109 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_3960 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_3960  DNA polymerase beta subunit  100 
 
 		 104 aa  211  1.9999999999999998e-54  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.886641  normal  0.332553 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0479  DNA polymerase, beta-like region  53 
 
 		 105 aa  113  1.0000000000000001e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2416  DNA polymerase beta subunit  55.34 
 
 		 103 aa  112  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.606985  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1934  DNA polymerase beta domain protein region  53 
 
 		 104 aa  111  3e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.739683  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2974  DNA polymerase beta domain protein region  49.5 
 
 		 108 aa  111  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3135  DNA polymerase beta domain protein region  49.5 
 
 		 108 aa  111  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.434644 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0033  hypothetical protein  51.52 
 
 		 110 aa  108  4.0000000000000004e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3447  DNA polymerase beta subunit  52.04 
 
 		 98 aa  105  2e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.665517  normal  0.0889414 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1475  DNA polymerase beta domain protein region  55.32 
 
 		 129 aa  103  8e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.125283  n/a   
 
 
-
 
NC_007595  Synpcc7942_B2615  hypothetical protein  47.96 
 
 		 109 aa  98.6  3e-20  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.111377 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1806  DNA polymerase beta domain protein region  43 
 
 		 104 aa  97.1  7e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.943156  normal  0.843762 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0337  DNA polymerase beta domain protein region  56.72 
 
 		 86 aa  92.4  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.707738 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2793  DNA polymerase, beta-like region  41.58 
 
 		 270 aa  89.7  1e-17  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.196612 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0274  hypothetical protein  42.39 
 
 		 112 aa  85.9  2e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2968  DNA polymerase beta domain protein region  36.08 
 
 		 126 aa  85.9  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.201607  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4370  DNA polymerase beta domain protein region  38.24 
 
 		 132 aa  84.7  3e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.541368 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3907  DNA polymerase beta domain protein region  37 
 
 		 109 aa  82.8  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1853  DNA polymerase beta domain protein region  40.45 
 
 		 113 aa  81.3  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1879  DNA polymerase beta domain protein region  40.45 
 
 		 113 aa  81.3  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2453  DNA polymerase beta domain protein region  35 
 
 		 109 aa  80.1  0.000000000000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.17145 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0871  DNA polymerase beta domain protein region  42.72 
 
 		 99 aa  79  0.00000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3484  DNA polymerase beta domain protein region  40.43 
 
 		 115 aa  79.3  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.628631 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4407  DNA polymerase beta domain protein region  38 
 
 		 112 aa  79.3  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.622454  hitchhiker  0.00236557 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4345  DNA polymerase beta domain protein region  37 
 
 		 112 aa  77.4  0.00000000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0844  DNA polymerase beta subunit  40.82 
 
 		 116 aa  76.3  0.0000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.909458  normal  0.0926269 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2568  hypothetical protein  68 
 
 		 68 aa  71.6  0.000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2453  DNA polymerase beta subunit  44.55 
 
 		 100 aa  70.5  0.000000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00090311  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1968  nucleotidyltransferase  35.64 
 
 		 99 aa  64.3  0.0000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0998  DNA polymerase beta domain protein region  44.16 
 
 		 102 aa  63.9  0.0000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.050559 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0506  DNA polymerase beta subunit  46.27 
 
 		 96 aa  62  0.000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0898  DNA polymerase, beta-like region  43.42 
 
 		 103 aa  61.6  0.000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0867  DNA polymerase beta domain protein region  44.78 
 
 		 96 aa  61.2  0.000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0152  DNA polymerase  32.67 
 
 		 100 aa  58.2  0.00000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0348  DNA polymerase beta subunit  41.56 
 
 		 94 aa  57.8  0.00000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1342  DNA polymerase beta domain protein region  41.38 
 
 		 111 aa  57.4  0.00000006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6474  DNA polymerase beta domain protein region  40 
 
 		 102 aa  57  0.00000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1883  DNA polymerase, beta-like region  34.65 
 
 		 108 aa  56.6  0.0000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.230497 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0626  DNA polymerase beta subunit  38.54 
 
 		 102 aa  55.8  0.0000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.717752  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0697  DNA polymerase beta subunit  33.66 
 
 		 96 aa  55.5  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.424952 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0053  DNA polymerase beta subunit  38.54 
 
 		 102 aa  55.5  0.0000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0582464  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0547  DNA polymerase beta subunit  44.12 
 
 		 100 aa  55.1  0.0000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.790238  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0357  DNA polymerase beta subunit  41.33 
 
 		 101 aa  54.7  0.0000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0316504 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1637  DNA polymerase beta subunit  46.67 
 
 		 106 aa  54.3  0.0000006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3676  DNA polymerase beta domain protein region  39.13 
 
 		 132 aa  54.3  0.0000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.839378  normal  0.137366 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0088  DNA polymerase beta subunit  42.67 
 
 		 103 aa  53.9  0.0000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0340868 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2493  DNA polymerase beta domain-containing protein region  36.76 
 
 		 96 aa  52  0.000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2422  DNA polymerase, beta-like region  41.54 
 
 		 109 aa  52  0.000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0886  hypothetical protein  40.51 
 
 		 129 aa  51.6  0.000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0454668  hitchhiker  0.00000000702025 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0374  DNA polymerase beta subunit  40.74 
 
 		 108 aa  52  0.000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.509035  normal  0.373075 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1948  DNA polymerase beta domain protein region  36.63 
 
 		 96 aa  51.6  0.000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.506279 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1959  DNA polymerase beta domain protein region  36.63 
 
 		 96 aa  51.6  0.000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.332639 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0157  DNA polymerase beta domain protein region  40.62 
 
 		 109 aa  51.6  0.000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3743  DNA polymerase beta domain protein region  38.67 
 
 		 98 aa  50.8  0.000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0142  nucleotidyltransferase  44.83 
 
 		 86 aa  50.4  0.000008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0927  hypothetical protein  49.12 
 
 		 109 aa  50.1  0.00001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.430224  normal  0.445553 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1162  DNA polymerase beta subunit  37.66 
 
 		 100 aa  50.1  0.00001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1228  DNA polymerase beta subunit  34.41 
 
 		 97 aa  49.7  0.00001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3031  DNA polymerase beta subunit  32.1 
 
 		 96 aa  49.7  0.00001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.424813  normal  0.471509 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0845  DNA polymerase beta subunit  40.91 
 
 		 96 aa  50.1  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.406591  normal  0.358781 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0202  DNA polymerase beta domain protein region  38.03 
 
 		 131 aa  50.1  0.00001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.368731 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0015  hypothetical protein  37.5 
 
 		 95 aa  49.3  0.00002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1148  DNA polymerase beta subunit  35.71 
 
 		 115 aa  49.3  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2017  DNA polymerase beta domain protein region  37.65 
 
 		 103 aa  49.3  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.538218  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0444  nucleotidyltransferase  41.43 
 
 		 98 aa  48.1  0.00004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.190147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4165  DNA polymerase beta subunit  32.93 
 
 		 109 aa  47.8  0.00005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2036  DNA polymerase beta domain protein region  35.71 
 
 		 98 aa  47.8  0.00005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.18823  normal  0.524072 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5818  DNA polymerase beta domain protein region  37.18 
 
 		 96 aa  47.4  0.00007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1762  nucleotidyltransferase family protein  37.66 
 
 		 97 aa  47  0.00008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.324196 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0274  DNA polymerase beta subunit  37.68 
 
 		 96 aa  47  0.00009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.122937  unclonable  0.00000800451 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1203  DNA polymerase, beta-like region  38.24 
 
 		 96 aa  46.6  0.0001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.229672  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0638  nucleotidyltransferase  36.11 
 
 		 101 aa  47  0.0001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1789  DNA polymerase beta domain protein region  33.33 
 
 		 109 aa  46.2  0.0001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3213  DNA polymerase beta domain protein region  33.78 
 
 		 96 aa  46.6  0.0001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3260  transcriptional regulator, XRE family  30.59 
 
 		 152 aa  45.8  0.0002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3062  DNA polymerase beta domain protein region  29.35 
 
 		 189 aa  45.8  0.0002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0028  nucleotidyltransferase family protein  38.46 
 
 		 96 aa  45.4  0.0003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.422617  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2192  DNA polymerase, beta-like region  33.33 
 
 		 110 aa  45.1  0.0003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.479342  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2954  DNA polymerase beta subunit  43.14 
 
 		 133 aa  45.4  0.0003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3265  DNA polymerase beta subunit  46.67 
 
 		 87 aa  45.4  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00407875  normal  0.255152 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3618  DNA polymerase beta domain protein region  38.46 
 
 		 96 aa  44.7  0.0004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2366  DNA polymerase beta subunit  35.29 
 
 		 115 aa  44.3  0.0005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.878119  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0627  DNA polymerase beta subunit  32.26 
 
 		 101 aa  44.3  0.0005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0052  DNA polymerase beta subunit  32.26 
 
 		 101 aa  44.3  0.0005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0550488  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3039  DNA polymerase beta domain protein region  38.24 
 
 		 99 aa  44.7  0.0005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2672  DNA polymerase, beta-like region  35.29 
 
 		 96 aa  44.3  0.0005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.836328  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0374  DNA polymerase, beta-like region  35.48 
 
 		 121 aa  44.3  0.0006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1803  DNA polymerase beta domain protein region  40 
 
 		 96 aa  44.3  0.0006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1784  nucleotidyltransferase  40.98 
 
 		 97 aa  43.9  0.0008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3948  DNA polymerase beta subunit  35.29 
 
 		 97 aa  43.9  0.0008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0222602 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0241  DNA polymerase beta subunit  33.82 
 
 		 99 aa  43.5  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3299  DNA polymerase beta domain protein region  36.76 
 
 		 96 aa  42.7  0.001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000315403 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0862  DNA polymerase beta domain protein region  40.68 
 
 		 101 aa  43.1  0.001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000000634599  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0273  DNA polymerase, beta-like region  37.04 
 
 		 98 aa  42.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.288603 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3117  DNA polymerase beta subunit  27.59 
 
 		 110 aa  42.4  0.002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1075  DNA polymerase beta domain protein region  33.82 
 
 		 97 aa  42.4  0.002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.796392  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0900  DNA polymerase beta subunit  41.51 
 
 		 103 aa  42.4  0.002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000013918 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1178  DNA polymerase beta subunit  29.69 
 
 		 98 aa  42.4  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.448012  normal  0.179286 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2567  DNA polymerase beta domain protein region  28.57 
 
 		 141 aa  42.4  0.002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0854  DNA polymerase beta subunit  32 
 
 		 96 aa  41.6  0.003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3147  DNA polymerase beta domain protein region  39.47 
 
 		 96 aa  42  0.003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.949814 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>