More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_0033 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013124  Afer_0033  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 169 aa  318  1.9999999999999998e-86  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.400371  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1527  transcriptional regulator, XRE family  45.73 
 
 		 145 aa  98.2  5e-20  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3457  DNA polymerase beta subunit  48.94 
 
 		 98 aa  84  9e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0288007 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3260  transcriptional regulator, XRE family  37.72 
 
 		 152 aa  79  0.00000000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3299  DNA polymerase beta domain protein region  44.68 
 
 		 96 aa  77.8  0.00000000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000315403 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5548  DNA polymerase beta subunit  46.67 
 
 		 93 aa  72.8  0.000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.861724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0274  DNA polymerase beta subunit  43.33 
 
 		 96 aa  72  0.000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.122937  unclonable  0.00000800451 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1228  DNA polymerase beta subunit  43.33 
 
 		 97 aa  72  0.000000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0854  DNA polymerase beta subunit  41.38 
 
 		 96 aa  70.1  0.00000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1766  DNA polymerase beta domain protein region  46.81 
 
 		 100 aa  69.7  0.00000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.669718  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2072  DNA polymerase beta domain protein region  43.96 
 
 		 97 aa  68.6  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0110003  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2366  DNA polymerase beta subunit  40.82 
 
 		 115 aa  66.6  0.0000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.878119  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0258  DNA polymerase beta domain protein region  39.6 
 
 		 97 aa  65.9  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1104  DNA polymerase beta domain protein region  40.48 
 
 		 96 aa  66.2  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0953254  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50230  DNA polymerase, beta-like region-containing protein  42.53 
 
 		 96 aa  65.5  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3140  DNA polymerase beta domain protein region  37.86 
 
 		 97 aa  64.7  0.0000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.440273 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5352  DNA polymerase, beta-like region  42.22 
 
 		 98 aa  64.7  0.0000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.102703 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1298  hypothetical protein  44.44 
 
 		 97 aa  64.7  0.0000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2969  DNA polymerase beta domain protein region  37.86 
 
 		 97 aa  64.7  0.0000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3618  DNA polymerase beta domain protein region  37.78 
 
 		 96 aa  63.9  0.0000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1790  DNA polymerase beta domain protein region  36.79 
 
 		 114 aa  63.9  0.000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4907  DNA polymerase beta domain protein region  38.46 
 
 		 97 aa  62.8  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1812  DNA polymerase beta subunit  41.38 
 
 		 96 aa  62.4  0.000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.337517  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1203  DNA polymerase, beta-like region  41.77 
 
 		 96 aa  62.4  0.000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.229672  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3948  DNA polymerase beta subunit  40.91 
 
 		 97 aa  62.4  0.000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0222602 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0844  DNA polymerase beta subunit  44.44 
 
 		 116 aa  62.4  0.000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.909458  normal  0.0926269 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1883  DNA polymerase, beta-like region  42 
 
 		 108 aa  62  0.000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.230497 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1203  DNA polymerase beta domain protein region  37.62 
 
 		 102 aa  61.6  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2672  DNA polymerase, beta-like region  42.31 
 
 		 96 aa  60.8  0.000000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.836328  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0547  DNA polymerase beta subunit  39.39 
 
 		 100 aa  60.8  0.000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.790238  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2148  DNA polymerase beta domain protein region  41.38 
 
 		 96 aa  60.8  0.000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.664175  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2288  DNA polymerase, beta-like region  42.53 
 
 		 96 aa  60.5  0.00000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1512  ISSo9, nucleotidyltransferase domain-containing protein  39.08 
 
 		 96 aa  59.7  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0340826  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3146  DNA polymerase beta domain protein region  38.46 
 
 		 98 aa  58.9  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.94354 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1408  DNA polymerase beta subunit  40.23 
 
 		 96 aa  59.3  0.00000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2452  DNA polymerase, beta-like region  40.23 
 
 		 96 aa  58.5  0.00000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000219498  normal  0.98292 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1165  toxin-antitoxin system, antitoxin component, Xre family  47.17 
 
 		 94 aa  58.2  0.00000005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000604987 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1075  DNA polymerase beta domain protein region  35.56 
 
 		 97 aa  58.2  0.00000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.796392  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3743  DNA polymerase beta domain protein region  36.56 
 
 		 98 aa  57.8  0.00000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0697  DNA polymerase beta subunit  45.65 
 
 		 96 aa  57.8  0.00000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.424952 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1877  DNA polymerase beta domain protein region  39.02 
 
 		 96 aa  57.4  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1851  DNA polymerase beta domain protein region  39.02 
 
 		 96 aa  57.4  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10090  predicted nucleotidyltransferase  41.3 
 
 		 106 aa  57  0.0000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0548  DNA polymerase beta domain protein region  39.36 
 
 		 102 aa  55.5  0.0000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0444  nucleotidyltransferase  43.33 
 
 		 98 aa  55.5  0.0000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.190147  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3147  DNA polymerase beta domain protein region  44.16 
 
 		 96 aa  55.5  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.949814 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0626  DNA polymerase beta subunit  33.72 
 
 		 102 aa  55.1  0.0000005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.717752  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0053  DNA polymerase beta subunit  33.72 
 
 		 102 aa  54.7  0.0000006  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0582464  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0845  DNA polymerase beta subunit  41.77 
 
 		 96 aa  54.3  0.0000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.406591  normal  0.358781 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3557  DNA polymerase beta subunit  40.74 
 
 		 254 aa  54.7  0.0000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0946906  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1789  DNA polymerase beta domain protein region  36.96 
 
 		 109 aa  54.7  0.0000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2422  DNA polymerase, beta-like region  37.65 
 
 		 109 aa  54.3  0.0000008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2705  DNA polymerase, beta-like region  32.18 
 
 		 102 aa  54.3  0.0000008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.569902  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1535  transcriptional regulator, LacI family  41.56 
 
 		 465 aa  52.8  0.000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.38669  decreased coverage  0.00974115 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5447  XRE family transcriptional regulator  44.29 
 
 		 103 aa  52.8  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1144  transcriptional regulator, XRE family  47.06 
 
 		 266 aa  52.4  0.000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1806  DNA polymerase beta domain protein region  40.91 
 
 		 104 aa  52.4  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.943156  normal  0.843762 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1784  nucleotidyltransferase  34.44 
 
 		 97 aa  52  0.000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0273  DNA polymerase, beta-like region  38.67 
 
 		 98 aa  52  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.288603 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1803  DNA polymerase beta domain protein region  35.48 
 
 		 96 aa  52  0.000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0157  DNA polymerase beta domain protein region  42.86 
 
 		 109 aa  52  0.000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1968  nucleotidyltransferase  41.03 
 
 		 99 aa  51.6  0.000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0943  DNA polymerase beta subunit  42.47 
 
 		 97 aa  51.6  0.000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.744259 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1188  DNA polymerase beta domain protein region  35.56 
 
 		 113 aa  51.6  0.000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0357  DNA polymerase beta subunit  43.37 
 
 		 101 aa  50.8  0.000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0316504 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2359  DNA polymerase beta domain protein region  46.67 
 
 		 100 aa  50.8  0.000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1719  transcriptional regulator, XRE family  34.85 
 
 		 104 aa  50.8  0.000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.134789  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1113  DNA polymerase beta subunit  40.48 
 
 		 109 aa  50.8  0.000009  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4582  transcriptional regulator, XRE family  42.59 
 
 		 99 aa  50.1  0.00001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.752323 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 176 aa  50.4  0.00001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2319  transcriptional regulator, XRE family  32.88 
 
 		 124 aa  50.4  0.00001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2493  DNA polymerase beta domain-containing protein region  40.26 
 
 		 96 aa  50.8  0.00001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1451  helix-turn-helix domain-containing protein  38.1 
 
 		 127 aa  50.4  0.00001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0898  DNA polymerase, beta-like region  39.73 
 
 		 103 aa  50.1  0.00001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  38.71 
 
 		 188 aa  50.4  0.00001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1496  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 110 aa  50.8  0.00001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1274  transcriptional regulator, XRE family  44.23 
 
 		 152 aa  49.7  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.222413  normal  0.176639 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3031  DNA polymerase beta subunit  45.83 
 
 		 96 aa  49.7  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.424813  normal  0.471509 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2467  transcriptional regulator, XRE family  35.9 
 
 		 122 aa  50.1  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000461389  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0015  hypothetical protein  35.23 
 
 		 95 aa  49.7  0.00002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3411  XRE family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 97 aa  49.3  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0152  DNA polymerase  41.38 
 
 		 100 aa  49.7  0.00002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0807  XRE family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 169 aa  49.7  0.00002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8701  transcriptional regulator, XRE family  42.37 
 
 		 200 aa  49.7  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.257362 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1148  DNA polymerase beta subunit  35.11 
 
 		 115 aa  50.1  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19940  predicted nucleotidyltransferase  42.86 
 
 		 100 aa  49.3  0.00002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.0104125 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0871  DNA polymerase beta domain protein region  43.18 
 
 		 99 aa  48.9  0.00003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3786  DNA polymerase beta domain protein region  33.68 
 
 		 97 aa  49.3  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.123289  normal  0.700807 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1722  helix-turn-helix domain-containing protein  44.64 
 
 		 204 aa  49.3  0.00003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4384  transcriptional regulator, XRE family  39.06 
 
 		 108 aa  48.9  0.00003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 182 aa  48.9  0.00003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0886  hypothetical protein  41.79 
 
 		 129 aa  49.3  0.00003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0454668  hitchhiker  0.00000000702025 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0586  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 134 aa  48.9  0.00004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0936  helix-turn-helix domain-containing protein  43.18 
 
 		 119 aa  48.1  0.00005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4370  DNA polymerase beta domain protein region  36.71 
 
 		 132 aa  48.5  0.00005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.541368 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1652  ISSo9, nucleotidyltransferase domain-containing protein  37.68 
 
 		 69 aa  48.1  0.00005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.175672 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5326  transcriptional regulator, XRE family  38.6 
 
 		 68 aa  48.1  0.00006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.134062 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3256  helix-turn-helix domain-containing protein  42.19 
 
 		 136 aa  48.1  0.00006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.103023  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2672  transcriptional regulator, XRE family  32.84 
 
 		 118 aa  47.8  0.00007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000679525  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26330  predicted nucleotidyltransferase  41.77 
 
 		 121 aa  47.8  0.00007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.155672  normal  0.055633 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>