More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ccel_1728 on replicon NC_011898
Organism: Clostridium cellulolyticum H10



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011898  Ccel_1728  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  100 
 
 
672 aa  1349    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0455896  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0714  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  59.36 
 
 
694 aa  823    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000369991  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2449  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  42.41 
 
 
643 aa  526  1e-148  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000629318  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1178  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  40.74 
 
 
677 aa  514  1e-144  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.426785  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2102  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  39.72 
 
 
676 aa  504  1e-141  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.573374 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3385  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  40.73 
 
 
661 aa  491  1e-137  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000070499  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1019  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  40.78 
 
 
686 aa  488  1e-136  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.901496  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1154  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  39.91 
 
 
672 aa  484  1e-135  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.225673  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1344  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  39.49 
 
 
687 aa  483  1e-135  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0642692  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1146  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  39.78 
 
 
654 aa  477  1e-133  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.778055  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1638  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  40.33 
 
 
705 aa  470  1.0000000000000001e-131  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.32153 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10450  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase  39.22 
 
 
678 aa  466  9.999999999999999e-131  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000887819  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1327  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  33.19 
 
 
663 aa  340  5.9999999999999996e-92  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2405  30S ribosomal protein S1  46.15 
 
 
378 aa  305  2.0000000000000002e-81  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2117  30S ribosomal protein S1  46.44 
 
 
378 aa  305  2.0000000000000002e-81  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5522  30S ribosomal protein S1  42.98 
 
 
495 aa  290  7e-77  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25930  30S ribosomal protein S1  42.69 
 
 
495 aa  290  7e-77  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2989  30S ribosomal protein S1  41.89 
 
 
490 aa  287  5e-76  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0790572  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1477  RNA binding S1 domain-containing protein  42.41 
 
 
480 aa  286  8e-76  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.22973  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14990  30S ribosomal protein S1  42.57 
 
 
493 aa  286  1.0000000000000001e-75  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0409109  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2850  RNA binding S1 domain protein  42.2 
 
 
487 aa  285  3.0000000000000004e-75  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000968936  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1329  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  40.24 
 
 
736 aa  284  3.0000000000000004e-75  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000119457  normal  0.0289615 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3020  30S ribosomal protein S1  42.49 
 
 
479 aa  284  5.000000000000001e-75  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.156856  normal  0.0844361 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3005  30S ribosomal protein S1  42.49 
 
 
479 aa  284  5.000000000000001e-75  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3561  30S ribosomal protein S1  42.49 
 
 
481 aa  283  5.000000000000001e-75  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0469219  normal  0.360425 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3051  30S ribosomal protein S1  42.49 
 
 
479 aa  284  5.000000000000001e-75  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11646  30S ribosomal protein S1  42.2 
 
 
481 aa  283  6.000000000000001e-75  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.75465 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3356  30S ribosomal protein S1  42.49 
 
 
481 aa  283  6.000000000000001e-75  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0698685  normal  0.453235 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1292  ribosomal protein S1  40.74 
 
 
720 aa  283  7.000000000000001e-75  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2872  RNA binding S1 domain protein  42.2 
 
 
487 aa  283  8.000000000000001e-75  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2523  RNA binding S1 domain protein  39.83 
 
 
405 aa  281  2e-74  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.270612  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2968  Ribosomal protein S1-like protein  41.55 
 
 
500 aa  281  3e-74  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2193  30S ribosomal protein S1  41.4 
 
 
488 aa  279  1e-73  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.210966  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05300  SSU ribosomal protein S1P  39.61 
 
 
403 aa  279  1e-73  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.467971  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1515  RNA binding S1 domain protein  41.83 
 
 
490 aa  279  1e-73  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.906108  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1191  30S ribosomal protein S1  42.12 
 
 
485 aa  279  1e-73  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00406916  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1623  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  31.62 
 
 
810 aa  279  1e-73  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.603124  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0961  RNA binding S1 domain protein  42.41 
 
 
496 aa  279  1e-73  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2435  RNA binding S1 domain protein  42.69 
 
 
499 aa  278  3e-73  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1229  30S ribosomal protein S1  40.53 
 
 
488 aa  278  3e-73  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.964467  normal  0.190984 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12990  30S ribosomal protein S1  41.16 
 
 
492 aa  277  4e-73  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.927286 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20190  SSU ribosomal protein S1P  40.86 
 
 
496 aa  277  5e-73  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.287124 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1960  RNA binding S1 domain protein  41.76 
 
 
492 aa  277  6e-73  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11140  30S ribosomal protein S1  40.38 
 
 
485 aa  276  7e-73  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.28152  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3198  RNA binding S1 domain protein  41.91 
 
 
488 aa  276  7e-73  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.565242  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0962  RNA binding S1 domain protein  41.64 
 
 
418 aa  275  1.0000000000000001e-72  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.331059  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1882  30S ribosomal protein S1  39.39 
 
 
573 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.48438e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5494  30S ribosomal protein S1  41.33 
 
 
493 aa  273  7e-72  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.117184  normal  0.159849 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1057  30S ribosomal protein S1  37.92 
 
 
492 aa  273  9e-72  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.960366 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3255  30S ribosomal protein S1  40.59 
 
 
584 aa  273  1e-71  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000271492  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2872  RNA binding S1 domain protein  38.71 
 
 
529 aa  271  2e-71  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.569342  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1089  30S ribosomal protein S1  41.57 
 
 
515 aa  271  2e-71  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0119116  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0995  30S ribosomal protein S1  40.59 
 
 
584 aa  272  2e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1079  RNA binding S1 domain protein  41.79 
 
 
427 aa  271  4e-71  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19980  SSU ribosomal protein S1P  41.3 
 
 
407 aa  271  4e-71  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1577  30S ribosomal protein S1  37.66 
 
 
587 aa  271  4e-71  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.00419028  normal  0.668764 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5672  30S ribosomal protein S1  41.33 
 
 
493 aa  271  4e-71  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.457368 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0745  30S ribosomal protein S1  40.11 
 
 
491 aa  270  5.9999999999999995e-71  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.146171  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3034  30S ribosomal protein S1  40.75 
 
 
485 aa  270  5.9999999999999995e-71  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000095518  hitchhiker  0.00573325 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1804  30S ribosomal protein S1  40.46 
 
 
491 aa  269  1e-70  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000000000161597 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0110  RNA binding S1 domain-containing protein  39.94 
 
 
558 aa  269  1e-70  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000433742  normal  0.284586 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2065  30S ribosomal protein S1  40.46 
 
 
491 aa  269  1e-70  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00632138  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2963  30S ribosomal protein S1  36.34 
 
 
593 aa  266  8.999999999999999e-70  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000174303  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0117  RNA binding S1 domain protein  37.82 
 
 
598 aa  266  1e-69  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1467  30S ribosomal protein S1  40.86 
 
 
584 aa  265  3e-69  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000364254  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1176  RNA binding S1 domain protein  37.85 
 
 
644 aa  265  3e-69  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2118  ribosomal protein S1  37.57 
 
 
596 aa  262  1e-68  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000596679  unclonable  0.0000131367 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0147  30S ribosomal protein S1  36.18 
 
 
575 aa  262  2e-68  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.0000000164989  normal  0.503273 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1606  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase  45.1 
 
 
288 aa  260  6e-68  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.236487  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1198  30S ribosomal protein S1  38.03 
 
 
557 aa  259  9e-68  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1233  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  29.56 
 
 
854 aa  259  1e-67  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2169  30S ribosomal protein S1  41.09 
 
 
387 aa  259  1e-67  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000104963  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5663  RNA binding S1 domain protein  37.18 
 
 
595 aa  259  2e-67  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.726551  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1280  30S ribosomal protein S1  37.46 
 
 
559 aa  258  3e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0113187  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1297  30S ribosomal protein S1  36.94 
 
 
599 aa  257  4e-67  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2948  30S ribosomal protein S1  40.46 
 
 
505 aa  258  4e-67  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.188906 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0563  30S ribosomal protein S1  38.57 
 
 
560 aa  257  4e-67  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.647894  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1794  30S ribosomal protein S1  38.46 
 
 
588 aa  257  4e-67  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000217401  normal  0.053041 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1753  30S ribosomal protein S1  37.99 
 
 
555 aa  257  6e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000374073  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2042  30S ribosomal protein S1  37.43 
 
 
555 aa  256  7e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000389287  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3140  30S ribosomal protein S1  40.69 
 
 
493 aa  256  7e-67  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3369  30S ribosomal protein S1  40.69 
 
 
493 aa  256  7e-67  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.412554  normal  0.0109188 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2335  30S ribosomal protein S1  38.2 
 
 
553 aa  256  1.0000000000000001e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.00568908  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2402  30S ribosomal protein S1  37.78 
 
 
555 aa  256  1.0000000000000001e-66  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2396  30S ribosomal protein S1  37.78 
 
 
555 aa  256  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000546021  unclonable  0.0000133254 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0644  30S ribosomal protein S1  36.89 
 
 
611 aa  256  1.0000000000000001e-66  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.35055 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2070  30S ribosomal protein S1  37.78 
 
 
555 aa  256  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000132225  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2066  30S ribosomal protein S1  37.78 
 
 
555 aa  256  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000984925  unclonable  0.00000000000376809 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1437  RNA binding S1 domain protein  36.91 
 
 
400 aa  256  1.0000000000000001e-66  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.245145  normal  0.159598 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1924  30S ribosomal protein S1  37.78 
 
 
555 aa  256  1.0000000000000001e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000191049  unclonable  0.0000000000752303 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2054  30S ribosomal protein S1  37.78 
 
 
555 aa  256  1.0000000000000001e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000199699  unclonable  0.0000339472 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2279  30S ribosomal protein S1  37.78 
 
 
555 aa  256  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000133831  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1330  ribosomal protein S1  36.19 
 
 
560 aa  256  1.0000000000000001e-66  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000364638  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1977  30S ribosomal protein S1  37.78 
 
 
555 aa  256  1.0000000000000001e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000796646  unclonable  0.000000000124259 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4661  SSU ribosomal protein S1P  36.09 
 
 
609 aa  255  2.0000000000000002e-66  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0143658  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2073  30S ribosomal protein S1  37.22 
 
 
555 aa  255  2.0000000000000002e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000721785  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0349  30S ribosomal protein S1  39.04 
 
 
586 aa  254  3e-66  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.000000000135822  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2298  30S ribosomal protein S1  37.43 
 
 
555 aa  254  3e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000879863  unclonable  0.000000000196055 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2015  RNA-binding S1 domain-containing protein  36.81 
 
 
411 aa  254  4.0000000000000004e-66  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0652883  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0418  30S ribosomal protein S1  37.67 
 
 
591 aa  254  4.0000000000000004e-66  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000167097  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>