More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_4681 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_4681  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 277 aa  571  1.0000000000000001e-162  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.399866  hitchhiker  0.000374446 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4328  transcriptional regulator, AraC family  34.15 
 
 		 310 aa  175  6e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.11303 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4136  transcriptional regulator, AraC family  34.41 
 
 		 278 aa  166  4e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.322145  normal  0.588482 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4858  response regulator receiver protein  32.2 
 
 		 279 aa  157  1e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00250208  normal  0.0726035 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5635  transcriptional regulator, AraC family  34.4 
 
 		 282 aa  153  2.9999999999999998e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0154737  normal  0.936217 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4615  helix-turn-helix domain-containing protein  33.21 
 
 		 281 aa  153  2.9999999999999998e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00567057  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1518  transcriptional regulator, AraC family  32.08 
 
 		 288 aa  139  3.9999999999999997e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2509  transcriptional regulator, AraC family  31.76 
 
 		 277 aa  137  2e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2635  transcriptional regulator, AraC family  29.89 
 
 		 285 aa  137  2e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.82539 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3850  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  27.6 
 
 		 275 aa  135  9e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.427371  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10188  transcription regulator  30.8 
 
 		 275 aa  127  2.0000000000000002e-28  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2143  transcriptional regulator, AraC family  25.93 
 
 		 278 aa  116  3.9999999999999997e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0187  cupin 2 domain-containing protein  24.66 
 
 		 277 aa  110  2.0000000000000002e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.778643  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2749  AraC family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 290 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981488  normal  0.351056 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3483  transcriptional regulator, AraC family  22.75 
 
 		 296 aa  72.8  0.000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2607  helix-turn-helix domain-containing protein  30.51 
 
 		 290 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.634815 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4262  transcriptional activator RhaS  23.31 
 
 		 278 aa  68.9  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4331  transcriptional activator RhaS  23.31 
 
 		 278 aa  68.2  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0197402 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4291  transcriptional activator RhaS  23.31 
 
 		 278 aa  68.2  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4437  transcriptional activator RhaS  23.68 
 
 		 278 aa  67.4  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4297  transcriptional activator RhaS  23.31 
 
 		 278 aa  67  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.082999 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0499  AraC family transcriptional regulator  24.36 
 
 		 339 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00811586 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03791  DNA-binding transcriptional activator, L-rhamnose-binding  23.31 
 
 		 278 aa  65.9  0.0000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03740  hypothetical protein  23.31 
 
 		 278 aa  65.9  0.0000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4377  transcriptional activator RhaS  22.93 
 
 		 278 aa  66.2  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4079  transcriptional regulator, AraC family  23.31 
 
 		 278 aa  65.9  0.0000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4135  transcriptional activator RhaS  23.31 
 
 		 278 aa  65.9  0.0000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2401  transcriptional regulator, AraC family  27.74 
 
 		 202 aa  65.9  0.0000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4066  transcriptional activator RhaS  23.68 
 
 		 278 aa  65.9  0.0000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.828841  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4112  transcriptional activator RhaS  23.31 
 
 		 278 aa  65.9  0.0000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5358  transcriptional activator RhaS  23.31 
 
 		 278 aa  65.5  0.0000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2436  AraC family transcriptional regulator  24.54 
 
 		 329 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  24.52 
 
 		 307 aa  64.3  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28660  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  22.83 
 
 		 300 aa  63.9  0.000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3607  transcriptional regulator, AraC family  23.11 
 
 		 284 aa  64.3  0.000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0740  transcriptional activator RhaS  21.45 
 
 		 273 aa  64.3  0.000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0791489 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3842  transcriptional activator RhaS  21.45 
 
 		 273 aa  64.3  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3754  transcriptional activator RhaS  21.45 
 
 		 273 aa  64.3  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  29.53 
 
 		 1201 aa  63.2  0.000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1103  helix-turn-helix domain-containing protein  23.11 
 
 		 298 aa  63.2  0.000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.403298  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4384  transcriptional activator RhaS  22.93 
 
 		 278 aa  63.2  0.000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0197  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 278 aa  62.8  0.000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.160748  normal  0.0260258 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4443  transcriptional activator RhaS  22.56 
 
 		 278 aa  62.8  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2717  AraC family transcriptional regulator  24.05 
 
 		 290 aa  62  0.000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2329  transcriptional regulator, AraC family  26.92 
 
 		 773 aa  61.6  0.00000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4384  AraC family transcriptional regulator  31 
 
 		 312 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.7748  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5065  AraC family transcriptional regulator  31 
 
 		 312 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.289747  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  22.88 
 
 		 289 aa  61.6  0.00000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5795  AraC family transcriptional regulator  31 
 
 		 312 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.112606  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3070  AraC family transcriptional regulator  31 
 
 		 311 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2372  regulatory protein PocR  29.52 
 
 		 303 aa  60.8  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.740068  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2213  regulatory protein PocR  29.52 
 
 		 303 aa  60.8  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.639643  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2159  regulatory protein PocR  29.52 
 
 		 303 aa  60.8  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.385139  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37180  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  35 
 
 		 297 aa  61.6  0.00000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3237  transcriptional regulator, AraC family  23.27 
 
 		 325 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.434177  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0423  AraC family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 331 aa  60.8  0.00000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2259  regulatory protein PocR  29.52 
 
 		 303 aa  60.8  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.746184  normal  0.221956 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3159  AraC family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 296 aa  60.8  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2206  regulatory protein PocR  29.52 
 
 		 303 aa  60.5  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.742166  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2069  AraC family transcriptional regulator  23.44 
 
 		 329 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.020463  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2890  transcriptional regulator, AraC family  33.02 
 
 		 300 aa  60.5  0.00000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.178075  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1106  AraC family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 309 aa  60.1  0.00000004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0681  AraC family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 256 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6122  transcriptional regulator AraC family  24.72 
 
 		 308 aa  60.1  0.00000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.335204  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2212  AraC family transcriptional regulator  21.53 
 
 		 302 aa  60.1  0.00000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1906  AraC family transcriptional regulator  23.44 
 
 		 329 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.166677  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3115  helix-turn-helix domain-containing protein  30 
 
 		 412 aa  59.7  0.00000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3075  AraC family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 317 aa  58.9  0.00000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0516  PAS sensor protein  31.73 
 
 		 255 aa  58.9  0.00000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2786  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 411 aa  58.9  0.00000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.173826  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0314  AraC family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 322 aa  58.9  0.00000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0142  transcriptional regulator, AraC family  29.7 
 
 		 760 aa  58.5  0.0000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4153  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 309 aa  58.5  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.24804 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2843  AraC family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 296 aa  57.8  0.0000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.538425  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3940  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 366 aa  57.8  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.15431 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4477  AraC family transcriptional regulator  21.76 
 
 		 298 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3057  AraC family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 296 aa  57.8  0.0000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.118978  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2435  AraC family transcriptional regulator  22.05 
 
 		 281 aa  57.4  0.0000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.996011  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3181  transcriptional regulator, AraC family  23.66 
 
 		 296 aa  57.4  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.587215 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3069  transcriptional regulator, AraC family  32.69 
 
 		 296 aa  57.4  0.0000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2056  AraC family DNA-binding response regulator  22.5 
 
 		 507 aa  57.8  0.0000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34440  transcriptional regulator MtlR  30.16 
 
 		 301 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000688741  normal  0.560291 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 519 aa  57.4  0.0000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1915  AraC family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 775 aa  58.2  0.0000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000415573  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2926  transcriptional regulator MtlR  30.16 
 
 		 287 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.795893  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2399  AraC family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 324 aa  57  0.0000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1456  transcriptional regulator, AraC family  25.97 
 
 		 271 aa  57.4  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.724936  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2776  AraC family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 296 aa  57  0.0000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0805  AraC family transcriptional regulator  20.07 
 
 		 305 aa  57  0.0000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6660  AraC family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 297 aa  57  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0937  transcriptional regulator, AraC family  24.64 
 
 		 291 aa  57.4  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.127184  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3841  transcriptional activator RhaR  21.89 
 
 		 290 aa  57  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1140  AraC family transcriptional regulator  21.83 
 
 		 258 aa  57  0.0000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0738  transcriptional activator RhaR  21.89 
 
 		 290 aa  57  0.0000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0386443 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0027  transcriptional regulator, AraC family  31.31 
 
 		 412 aa  57  0.0000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2050  AraC family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 284 aa  56.6  0.0000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.192935  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0709  AraC family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 292 aa  56.6  0.0000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0125  transcriptional regulator, AraC family  19.92 
 
 		 300 aa  57  0.0000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20310  transcriptional regulator, AraC family  37.66 
 
 		 295 aa  56.6  0.0000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.944905  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4575  transcriptional regulator  35.37 
 
 		 326 aa  57  0.0000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>