More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_3754 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010465  YPK_3754  integrase family protein  100 
 
 		 407 aa  843    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.290204  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0939  phage integrase family site specific recombinase  46.73 
 
 		 406 aa  386  1e-106  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.456123  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1571  site-specific recombinase, phage integrase family  46.12 
 
 		 409 aa  382  1e-105  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0359454  decreased coverage  0.000000698249 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2668  phage integrase family site specific recombinase  46.02 
 
 		 411 aa  375  1e-103  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0388  phage integrase family site specific recombinase  35.39 
 
 		 429 aa  288  1e-76  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2942  phage integrase family protein  32.43 
 
 		 392 aa  182  7e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000983731 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3273  phage integrase family protein  31.05 
 
 		 401 aa  181  2e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0956673  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3410  integrase family protein  30.63 
 
 		 401 aa  177  3e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.134022  hitchhiker  0.000868318 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3579  integrase  29.46 
 
 		 389 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000745226 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2626  phage integrase family protein  29.38 
 
 		 393 aa  174  1.9999999999999998e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000269871  normal  0.0831358 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2292  phage integrase family protein  29.9 
 
 		 393 aa  168  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.919949  normal  0.20238 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2845  phage integrase family protein  28.02 
 
 		 409 aa  168  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.809863  normal  0.121401 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2486  hypothetical protein  29.05 
 
 		 413 aa  167  2.9999999999999998e-40  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2650  integrase family protein  29.33 
 
 		 410 aa  164  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0205154  hitchhiker  0.00000395125 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1639  phage integrase family protein  28.75 
 
 		 403 aa  162  1e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0427266  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0072  hypothetical protein  28.02 
 
 		 406 aa  147  3e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1066  hypothetical protein  26.6 
 
 		 414 aa  145  9e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1088  hypothetical protein  26.33 
 
 		 414 aa  145  1e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2015  phage integrase family site specific recombinase  26.95 
 
 		 390 aa  141  1.9999999999999998e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3013  phage integrase family site specific recombinase  28.54 
 
 		 419 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2900  phage integrase family protein  27.06 
 
 		 432 aa  137  4e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3540  phage integrase family protein  29.34 
 
 		 420 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.216413  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1377  integrase family protein  28.29 
 
 		 404 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.421262  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0948  putative integrase  28.65 
 
 		 385 aa  130  6e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1403  integrase family protein  28.05 
 
 		 404 aa  127  3e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001829  integrase  24.88 
 
 		 405 aa  126  7e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.854488  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2870  integrase family protein  27.72 
 
 		 404 aa  123  7e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3149  integrase family protein  27.05 
 
 		 402 aa  122  9.999999999999999e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0054  phage integrase family site specific recombinase  25.62 
 
 		 422 aa  118  1.9999999999999998e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0374  site-specific recombinase, phage integrase family  26.1 
 
 		 396 aa  118  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.324346  normal  0.794104 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4162  integrase family protein  25.37 
 
 		 422 aa  116  6e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.806899  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4070  site-specific recombinase, phage integrase family  24.69 
 
 		 439 aa  116  6e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3996  phage integrase family protein  26.08 
 
 		 389 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.243095  normal  0.464149 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0393  integrase family protein  25.91 
 
 		 403 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000451154 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2546  phage integrase family protein  27.72 
 
 		 400 aa  112  8.000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.40023  hitchhiker  0.00168033 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0329  site-specific recombinase, phage integrase family protein  26.5 
 
 		 402 aa  112  8.000000000000001e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0019463  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0299  phage integrase family site specific recombinase  27.45 
 
 		 394 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000127187 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3455  integrase family protein  23.51 
 
 		 410 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3853  phage integrase family site specific recombinase  26.08 
 
 		 404 aa  112  2.0000000000000002e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0234676 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0925  integrase family protein  26.08 
 
 		 404 aa  111  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0884  phage integrase family site specific recombinase  26.08 
 
 		 404 aa  111  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4738  integrase  26.37 
 
 		 396 aa  110  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.657187  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2656  phage integrase family site specific recombinase  26.49 
 
 		 395 aa  109  7.000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000325439  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3469  integrase family protein  26.94 
 
 		 433 aa  108  1e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0423889 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0064  Phage integrase  26.04 
 
 		 420 aa  108  2e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1839  phage integrase family protein  26.7 
 
 		 414 aa  108  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3779  phage integrase family protein  25.43 
 
 		 404 aa  108  2e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.794944 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1046  integrase family protein  26.05 
 
 		 410 aa  107  3e-22  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000192278  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1229  integrase family protein  24.75 
 
 		 402 aa  107  4e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.308607  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4160  phage integrase family protein  24.21 
 
 		 419 aa  107  4e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0690268  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0615  Phage integrase  25.5 
 
 		 399 aa  107  5e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.862313  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0354  Phage integrase  26.49 
 
 		 402 aa  106  7e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3112  site-specific recombinase, phage integrase family protein  25.85 
 
 		 394 aa  106  9e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0338398 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3997  integrase family protein  23.98 
 
 		 419 aa  105  1e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3935  site-specific recombinase, phage integrase family  24.43 
 
 		 420 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.191126  decreased coverage  0.00000299734 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3377  site-specific recombinase, phage integrase family protein  25.59 
 
 		 394 aa  104  2e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3823  phage-related integrase  25.74 
 
 		 403 aa  104  3e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2875  phage integrase family protein  24.74 
 
 		 422 aa  104  3e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.698524  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15350  putative integrase  27.23 
 
 		 400 aa  104  3e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000000000770896  unclonable  1.43377e-21 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2709  putative prophage integrase  25.27 
 
 		 418 aa  104  4e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.865285 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1170  phage integrase family protein  24.12 
 
 		 412 aa  103  4e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00333929  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3396  integrase family protein  25.83 
 
 		 414 aa  103  6e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.194125  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0968  cp4-like integrase protein  26.61 
 
 		 391 aa  103  7e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0308  integrase or site-specific recombinase  24.32 
 
 		 414 aa  102  9e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0097  phage integrase family site specific recombinase  24.32 
 
 		 409 aa  102  1e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.89883  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0112  phage integrase family site specific recombinase  24.32 
 
 		 409 aa  102  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.246788  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1726  phage integrase family protein  25.88 
 
 		 395 aa  102  1e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0064  integrative genetic element Gsu32, integrase  23.13 
 
 		 439 aa  102  2e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0362  phage integrase family site specific recombinase  26.94 
 
 		 402 aa  101  2e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.613827  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3232  integrase family protein  25.41 
 
 		 434 aa  102  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.068813  normal  0.462781 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0053  integrase family protein  25.13 
 
 		 391 aa  101  2e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.613927 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2638  integrase  25 
 
 		 409 aa  102  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  decreased coverage  9.23997e-16 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0108  integrase family protein  24.08 
 
 		 389 aa  101  3e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2119  integrative genetic element Gsu56, integrase  22.12 
 
 		 453 aa  101  3e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5032  integrase  25.64 
 
 		 417 aa  101  3e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3887  integrase family protein  24.42 
 
 		 404 aa  100  3e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2751  integrase family protein  25.38 
 
 		 415 aa  100  3e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.606598  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03516  Int  25.67 
 
 		 394 aa  100  4e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.465426  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0666  integrase  25.92 
 
 		 395 aa  100  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.214947  hitchhiker  0.000000824162 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3121  phage integrase family protein  22.92 
 
 		 449 aa  100  4e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03468  hypothetical protein  25.67 
 
 		 394 aa  100  4e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.457385  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0306  site-specific recombinase, phage integrase family  25.69 
 
 		 410 aa  100  5e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.644103 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0061  integrase family protein  25.06 
 
 		 396 aa  100  7e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5344  site-specific recombinase, phage integrase family  25.19 
 
 		 402 aa  99.8  8e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004339  integrase  25.43 
 
 		 398 aa  99.8  8e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0317  phage integrase  22.74 
 
 		 404 aa  99.8  8e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3372  integrase family protein  26.05 
 
 		 601 aa  99  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01122  integrase  23.81 
 
 		 410 aa  98.6  2e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0805  integrase family protein  23.94 
 
 		 433 aa  98.6  2e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00339873 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4814  site-specific recombinase, phage integrase family protein  26.5 
 
 		 422 aa  97.8  3e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.751833  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04051  site-specific recombinase, phage integrase family protein  27.01 
 
 		 415 aa  97.4  4e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1216  phage integrase family protein  24 
 
 		 402 aa  97.4  4e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.190832  normal  0.145773 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1354  phage integrase  24.54 
 
 		 404 aa  97.1  5e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226935  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1143  phage integrase family protein  25.06 
 
 		 412 aa  96.7  6e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40500  Phage integrase  26.41 
 
 		 401 aa  96.7  7e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2828  integrase family protein  25.19 
 
 		 396 aa  96.7  8e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4153  phage integrase family site specific recombinase  25.36 
 
 		 397 aa  95.5  1e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.448481  normal  0.0214927 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1859  phage integrase family protein  23.5 
 
 		 427 aa  95.9  1e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0222826  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3232  phage integrase family site specific recombinase  23.1 
 
 		 409 aa  95.1  2e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2977  integrase family protein  25.23 
 
 		 429 aa  95.1  2e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>