94 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1926 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1926  DNA polymerase, beta-like region  100 
 
 		 104 aa  205  2e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.327788  normal  0.570166 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3539  DNA polymerase, beta-like region  51.92 
 
 		 104 aa  103  1e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.418484  normal  0.469828 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1757  DNA polymerase, beta-like region  47.12 
 
 		 104 aa  86.7  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.511346  normal  0.1342 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1733  DNA polymerase beta domain protein region  40 
 
 		 98 aa  69.3  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.3433 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1178  DNA polymerase beta subunit  44.12 
 
 		 98 aa  60.8  0.000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.448012  normal  0.179286 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3447  DNA polymerase beta subunit  41.46 
 
 		 98 aa  60.1  0.00000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.665517  normal  0.0889414 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0273  DNA polymerase, beta-like region  45.9 
 
 		 98 aa  59.3  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.288603 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0274  hypothetical protein  36.67 
 
 		 112 aa  57.4  0.00000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3117  DNA polymerase beta subunit  45.28 
 
 		 110 aa  55.8  0.0000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1806  DNA polymerase beta domain protein region  37.35 
 
 		 104 aa  55.1  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.943156  normal  0.843762 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0410  DNA polymerase beta domain protein region  36.73 
 
 		 99 aa  55.1  0.0000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0377934  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2704  DNA polymerase beta domain-containing protein region  41.46 
 
 		 95 aa  52.8  0.000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.272306 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0374  DNA polymerase, beta-like region  43.86 
 
 		 121 aa  52.8  0.000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0845  DNA polymerase beta subunit  56 
 
 		 96 aa  52  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.406591  normal  0.358781 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3538  DNA polymerase beta subunit  47.46 
 
 		 98 aa  52  0.000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.114192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0241  DNA polymerase beta subunit  32.26 
 
 		 99 aa  51.2  0.000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0479  DNA polymerase, beta-like region  37.88 
 
 		 105 aa  50.8  0.000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1637  DNA polymerase beta subunit  55.1 
 
 		 106 aa  50.8  0.000006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0279  DNA polymerase beta domain protein region  41.18 
 
 		 115 aa  50.8  0.000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.155068  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0844  DNA polymerase beta subunit  59.52 
 
 		 116 aa  50.4  0.000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.909458  normal  0.0926269 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3039  DNA polymerase beta domain protein region  33.72 
 
 		 99 aa  49.7  0.00001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2453  DNA polymerase beta subunit  47.92 
 
 		 100 aa  49.7  0.00001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00090311  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0548  DNA polymerase beta domain protein region  41.98 
 
 		 102 aa  49.7  0.00001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2493  DNA polymerase beta domain-containing protein region  37.5 
 
 		 96 aa  50.1  0.00001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3484  DNA polymerase beta domain protein region  40.98 
 
 		 115 aa  49.3  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.628631 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0638  nucleotidyltransferase  30.11 
 
 		 101 aa  48.9  0.00002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0444  nucleotidyltransferase  36.36 
 
 		 98 aa  48.9  0.00002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.190147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3041  DNA polymerase beta subunit  56.86 
 
 		 116 aa  49.3  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0357  DNA polymerase beta subunit  46.43 
 
 		 101 aa  48.5  0.00003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0316504 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2968  DNA polymerase beta domain protein region  44 
 
 		 126 aa  48.9  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.201607  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2017  DNA polymerase beta domain protein region  36.36 
 
 		 103 aa  48.1  0.00004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.538218  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0315  DNA polymerase beta domain protein region  30.61 
 
 		 97 aa  48.1  0.00004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0889475 
 
 
-
 
NC_007595  Synpcc7942_B2615  hypothetical protein  48.94 
 
 		 109 aa  48.1  0.00004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.111377 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1934  DNA polymerase beta domain protein region  37.5 
 
 		 104 aa  48.1  0.00004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.739683  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2359  DNA polymerase beta domain protein region  50 
 
 		 100 aa  47.8  0.00006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0028  nucleotidyltransferase family protein  40 
 
 		 96 aa  46.2  0.0001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.422617  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3557  DNA polymerase beta subunit  38.55 
 
 		 254 aa  46.2  0.0001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0946906  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3618  DNA polymerase beta domain protein region  32.58 
 
 		 96 aa  47  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1789  DNA polymerase beta domain protein region  33.71 
 
 		 109 aa  45.8  0.0002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1397  DNA polymerase, beta-like region  53.49 
 
 		 113 aa  45.4  0.0002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0274  DNA polymerase beta subunit  35.48 
 
 		 96 aa  46.2  0.0002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.122937  unclonable  0.00000800451 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0152  DNA polymerase  44.44 
 
 		 100 aa  45.8  0.0002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1241  DNA polymerase beta domain-containing protein region  40.54 
 
 		 101 aa  46.2  0.0002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.282265  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1877  DNA polymerase beta domain protein region  36.49 
 
 		 96 aa  45.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1851  DNA polymerase beta domain protein region  36.49 
 
 		 96 aa  45.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3457  DNA polymerase beta subunit  36.26 
 
 		 98 aa  45.1  0.0003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0288007 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1228  DNA polymerase beta subunit  37.18 
 
 		 97 aa  45.4  0.0003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5818  DNA polymerase beta domain protein region  31.33 
 
 		 96 aa  44.7  0.0004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2129  DNA polymerase beta domain protein region  47.73 
 
 		 140 aa  44.7  0.0005  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0318701  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1475  DNA polymerase beta domain protein region  35.82 
 
 		 129 aa  44.7  0.0005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.125283  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0033  hypothetical protein  37.5 
 
 		 110 aa  44.7  0.0005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1320  DNA polymerase, beta-like region  32.99 
 
 		 106 aa  44.7  0.0005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3303  DNA polymerase beta domain protein region  53.33 
 
 		 114 aa  44.3  0.0006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.433068 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2036  DNA polymerase beta domain protein region  36.25 
 
 		 98 aa  44.3  0.0006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.18823  normal  0.524072 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1148  DNA polymerase beta subunit  30.21 
 
 		 115 aa  43.9  0.0007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2416  DNA polymerase beta subunit  36.99 
 
 		 103 aa  43.9  0.0008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.606985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1784  nucleotidyltransferase  42.62 
 
 		 97 aa  43.5  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0337  DNA polymerase beta domain protein region  38.18 
 
 		 86 aa  43.5  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.707738 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3147  DNA polymerase beta domain protein region  34.44 
 
 		 96 aa  43.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.949814 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3031  DNA polymerase beta subunit  47.27 
 
 		 96 aa  43.1  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.424813  normal  0.471509 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0218  DNA polymerase beta subunit  39.19 
 
 		 110 aa  43.1  0.001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2714  DNA polymerase, beta-like region  34.44 
 
 		 110 aa  42.4  0.002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.505964  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0893  DNA polymerase beta domain-containing protein region  42.31 
 
 		 143 aa  42.4  0.002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2347  DNA polymerase beta subunit  46.94 
 
 		 116 aa  42.7  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.048778  normal  0.250853 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1617  DNA polymerase beta domain-containing protein region  64.29 
 
 		 103 aa  42.4  0.002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.450393  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1883  DNA polymerase, beta-like region  47.92 
 
 		 108 aa  42.7  0.002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.230497 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1694  DNA polymerase beta subunit  27.5 
 
 		 97 aa  42.4  0.002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.366424  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0547  DNA polymerase beta subunit  30.95 
 
 		 100 aa  42.7  0.002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.790238  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1736  hypothetical protein  33.75 
 
 		 271 aa  42  0.003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.76389  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0718  DNA polymerase beta subunit  75 
 
 		 112 aa  42  0.003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.525185 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3203  DNA polymerase beta subunit  41.18 
 
 		 98 aa  42  0.003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3960  DNA polymerase beta subunit  31.17 
 
 		 104 aa  42  0.003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.886641  normal  0.332553 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3436  DNA polymerase beta subunit  48.94 
 
 		 107 aa  42  0.003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.212553 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1790  DNA polymerase beta domain protein region  50 
 
 		 114 aa  42  0.003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1203  DNA polymerase beta domain protein region  27.84 
 
 		 102 aa  41.6  0.003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0348  DNA polymerase beta subunit  41.54 
 
 		 94 aa  42  0.003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0697  DNA polymerase beta subunit  47.92 
 
 		 96 aa  42  0.003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.424952 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1920  DNA polymerase beta subunit  57.14 
 
 		 116 aa  42  0.003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000388354 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1772  DNA polymerase beta domain protein region  38.78 
 
 		 99 aa  41.2  0.004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2529  DNA polymerase beta subunit  30.68 
 
 		 104 aa  41.2  0.005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0400211 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0157  DNA polymerase beta domain protein region  54.55 
 
 		 109 aa  41.2  0.005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1803  DNA polymerase beta domain protein region  32.22 
 
 		 96 aa  40.8  0.006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013167  Cyan8802_4607  DNA polymerase beta domain protein region  43.18 
 
 		 119 aa  40.8  0.006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2353  DNA polymerase beta domain protein region  62.96 
 
 		 116 aa  40.4  0.007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2757  nucleotidyltransferase family protein  26.44 
 
 		 102 aa  40.4  0.008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1619  DNA polymerase beta domain-containing protein region  57.58 
 
 		 105 aa  40.4  0.008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.316623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3654  hypothetical protein  38.03 
 
 		 137 aa  40.4  0.008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.544333  normal  0.731043 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0088  DNA polymerase beta subunit  35.82 
 
 		 103 aa  40.4  0.008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0340868 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3135  DNA polymerase beta domain protein region  34.15 
 
 		 108 aa  40.4  0.008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.434644 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2974  DNA polymerase beta domain protein region  34.15 
 
 		 108 aa  40.4  0.008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1102  hypothetical protein  32 
 
 		 100 aa  40.4  0.009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.836571  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1164  DNA polymerase beta subunit  33.33 
 
 		 113 aa  40.4  0.009  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1342  DNA polymerase beta domain protein region  51.06 
 
 		 111 aa  40.4  0.009  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0867  DNA polymerase beta domain protein region  28.38 
 
 		 96 aa  40.4  0.009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>