More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_3465 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007519  Dde_3465  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
489 aa  997    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1730  multi-sensor signal transduction histidine kinase  47.79 
 
 
507 aa  393  1e-108  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2459  multi-sensor signal transduction histidine kinase  42.52 
 
 
489 aa  367  1e-100  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.854352 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1507  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.83 
 
 
488 aa  315  1.9999999999999998e-84  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.101232  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0294  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.46 
 
 
1071 aa  164  4.0000000000000004e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.565561 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2307  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.42 
 
 
551 aa  140  3.9999999999999997e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0828  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.9 
 
 
567 aa  132  2.0000000000000002e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3074  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  41.57 
 
 
363 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.97 
 
 
739 aa  127  6e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.498595 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3849  response regulator receiver (CheY) modulated Serine phosphatase  43.57 
 
 
412 aa  124  4e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.658628 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0532  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  35.21 
 
 
715 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2526  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.53 
 
 
715 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.263284  normal  0.0502692 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2457  metal dependent phosphohydrolase  43.28 
 
 
358 aa  120  4.9999999999999996e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3577  response regulator receiver protein  43.38 
 
 
393 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00266085  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2828  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  40.74 
 
 
410 aa  120  7e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2165  response regulator  43.38 
 
 
393 aa  120  7.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0249002  normal  0.813701 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1682  response regulator receiver modulated serine phosphatase  43.38 
 
 
412 aa  120  7.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1706  response regulator receiver modulated serine phosphatase  43.38 
 
 
393 aa  119  9e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000168842 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1775  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.28 
 
 
510 aa  119  9.999999999999999e-26  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1419  signal transduction histidine kinase  27.16 
 
 
551 aa  117  3.9999999999999997e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0016  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  29.29 
 
 
679 aa  116  7.999999999999999e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.225702  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1912  response regulator receiver:stage II sporulation E  40.71 
 
 
394 aa  115  3e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.432168  hitchhiker  0.00180426 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2117  response regulator  40.71 
 
 
394 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0129975  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0913  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  44.03 
 
 
544 aa  114  4.0000000000000004e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0064  histidine kinase  43.28 
 
 
598 aa  113  6e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1522  histidine kinase  41.3 
 
 
544 aa  113  6e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1929  response regulator receiver protein  40.82 
 
 
394 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.310245 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2960  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.63 
 
 
622 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2643  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.48 
 
 
552 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2842  PAS sensor protein  26.37 
 
 
622 aa  111  3e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.174863  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2359  putative two-component response regulator  41.46 
 
 
394 aa  111  3e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1648  response regulator receiver protein  37.59 
 
 
367 aa  111  3e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0057956  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27940  putative two-component response regulator  42.28 
 
 
394 aa  111  3e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3068  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.37 
 
 
622 aa  111  3e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.231547  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4372  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  26.32 
 
 
641 aa  110  8.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.755089  normal  0.0153537 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1391  response regulator receiver protein  40.31 
 
 
368 aa  109  1e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2096  signal transduction histidine kinase  24.81 
 
 
526 aa  109  1e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0713574 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2189  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.56 
 
 
628 aa  108  2e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0671838  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1918  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.51 
 
 
650 aa  108  3e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.204421 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0426  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  24.71 
 
 
598 aa  107  4e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.830485  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1396  response regulator receiver protein  41.38 
 
 
367 aa  107  4e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00425013  normal  0.314583 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1875  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  39.23 
 
 
361 aa  105  1e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2487  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.8 
 
 
735 aa  106  1e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1287  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.26 
 
 
570 aa  105  2e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0233  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.9 
 
 
553 aa  105  3e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.446176  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1700  PAS sensor, signal transduction histidine kinase  24.07 
 
 
553 aa  105  3e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.012241  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1700  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.97 
 
 
591 aa  103  7e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1834  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.15 
 
 
681 aa  103  7e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2461  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.34 
 
 
581 aa  103  8e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4783  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.13 
 
 
680 aa  102  1e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.302794  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2816  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.31 
 
 
682 aa  102  1e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0864703 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32720  Response regulator  38.97 
 
 
394 aa  102  1e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4419  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.54 
 
 
654 aa  102  2e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.386835 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0172  sensory histidine kinase AtoS  27.87 
 
 
621 aa  102  2e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.557198  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3036  response regulator receiver protein  36.23 
 
 
367 aa  102  2e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.697745  hitchhiker  0.00756104 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1483  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.6 
 
 
335 aa  101  3e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.882912  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2399  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.86 
 
 
1131 aa  101  3e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1055  two component signal transduction response regulator  30.35 
 
 
734 aa  100  4e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0148851  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2811  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.1 
 
 
498 aa  101  4e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.782124  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3024  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  39.84 
 
 
363 aa  100  4e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.433593  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1312  response regulator receiver protein  37.29 
 
 
367 aa  100  6e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000399806  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1379  response regulator receiver protein  37.29 
 
 
367 aa  100  6e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00673289  normal  0.16507 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2645  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  39.67 
 
 
364 aa  100  7e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2713  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.14 
 
 
454 aa  100  7e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2267  response regulator receiver protein  37.82 
 
 
367 aa  100  8e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0287525  normal  0.0560142 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2152  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.54 
 
 
670 aa  99.4  1e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.381885  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1372  response regulator receiver protein  38.14 
 
 
367 aa  98.6  2e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0119088  hitchhiker  0.0000873565 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0548  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.55 
 
 
452 aa  99  2e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.902927  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0085  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.1 
 
 
738 aa  97.8  4e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.127866 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2546  response regulator receiver protein  38.14 
 
 
376 aa  97.8  4e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2096  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.39 
 
 
1140 aa  97.8  4e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.166751  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1797  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.09 
 
 
461 aa  97.4  5e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.774224  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1112  response regulator receiver domain-containing protein  40 
 
 
399 aa  97.4  6e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0878  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.97 
 
 
760 aa  97.1  7e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.210313  normal  0.808443 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3018  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.64 
 
 
653 aa  96.7  9e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.697975  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1461  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.53 
 
 
491 aa  96.3  1e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.750458 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4753  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.65 
 
 
630 aa  96.3  1e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4237  sensor protein ZraS  28.7 
 
 
458 aa  96.7  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.355168  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2808  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.14 
 
 
595 aa  95.9  1e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.277541  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0868  multi-sensor signal transduction histidine kinase  44.44 
 
 
650 aa  95.9  1e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4495  sensor protein ZraS  28.7 
 
 
458 aa  96.3  1e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000791685  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4022  sensor protein ZraS  28.26 
 
 
458 aa  95.5  2e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.425845  normal  0.0216302 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3990  histidine kinase  28.26 
 
 
465 aa  95.1  2e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4547  sensor protein ZraS  28.26 
 
 
458 aa  95.1  2e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00542205  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2325  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  34.53 
 
 
362 aa  95.5  2e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.663275  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0505  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.8 
 
 
498 aa  95.1  2e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1385  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  40.62 
 
 
460 aa  95.5  2e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4452  sensor protein ZraS  28.7 
 
 
458 aa  95.5  2e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.260374  hitchhiker  0.000970682 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03880  sensory histidine kinase in two-component regulatory system with ZraR  28.26 
 
 
458 aa  95.1  3e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0731183  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2453  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40 
 
 
461 aa  95.1  3e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000196128  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3081  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.07 
 
 
638 aa  94.7  3e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0200059 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1969  sigma-54 dependent transcriptional regulator/response regulator  37.19 
 
 
473 aa  94.4  4e-18  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.440374  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2548  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.73 
 
 
861 aa  94.4  4e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1009  sensory box histidine kinase/response regulator  26.42 
 
 
463 aa  94.7  4e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03091  hypothetical protein  38.66 
 
 
368 aa  94.4  4e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2195  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.19 
 
 
502 aa  94.4  4e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.067402 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0472  sensory box histidine kinase/response regulator  25.67 
 
 
492 aa  94.4  5e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.798891  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1932  Signal transduction histidine kinase  25.67 
 
 
492 aa  94.4  5e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0476253  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1842  response regulator/sensory box histidine kinase  25.67 
 
 
492 aa  94.4  5e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2560  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.47 
 
 
540 aa  94.4  5e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.948735  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>