 
 
348 aa  139  1e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1243  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  30.65 
 
 
348 aa  138  2e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0566185  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01121  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  30.65 
 
 
348 aa  138  2e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2524  extracellular solute-binding protein family 1  30.65 
 
 
348 aa  138  2e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00059946  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0344  extracellular solute-binding protein  30.13 
 
 
346 aa  138  2e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2480  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  30.65 
 
 
348 aa  138  2e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0199988  normal  0.415461 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1246  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  30.07 
 
 
348 aa  138  2e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.178471  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0163  extracellular solute-binding protein  28.27 
 
 
365 aa  138  2e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01129  hypothetical protein  30.65 
 
 
348 aa  138  2e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1645  extracellular solute-binding protein  32.88 
 
 
396 aa  137  3.0000000000000003e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.222493  normal  0.608221 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4019  extracellular solute-binding protein  29.55 
 
 
367 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.612389 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1299  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  30.82 
 
 
348 aa  137  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2146  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  30.82 
 
 
348 aa  137  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00543395 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1322  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  30.82 
 
 
348 aa  137  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0110419 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1962  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  30.82 
 
 
348 aa  137  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1337  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  30.82 
 
 
348 aa  137  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0644011 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4388  extracellular solute-binding protein family 1  29.25 
 
 
367 aa  137  4e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.926126  normal  0.244304 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1501  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  30.65 
 
 
348 aa  136  7.000000000000001e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00187951  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2225  extracellular solute-binding protein family 1  29.97 
 
 
371 aa  136  8e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2202  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  30.32 
 
 
348 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1035  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  29.47 
 
 
345 aa  135  1.9999999999999998e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000879227  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1048  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  30.34 
 
 
345 aa  134  1.9999999999999998e-30  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00610599  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3516  putrescine ABC transporter, periplasmic binding protein  28.53 
 
 
368 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0677178  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1957  extracellular solute-binding protein family 1  31.11 
 
 
358 aa  134  3e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0946  extracellular solute-binding protein  28.3 
 
 
366 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1501  extracellular solute-binding protein  29 
 
 
371 aa  133  5e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1341  extracellular solute-binding protein family 1  27.53 
 
 
369 aa  133  6e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.670144 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0132  extracellular solute-binding protein  27.56 
 
 
367 aa  133  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.911312  normal  0.781797 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4501  extracellular solute-binding protein family 1  28.87 
 
 
367 aa  133  6.999999999999999e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.410168  normal  0.591091 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1160  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  31.69 
 
 
361 aa  132  7.999999999999999e-30  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000302553  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5341  ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein, putative  26.91 
 
 
367 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.169562  hitchhiker  0.0000795436 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0283  extracellular solute-binding protein  29.13 
 
 
401 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1108  extracellular solute-binding protein  28.3 
 
 
366 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000316767  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2135  extracellular solute-binding protein  29.94 
 
 
368 aa  132  1.0000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.336157  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3192  extracellular solute-binding protein family 1  28.3 
 
 
366 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.683038  hitchhiker  0.00622676 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0310  extracellular solute-binding protein  27.63 
 
 
364 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5250  extracellular solute-binding protein  26.91 
 
 
367 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.258715  normal  0.223188 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1061  extracellular solute-binding protein  27.61 
 
 
366 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2144  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  30.36 
 
 
347 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0326  extracellular solute-binding protein family 1  28.57 
 
 
357 aa  131  3e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00599972  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1166  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 
366 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000290123  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1064  extracellular solute-binding protein  26.84 
 
 
374 aa  130  4.0000000000000003e-29  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000691325  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1704  extracellular solute-binding protein family 1  30.99 
 
 
354 aa  130  5.0000000000000004e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2105  extracellular solute-binding protein  28.66 
 
 
371 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.681994 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2816  extracellular solute-binding protein  25.76 
 
 
354 aa  130  5.0000000000000004e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.293576  normal  0.888288 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2913  extracellular solute-binding protein  27.45 
 
 
363 aa  129  7.000000000000001e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2867  extracellular solute-binding protein  31.5 
 
 
345 aa  129  7.000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1264  transcription factor jumonji, JmjC  29.13 
 
 
366 aa  129  9.000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1199  extracellular solute-binding protein  27.97 
 
 
366 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000384833  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2829  extracellular solute-binding protein  27.35 
 
 
362 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1859  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  30.06 
 
 
347 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.112661  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5240  extracellular solute-binding protein  29.43 
 
 
364 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5404  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 
375 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000245963 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2918  extracellular solute-binding protein  27.74 
 
 
387 aa  127  3e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000482793  normal  0.320993 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3000  extracellular solute-binding protein  27.74 
 
 
387 aa  127  3e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00190221  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3097  extracellular solute-binding protein  27.74 
 
 
387 aa  127  3e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0218628  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5180  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  29.13 
 
 
364 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2346  extracellular solute-binding protein family 1  30 
 
 
382 aa  127  4.0000000000000003e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00216942 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6065  extracellular solute-binding protein  29.72 
 
 
373 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5087  extracellular solute-binding protein  29.13 
 
 
364 aa  126  6e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.940444  normal  0.403458 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1131  extracellular solute-binding protein  29.64 
 
 
366 aa  126  6e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2082  extracellular solute-binding protein  28.27 
 
 
370 aa  126  6e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.472813  normal  0.985512 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1064  extracellular solute-binding protein  32.58 
 
 
373 aa  126  8.000000000000001e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2990  extracellular solute-binding protein  29.25 
 
 
371 aa  126  8.000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.840275  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3673  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  29.17 
 
 
348 aa  126  9e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1094  extracellular solute-binding protein  27.1 
 
 
366 aa  125  1e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.799805  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2337  extracellular solute-binding protein  26.97 
 
 
368 aa  125  1e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1241  extracellular solute-binding protein  28.12 
 
 
371 aa  124  2e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.447743  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>