More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_0002 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007519  Dde_0002  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 		 384 aa  800    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0006  DNA polymerase III, beta subunit  75 
 
 		 384 aa  615  1e-175  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.590435  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2082  DNA polymerase III, beta subunit  71.13 
 
 		 388 aa  582  1.0000000000000001e-165  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0004  DNA polymerase III, beta subunit  60.16 
 
 		 384 aa  500  1e-140  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3096  DNA polymerase III, beta subunit  50.52 
 
 		 384 aa  442  1e-123  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.00256745  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2471  DNA polymerase III, beta subunit  52.63 
 
 		 393 aa  433  1e-120  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.0000269887  decreased coverage  0.0000186716 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3032  DNA polymerase III, beta subunit  24.21 
 
 		 366 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.07 
 
 		 372 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1343  DNA polymerase III subunit beta  24.08 
 
 		 372 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0012  DNA polymerase III subunit beta  24.61 
 
 		 372 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.41 
 
 		 372 aa  116  5e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000259068  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.22 
 
 		 372 aa  116  6e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2834  DNA polymerase III subunit beta  25.33 
 
 		 372 aa  116  6e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.07 
 
 		 373 aa  115  1.0000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0861969  hitchhiker  0.000000929484 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3705  DNA polymerase III subunit beta  25.58 
 
 		 372 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0432616 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.01 
 
 		 372 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.120269  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.01 
 
 		 372 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0730917  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.2 
 
 		 373 aa  114  3e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.16 
 
 		 373 aa  114  3e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0823829  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.75 
 
 		 372 aa  114  3e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000275643  normal  0.722211 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.72 
 
 		 372 aa  112  8.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2239  DNA polymerase III subunit beta  24.15 
 
 		 373 aa  112  9e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0102545  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0002  DNA-directed DNA polymerase  23.96 
 
 		 367 aa  112  1.0000000000000001e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0162  DNA polymerase III subunit beta  22.96 
 
 		 372 aa  112  1.0000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.281652  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0003  DNA polymerase III subunit beta  25.33 
 
 		 373 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.174848  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0003  DNA polymerase III subunit beta  25 
 
 		 372 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.295963  hitchhiker  0.00000350231 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  23.95 
 
 		 367 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00000485336  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.27 
 
 		 372 aa  111  3e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.205747 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.67 
 
 		 373 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.969312  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0002  DNA polymerase III subunit beta  22.6 
 
 		 397 aa  109  7.000000000000001e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.41342  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0002  DNA polymerase III subunit beta  22.6 
 
 		 397 aa  109  8.000000000000001e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00789927  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.62 
 
 		 372 aa  109  9.000000000000001e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.474691  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.54 
 
 		 373 aa  109  9.000000000000001e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0966551  normal  0.572668 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0003  DNA polymerase III subunit beta  24.41 
 
 		 373 aa  108  1e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.991791  normal  0.512948 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0004  DNA polymerase III subunit beta  22.69 
 
 		 372 aa  108  2e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000114385  unclonable  5.12755e-25 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  23 
 
 		 376 aa  108  2e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.32 
 
 		 375 aa  107  3e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.301651  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0002  DNA polymerase III, beta subunit  21.9 
 
 		 372 aa  107  4e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.19 
 
 		 375 aa  107  4e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3374  DNA polymerase III subunit beta  22.81 
 
 		 372 aa  107  4e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.32 
 
 		 375 aa  107  4e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0002  DNA polymerase III, beta subunit  21.05 
 
 		 372 aa  106  7e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000138199  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0004  DNA polymerase III subunit beta  22.08 
 
 		 385 aa  106  7e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.638398  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00003  DNA polymerase III, beta subunit  23.08 
 
 		 366 aa  105  9e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000112219  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0002  DNA polymerase III subunit beta  23.95 
 
 		 372 aa  105  1e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0708  DNA polymerase III subunit beta  22.88 
 
 		 371 aa  105  1e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.147601  normal  0.843721 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0002  DNA polymerase III, beta subunit  20.53 
 
 		 372 aa  105  2e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0618208  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.95 
 
 		 367 aa  104  2e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.186277  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4329  DNA polymerase III subunit beta  22.37 
 
 		 372 aa  105  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.61 
 
 		 372 aa  103  4e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0002  DNA polymerase III, beta subunit  20.26 
 
 		 372 aa  103  6e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3047  DNA polymerase III subunit beta  23.95 
 
 		 371 aa  102  8e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.579013  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4592  DNA polymerase III subunit beta  22.37 
 
 		 372 aa  102  8e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0352599 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0002  DNA polymerase III, beta subunit  21.28 
 
 		 366 aa  102  9e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000158001  unclonable  0.00000341195 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0002  DNA polymerase III, beta subunit  20.74 
 
 		 366 aa  102  1e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000136085  unclonable  0.00000000917615 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0002  DNA polymerase III subunit beta  21.99 
 
 		 372 aa  102  1e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.142435  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2795  DNA polymerase III subunit beta  23.7 
 
 		 370 aa  102  1e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.924667  normal  0.594035 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  23.75 
 
 		 367 aa  101  2e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000348538  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0002  DNA polymerase III, beta subunit  21.28 
 
 		 366 aa  100  4e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000267756  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.84 
 
 		 371 aa  100  5e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.0000194465  normal  0.0534413 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0002  DNA polymerase III, beta subunit  21.54 
 
 		 366 aa  100  5e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000472427  hitchhiker  0.00139326 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0002  DNA polymerase III, beta subunit  21.54 
 
 		 366 aa  100  6e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000577304  unclonable  0.000000000023362 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0010  DNA polymerase III, beta subunit  21.54 
 
 		 366 aa  100  6e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000642144  hitchhiker  0.00000000134313 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.05 
 
 		 376 aa  99.4  9e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0231  DNA polymerase III, beta subunit  25.47 
 
 		 367 aa  99.4  1e-19  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.0000000874025  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3543  DNA polymerase III subunit beta  21.58 
 
 		 372 aa  99.4  1e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  21.67 
 
 		 368 aa  98.6  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0185617  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0002  DNA polymerase III, beta subunit  23.95 
 
 		 366 aa  98.2  2e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000466477  normal  0.315264 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0094  DNA polymerase III, beta subunit  23.5 
 
 		 377 aa  98.2  2e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000475987  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0009  DNA polymerase III, beta subunit  21.28 
 
 		 366 aa  97.8  3e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  20.37 
 
 		 366 aa  97.8  3e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000200886  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0963  DNA polymerase III, beta subunit  25.46 
 
 		 362 aa  97.1  5e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.245361  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0002  DNA polymerase III, beta subunit  20.48 
 
 		 366 aa  97.1  5e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000637071  unclonable  0.00000000000326658 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0002  DNA polymerase III, beta subunit  20.48 
 
 		 366 aa  97.1  5e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000848773  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0002  DNA polymerase III, beta subunit  20.48 
 
 		 366 aa  97.1  5e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000634429  hitchhiker  0.000143129 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0137  DNA polymerase III subunit beta  19.74 
 
 		 366 aa  97.1  5e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000108126  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0002  DNA polymerase III, beta subunit  20.48 
 
 		 366 aa  97.1  5e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000103765  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2688  DNA polymerase III, beta subunit  24.93 
 
 		 369 aa  96.7  6e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0188688  hitchhiker  0.00114167 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0007  DNA-directed DNA polymerase  20.05 
 
 		 366 aa  96.7  7e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000118658  unclonable  0.000000000121971 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0351  DNA polymerase III subunit beta  21.2 
 
 		 412 aa  96.3  9e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4118  DNA polymerase III, beta subunit  20.94 
 
 		 368 aa  95.5  1e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.000107371  normal  0.0690123 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0002  DNA polymerase III, beta subunit  20.48 
 
 		 366 aa  95.5  1e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000490932  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  21.65 
 
 		 368 aa  95.5  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0963742  normal  0.484906 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.36 
 
 		 374 aa  94.7  2e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.85 
 
 		 374 aa  94.4  3e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000000000025514 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0002  DNA polymerase III, beta subunit  21.65 
 
 		 372 aa  94  4e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.201968  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0001  DNA polymerase III, beta subunit  21.2 
 
 		 372 aa  93.2  7e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0872728  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0002  DNA polymerase III, beta subunit  21.65 
 
 		 372 aa  92.8  9e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00413752  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0002  DNA polymerase III, beta subunit  21.87 
 
 		 365 aa  92.8  9e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0002  DNA polymerase III subunit beta  22.81 
 
 		 366 aa  92  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.020055  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0002  DNA polymerase III subunit beta  22.55 
 
 		 366 aa  92.8  1e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000790466  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4176  DNA polymerase III subunit beta  22.81 
 
 		 366 aa  92  1e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000208549  normal  0.014688 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4152  DNA polymerase III subunit beta  22.81 
 
 		 366 aa  92  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000517824  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0002  DNA polymerase III subunit beta  22.16 
 
 		 367 aa  92  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0014  DNA-directed DNA polymerase  19.95 
 
 		 366 aa  92.8  1e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000733559  hitchhiker  0.000643873 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0002  DNA polymerase III subunit beta  22.83 
 
 		 370 aa  91.7  2e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0002  DNA polymerase III, beta subunit  21.11 
 
 		 367 aa  92  2e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00000744787  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.02 
 
 		 367 aa  91.7  2e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000905958  normal  0.127223 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0002  DNA polymerase III, beta subunit  22.14 
 
 		 368 aa  91.7  2e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4122  DNA polymerase III subunit beta  21.75 
 
 		 366 aa  91.3  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.381174  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>