112 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_3557 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_3557  DNA polymerase beta subunit  100 
 
 		 254 aa  518  1e-146  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0946906  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1694  DNA polymerase beta subunit  46.39 
 
 		 97 aa  89  7e-17  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.366424  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3786  DNA polymerase beta domain protein region  47.42 
 
 		 97 aa  82  0.000000000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.123289  normal  0.700807 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0627  DNA polymerase beta subunit  41.84 
 
 		 101 aa  78.2  0.0000000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0052  DNA polymerase beta subunit  41.84 
 
 		 101 aa  78.2  0.0000000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0550488  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1295  DNA polymerase beta domain protein region  45.36 
 
 		 99 aa  77  0.0000000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.599396  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0548  DNA polymerase beta domain protein region  45.1 
 
 		 102 aa  77  0.0000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0949  DNA polymerase beta subunit  42.86 
 
 		 102 aa  75.1  0.000000000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.878884  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2462  DNA polymerase beta subunit  50 
 
 		 98 aa  73.9  0.000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.266656  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1948  DNA polymerase beta domain protein region  41.94 
 
 		 96 aa  73.6  0.000000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.506279 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1959  DNA polymerase beta domain protein region  41.94 
 
 		 96 aa  73.6  0.000000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.332639 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1803  DNA polymerase beta domain protein region  41.67 
 
 		 96 aa  73.6  0.000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0296  DNA polymerase beta domain protein region  38.95 
 
 		 97 aa  72.8  0.000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.499305 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3299  DNA polymerase beta domain protein region  45.26 
 
 		 96 aa  72.4  0.000000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000315403 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1075  DNA polymerase beta domain protein region  48.75 
 
 		 97 aa  72  0.000000000009  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.796392  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3743  DNA polymerase beta domain protein region  40 
 
 		 98 aa  71.6  0.00000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1188  DNA polymerase beta domain protein region  40 
 
 		 113 aa  70.5  0.00000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0548  nucleotidyltransferase family protein  39.33 
 
 		 93 aa  70.5  0.00000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1789  DNA polymerase beta domain protein region  41.84 
 
 		 109 aa  70.5  0.00000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0867  DNA polymerase beta domain protein region  39.13 
 
 		 96 aa  69.3  0.00000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0274  DNA polymerase beta subunit  44.83 
 
 		 96 aa  68.2  0.0000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.122937  unclonable  0.00000800451 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0506  DNA polymerase beta subunit  36.96 
 
 		 96 aa  67.4  0.0000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3147  DNA polymerase beta domain protein region  44.74 
 
 		 96 aa  67.8  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.949814 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0444  nucleotidyltransferase  45.74 
 
 		 98 aa  66.2  0.0000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.190147  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3676  DNA polymerase beta domain protein region  42.68 
 
 		 132 aa  63.2  0.000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.839378  normal  0.137366 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0369  DNA polymerase beta subunit  36.46 
 
 		 105 aa  62.8  0.000000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.832865  normal  0.194305 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3457  DNA polymerase beta subunit  42.27 
 
 		 98 aa  62.4  0.000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0288007 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0638  nucleotidyltransferase  39.18 
 
 		 101 aa  61.6  0.00000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2532  DNA polymerase beta subunit  40.96 
 
 		 104 aa  61.2  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0127103 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1851  DNA polymerase beta domain protein region  37.08 
 
 		 96 aa  60.8  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1877  DNA polymerase beta domain protein region  37.08 
 
 		 96 aa  60.8  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3203  DNA polymerase beta subunit  37.89 
 
 		 98 aa  59.3  0.00000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1691  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  39.8 
 
 		 846 aa  59.7  0.00000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.849133  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0943  DNA polymerase beta subunit  45.71 
 
 		 97 aa  59.7  0.00000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.744259 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5818  DNA polymerase beta domain protein region  41.89 
 
 		 96 aa  59.3  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2672  DNA polymerase, beta-like region  40.21 
 
 		 96 aa  58.9  0.00000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.836328  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0829  DNA polymerase beta subunit  36.96 
 
 		 98 aa  58.5  0.00000009  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.141069  normal  0.412533 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0409  DNA polymerase beta subunit  37.08 
 
 		 96 aa  58.2  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0500  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  40.86 
 
 		 846 aa  58.5  0.0000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2529  DNA polymerase beta subunit  39.76 
 
 		 104 aa  57.8  0.0000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0400211 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2036  DNA polymerase beta domain protein region  42.11 
 
 		 98 aa  57  0.0000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.18823  normal  0.524072 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0686  DNA polymerase beta subunit  39.74 
 
 		 96 aa  56.6  0.0000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0028  nucleotidyltransferase family protein  41.03 
 
 		 96 aa  56.6  0.0000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.422617  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1298  hypothetical protein  40 
 
 		 97 aa  56.6  0.0000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0348  DNA polymerase beta subunit  35.63 
 
 		 94 aa  56.2  0.0000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1762  nucleotidyltransferase family protein  37.18 
 
 		 97 aa  56.2  0.0000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.324196 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0202  DNA polymerase beta domain protein region  44.44 
 
 		 131 aa  55.8  0.0000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.368731 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1164  DNA polymerase beta subunit  43.66 
 
 		 113 aa  55.5  0.0000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0854  DNA polymerase beta subunit  37.78 
 
 		 96 aa  55.5  0.0000008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1113  DNA polymerase beta subunit  41.56 
 
 		 109 aa  55.5  0.0000009  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4165  DNA polymerase beta subunit  40.54 
 
 		 109 aa  55.1  0.0000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3031  DNA polymerase beta subunit  37.5 
 
 		 96 aa  54.7  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.424813  normal  0.471509 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0357  DNA polymerase beta subunit  43.42 
 
 		 101 aa  54.7  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0316504 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0862  DNA polymerase beta domain protein region  33.33 
 
 		 101 aa  54.7  0.000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000000634599  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1148  DNA polymerase beta subunit  40.24 
 
 		 115 aa  54.3  0.000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0626  DNA polymerase beta subunit  32.29 
 
 		 102 aa  54.7  0.000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.717752  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0053  DNA polymerase beta subunit  32.29 
 
 		 102 aa  54.3  0.000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0582464  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4907  DNA polymerase beta domain protein region  39.51 
 
 		 97 aa  54.3  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0033  transcriptional regulator, XRE family  40.74 
 
 		 169 aa  53.5  0.000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.400371  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1203  DNA polymerase, beta-like region  39.51 
 
 		 96 aa  53.1  0.000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.229672  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3117  DNA polymerase beta subunit  39.53 
 
 		 110 aa  53.1  0.000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2969  DNA polymerase beta domain protein region  38.46 
 
 		 97 aa  53.1  0.000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3140  DNA polymerase beta domain protein region  38.46 
 
 		 97 aa  53.1  0.000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.440273 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1691  DNA polymerase beta domain protein region  33.33 
 
 		 101 aa  53.1  0.000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1203  DNA polymerase beta domain protein region  36.27 
 
 		 102 aa  52.8  0.000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5352  DNA polymerase, beta-like region  36.26 
 
 		 98 aa  52  0.000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.102703 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1228  DNA polymerase beta subunit  41.25 
 
 		 97 aa  52  0.000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0697  DNA polymerase beta subunit  43.04 
 
 		 96 aa  52  0.000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.424952 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0241  DNA polymerase beta subunit  34.41 
 
 		 99 aa  52  0.000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1784  nucleotidyltransferase  32.22 
 
 		 97 aa  51.6  0.00001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0929  DNA polymerase beta domain protein region  32.97 
 
 		 96 aa  51.2  0.00001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.887181  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0547  DNA polymerase beta subunit  36 
 
 		 100 aa  51.6  0.00001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.790238  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2714  DNA polymerase, beta-like region  35.29 
 
 		 110 aa  50.8  0.00002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.505964  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2452  DNA polymerase, beta-like region  42.42 
 
 		 96 aa  50.8  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000219498  normal  0.98292 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1766  DNA polymerase beta domain protein region  35 
 
 		 100 aa  50.8  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.669718  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5548  DNA polymerase beta subunit  36.46 
 
 		 93 aa  50.4  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.861724  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2493  DNA polymerase beta domain-containing protein region  38.75 
 
 		 96 aa  50.8  0.00002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2072  DNA polymerase beta domain protein region  36.78 
 
 		 97 aa  51.2  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0110003  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1790  DNA polymerase beta domain protein region  35.56 
 
 		 114 aa  50.4  0.00003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1883  DNA polymerase, beta-like region  41.77 
 
 		 108 aa  49.7  0.00004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.230497 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2705  DNA polymerase, beta-like region  32.26 
 
 		 102 aa  49.7  0.00004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.569902  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3618  DNA polymerase beta domain protein region  33.75 
 
 		 96 aa  49.7  0.00005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3948  DNA polymerase beta subunit  33.33 
 
 		 97 aa  49.3  0.00006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0222602 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2366  DNA polymerase beta subunit  36.67 
 
 		 115 aa  48.9  0.00007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.878119  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0845  DNA polymerase beta subunit  38.95 
 
 		 96 aa  48.9  0.00008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.406591  normal  0.358781 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2704  DNA polymerase beta domain-containing protein region  35.63 
 
 		 95 aa  48.5  0.0001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.272306 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3146  DNA polymerase beta domain protein region  33.67 
 
 		 98 aa  48.5  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.94354 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1102  hypothetical protein  33.66 
 
 		 100 aa  47.8  0.0002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.836571  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0258  DNA polymerase beta domain protein region  33.33 
 
 		 97 aa  47.8  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3039  DNA polymerase beta domain protein region  29.17 
 
 		 99 aa  47  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1518  DNA polymerase beta domain protein region  30.23 
 
 		 104 aa  47  0.0003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.361827  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3213  DNA polymerase beta domain protein region  26.8 
 
 		 96 aa  46.6  0.0004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2757  nucleotidyltransferase family protein  32.22 
 
 		 102 aa  46.2  0.0005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1926  DNA polymerase, beta-like region  38.55 
 
 		 104 aa  46.2  0.0006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.327788  normal  0.570166 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0274  hypothetical protein  36.9 
 
 		 112 aa  45.4  0.0008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0332  DNA polymerase beta domain protein region  28.09 
 
 		 94 aa  45.4  0.0009  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2359  DNA polymerase beta domain protein region  37.35 
 
 		 100 aa  45.4  0.0009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0886  hypothetical protein  32.47 
 
 		 129 aa  45.4  0.001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0454668  hitchhiker  0.00000000702025 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0927  hypothetical protein  34.65 
 
 		 109 aa  44.7  0.001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.430224  normal  0.445553 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3447  DNA polymerase beta subunit  40.28 
 
 		 98 aa  45.1  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.665517  normal  0.0889414 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>