129 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_5548 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_5548  DNA polymerase beta subunit  100 
 
 		 93 aa  182  1.0000000000000001e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.861724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3457  DNA polymerase beta subunit  52.22 
 
 		 98 aa  99.8  1e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0288007 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3299  DNA polymerase beta domain protein region  48.89 
 
 		 96 aa  90.9  5e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000315403 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0274  DNA polymerase beta subunit  47.78 
 
 		 96 aa  89.4  1e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.122937  unclonable  0.00000800451 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1228  DNA polymerase beta subunit  50 
 
 		 97 aa  85.1  3e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1766  DNA polymerase beta domain protein region  48.39 
 
 		 100 aa  84.7  4e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.669718  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1790  DNA polymerase beta domain protein region  50 
 
 		 114 aa  84.7  4e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2366  DNA polymerase beta subunit  51.14 
 
 		 115 aa  83.6  8e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.878119  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2072  DNA polymerase beta domain protein region  42.39 
 
 		 97 aa  73.6  0.0000000000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0110003  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0033  transcriptional regulator, XRE family  46.67 
 
 		 169 aa  72.8  0.000000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.400371  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5352  DNA polymerase, beta-like region  44.44 
 
 		 98 aa  71.6  0.000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.102703 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0854  DNA polymerase beta subunit  42.05 
 
 		 96 aa  72  0.000000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3618  DNA polymerase beta domain protein region  44.44 
 
 		 96 aa  71.2  0.000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0258  DNA polymerase beta domain protein region  42.39 
 
 		 97 aa  70.1  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2705  DNA polymerase, beta-like region  33.33 
 
 		 102 aa  69.3  0.00000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.569902  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3140  DNA polymerase beta domain protein region  41.3 
 
 		 97 aa  68.6  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.440273 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2969  DNA polymerase beta domain protein region  41.3 
 
 		 97 aa  68.6  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2452  DNA polymerase, beta-like region  43.68 
 
 		 96 aa  67.4  0.00000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000219498  normal  0.98292 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2288  DNA polymerase, beta-like region  46.67 
 
 		 96 aa  66.2  0.0000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3146  DNA polymerase beta domain protein region  40.43 
 
 		 98 aa  66.2  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.94354 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1298  hypothetical protein  39.78 
 
 		 97 aa  65.5  0.0000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0152  DNA polymerase  45.24 
 
 		 100 aa  64.3  0.0000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4907  DNA polymerase beta domain protein region  38.2 
 
 		 97 aa  64.3  0.0000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1812  DNA polymerase beta subunit  43.68 
 
 		 96 aa  63.2  0.000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.337517  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1203  DNA polymerase beta domain protein region  41.11 
 
 		 102 aa  63.2  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1527  transcriptional regulator, XRE family  47.78 
 
 		 145 aa  62  0.000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2148  DNA polymerase beta domain protein region  42.53 
 
 		 96 aa  61.6  0.000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.664175  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2714  DNA polymerase, beta-like region  40.85 
 
 		 110 aa  61.2  0.000000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.505964  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1408  DNA polymerase beta subunit  42.53 
 
 		 96 aa  61.2  0.000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1102  hypothetical protein  37.21 
 
 		 100 aa  59.3  0.00000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.836571  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0697  DNA polymerase beta subunit  44.44 
 
 		 96 aa  59.3  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.424952 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3147  DNA polymerase beta domain protein region  48.65 
 
 		 96 aa  59.3  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.949814 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1203  DNA polymerase, beta-like region  40.43 
 
 		 96 aa  58.9  0.00000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.229672  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1883  DNA polymerase, beta-like region  43.21 
 
 		 108 aa  58.2  0.00000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.230497 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3786  DNA polymerase beta domain protein region  39.76 
 
 		 97 aa  57.8  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.123289  normal  0.700807 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0548  nucleotidyltransferase family protein  40.79 
 
 		 93 aa  57.4  0.00000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2672  DNA polymerase, beta-like region  38.3 
 
 		 96 aa  57  0.00000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.836328  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50230  DNA polymerase, beta-like region-containing protein  45.21 
 
 		 96 aa  57  0.00000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1104  DNA polymerase beta domain protein region  37.93 
 
 		 96 aa  56.2  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0953254  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0017  ISSo9, nucleotidyltransferase domain-containing protein  47.62 
 
 		 96 aa  56.2  0.0000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.378069  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0168  ISSo9, nucleotidyltransferase domain-containing protein  47.62 
 
 		 96 aa  56.2  0.0000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.172039  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1851  DNA polymerase beta domain protein region  42.11 
 
 		 96 aa  56.6  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1877  DNA polymerase beta domain protein region  42.11 
 
 		 96 aa  56.6  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3948  DNA polymerase beta subunit  41.49 
 
 		 97 aa  55.5  0.0000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0222602 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10090  predicted nucleotidyltransferase  39.13 
 
 		 106 aa  56.2  0.0000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2359  DNA polymerase beta domain protein region  51.56 
 
 		 100 aa  55.1  0.0000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0547  DNA polymerase beta subunit  43.04 
 
 		 100 aa  55.5  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.790238  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1789  DNA polymerase beta domain protein region  35.23 
 
 		 109 aa  55.1  0.0000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0315  DNA polymerase beta domain protein region  38.04 
 
 		 97 aa  55.1  0.0000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0889475 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4395  hypothetical protein  48.98 
 
 		 121 aa  54.3  0.0000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0622266 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0357  DNA polymerase beta subunit  39.76 
 
 		 101 aa  54.3  0.0000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0316504 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0867  DNA polymerase beta domain protein region  34.15 
 
 		 96 aa  53.5  0.0000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1512  ISSo9, nucleotidyltransferase domain-containing protein  34.48 
 
 		 96 aa  53.5  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0340826  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0638  nucleotidyltransferase  32.26 
 
 		 101 aa  52.8  0.000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0506  DNA polymerase beta subunit  32.93 
 
 		 96 aa  52.8  0.000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1733  DNA polymerase beta domain protein region  41.03 
 
 		 98 aa  52.4  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.3433 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1784  nucleotidyltransferase  34.62 
 
 		 97 aa  52  0.000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0202  DNA polymerase beta domain protein region  40 
 
 		 131 aa  52  0.000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.368731 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0348  DNA polymerase beta subunit  34.78 
 
 		 94 aa  52  0.000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19940  predicted nucleotidyltransferase  42.22 
 
 		 100 aa  51.6  0.000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.0104125 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2453  DNA polymerase beta subunit  38.55 
 
 		 100 aa  51.2  0.000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00090311  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3117  DNA polymerase beta subunit  37.18 
 
 		 110 aa  51.2  0.000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1694  DNA polymerase beta subunit  33.75 
 
 		 97 aa  50.8  0.000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.366424  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3031  DNA polymerase beta subunit  38.55 
 
 		 96 aa  51.2  0.000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.424813  normal  0.471509 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1803  DNA polymerase beta domain protein region  36.84 
 
 		 96 aa  51.2  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2036  DNA polymerase beta domain protein region  34.78 
 
 		 98 aa  50.8  0.000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.18823  normal  0.524072 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3557  DNA polymerase beta subunit  36.46 
 
 		 254 aa  50.8  0.000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0946906  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0943  DNA polymerase beta subunit  43.06 
 
 		 97 aa  50.8  0.000006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.744259 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0374  DNA polymerase beta subunit  35.71 
 
 		 108 aa  50.4  0.000007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.509035  normal  0.373075 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0845  DNA polymerase beta subunit  44.3 
 
 		 96 aa  50.4  0.000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.406591  normal  0.358781 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0088  DNA polymerase beta subunit  33.33 
 
 		 103 aa  49.7  0.00001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0340868 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1188  DNA polymerase beta domain protein region  31.91 
 
 		 113 aa  48.9  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5818  DNA polymerase beta domain protein region  38.75 
 
 		 96 aa  49.3  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1637  DNA polymerase beta subunit  38.75 
 
 		 106 aa  48.1  0.00004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0929  DNA polymerase beta domain protein region  31.52 
 
 		 96 aa  47.8  0.00005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.887181  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2704  DNA polymerase beta domain-containing protein region  38.55 
 
 		 95 aa  47  0.00008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.272306 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0829  DNA polymerase beta subunit  33.33 
 
 		 98 aa  47  0.00008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.141069  normal  0.412533 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1221  nucleotidyltransferase domain-containing protein  42.59 
 
 		 64 aa  47  0.00009  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.795397  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0927  hypothetical protein  30.43 
 
 		 109 aa  46.6  0.0001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.430224  normal  0.445553 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0241  DNA polymerase beta subunit  32.58 
 
 		 99 aa  46.6  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1652  ISSo9, nucleotidyltransferase domain-containing protein  37.68 
 
 		 69 aa  46.6  0.0001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.175672 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2757  nucleotidyltransferase family protein  28.21 
 
 		 102 aa  45.4  0.0002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3676  DNA polymerase beta domain protein region  33.33 
 
 		 132 aa  45.8  0.0002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.839378  normal  0.137366 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1241  DNA polymerase beta domain-containing protein region  35.9 
 
 		 101 aa  45.8  0.0002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.282265  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1295  DNA polymerase beta domain protein region  31.71 
 
 		 99 aa  45.8  0.0002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.599396  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1075  DNA polymerase beta domain protein region  34.18 
 
 		 97 aa  45.8  0.0002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.796392  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0886  hypothetical protein  33.33 
 
 		 129 aa  45.4  0.0003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0454668  hitchhiker  0.00000000702025 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3743  DNA polymerase beta domain protein region  34.48 
 
 		 98 aa  45.4  0.0003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0900  DNA polymerase beta subunit  31.18 
 
 		 103 aa  45.4  0.0003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000013918 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0862  DNA polymerase beta domain protein region  32.5 
 
 		 101 aa  45.1  0.0003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000000634599  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0898  DNA polymerase, beta-like region  36.36 
 
 		 103 aa  45.1  0.0004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1164  DNA polymerase beta subunit  33.71 
 
 		 113 aa  44.7  0.0004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0369  DNA polymerase beta subunit  28.75 
 
 		 105 aa  44.7  0.0004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.832865  normal  0.194305 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0142  nucleotidyltransferase  43.4 
 
 		 86 aa  44.7  0.0005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1691  DNA polymerase beta domain protein region  32.47 
 
 		 101 aa  44.7  0.0005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0409  DNA polymerase beta subunit  31.17 
 
 		 96 aa  44.3  0.0006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0949  DNA polymerase beta subunit  29.07 
 
 		 102 aa  44.3  0.0006  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.878884  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0444  nucleotidyltransferase  30.67 
 
 		 98 aa  43.9  0.0008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.190147  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2968  DNA polymerase beta domain protein region  29.17 
 
 		 126 aa  43.9  0.0008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.201607  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2046  hypothetical protein  46 
 
 		 135 aa  43.5  0.0009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.408644  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>