More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_2015 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_2015  phage integrase family site specific recombinase  100 
 
 
390 aa  811  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2626  phage integrase family protein  41.24 
 
 
393 aa  302  5e-81  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000269871  normal  0.0831358 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2292  phage integrase family protein  40.21 
 
 
393 aa  295  1e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.919949  normal  0.20238 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2942  phage integrase family protein  40.83 
 
 
392 aa  278  8e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  9.83731e-14 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3579  integrase  40.05 
 
 
389 aa  268  2e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  7.45226e-13 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1639  phage integrase family protein  38.23 
 
 
403 aa  267  3e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0427266  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0072  hypothetical protein  30.55 
 
 
406 aa  181  3e-44  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1066  hypothetical protein  31.19 
 
 
414 aa  176  8e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1088  hypothetical protein  31.19 
 
 
414 aa  176  9e-43  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3273  phage integrase family protein  32.65 
 
 
401 aa  172  1e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0956673  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2668  phage integrase family site specific recombinase  29.55 
 
 
411 aa  171  1e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3410  integrase family protein  32.4 
 
 
401 aa  171  3e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.134022  hitchhiker  0.000868318 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2486  hypothetical protein  29.17 
 
 
413 aa  165  1e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2845  phage integrase family protein  28.96 
 
 
409 aa  160  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.809863  normal  0.121401 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1571  site-specific recombinase, phage integrase family  29.62 
 
 
409 aa  157  2e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0359454  decreased coverage  6.98249e-07 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2650  integrase family protein  30 
 
 
410 aa  147  2e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0205154  hitchhiker  3.95125e-06 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3013  phage integrase family site specific recombinase  30.24 
 
 
419 aa  145  8e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3754  integrase family protein  26.95 
 
 
407 aa  141  2e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.290204  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0948  putative integrase  28.98 
 
 
385 aa  140  3e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0939  phage integrase family site specific recombinase  27.68 
 
 
406 aa  140  3e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.456123  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1046  integrase family protein  28.05 
 
 
410 aa  140  4e-32  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000192278  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3823  phage-related integrase  28.93 
 
 
403 aa  139  6e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2656  phage integrase family site specific recombinase  27.74 
 
 
395 aa  132  1e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000325439  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0362  phage integrase family site specific recombinase  27.46 
 
 
402 aa  132  2e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.613827  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0388  phage integrase family site specific recombinase  27.23 
 
 
429 aa  130  5e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1726  phage integrase family protein  27.81 
 
 
395 aa  128  2e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0615  Phage integrase  27.01 
 
 
399 aa  127  2e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.862313  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15350  putative integrase  27.74 
 
 
400 aa  127  4e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  7.70896e-14  unclonable  1.43377e-21 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004339  integrase  27.48 
 
 
398 aa  125  9e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3887  integrase family protein  26.22 
 
 
404 aa  124  2e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2546  phage integrase family protein  27.48 
 
 
400 aa  125  2e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.40023  hitchhiker  0.00168033 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001829  integrase  27.11 
 
 
405 aa  124  4e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.854488  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2828  integrase family protein  26.09 
 
 
396 aa  124  4e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0306  site-specific recombinase, phage integrase family  25.77 
 
 
410 aa  124  4e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.644103 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0354  Phage integrase  27.13 
 
 
402 aa  123  7e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0064  integrative genetic element Gsu32, integrase  25.81 
 
 
439 aa  123  7e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3455  integrase family protein  25.97 
 
 
410 aa  122  8e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0395  phage integrase family protein  27.09 
 
 
396 aa  122  9e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.436905  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2279  Phage integrase  27.61 
 
 
414 aa  121  2e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0066545  normal  0.0551798 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2021  phage integrase family protein  27.76 
 
 
418 aa  121  3e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.713949  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0927  phage integrase family protein  28.11 
 
 
425 aa  120  3e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000881827 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0308  integrase or site-specific recombinase  26.89 
 
 
414 aa  120  4e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0112  phage integrase family site specific recombinase  26.89 
 
 
409 aa  120  4e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.246788  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0097  phage integrase family site specific recombinase  26.89 
 
 
409 aa  120  5e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.89883  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0053  integrase family protein  26.22 
 
 
391 aa  119  8e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.613927 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0299  phage integrase family site specific recombinase  26.02 
 
 
394 aa  119  9e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000127187 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2709  putative prophage integrase  27.88 
 
 
418 aa  118  2e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.865285 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3396  integrase family protein  25.5 
 
 
414 aa  117  4e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.194125  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2900  phage integrase family protein  25.89 
 
 
432 aa  117  4e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4002  phage integrase family site specific recombinase  25.95 
 
 
387 aa  117  4e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2211  phage integrase  25.73 
 
 
423 aa  116  6e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.684899  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1262  integrase family protein  27.46 
 
 
418 aa  116  6e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.528936  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0329  site-specific recombinase, phage integrase family protein  25.2 
 
 
402 aa  116  7e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0019463  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3540  phage integrase family protein  26.85 
 
 
420 aa  115  1e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.216413  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2751  integrase family protein  26.22 
 
 
415 aa  115  1e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.606598  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3385  site-specific recombinase, phage integrase family  23.8 
 
 
391 aa  115  1e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.059991  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1130  integrase family protein  28.68 
 
 
418 aa  114  4e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3281  integrase family protein  27.44 
 
 
387 aa  114  4e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3353  phage integrase family protein  25.89 
 
 
393 aa  113  5e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2638  integrase  25.58 
 
 
409 aa  113  7e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  decreased coverage  9.23997e-16 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3112  integrase family protein  28.09 
 
 
418 aa  112  8e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5344  site-specific recombinase, phage integrase family  23.23 
 
 
402 aa  112  1e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3232  integrase family protein  23.88 
 
 
434 aa  112  1e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.068813  normal  0.462781 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0318  hypothetical protein  26.8 
 
 
515 aa  111  2e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2142  phage integrase  25.77 
 
 
418 aa  112  2e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.306676  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0805  integrase family protein  25.53 
 
 
433 aa  111  2e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00339873 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2823  putative phage integrase  26.94 
 
 
440 aa  110  3e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.339344  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3563  integrase family protein  25.77 
 
 
418 aa  110  3e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1172  integrase family protein  25.77 
 
 
418 aa  110  3e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.69238  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2675  hypothetical protein  24.57 
 
 
443 aa  110  4e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5324  integrase  26.8 
 
 
395 aa  110  6e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0496  phage integrase  26.29 
 
 
418 aa  109  8e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2217  integrase family protein  26.51 
 
 
418 aa  108  1e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.664863  normal  0.427624 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1709  putative phage integrase  23.94 
 
 
446 aa  109  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.558135  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6547  integrase family protein  24.44 
 
 
455 aa  108  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00352142  normal  0.0182485 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0831  Phage integrase  23.78 
 
 
400 aa  108  2e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00496745  hitchhiker  9.71423e-06 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3266  site-specific recombinase, phage integrase family  27.03 
 
 
367 aa  108  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.220935  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3683  phage integrase family protein  24.81 
 
 
444 aa  108  2e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1859  phage integrase family protein  22.4 
 
 
427 aa  107  3e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0222826  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2489  putative integrase protein  25.06 
 
 
417 aa  107  3e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3232  phage integrase family site specific recombinase  25.33 
 
 
409 aa  107  3e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0357  integrase family protein  28.08 
 
 
389 aa  107  5e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3372  integrase family protein  24.57 
 
 
601 aa  106  6e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4814  site-specific recombinase, phage integrase family protein  26.46 
 
 
422 aa  106  7e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.751833  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3617  phage integrase family protein  24.67 
 
 
390 aa  106  7e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4153  phage integrase family site specific recombinase  25.32 
 
 
397 aa  105  1e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.448481  normal  0.0214927 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0108  integrase family protein  24.24 
 
 
389 aa  105  1e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3213  integrase family protein  25.21 
 
 
388 aa  103  4e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03468  hypothetical protein  24.94 
 
 
394 aa  103  6e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.457385  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03516  Int  24.94 
 
 
394 aa  103  6e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.465426  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0317  phage integrase  26.12 
 
 
404 aa  102  8e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3062  phage integrase  26.26 
 
 
418 aa  102  9e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.361431  normal  0.0996208 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4753  phage integrase family site specific recombinase  25.56 
 
 
421 aa  102  1e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0463  phage integrase family protein  25.83 
 
 
420 aa  102  1e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0356989 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2336  Phage integrase  22.06 
 
 
426 aa  102  1e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1721  phage integrase  25.19 
 
 
413 aa  102  1e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.749059  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1254  integrase family protein  22.82 
 
 
406 aa  102  2e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0444  integrase family protein  24.03 
 
 
461 aa  101  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.737271 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0064  Phage integrase  25.48 
 
 
420 aa  101  2e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1675  Phage integrase  24.44 
 
 
419 aa  101  2e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>