More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7622 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011981  Avi_7622  ABC transporter substrate binding protein (iron)  100 
 
 		 429 aa  870    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2635  iron chelate ABC transporter periplasmic iron/siderophore-binding protein  41.83 
 
 		 363 aa  313  3.9999999999999997e-84  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  3.97529e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2720  periplasmic binding protein  41.83 
 
 		 363 aa  313  3.9999999999999997e-84  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000000254593  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0745  periplasmic binding protein  41.71 
 
 		 407 aa  305  1.0000000000000001e-81  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.300436 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1701  periplasmic binding protein  43.14 
 
 		 365 aa  302  8.000000000000001e-81  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2539  periplasmic binding protein  41.16 
 
 		 368 aa  301  2e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2718  periplasmic binding protein  39.44 
 
 		 360 aa  269  5.9999999999999995e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.410203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1702  periplasmic binding protein  37.01 
 
 		 364 aa  260  3e-68  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0467  Fe(III) dicitrate ABC transporter, permease  36.02 
 
 		 384 aa  229  7e-59  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2735  putative iron complex transport system substrate-binding protein  32.58 
 
 		 427 aa  226  8e-58  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0180927  decreased coverage  0.0000609348 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3040  periplasmic binding protein  31.88 
 
 		 375 aa  184  3e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.174043  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1235  periplasmic binding protein  31.42 
 
 		 375 aa  182  8.000000000000001e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1708  periplasmic binding protein  29.91 
 
 		 392 aa  182  1e-44  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4418  periplasmic binding protein  33.43 
 
 		 377 aa  180  4.999999999999999e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.468441 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2758  periplasmic binding protein  32.56 
 
 		 373 aa  177  3e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.593995  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1097  periplasmic binding protein  30.49 
 
 		 373 aa  170  4e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.508447  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2669  putative ABC transporter, periplasmic iron siderophore/cobalamin-binding protein  32.17 
 
 		 389 aa  161  2e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2751  periplasmic binding protein  32.17 
 
 		 389 aa  161  2e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.369256  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1538  putative ABC transporter periplasmic iron siderophore/cobalamin-binding protein  32.17 
 
 		 381 aa  161  2e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.204367 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1221  ABC transporter substrate binding protein (iron)  30.84 
 
 		 406 aa  156  6e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3089  periplasmic binding protein  30.38 
 
 		 375 aa  153  5e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1220  ABC transporter substrate binding protein (iron)  28.77 
 
 		 383 aa  150  4e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0484482  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2696  periplasmic binding protein  30.47 
 
 		 377 aa  149  8e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.773462  normal  0.636131 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2249  periplasmic binding protein  30.05 
 
 		 378 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.254495 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3531  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system periplasmic component-like protein  28.38 
 
 		 382 aa  141  1.9999999999999998e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.826718  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2027  periplasmic binding protein  30.33 
 
 		 378 aa  141  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.683361  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0283  periplasmic binding protein  29.28 
 
 		 383 aa  140  3.9999999999999997e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.996344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2567  periplasmic binding protein  27.43 
 
 		 365 aa  136  9e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0204616  normal  0.363885 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0816  periplasmic binding protein  29.24 
 
 		 366 aa  135  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0919646  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0816  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  29.24 
 
 		 366 aa  135  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0154  hypothetical protein  29.24 
 
 		 366 aa  135  1.9999999999999998e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000656293 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3611  periplasmic binding protein  29.51 
 
 		 380 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.486041  normal  0.0848378 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1693  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system periplasmic component-like protein  28.33 
 
 		 370 aa  133  6.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4771  periplasmic binding protein  28.12 
 
 		 370 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3141  periplasmic binding protein  25.87 
 
 		 371 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3900  periplasmic binding protein  26.37 
 
 		 386 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1100  ABC transporter, substrate binding protein  28.92 
 
 		 374 aa  129  8.000000000000001e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0595516  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4077  periplasmic binding protein  25.85 
 
 		 383 aa  129  8.000000000000001e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1058  periplasmic binding protein  28.45 
 
 		 370 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.530502  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1240  periplasmic binding protein  26.88 
 
 		 372 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1015  periplasmic binding protein  28.7 
 
 		 371 aa  127  4.0000000000000003e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.543354 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3035  periplasmic binding protein  26.99 
 
 		 372 aa  122  8e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.938947  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2140  periplasmic binding protein  26.38 
 
 		 394 aa  121  1.9999999999999998e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.07383  normal  0.925288 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7105  ABC Fe3+-hydroxamate transporter, periplasmic ligand binding protein  28.74 
 
 		 401 aa  121  3e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.320123  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3000  periplasmic binding protein  28.93 
 
 		 369 aa  119  7.999999999999999e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.796809  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0573  ABC transporter, substrate binding protein  27.79 
 
 		 374 aa  119  7.999999999999999e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.470776  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0797  periplasmic binding protein  29.68 
 
 		 367 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0161104  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2755  ABC transporter, substrate binding protein  26.4 
 
 		 375 aa  117  3.9999999999999997e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.0000138231  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1127  periplasmic binding protein  28.57 
 
 		 368 aa  117  5e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2194  ferrichrome/ferrioxamine B periplasmic transporter  24.13 
 
 		 377 aa  111  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.301282  normal  0.0100465 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4137  ferrichrome/ferrioxamine B periplasmic transporter  26.16 
 
 		 365 aa  110  5e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0025  FMN-binding domain protein  28.61 
 
 		 517 aa  96.3  1e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1216  copper amine oxidase domain-containing protein  28.2 
 
 		 478 aa  94  4e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000673824  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3729  periplasmic binding protein  29.67 
 
 		 312 aa  92.8  1e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0685211  hitchhiker  0.00414028 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1185  periplasmic binding protein  27.91 
 
 		 354 aa  92  2e-17  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.306422  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1774  periplasmic binding protein  25 
 
 		 363 aa  90.5  6e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.363885 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1042  periplasmic binding protein  27.03 
 
 		 354 aa  90.1  7e-17  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2617  periplasmic binding protein  26.96 
 
 		 380 aa  88.6  2e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1422  periplasmic binding protein  24.8 
 
 		 333 aa  86.7  8e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.158314 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1597  periplasmic binding protein  26.8 
 
 		 409 aa  86.7  8e-16  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.465677  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  26.23 
 
 		 318 aa  85.1  0.000000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0890  ABC-transporter periplasmic-binding component  26.67 
 
 		 344 aa  84.7  0.000000000000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00338938  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1093  V-type ATPase, 116 kDa subunit  27.17 
 
 		 376 aa  84.3  0.000000000000004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  27.38 
 
 		 318 aa  84  0.000000000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0029  periplasmic binding protein  24.71 
 
 		 361 aa  83.2  0.000000000000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0286  periplasmic binding protein  25.82 
 
 		 338 aa  82.4  0.00000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.234357  normal  0.193996 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1321  periplasmic binding protein  25.41 
 
 		 366 aa  82.4  0.00000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.77394  normal  0.0125945 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  25 
 
 		 483 aa  82.8  0.00000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2225  periplasmic binding protein  27.98 
 
 		 348 aa  82  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000231713  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0972  periplasmic binding protein  25 
 
 		 429 aa  81.6  0.00000000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4774  periplasmic binding protein  27.56 
 
 		 311 aa  81.6  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.739783  normal  0.472075 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3079  periplasmic binding protein  29.06 
 
 		 291 aa  81.3  0.00000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.498127  normal  0.441233 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1314  periplasmic binding protein  25.61 
 
 		 380 aa  81.3  0.00000000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0394754 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1591  periplasmic binding protein  26.3 
 
 		 377 aa  80.1  0.00000000000007  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0970823  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1047  Fe3+-hydroxamate binding protein  25.34 
 
 		 370 aa  79.7  0.00000000000009  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.271921  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1296  iron chelate ABC transporter solute-binding protein  25.23 
 
 		 305 aa  79  0.0000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.478734  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2098  periplasmic binding protein  27.71 
 
 		 402 aa  78.6  0.0000000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1424  periplasmic binding protein  26.37 
 
 		 354 aa  78.6  0.0000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0219  periplasmic binding protein  26.11 
 
 		 370 aa  77.8  0.0000000000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.293771  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0444  periplasmic binding protein  25.53 
 
 		 356 aa  77.4  0.0000000000005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1115  iron compound ABC transporter, iron-binding protein  25.23 
 
 		 305 aa  76.6  0.0000000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1092  hypothetical protein  26.05 
 
 		 378 aa  76.6  0.0000000000008  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2396  iron(III) ABC transporter, solute-binding protein  24.51 
 
 		 375 aa  75.9  0.000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.507465 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0978  periplasmic binding protein  27.11 
 
 		 689 aa  75.9  0.000000000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.194046 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2847  periplasmic binding protein  26.63 
 
 		 354 aa  76.3  0.000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  28.79 
 
 		 307 aa  75.5  0.000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1653  periplasmic binding protein  27.63 
 
 		 386 aa  75.5  0.000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2550  periplasmic binding protein  27.46 
 
 		 289 aa  75.1  0.000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.158542  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  28.78 
 
 		 379 aa  74.7  0.000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1481  periplasmic binding protein  28.1 
 
 		 354 aa  74.7  0.000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0528  periplasmic binding protein  25.36 
 
 		 361 aa  74.7  0.000000000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.147263  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0148  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  24.73 
 
 		 349 aa  74.3  0.000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0440522  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  26.86 
 
 		 289 aa  73.9  0.000000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5522  periplasmic binding protein  27.03 
 
 		 361 aa  73.9  0.000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.979273  normal  0.0605852 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2363  periplasmic binding protein  26.67 
 
 		 289 aa  73.6  0.000000000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0409  periplasmic binding protein  23.76 
 
 		 375 aa  72.8  0.00000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.14115  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0377  periplasmic binding protein  25.67 
 
 		 682 aa  72.4  0.00000000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.786135  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0059  periplasmic binding protein  27.22 
 
 		 688 aa  72.4  0.00000000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.932595  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0496  periplasmic binding protein  24.8 
 
 		 372 aa  72.8  0.00000000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.296202  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0229  periplasmic binding protein  27.49 
 
 		 293 aa  72  0.00000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>