More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_0004 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011883  Ddes_0004  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 		 384 aa  795    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0006  DNA polymerase III, beta subunit  62.76 
 
 		 384 aa  522  1e-147  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.590435  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2082  DNA polymerase III, beta subunit  61.86 
 
 		 388 aa  511  1e-144  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0002  DNA polymerase III, beta subunit  60.16 
 
 		 384 aa  500  1e-140  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3096  DNA polymerase III, beta subunit  44.27 
 
 		 384 aa  389  1e-107  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.00256745  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2471  DNA polymerase III, beta subunit  45.93 
 
 		 393 aa  381  1e-104  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.0000269887  decreased coverage  0.0000186716 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2834  DNA polymerase III subunit beta  24.4 
 
 		 372 aa  130  3e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1343  DNA polymerase III subunit beta  24.93 
 
 		 372 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0012  DNA polymerase III subunit beta  24.93 
 
 		 372 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0003  DNA polymerase III subunit beta  24.93 
 
 		 372 aa  125  1e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.295963  hitchhiker  0.00000350231 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3374  DNA polymerase III subunit beta  25.07 
 
 		 372 aa  125  1e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0004  DNA polymerase III subunit beta  24.93 
 
 		 372 aa  124  2e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000114385  unclonable  5.12755e-25 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.87 
 
 		 372 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.4 
 
 		 372 aa  120  3e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.205747 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.74 
 
 		 372 aa  120  3e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000259068  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.61 
 
 		 372 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.120269  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.4 
 
 		 372 aa  120  4.9999999999999996e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0730917  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.67 
 
 		 372 aa  117  3e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0162  DNA polymerase III subunit beta  24.01 
 
 		 372 aa  117  3e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.281652  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.81 
 
 		 373 aa  117  3e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0861969  hitchhiker  0.000000929484 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4329  DNA polymerase III subunit beta  23.08 
 
 		 372 aa  116  7.999999999999999e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.2 
 
 		 372 aa  115  8.999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.02 
 
 		 373 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0966551  normal  0.572668 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0002  DNA polymerase III subunit beta  23.08 
 
 		 372 aa  114  3e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3543  DNA polymerase III subunit beta  25.45 
 
 		 372 aa  112  1.0000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4592  DNA polymerase III subunit beta  22.81 
 
 		 372 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0352599 
 
 
-
 
NC_004310  BR0002  DNA polymerase III subunit beta  22.55 
 
 		 397 aa  111  2.0000000000000002e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.41342  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.87 
 
 		 367 aa  110  3e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0002  DNA polymerase III subunit beta  22.55 
 
 		 397 aa  111  3e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00789927  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3047  DNA polymerase III subunit beta  25.07 
 
 		 371 aa  110  4.0000000000000004e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.579013  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0002  DNA-directed DNA polymerase  23.87 
 
 		 367 aa  110  5e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  22.25 
 
 		 376 aa  110  5e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0002  DNA polymerase III subunit beta  22.02 
 
 		 372 aa  109  8.000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.142435  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0002  DNA polymerase III subunit beta  22.28 
 
 		 372 aa  109  9.000000000000001e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.474691  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0004  DNA polymerase III subunit beta  22.28 
 
 		 385 aa  109  9.000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.638398  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0002  DNA polymerase III, beta subunit  21.93 
 
 		 366 aa  108  1e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000136085  unclonable  0.00000000917615 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0002  DNA polymerase III, beta subunit  23.08 
 
 		 367 aa  108  2e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0003  DNA polymerase III subunit beta  23.16 
 
 		 373 aa  108  2e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.174848  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.06 
 
 		 376 aa  108  2e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3705  DNA polymerase III subunit beta  25.38 
 
 		 372 aa  107  2e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0432616 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.68 
 
 		 373 aa  108  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0823829  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0002  DNA polymerase III subunit beta  22.69 
 
 		 372 aa  107  2e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000275643  normal  0.722211 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2239  DNA polymerase III subunit beta  24.01 
 
 		 373 aa  107  3e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0102545  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0993  DNA polymerase III, beta subunit  25.2 
 
 		 376 aa  107  4e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2795  DNA polymerase III subunit beta  24.27 
 
 		 370 aa  107  4e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.924667  normal  0.594035 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0002  DNA polymerase III, beta chain  24.01 
 
 		 367 aa  105  2e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0003  DNA polymerase III subunit beta  22.89 
 
 		 373 aa  105  2e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.991791  normal  0.512948 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0002  DNA polymerase III subunit beta  22.89 
 
 		 373 aa  105  2e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.969312  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.61 
 
 		 372 aa  104  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0351  DNA polymerase III subunit beta  22.16 
 
 		 412 aa  104  2e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.22 
 
 		 373 aa  105  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3032  DNA polymerase III, beta subunit  23.02 
 
 		 366 aa  104  3e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0004  DNA polymerase III subunit beta  23.2 
 
 		 367 aa  103  5e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0002  DNA polymerase III, beta chain  25.77 
 
 		 367 aa  103  5e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0001  DNA polymerase III, beta subunit  22.02 
 
 		 372 aa  103  7e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0872728  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0011  DNA polymerase III subunit beta  22.93 
 
 		 367 aa  103  7e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.12322  hitchhiker  0.00002839 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0002  DNA polymerase III subunit beta  22.93 
 
 		 367 aa  103  7e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.123405  normal  0.0743731 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0007  DNA-directed DNA polymerase  21.39 
 
 		 366 aa  102  8e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000118658  unclonable  0.000000000121971 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0708  DNA polymerase III subunit beta  22.96 
 
 		 371 aa  103  8e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.147601  normal  0.843721 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.47 
 
 		 367 aa  102  8e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.121469  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.34 
 
 		 367 aa  102  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  21.54 
 
 		 366 aa  101  2e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000200886  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0002  DNA polymerase III subunit beta  21.75 
 
 		 367 aa  101  2e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.186277  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00020  DNA polymerase III subunit beta  23.08 
 
 		 367 aa  101  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0002  DNA polymerase III, beta subunit  21.33 
 
 		 366 aa  101  2e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000158001  unclonable  0.00000341195 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0002  DNA polymerase III, beta subunit  23.64 
 
 		 375 aa  100  3e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00020  DNA polymerase III subunit beta  24.2 
 
 		 367 aa  100  3e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0002  DNA polymerase III, beta subunit  21.66 
 
 		 366 aa  100  4e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000267756  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0002  DNA polymerase III subunit beta  22.61 
 
 		 367 aa  100  5e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000396971  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0002  DNA polymerase III, beta subunit  23.27 
 
 		 375 aa  99.8  8e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.301651  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00003  DNA polymerase III, beta subunit  23.47 
 
 		 366 aa  99.8  8e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000112219  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  23.27 
 
 		 375 aa  99.4  9e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0002  DNA polymerase III, beta subunit  21.28 
 
 		 366 aa  99.4  9e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000544098  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0002  DNA polymerase III, beta subunit  21.28 
 
 		 366 aa  99  1e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000472427  hitchhiker  0.00139326 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  23.47 
 
 		 367 aa  99  1e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000348538  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0002  DNA polymerase III subunit beta  22.13 
 
 		 367 aa  98.6  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0002  DNA polymerase III, beta subunit  21.01 
 
 		 366 aa  98.2  2e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000577304  unclonable  0.000000000023362 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0010  DNA polymerase III, beta subunit  21.01 
 
 		 366 aa  98.2  2e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000642144  hitchhiker  0.00000000134313 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0009  DNA polymerase III, beta subunit  21.01 
 
 		 366 aa  97.4  3e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4171  DNA polymerase III subunit beta  22.73 
 
 		 366 aa  97.1  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.264257  normal  0.345578 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0815  DNA polymerase III, beta subunit  22.63 
 
 		 375 aa  97.1  5e-19  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  unclonable  0.000000015774  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4122  DNA polymerase III subunit beta  22.73 
 
 		 366 aa  97.1  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.381174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4065  DNA polymerase III subunit beta  22.73 
 
 		 366 aa  96.7  6e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00365243  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002008  DNA polymerase III beta subunit  22.46 
 
 		 366 aa  96.7  6e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000997729  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4229  DNA polymerase III subunit beta  22.73 
 
 		 366 aa  96.7  6e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0002  DNA polymerase III, beta subunit  20.32 
 
 		 366 aa  96.7  7e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000848773  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0002  DNA polymerase III, beta subunit  20.32 
 
 		 366 aa  96.7  7e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000634429  hitchhiker  0.000143129 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0002  DNA polymerase III, beta subunit  20.32 
 
 		 366 aa  96.7  7e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000637071  unclonable  0.00000000000326658 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0002  DNA polymerase III, beta subunit  20.32 
 
 		 366 aa  96.7  7e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000103765  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1429  DNA polymerase III subunit beta  23.04 
 
 		 375 aa  96.3  8e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.314703  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0002  DNA polymerase III, beta subunit  21.01 
 
 		 366 aa  96.3  8e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000490932  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  22.46 
 
 		 366 aa  95.5  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000276402  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0002  DNA polymerase III subunit beta  22.46 
 
 		 366 aa  95.5  1e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0647653  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03528  hypothetical protein  22.46 
 
 		 366 aa  95.5  1e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0779462  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4049  DNA polymerase III subunit beta  22.73 
 
 		 366 aa  95.9  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.22368  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0002  DNA polymerase III, beta subunit  20.31 
 
 		 372 aa  95.9  1e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0618208  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0002  DNA polymerase III subunit beta  21.96 
 
 		 365 aa  95.9  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000590568  unclonable  0.00000000000512174 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4224  DNA polymerase III subunit beta  22.46 
 
 		 366 aa  95.5  1e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000133889  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4211  DNA polymerase III subunit beta  22.46 
 
 		 366 aa  95.5  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000853421  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3914  DNA polymerase III subunit beta  22.46 
 
 		 366 aa  95.5  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000199842  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>