More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_2898 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_2898  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 282 aa  574  1.0000000000000001e-163  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3895  helix-turn-helix domain-containing protein  64.89 
 
 		 282 aa  370  1e-101  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6783  transcriptional regulator, AraC family  23.89 
 
 		 293 aa  86.7  4e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.64784 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4679  transcriptional regulator, AraC family  26.11 
 
 		 293 aa  83.6  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.603206  hitchhiker  0.000201737 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1991  helix-turn-helix domain-containing protein  32.45 
 
 		 286 aa  82.4  0.000000000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4456  transcriptional regulator, AraC family  26.42 
 
 		 261 aa  80.9  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0480733 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2139  transcriptional regulator, AraC family  27.31 
 
 		 282 aa  81.3  0.00000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.669919  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2476  transcriptional regulator, AraC family  25.21 
 
 		 286 aa  80.5  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.315462 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01697  hypothetical protein  28.57 
 
 		 286 aa  80.5  0.00000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5908  transcriptional regulator, AraC family  26.21 
 
 		 286 aa  79.7  0.00000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4367  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 286 aa  79.7  0.00000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0906731 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003334  type III secretion thermoregulatory protein (LcrF,VirF,transcription regulation of virulence plasmid)  28.24 
 
 		 286 aa  79.3  0.00000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3612  helix-turn-helix domain-containing protein  37.14 
 
 		 144 aa  78.6  0.0000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.812981  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5386  transcriptional regulator, AraC family  22.45 
 
 		 270 aa  77.8  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3677  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 282 aa  77.8  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.627004  normal  0.14963 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6177  transcriptional regulator, AraC family  27.06 
 
 		 269 aa  77.8  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0365179 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4790  Helix-turn-helix, AraC domain protein  28.67 
 
 		 268 aa  77.8  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.654902  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02019  transcription regulator protein  34.11 
 
 		 387 aa  75.5  0.0000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2707  transcriptional regulator, AraC family  36.17 
 
 		 150 aa  75.5  0.0000000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.766259  normal  0.0137536 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2899  helix-turn-helix domain-containing protein  37.23 
 
 		 140 aa  75.1  0.000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.555623  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0071  transcriptional regulator, AraC family  33.09 
 
 		 308 aa  75.5  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.462194  normal  0.509071 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0914  transcriptional regulator, AraC family  28.66 
 
 		 290 aa  74.7  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.294163  normal  0.0677642 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5700  transcriptional regulator, AraC family  28.29 
 
 		 269 aa  74.7  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.554273 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0009  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 		 306 aa  74.7  0.000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000070115 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3385  transcriptional regulator, AraC family  30.67 
 
 		 265 aa  73.9  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0356472  normal  0.653501 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3893  helix-turn-helix domain-containing protein  28.67 
 
 		 272 aa  73.9  0.000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3335  AraC family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 150 aa  73.9  0.000000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.602589  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3397  AraC family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 150 aa  73.9  0.000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.287817 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3346  AraC family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 150 aa  73.9  0.000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.143712  normal  0.196941 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5555  transcriptional regulator, AraC family  24.5 
 
 		 271 aa  72.8  0.000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.417705 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0584  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  35.11 
 
 		 164 aa  72.4  0.000000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2634  AraC family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 204 aa  72.4  0.000000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2380  transcriptional regulator, AraC family  37.89 
 
 		 300 aa  72.4  0.000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0838291  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0924  transcriptional regulator, AraC family  26.7 
 
 		 267 aa  72  0.000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.489543  normal  0.138497 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1112  transcriptional regulator, AraC family  29.41 
 
 		 268 aa  72  0.000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.683212  normal  0.130895 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4299  transcriptional regulator, AraC family  37.23 
 
 		 144 aa  71.6  0.00000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.244044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  36.17 
 
 		 303 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12290  Transcriptional regulator, AraC family  35.48 
 
 		 325 aa  70.5  0.00000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5737  transcriptional regulator, AraC family  37.65 
 
 		 164 aa  70.5  0.00000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42390  transcriptional regulator ExsA  24.52 
 
 		 278 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.732807  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0900  transcriptional regulator, AraC family  27.33 
 
 		 269 aa  69.7  0.00000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.899856  normal  0.0742075 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3546  AraC family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 319 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.776433  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4821  AraC family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 319 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.535496  normal  0.116549 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5462  AraC family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 319 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.139699 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4725  AraC family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 319 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.70917  normal  0.0655004 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4462  transcriptional regulator, AraC family  25.97 
 
 		 271 aa  69.3  0.00000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.981211  normal  0.164574 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4142  transcriptional regulator, AraC family  22.83 
 
 		 275 aa  69.3  0.00000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.776945  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5126  AraC family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 357 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2274  AraC family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 307 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.348217  normal  0.470943 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5153  AraC family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 360 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7240  AraC family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 199 aa  68.9  0.00000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.321623  normal  0.193055 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0484  transcriptional regulator  31.75 
 
 		 356 aa  68.9  0.00000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3214  AraC family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 360 aa  69.3  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4548  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 357 aa  68.9  0.00000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5071  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 357 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.509382  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3502  AraC family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 355 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3277  AraC family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 339 aa  68.9  0.00000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4832  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 393 aa  68.2  0.0000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.304205  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3802  Helix-turn-helix, AraC domain protein  22.68 
 
 		 264 aa  68.6  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00633295  normal  0.103646 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0188  transcriptional regulator, AraC family  29.51 
 
 		 286 aa  68.6  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.043939  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6861  AraC family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 350 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.133867  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7634  transcriptional regulator AraC family  36.84 
 
 		 304 aa  67.8  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.63081  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3749  helix-turn-helix domain-containing protein  26.8 
 
 		 272 aa  67.8  0.0000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4443  transcriptional activator RhaS  28.1 
 
 		 278 aa  67.8  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0774  AraC family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 278 aa  67.8  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000960474 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6017  transcriptional regulator, AraC family  23.71 
 
 		 270 aa  68.2  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1602  transcriptional regulator  32 
 
 		 360 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2390  AraC family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 196 aa  67.4  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.245348  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4202  AraC family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 319 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4377  transcriptional activator RhaS  28.1 
 
 		 278 aa  67.4  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4331  transcriptional activator RhaS  28.1 
 
 		 278 aa  67.4  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0197402 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6018  transcriptional regulator, AraC family  32.45 
 
 		 267 aa  67.8  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06300  methylphosphotriester-DNA alkyltransferase  35.79 
 
 		 302 aa  67.8  0.0000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1186  AraC family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 296 aa  67.4  0.0000000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5046  transcriptional regulator, AraC family  31.75 
 
 		 360 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.311453 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4262  transcriptional activator RhaS  29.08 
 
 		 278 aa  67.4  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1063  AraC family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 296 aa  67.4  0.0000000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.81783  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2509  AraC family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 294 aa  66.6  0.0000000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00177278  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4230  transcriptional regulator, AraC family  31.52 
 
 		 363 aa  67  0.0000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1867  AraC family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 312 aa  66.6  0.0000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.122856  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4291  transcriptional activator RhaS  29.71 
 
 		 278 aa  67  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3008  helix-turn-helix domain-containing protein  35.8 
 
 		 149 aa  66.6  0.0000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.501023  normal  0.487473 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0156  helix-turn-helix domain-containing protein  26.53 
 
 		 266 aa  66.2  0.0000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00245012  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0397  AraC/XylS family transcription factor  33.59 
 
 		 396 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0883  AraC family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 322 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.172871 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3182  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 315 aa  66.6  0.0000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000265571 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6884  transcriptional regulator, AraC family  34.48 
 
 		 301 aa  66.2  0.0000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2282  putative transcriptional regulator  32.98 
 
 		 294 aa  66.6  0.0000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6279  AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 338 aa  66.2  0.0000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.147886  normal  0.656807 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1864  AraC family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 410 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.191613  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1956  transcriptional regulator  33.59 
 
 		 396 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.976768  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1098  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  32.54 
 
 		 360 aa  66.2  0.0000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.265022 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4563  transcriptional regulator, AraC family  36.17 
 
 		 255 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0238722  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0009  transcriptional regulator, AraC family  35.8 
 
 		 139 aa  65.9  0.0000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0347  transcriptional regulator, AraC family  28.89 
 
 		 322 aa  65.9  0.0000000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0994  AraC family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 462 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3045  AraC family transcriptional regulator  34 
 
 		 330 aa  65.9  0.0000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1318  AraC family transcriptional regulator  24.04 
 
 		 294 aa  65.9  0.0000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.761239  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4585  transcriptional regulator, AraC family  28.12 
 
 		 291 aa  65.9  0.0000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0477904  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4236  AraC family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 285 aa  65.9  0.0000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.457979 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>