159 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0157 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_0157  DNA polymerase beta domain protein region  100 
 
 		 109 aa  224  3e-58  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0015  hypothetical protein  75.79 
 
 		 95 aa  151  2.9999999999999998e-36  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0929  DNA polymerase beta domain protein region  42.71 
 
 		 96 aa  89.7  1e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.887181  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1241  DNA polymerase beta domain-containing protein region  47.42 
 
 		 101 aa  84.7  4e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.282265  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1320  DNA polymerase, beta-like region  38.68 
 
 		 106 aa  81.3  0.000000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1207  DNA polymerase beta domain protein region  42.71 
 
 		 96 aa  80.9  0.000000000000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3203  DNA polymerase beta subunit  44.57 
 
 		 98 aa  79  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0949  DNA polymerase beta subunit  47.19 
 
 		 102 aa  72.8  0.000000000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.878884  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0547  DNA polymerase beta subunit  38 
 
 		 100 aa  70.1  0.00000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.790238  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3743  DNA polymerase beta domain protein region  44.19 
 
 		 98 aa  68.6  0.00000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0028  nucleotidyltransferase family protein  41.94 
 
 		 96 aa  67  0.00000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.422617  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1784  nucleotidyltransferase  40.21 
 
 		 97 aa  66.6  0.0000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0332  DNA polymerase beta domain protein region  42.11 
 
 		 94 aa  66.2  0.0000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1803  DNA polymerase beta domain protein region  45.35 
 
 		 96 aa  66.6  0.0000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0241  DNA polymerase beta subunit  39.58 
 
 		 99 aa  65.5  0.0000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0862  DNA polymerase beta domain protein region  40.21 
 
 		 101 aa  64.7  0.0000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000000634599  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0409  DNA polymerase beta subunit  41.24 
 
 		 96 aa  63.9  0.0000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0088  DNA polymerase beta subunit  36.73 
 
 		 103 aa  63.5  0.0000000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0340868 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0845  DNA polymerase beta subunit  44.16 
 
 		 96 aa  62  0.000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.406591  normal  0.358781 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1518  DNA polymerase beta domain protein region  38.61 
 
 		 104 aa  61.2  0.000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.361827  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3147  DNA polymerase beta domain protein region  40.43 
 
 		 96 aa  60.8  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.949814 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2493  DNA polymerase beta domain-containing protein region  37.63 
 
 		 96 aa  60.8  0.000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3676  DNA polymerase beta domain protein region  39.25 
 
 		 132 aa  60.1  0.000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.839378  normal  0.137366 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1762  nucleotidyltransferase family protein  42.11 
 
 		 97 aa  59.7  0.00000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.324196 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2017  DNA polymerase beta domain protein region  42.39 
 
 		 103 aa  59.7  0.00000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.538218  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0703  DNA polymerase beta domain protein region  41.33 
 
 		 109 aa  59.7  0.00000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000025763  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1188  DNA polymerase beta domain protein region  35.19 
 
 		 113 aa  60.1  0.00000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0867  DNA polymerase beta domain protein region  43.82 
 
 		 96 aa  59.3  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2036  DNA polymerase beta domain protein region  40.74 
 
 		 98 aa  58.9  0.00000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.18823  normal  0.524072 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0369  DNA polymerase beta subunit  38.89 
 
 		 105 aa  59.3  0.00000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.832865  normal  0.194305 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1637  DNA polymerase beta subunit  37.8 
 
 		 106 aa  58.2  0.00000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0202  DNA polymerase beta domain protein region  39.51 
 
 		 131 aa  58.5  0.00000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.368731 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3031  DNA polymerase beta subunit  36.56 
 
 		 96 aa  57.8  0.00000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.424813  normal  0.471509 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3039  DNA polymerase beta domain protein region  38.04 
 
 		 99 aa  57.8  0.00000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0548  nucleotidyltransferase family protein  37.08 
 
 		 93 aa  57.4  0.00000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0506  DNA polymerase beta subunit  41.57 
 
 		 96 aa  57.4  0.00000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3786  DNA polymerase beta domain protein region  38.64 
 
 		 97 aa  57  0.00000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.123289  normal  0.700807 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2462  DNA polymerase beta subunit  42.53 
 
 		 98 aa  57.4  0.00000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.266656  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1948  DNA polymerase beta domain protein region  41.67 
 
 		 96 aa  57  0.00000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.506279 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1959  DNA polymerase beta domain protein region  41.67 
 
 		 96 aa  57  0.00000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.332639 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0142  nucleotidyltransferase  36.14 
 
 		 86 aa  56.2  0.0000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5818  DNA polymerase beta domain protein region  44.16 
 
 		 96 aa  56.2  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0444  nucleotidyltransferase  42.11 
 
 		 98 aa  55.5  0.0000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.190147  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1075  DNA polymerase beta domain protein region  36 
 
 		 97 aa  55.5  0.0000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.796392  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0686  DNA polymerase beta subunit  39.47 
 
 		 96 aa  55.8  0.0000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3457  DNA polymerase beta subunit  42.86 
 
 		 98 aa  55.8  0.0000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0288007 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0357  DNA polymerase beta subunit  35.48 
 
 		 101 aa  55.8  0.0000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0316504 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2757  nucleotidyltransferase family protein  38.75 
 
 		 102 aa  55.1  0.0000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2532  DNA polymerase beta subunit  38.55 
 
 		 104 aa  55.1  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0127103 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0374  DNA polymerase beta subunit  35.96 
 
 		 108 aa  55.5  0.0000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.509035  normal  0.373075 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2453  DNA polymerase beta subunit  31.33 
 
 		 100 aa  54.7  0.0000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00090311  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2529  DNA polymerase beta subunit  37.35 
 
 		 104 aa  54.3  0.0000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0400211 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3299  DNA polymerase beta domain protein region  35.11 
 
 		 96 aa  54.3  0.0000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000315403 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0152  DNA polymerase  36.9 
 
 		 100 aa  54.3  0.0000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1883  DNA polymerase, beta-like region  34.55 
 
 		 108 aa  54.3  0.0000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.230497 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0697  DNA polymerase beta subunit  36.47 
 
 		 96 aa  53.9  0.0000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.424952 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1203  DNA polymerase beta domain protein region  31.68 
 
 		 102 aa  53.5  0.0000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3484  DNA polymerase beta domain protein region  33.71 
 
 		 115 aa  53.9  0.0000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.628631 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2714  DNA polymerase, beta-like region  37.04 
 
 		 110 aa  53.5  0.0000009  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.505964  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0886  hypothetical protein  33.33 
 
 		 129 aa  53.5  0.0000009  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0454668  hitchhiker  0.00000000702025 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0374  DNA polymerase, beta-like region  38.75 
 
 		 121 aa  53.5  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4165  DNA polymerase beta subunit  38.03 
 
 		 109 aa  53.5  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0854  DNA polymerase beta subunit  42.37 
 
 		 96 aa  53.1  0.000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1036  DNA polymerase beta domain protein region  34.02 
 
 		 96 aa  53.1  0.000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0795086  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1162  DNA polymerase beta subunit  33.67 
 
 		 100 aa  52  0.000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2366  DNA polymerase beta subunit  48.33 
 
 		 115 aa  52.8  0.000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.878119  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0871  DNA polymerase beta domain protein region  33.33 
 
 		 99 aa  52.4  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1806  DNA polymerase beta domain protein region  38.71 
 
 		 104 aa  51.6  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.943156  normal  0.843762 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0273  DNA polymerase, beta-like region  35.71 
 
 		 98 aa  52  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.288603 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0033  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 169 aa  52  0.000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.400371  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0274  DNA polymerase beta subunit  49.12 
 
 		 96 aa  52  0.000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.122937  unclonable  0.00000800451 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2968  DNA polymerase beta domain protein region  37.5 
 
 		 126 aa  52  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.201607  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0279  DNA polymerase beta domain protein region  34.57 
 
 		 115 aa  52  0.000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.155068  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2704  DNA polymerase beta domain-containing protein region  49.23 
 
 		 95 aa  51.6  0.000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.272306 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1228  DNA polymerase beta subunit  33.68 
 
 		 97 aa  51.6  0.000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0348  DNA polymerase beta subunit  33.71 
 
 		 94 aa  51.6  0.000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3960  DNA polymerase beta subunit  40.62 
 
 		 104 aa  51.6  0.000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.886641  normal  0.332553 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3117  DNA polymerase beta subunit  37.5 
 
 		 110 aa  50.8  0.000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0638  nucleotidyltransferase  32.29 
 
 		 101 aa  50.8  0.000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3265  DNA polymerase beta subunit  39.24 
 
 		 87 aa  50.4  0.000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00407875  normal  0.255152 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1203  DNA polymerase, beta-like region  40.45 
 
 		 96 aa  50.1  0.000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.229672  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0337  DNA polymerase beta domain protein region  39.68 
 
 		 86 aa  50.1  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.707738 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1148  DNA polymerase beta subunit  37.08 
 
 		 115 aa  50.1  0.00001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0927  hypothetical protein  30.21 
 
 		 109 aa  49.7  0.00001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.430224  normal  0.445553 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0900  DNA polymerase beta subunit  30.3 
 
 		 103 aa  50.1  0.00001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000013918 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1877  DNA polymerase beta domain protein region  38.96 
 
 		 96 aa  49.7  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1851  DNA polymerase beta domain protein region  38.96 
 
 		 96 aa  49.7  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1790  DNA polymerase beta domain protein region  37.04 
 
 		 114 aa  49.7  0.00001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2422  DNA polymerase, beta-like region  37.04 
 
 		 109 aa  48.9  0.00002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3948  DNA polymerase beta subunit  42.62 
 
 		 97 aa  49.3  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0222602 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2495  DNA polymerase beta domain protein region  40.32 
 
 		 113 aa  49.3  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0479  DNA polymerase, beta-like region  33.33 
 
 		 105 aa  48.5  0.00003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1968  nucleotidyltransferase  34.43 
 
 		 99 aa  48.5  0.00003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2672  DNA polymerase, beta-like region  33.71 
 
 		 96 aa  48.5  0.00003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.836328  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3135  DNA polymerase beta domain protein region  38.98 
 
 		 108 aa  48.5  0.00003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.434644 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2974  DNA polymerase beta domain protein region  38.98 
 
 		 108 aa  48.5  0.00003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0898  DNA polymerase, beta-like region  41.79 
 
 		 103 aa  48.1  0.00004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1691  DNA polymerase beta domain protein region  36.25 
 
 		 101 aa  48.1  0.00004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1292  DNA polymerase beta domain protein region  45.74 
 
 		 177 aa  47.8  0.00005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.114397  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10090  predicted nucleotidyltransferase  44.44 
 
 		 106 aa  47.8  0.00005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>