More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_0854 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011883  Ddes_0854  GntR domain protein  100 
 
 		 261 aa  538  9.999999999999999e-153  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00310833  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3533  transcriptional regulator NanR  35.19 
 
 		 242 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.606366  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3638  transcriptional regulator NanR  34.76 
 
 		 260 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.492438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3700  transcriptional regulator NanR  34.76 
 
 		 260 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3531  transcriptional regulator NanR  34.76 
 
 		 260 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0974768  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3603  transcriptional regulator NanR  34.62 
 
 		 260 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.445383  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4543  transcriptional regulator NanR  35.05 
 
 		 260 aa  142  7e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.136259  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3521  transcriptional regulator NanR  35.05 
 
 		 260 aa  142  7e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0118397  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03086  transcriptional regulator NanR  35.05 
 
 		 263 aa  141  8e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.264497  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03037  hypothetical protein  35.05 
 
 		 263 aa  141  8e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.359811  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0480  regulatory protein GntR HTH  34.58 
 
 		 263 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.143431  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3708  transcriptional regulator NanR  34.58 
 
 		 260 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.012881  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0480  transcriptional regulator NanR  34.58 
 
 		 263 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.426599  normal  0.544762 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3414  transcriptional regulator NanR  34.58 
 
 		 260 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0111616  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3550  transcriptional regulator NanR  34.58 
 
 		 260 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0970448  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3662  transcriptional regulator NanR  32.41 
 
 		 260 aa  139  4.999999999999999e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.215207  normal  0.0850662 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1517  transcriptional regulator NanR  33.18 
 
 		 234 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.822162  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3068  transcriptional regulator NanR  37.12 
 
 		 235 aa  137  2e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3725  transcriptional regulator NanR  38.6 
 
 		 237 aa  137  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.235628  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0095  transcriptional regulator NanR  37.66 
 
 		 237 aa  137  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3837  transcriptional regulator NanR  36.82 
 
 		 233 aa  134  9.999999999999999e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0354157  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4763  transcriptional regulator NanR  36.4 
 
 		 235 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.436481  normal  0.284781 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4648  transcriptional regulator NanR  35.24 
 
 		 234 aa  126  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.462339  normal  0.769273 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3067  transcriptional regulator NanR  34.2 
 
 		 258 aa  111  9e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0862108 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1066  transcriptional regulator NanR  33.62 
 
 		 251 aa  106  5e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.624285  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3193  GntR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 248 aa  98.2  1e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0393  GntR domain protein  28.02 
 
 		 238 aa  95.9  5e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1834  GntR domain-containing protein  34.42 
 
 		 250 aa  94.4  2e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.048736 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2716  GntR domain-containing protein  31.58 
 
 		 379 aa  90.5  3e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.474503  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2500  GntR transcriptional regulators family  28.51 
 
 		 243 aa  89.4  5e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0554  GntR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 252 aa  89.4  5e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00161353  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4197  GntR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 255 aa  89.4  5e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.675851  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  30.15 
 
 		 250 aa  87  3e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4257  transcriptional regulator, GntR family  29.09 
 
 		 226 aa  86.3  4e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00030759 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0915  GntR domain-containing protein  29.38 
 
 		 226 aa  86.7  4e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2188  GntR domain-containing protein  29.78 
 
 		 240 aa  85.9  5e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.030411  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1446  GntR domain-containing protein  31.17 
 
 		 227 aa  84.3  0.000000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1040  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 228 aa  83.6  0.000000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2079  regulatory protein GntR HTH  28.57 
 
 		 249 aa  83.6  0.000000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.744782  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1362  GntR domain protein  28.7 
 
 		 231 aa  83.6  0.000000000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.971171  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1625  GntR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 228 aa  83.2  0.000000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000899292  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3311  GntR domain protein  26.94 
 
 		 218 aa  83.2  0.000000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.439915  hitchhiker  0.000169806 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01499  predicted DNA-binding transcriptional regulator  29.95 
 
 		 228 aa  82.8  0.000000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000422433  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2105  transcriptional regulator, GntR family  29.95 
 
 		 228 aa  82.8  0.000000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  1.45704e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1700  transcriptional regulator, GntR family  29.95 
 
 		 228 aa  82.8  0.000000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.00000000855657  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1630  GntR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 228 aa  82.8  0.000000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  3.79226e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01510  hypothetical protein  29.95 
 
 		 228 aa  82.8  0.000000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000749692  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1749  GntR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 228 aa  82.8  0.000000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000222448  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2118  GntR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 228 aa  82.8  0.000000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000151748  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2156  transcriptional regulator, GntR family  29.95 
 
 		 228 aa  82.8  0.000000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000156729  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1275  GntR domain protein  27.47 
 
 		 241 aa  82.4  0.000000000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0806  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 228 aa  82.8  0.000000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.459024  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1266  transcriptional regulator, GntR family  32.3 
 
 		 228 aa  82.8  0.000000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2639  transcriptional regulator, GntR family  31.86 
 
 		 228 aa  82.4  0.000000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.995505  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3676  GntR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 250 aa  82.4  0.000000000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1891  GntR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 265 aa  82.4  0.000000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00390754  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0020  GntR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 256 aa  82.4  0.000000000000007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.321852  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2645  GntR domain protein  31.9 
 
 		 254 aa  82  0.000000000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 233 aa  81.6  0.00000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3714  GntR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 247 aa  80.9  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421261  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3110  GntR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 268 aa  81.3  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.371117  normal  0.954276 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0156  GntR domain protein  31.36 
 
 		 230 aa  80.1  0.00000000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.108623 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0539  GntR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 247 aa  80.1  0.00000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1428  GntR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 245 aa  79.7  0.00000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138717  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1310  GntR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 249 aa  79.7  0.00000000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.168144  normal  0.307204 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0833  GntR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 272 aa  79.7  0.00000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0464324 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2067  GntR domain protein  27.03 
 
 		 252 aa  79.7  0.00000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000610321  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3567  GntR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 228 aa  79.7  0.00000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2418  GntR domain protein  29.82 
 
 		 251 aa  79.7  0.00000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.172286  decreased coverage  0.00114845 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3604  GntR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 214 aa  79.7  0.00000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.463907 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4247  GntR domain-containing protein  29.95 
 
 		 216 aa  79.3  0.00000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3104  GntR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 226 aa  79.3  0.00000000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.804027  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0943  regulatory protein GntR HTH  26.34 
 
 		 242 aa  78.6  0.00000000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3757  GntR domain-containing protein  30.56 
 
 		 235 aa  78.2  0.0000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.560097  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1342  GntR domain protein  31.28 
 
 		 229 aa  78.6  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00721185  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1277  GntR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 244 aa  78.2  0.0000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.460205  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3287  GntR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 256 aa  77.8  0.0000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0416745  normal  0.920841 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2780  GntR domain-containing protein  30.4 
 
 		 247 aa  77.8  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2876  GntR domain protein  31.65 
 
 		 245 aa  77.8  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2703  uxu operon transcriptional regulator  30.4 
 
 		 247 aa  77.8  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1506  uxu operon transcriptional regulator  30.4 
 
 		 247 aa  77.8  0.0000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3389  GntR domain protein  26.87 
 
 		 230 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.422325  hitchhiker  0.000247854 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1263  GntR domain protein  25.85 
 
 		 229 aa  77.8  0.0000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1938  GntR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 228 aa  77.8  0.0000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2075  GntR domain-containing protein  29.95 
 
 		 255 aa  77.8  0.0000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1537  putative GntR domain protein  27.02 
 
 		 239 aa  76.6  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3118  transcriptional regulator GntR  31.42 
 
 		 237 aa  76.6  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3599  GntR domain-containing protein  30.66 
 
 		 251 aa  76.6  0.0000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.83049  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1205  GntR domain protein  27.6 
 
 		 238 aa  76.6  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0725034 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0561  GntR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 225 aa  76.3  0.0000000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3405  GntR domain protein  26.87 
 
 		 239 aa  76.3  0.0000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.69353e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03670  transcriptional regulator, GntR family  30.41 
 
 		 268 aa  76.6  0.0000000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.99262 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0375  GntR domain protein  28.38 
 
 		 234 aa  76.6  0.0000000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.400874  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0977  GntR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 219 aa  76.3  0.0000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4155  GntR domain-containing protein  32.73 
 
 		 240 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0585899  normal  0.800121 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1699  GntR domain-containing protein  29.33 
 
 		 513 aa  75.9  0.0000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.330463  hitchhiker  0.0000606357 
 
 
-
 
NC_004310  BR0560  GntR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 337 aa  75.5  0.0000000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.925079  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3283  transcriptional regulator, GntR family  31.42 
 
 		 237 aa  75.5  0.0000000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3324  GntR domain protein  27.11 
 
 		 244 aa  75.5  0.0000000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0954  GntR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 255 aa  75.5  0.0000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.709612  hitchhiker  0.000000169252 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>