145 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_0548 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_0548  DNA polymerase beta domain protein region  100 
 
 		 102 aa  194  4.0000000000000005e-49  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1188  DNA polymerase beta domain protein region  53.68 
 
 		 113 aa  93.2  1e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2532  DNA polymerase beta subunit  50 
 
 		 104 aa  88.2  4e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0127103 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1148  DNA polymerase beta subunit  45.63 
 
 		 115 aa  84.3  5e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2529  DNA polymerase beta subunit  49.45 
 
 		 104 aa  83.2  0.000000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0400211 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1789  DNA polymerase beta domain protein region  48.96 
 
 		 109 aa  81.3  0.000000000000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1075  DNA polymerase beta domain protein region  44.9 
 
 		 97 aa  78.6  0.00000000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.796392  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3557  DNA polymerase beta subunit  45.1 
 
 		 254 aa  77  0.00000000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0946906  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3786  DNA polymerase beta domain protein region  45.83 
 
 		 97 aa  75.5  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.123289  normal  0.700807 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1762  nucleotidyltransferase family protein  49.4 
 
 		 97 aa  73.2  0.000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.324196 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0686  DNA polymerase beta subunit  47.62 
 
 		 96 aa  70.1  0.000000000009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0028  nucleotidyltransferase family protein  45.56 
 
 		 96 aa  69.7  0.00000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.422617  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1228  DNA polymerase beta subunit  44.9 
 
 		 97 aa  69.7  0.00000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0348  DNA polymerase beta subunit  40.7 
 
 		 94 aa  68.2  0.00000000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0409  DNA polymerase beta subunit  42.35 
 
 		 96 aa  67.4  0.00000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0548  nucleotidyltransferase family protein  44.05 
 
 		 93 aa  66.6  0.0000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0867  DNA polymerase beta domain protein region  38.46 
 
 		 96 aa  66.2  0.0000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0506  DNA polymerase beta subunit  35.9 
 
 		 96 aa  64.7  0.0000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3031  DNA polymerase beta subunit  41.46 
 
 		 96 aa  63.9  0.0000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.424813  normal  0.471509 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1803  DNA polymerase beta domain protein region  42.05 
 
 		 96 aa  63.2  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0274  DNA polymerase beta subunit  41.05 
 
 		 96 aa  62.4  0.000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.122937  unclonable  0.00000800451 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3743  DNA polymerase beta domain protein region  38.95 
 
 		 98 aa  62.4  0.000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5818  DNA polymerase beta domain protein region  40.22 
 
 		 96 aa  62  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1784  nucleotidyltransferase  39.77 
 
 		 97 aa  62  0.000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2495  DNA polymerase beta domain protein region  46.25 
 
 		 113 aa  61.6  0.000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0241  DNA polymerase beta subunit  39.02 
 
 		 99 aa  61.2  0.000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0886  hypothetical protein  36.36 
 
 		 129 aa  59.7  0.00000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0454668  hitchhiker  0.00000000702025 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0547  DNA polymerase beta subunit  43.04 
 
 		 100 aa  60.1  0.00000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.790238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0369  DNA polymerase beta subunit  36.78 
 
 		 105 aa  60.1  0.00000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.832865  normal  0.194305 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3538  DNA polymerase beta subunit  42.05 
 
 		 98 aa  59.7  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.114192  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1203  DNA polymerase beta domain protein region  34.65 
 
 		 102 aa  58.9  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1948  DNA polymerase beta domain protein region  40.43 
 
 		 96 aa  59.3  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.506279 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1959  DNA polymerase beta domain protein region  40.43 
 
 		 96 aa  59.3  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.332639 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1113  DNA polymerase beta subunit  40.86 
 
 		 109 aa  58.5  0.00000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1694  DNA polymerase beta subunit  35.23 
 
 		 97 aa  58.5  0.00000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.366424  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1877  DNA polymerase beta domain protein region  42.11 
 
 		 96 aa  58.2  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1851  DNA polymerase beta domain protein region  42.11 
 
 		 96 aa  58.2  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0627  DNA polymerase beta subunit  34.02 
 
 		 101 aa  57.8  0.00000005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0052  DNA polymerase beta subunit  34.02 
 
 		 101 aa  57.8  0.00000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0550488  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1637  DNA polymerase beta subunit  41.57 
 
 		 106 aa  57.4  0.00000006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0374  DNA polymerase beta subunit  33.71 
 
 		 108 aa  57  0.00000009  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.509035  normal  0.373075 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0829  DNA polymerase beta subunit  31.18 
 
 		 98 aa  56.2  0.0000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.141069  normal  0.412533 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3039  DNA polymerase beta domain protein region  36.59 
 
 		 99 aa  56.6  0.0000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0033  transcriptional regulator, XRE family  39.36 
 
 		 169 aa  55.5  0.0000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.400371  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2493  DNA polymerase beta domain-containing protein region  39.02 
 
 		 96 aa  56.2  0.0000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0862  DNA polymerase beta domain protein region  35.06 
 
 		 101 aa  55.5  0.0000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000000634599  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0296  DNA polymerase beta domain protein region  30.61 
 
 		 97 aa  56.2  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.499305 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2757  nucleotidyltransferase family protein  35.14 
 
 		 102 aa  55.5  0.0000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2462  DNA polymerase beta subunit  42.11 
 
 		 98 aa  55.1  0.0000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.266656  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0053  DNA polymerase beta subunit  37.5 
 
 		 102 aa  55.1  0.0000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0582464  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0845  DNA polymerase beta subunit  39.78 
 
 		 96 aa  55.1  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.406591  normal  0.358781 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0444  nucleotidyltransferase  43.84 
 
 		 98 aa  54.7  0.0000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.190147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3457  DNA polymerase beta subunit  40.62 
 
 		 98 aa  54.7  0.0000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0288007 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3213  DNA polymerase beta domain protein region  33.68 
 
 		 96 aa  54.3  0.0000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0854  DNA polymerase beta subunit  34.38 
 
 		 96 aa  54.3  0.0000006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0273  DNA polymerase, beta-like region  37.5 
 
 		 98 aa  53.9  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.288603 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1162  DNA polymerase beta subunit  34.44 
 
 		 100 aa  53.9  0.0000007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3147  DNA polymerase beta domain protein region  40.22 
 
 		 96 aa  53.9  0.0000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.949814 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0949  DNA polymerase beta subunit  33.33 
 
 		 102 aa  53.9  0.0000008  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.878884  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2422  DNA polymerase, beta-like region  28.74 
 
 		 109 aa  53.5  0.0000009  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0626  DNA polymerase beta subunit  36.25 
 
 		 102 aa  53.5  0.0000009  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.717752  n/a   
 
 
-
 
NC_007595  Synpcc7942_B2615  hypothetical protein  40.4 
 
 		 109 aa  53.1  0.000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.111377 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3676  DNA polymerase beta domain protein region  36.84 
 
 		 132 aa  53.1  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.839378  normal  0.137366 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0929  DNA polymerase beta domain protein region  38.55 
 
 		 96 aa  53.1  0.000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.887181  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1295  DNA polymerase beta domain protein region  32.29 
 
 		 99 aa  53.5  0.000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.599396  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0152  DNA polymerase  40 
 
 		 100 aa  52.4  0.000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0638  nucleotidyltransferase  41.03 
 
 		 101 aa  52.4  0.000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1298  hypothetical protein  36.84 
 
 		 97 aa  52.4  0.000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1766  DNA polymerase beta domain protein region  36.84 
 
 		 100 aa  52.8  0.000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.669718  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1691  DNA polymerase beta domain protein region  36.47 
 
 		 101 aa  52.4  0.000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1292  DNA polymerase beta domain protein region  45.45 
 
 		 177 aa  52.8  0.000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.114397  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3299  DNA polymerase beta domain protein region  36.71 
 
 		 96 aa  52.8  0.000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000315403 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2705  DNA polymerase, beta-like region  34.31 
 
 		 102 aa  52  0.000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.569902  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3117  DNA polymerase beta subunit  36 
 
 		 110 aa  52  0.000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10090  predicted nucleotidyltransferase  37 
 
 		 106 aa  52  0.000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3618  DNA polymerase beta domain protein region  34.44 
 
 		 96 aa  51.6  0.000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0332  DNA polymerase beta domain protein region  31.82 
 
 		 94 aa  51.2  0.000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1164  DNA polymerase beta subunit  41.67 
 
 		 113 aa  50.8  0.000006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2714  DNA polymerase, beta-like region  35.79 
 
 		 110 aa  50.8  0.000007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.505964  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1178  DNA polymerase beta subunit  39.51 
 
 		 98 aa  50.8  0.000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.448012  normal  0.179286 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0900  DNA polymerase beta subunit  34.41 
 
 		 103 aa  50.4  0.000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000013918 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4907  DNA polymerase beta domain protein region  32.93 
 
 		 97 aa  50.4  0.000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1320  DNA polymerase, beta-like region  33.67 
 
 		 106 aa  50.1  0.000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2072  DNA polymerase beta domain protein region  30.43 
 
 		 97 aa  49.7  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0110003  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0088  DNA polymerase beta subunit  34.41 
 
 		 103 aa  50.1  0.00001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0340868 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1926  DNA polymerase, beta-like region  41.98 
 
 		 104 aa  49.7  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.327788  normal  0.570166 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1728  hypothetical protein  40.28 
 
 		 97 aa  49.3  0.00002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2366  DNA polymerase beta subunit  40 
 
 		 115 aa  49.7  0.00002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.878119  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1241  DNA polymerase beta domain-containing protein region  39.33 
 
 		 101 aa  49.3  0.00002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.282265  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2704  DNA polymerase beta domain-containing protein region  40.45 
 
 		 95 aa  49.3  0.00002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.272306 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1733  DNA polymerase beta domain protein region  32 
 
 		 98 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.3433 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1527  transcriptional regulator, XRE family  42.31 
 
 		 145 aa  49.3  0.00002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0279  DNA polymerase beta domain protein region  37.5 
 
 		 115 aa  49.3  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.155068  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3203  DNA polymerase beta subunit  35.96 
 
 		 98 aa  48.5  0.00003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0274  hypothetical protein  38.55 
 
 		 112 aa  48.1  0.00004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2036  DNA polymerase beta domain protein region  39.51 
 
 		 98 aa  48.1  0.00004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.18823  normal  0.524072 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2359  DNA polymerase beta domain protein region  35.44 
 
 		 100 aa  48.1  0.00004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0943  DNA polymerase beta subunit  39.73 
 
 		 97 aa  48.1  0.00004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.744259 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4370  DNA polymerase beta domain protein region  35.87 
 
 		 132 aa  48.1  0.00004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.541368 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0357  DNA polymerase beta subunit  40.79 
 
 		 101 aa  47.8  0.00005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0316504 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>