More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_4297 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_4297  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  100 
 
 
296 aa  559  1e-158  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.315349  decreased coverage  0.00178163 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1437  inner-membrane translocator  79.93 
 
 
297 aa  444  1e-124  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.522267  hitchhiker  3.79274e-06 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5147  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  81.36 
 
 
299 aa  437  1e-121  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.117358  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2989  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  70.55 
 
 
293 aa  400  1e-110  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.115957  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0550  inner-membrane translocator  71.23 
 
 
293 aa  400  1e-110  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.255736  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43530  amino acid ABC transporter-like protein  72.26 
 
 
293 aa  396  1e-109  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0533478  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2986  inner-membrane translocator  72.51 
 
 
293 aa  388  1e-107  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.286251  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2768  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  72.51 
 
 
293 aa  387  1e-106  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0848238  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3874  inner-membrane translocator  65.75 
 
 
293 aa  366  1e-100  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.160659 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3492  inner-membrane translocator  65.41 
 
 
293 aa  367  1e-100  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3800  inner-membrane translocator  65.41 
 
 
293 aa  367  1e-100  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.469116  normal  0.955686 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2545  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  63.36 
 
 
293 aa  356  3e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.281842  normal  0.322886 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43770  inner-membrane translocator  66.67 
 
 
293 aa  352  5e-96  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.150883  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2749  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  64.38 
 
 
293 aa  347  1e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0611972  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3004  inner-membrane translocator  64.38 
 
 
293 aa  347  2e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.961727  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7157  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  59.93 
 
 
293 aa  347  2e-94  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.751279  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0251  inner-membrane translocator  58.42 
 
 
304 aa  317  2e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.477771  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0216  inner-membrane translocator  57.1 
 
 
304 aa  311  1e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2723  inner-membrane translocator  58.61 
 
 
304 aa  307  1e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.956007  normal  0.40389 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0262  inner-membrane translocator  58.28 
 
 
304 aa  300  2e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0785  inner-membrane translocator  54.07 
 
 
309 aa  296  2e-79  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3609  inner-membrane translocator  51.79 
 
 
309 aa  296  2e-79  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.566086 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5008  inner-membrane translocator  52.77 
 
 
309 aa  296  3e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0115  inner-membrane translocator  49.07 
 
 
328 aa  286  3e-76  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.342029  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0376  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein livH  49.54 
 
 
329 aa  286  3e-76  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.262788  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0050  inner-membrane translocator  50 
 
 
326 aa  284  1e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.681115 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1157  inner-membrane translocator  52.44 
 
 
309 aa  280  2e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0568  putative branched-chain amino acid transport system permease  54.4 
 
 
310 aa  280  3e-74  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.451582  normal  0.0433103 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2219  inner-membrane translocator  51.39 
 
 
329 aa  277  1e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.515204  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0468  inner-membrane translocator  51.95 
 
 
309 aa  277  1e-73  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0918895  normal  0.15939 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0459  inner-membrane translocator  51.62 
 
 
309 aa  277  2e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.575619  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3436  inner-membrane translocator  53.7 
 
 
309 aa  274  1e-72  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00170509 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4006  inner-membrane translocator  49.69 
 
 
328 aa  274  1e-72  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3363  inner-membrane translocator  51.47 
 
 
309 aa  273  3e-72  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2277  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  50.46 
 
 
329 aa  271  1e-71  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.750282  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0952  inner-membrane translocator  50.46 
 
 
329 aa  271  1e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.778848 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0602  inner-membrane translocator  54.07 
 
 
309 aa  267  2e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.650417  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3540  inner-membrane translocator  51.95 
 
 
309 aa  261  7e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.740436  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5037  inner-membrane translocator  54.1 
 
 
315 aa  258  7e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.941694  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1596  inner-membrane translocator  46.02 
 
 
292 aa  197  2e-49  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2283  inner-membrane translocator  37.76 
 
 
295 aa  196  3e-49  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3508  inner-membrane translocator  39.12 
 
 
297 aa  185  1e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.771205  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1833  inner-membrane translocator  37.16 
 
 
297 aa  182  7e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.576158  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0298  inner-membrane translocator  36.73 
 
 
297 aa  177  2e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0907201  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3415  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.8 
 
 
297 aa  176  3e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_816  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.08 
 
 
294 aa  176  4e-43  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.648564  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0945  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  36.08 
 
 
294 aa  176  5e-43  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.501106  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3841  inner-membrane translocator  36.61 
 
 
294 aa  174  2e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00122547  normal  0.924093 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2609  inner-membrane translocator  35.81 
 
 
297 aa  174  2e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000402  High-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein LivH  35.14 
 
 
297 aa  174  2e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.721803  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0829  inner-membrane translocator  35.4 
 
 
294 aa  172  5e-42  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3135  inner-membrane translocator  34.12 
 
 
297 aa  172  7e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.85693 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1423  inner-membrane translocator  36.03 
 
 
290 aa  171  1e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.36442  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3499  inner-membrane translocator  35.84 
 
 
291 aa  165  1e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0402  inner-membrane translocator  36.95 
 
 
296 aa  164  2e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5288  inner-membrane translocator  39.86 
 
 
295 aa  159  4e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.653195  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4940  inner-membrane translocator  35.84 
 
 
291 aa  158  9e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5716  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  34.8 
 
 
297 aa  155  7e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.010418  normal  0.660211 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4177  inner-membrane translocator  35.47 
 
 
297 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1568  inner-membrane translocator  35.14 
 
 
297 aa  152  5e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.308629  normal  0.422459 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4095  inner-membrane translocator  38.98 
 
 
294 aa  152  7e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2307  inner-membrane translocator  37.37 
 
 
297 aa  151  1e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00760667 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4573  inner-membrane translocator  34.8 
 
 
301 aa  151  1e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1862  inner-membrane translocator  35.37 
 
 
297 aa  151  2e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.57457  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0544  inner-membrane translocator  41.5 
 
 
293 aa  149  4e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0624  inner-membrane translocator  41.84 
 
 
293 aa  150  4e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.568796  normal  0.149845 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2444  inner-membrane translocator  34.75 
 
 
304 aa  149  8e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1558  inner-membrane translocator  34.12 
 
 
297 aa  147  3e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3831  inner-membrane translocator  39.86 
 
 
296 aa  145  6e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4063  inner-membrane translocator  36.73 
 
 
292 aa  145  7e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2753  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  33.45 
 
 
290 aa  144  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0110353  normal  0.248126 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2425  inner-membrane translocator  40.89 
 
 
293 aa  144  3e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0137  inner-membrane translocator  35.74 
 
 
302 aa  143  4e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2359  inner-membrane translocator  36.95 
 
 
292 aa  141  1e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.538804 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3208  inner-membrane translocator  29.97 
 
 
309 aa  140  3e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.805935  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3001  inner-membrane translocator  31.09 
 
 
338 aa  139  5e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.893544 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1544  inner-membrane translocator  37.71 
 
 
297 aa  139  5e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0346312  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0478  inner-membrane translocator  33.67 
 
 
290 aa  138  9e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.164888  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2378  inner-membrane translocator  35.5 
 
 
304 aa  137  2e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0031  inner-membrane translocator  38.85 
 
 
293 aa  137  3e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2362  inner-membrane translocator  35.17 
 
 
291 aa  135  6e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016238  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3796  inner-membrane translocator  30.29 
 
 
309 aa  135  6e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1875  inner-membrane translocator  30.29 
 
 
309 aa  135  8e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.152214  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0528  inner-membrane translocator  31.86 
 
 
292 aa  135  1e-30  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00118598  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3364  inner-membrane translocator  30.74 
 
 
309 aa  134  1e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.320486 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2712  inner-membrane translocator  30.74 
 
 
309 aa  134  1e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0271  inner-membrane translocator  29.64 
 
 
319 aa  133  3e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.297409  normal  0.531451 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1288  inner-membrane translocator  30.84 
 
 
309 aa  130  2e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2105  inner-membrane translocator  30.52 
 
 
309 aa  130  2e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3172  inner-membrane translocator  29.93 
 
 
309 aa  129  4e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.538875  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4796  inner-membrane translocator  34.9 
 
 
290 aa  128  1e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212285  normal  0.40666 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3164  inner-membrane translocator  37.41 
 
 
296 aa  126  5e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0109839  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5354  inner-membrane translocator  28.99 
 
 
309 aa  125  7e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.764467 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0892  inner-membrane translocator  31.38 
 
 
290 aa  124  1e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4820  inner-membrane translocator  33.22 
 
 
290 aa  124  2e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0225289  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7078  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein livH  31.4 
 
 
292 aa  124  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.666733  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3535  inner-membrane translocator  30.48 
 
 
291 aa  124  3e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.152281  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0505  inner-membrane translocator  29.83 
 
 
293 aa  123  4e-27  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0978839  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2728  inner-membrane translocator  29.77 
 
 
311 aa  123  4e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.613747  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2129  inner-membrane translocator  31.54 
 
 
294 aa  121  1e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>