145 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_2453 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_2453  DNA polymerase beta subunit  100 
 
 		 100 aa  206  1e-52  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00090311  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0871  DNA polymerase beta domain protein region  53.06 
 
 		 99 aa  105  1e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0357  DNA polymerase beta subunit  54.17 
 
 		 101 aa  103  1e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0316504 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0998  DNA polymerase beta domain protein region  50.52 
 
 		 102 aa  88.6  3e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.050559 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1934  DNA polymerase beta domain protein region  47.57 
 
 		 104 aa  86.3  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.739683  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0898  DNA polymerase, beta-like region  52.63 
 
 		 103 aa  85.9  2e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2416  DNA polymerase beta subunit  44.44 
 
 		 103 aa  82.4  0.000000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.606985  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1475  DNA polymerase beta domain protein region  43 
 
 		 129 aa  80.5  0.000000000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.125283  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0844  DNA polymerase beta subunit  43.62 
 
 		 116 aa  78.2  0.00000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.909458  normal  0.0926269 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3447  DNA polymerase beta subunit  58.21 
 
 		 98 aa  78.6  0.00000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.665517  normal  0.0889414 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0479  DNA polymerase, beta-like region  40.2 
 
 		 105 aa  76.3  0.0000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007595  Synpcc7942_B2615  hypothetical protein  43.62 
 
 		 109 aa  74.7  0.0000000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.111377 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0274  hypothetical protein  43.01 
 
 		 112 aa  74.3  0.0000000000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0337  DNA polymerase beta domain protein region  50.72 
 
 		 86 aa  73.2  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.707738 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0033  hypothetical protein  41.05 
 
 		 110 aa  72.4  0.000000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1968  nucleotidyltransferase  43.3 
 
 		 99 aa  71.6  0.000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1342  DNA polymerase beta domain protein region  48.81 
 
 		 111 aa  71.2  0.000000000004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3960  DNA polymerase beta subunit  44.55 
 
 		 104 aa  70.5  0.000000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.886641  normal  0.332553 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3135  DNA polymerase beta domain protein region  44 
 
 		 108 aa  69.3  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.434644 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2974  DNA polymerase beta domain protein region  44 
 
 		 108 aa  69.3  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2366  DNA polymerase beta subunit  41.67 
 
 		 115 aa  67.4  0.00000000006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.878119  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4407  DNA polymerase beta domain protein region  37.11 
 
 		 112 aa  66.6  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.622454  hitchhiker  0.00236557 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3457  DNA polymerase beta subunit  42.17 
 
 		 98 aa  65.5  0.0000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0288007 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4370  DNA polymerase beta domain protein region  37.25 
 
 		 132 aa  65.9  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.541368 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4345  DNA polymerase beta domain protein region  36.08 
 
 		 112 aa  63.9  0.0000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2968  DNA polymerase beta domain protein region  37 
 
 		 126 aa  63.9  0.0000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.201607  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0444  nucleotidyltransferase  41.38 
 
 		 98 aa  63.2  0.000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.190147  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0152  DNA polymerase  43.82 
 
 		 100 aa  63.2  0.000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1806  DNA polymerase beta domain protein region  33.98 
 
 		 104 aa  63.2  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.943156  normal  0.843762 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1790  DNA polymerase beta domain protein region  39.76 
 
 		 114 aa  62.4  0.000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1879  DNA polymerase beta domain protein region  35.29 
 
 		 113 aa  62.4  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0053  DNA polymerase beta subunit  37.23 
 
 		 102 aa  62  0.000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0582464  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1853  DNA polymerase beta domain protein region  35.29 
 
 		 113 aa  62.4  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3618  DNA polymerase beta domain protein region  45.78 
 
 		 96 aa  62  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1883  DNA polymerase, beta-like region  40.21 
 
 		 108 aa  61.6  0.000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.230497 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0697  DNA polymerase beta subunit  40.82 
 
 		 96 aa  61.6  0.000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.424952 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3484  DNA polymerase beta domain protein region  33 
 
 		 115 aa  61.6  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.628631 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3907  DNA polymerase beta domain protein region  41.03 
 
 		 109 aa  61.2  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1789  DNA polymerase beta domain protein region  37.65 
 
 		 109 aa  61.2  0.000000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0845  DNA polymerase beta subunit  42.86 
 
 		 96 aa  60.8  0.000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.406591  normal  0.358781 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0626  DNA polymerase beta subunit  36.17 
 
 		 102 aa  60.5  0.000000007  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.717752  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2453  DNA polymerase beta domain protein region  37.78 
 
 		 109 aa  60.5  0.000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.17145 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2288  DNA polymerase, beta-like region  52.86 
 
 		 96 aa  60.1  0.00000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1228  DNA polymerase beta subunit  42.17 
 
 		 97 aa  59.7  0.00000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2568  hypothetical protein  81.25 
 
 		 68 aa  59.7  0.00000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0273  DNA polymerase, beta-like region  39.24 
 
 		 98 aa  58.2  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.288603 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3147  DNA polymerase beta domain protein region  46.67 
 
 		 96 aa  57.8  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.949814 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3299  DNA polymerase beta domain protein region  37.78 
 
 		 96 aa  57.4  0.00000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000315403 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2192  DNA polymerase, beta-like region  44.21 
 
 		 110 aa  56.2  0.0000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.479342  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1113  DNA polymerase beta subunit  40.43 
 
 		 109 aa  56.2  0.0000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6474  DNA polymerase beta domain protein region  43.48 
 
 		 102 aa  56.2  0.0000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2036  DNA polymerase beta domain protein region  38.37 
 
 		 98 aa  56.6  0.0000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.18823  normal  0.524072 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3146  DNA polymerase beta domain protein region  37.65 
 
 		 98 aa  56.6  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.94354 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0274  DNA polymerase beta subunit  37.65 
 
 		 96 aa  55.8  0.0000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.122937  unclonable  0.00000800451 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2148  DNA polymerase beta domain protein region  50 
 
 		 96 aa  55.8  0.0000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.664175  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50230  DNA polymerase, beta-like region-containing protein  44.71 
 
 		 96 aa  55.5  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1408  DNA polymerase beta subunit  50 
 
 		 96 aa  54.7  0.0000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1164  DNA polymerase beta subunit  37.5 
 
 		 113 aa  54.7  0.0000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0547  DNA polymerase beta subunit  46.75 
 
 		 100 aa  54.7  0.0000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.790238  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0157  DNA polymerase beta domain protein region  31.33 
 
 		 109 aa  54.7  0.0000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2452  DNA polymerase, beta-like region  44.59 
 
 		 96 aa  53.5  0.0000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000219498  normal  0.98292 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0854  DNA polymerase beta subunit  38.55 
 
 		 96 aa  53.5  0.0000009  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1854  nucleotidyltransferase family protein  39.18 
 
 		 107 aa  52.4  0.000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.00000000063807  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0202  DNA polymerase beta domain protein region  36.05 
 
 		 131 aa  52.8  0.000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.368731 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3117  DNA polymerase beta subunit  31.58 
 
 		 110 aa  52.4  0.000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0088  DNA polymerase beta subunit  41.67 
 
 		 103 aa  52.4  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0340868 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3948  DNA polymerase beta subunit  34.02 
 
 		 97 aa  52  0.000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0222602 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2672  DNA polymerase, beta-like region  36.73 
 
 		 96 aa  52  0.000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.836328  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1203  DNA polymerase, beta-like region  34.02 
 
 		 96 aa  51.6  0.000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.229672  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0900  DNA polymerase beta subunit  39.02 
 
 		 103 aa  51.6  0.000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000013918 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5548  DNA polymerase beta subunit  38.55 
 
 		 93 aa  51.2  0.000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.861724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1298  hypothetical protein  42.35 
 
 		 97 aa  50.8  0.000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3743  DNA polymerase beta domain protein region  36.36 
 
 		 98 aa  50.4  0.000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5352  DNA polymerase, beta-like region  40 
 
 		 98 aa  50.4  0.000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.102703 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1926  DNA polymerase, beta-like region  47.92 
 
 		 104 aa  49.7  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.327788  normal  0.570166 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1812  DNA polymerase beta subunit  45.71 
 
 		 96 aa  49.7  0.00001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.337517  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2757  nucleotidyltransferase family protein  30.23 
 
 		 102 aa  49.3  0.00002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2793  DNA polymerase, beta-like region  35.71 
 
 		 270 aa  48.9  0.00002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.196612 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1733  DNA polymerase beta domain protein region  35.44 
 
 		 98 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.3433 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1104  DNA polymerase beta domain protein region  33.7 
 
 		 96 aa  48.5  0.00003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0953254  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1803  DNA polymerase beta domain protein region  32.1 
 
 		 96 aa  48.9  0.00003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0374  DNA polymerase, beta-like region  35.37 
 
 		 121 aa  48.1  0.00004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1637  DNA polymerase beta subunit  37.35 
 
 		 106 aa  47.8  0.00004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0028  nucleotidyltransferase family protein  41.98 
 
 		 96 aa  47.4  0.00006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.422617  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0017  ISSo9, nucleotidyltransferase domain-containing protein  60.98 
 
 		 96 aa  47.4  0.00006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.378069  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0168  ISSo9, nucleotidyltransferase domain-containing protein  60.98 
 
 		 96 aa  47.4  0.00006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.172039  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2493  DNA polymerase beta domain-containing protein region  35.29 
 
 		 96 aa  47  0.00008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0409  DNA polymerase beta subunit  35.56 
 
 		 96 aa  47  0.00008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3786  DNA polymerase beta domain protein region  37.66 
 
 		 97 aa  47  0.00009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.123289  normal  0.700807 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0015  hypothetical protein  29.27 
 
 		 95 aa  46.6  0.0001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2714  DNA polymerase, beta-like region  33.33 
 
 		 110 aa  46.2  0.0001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.505964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0241  DNA polymerase beta subunit  34.18 
 
 		 99 aa  46.6  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0862  DNA polymerase beta domain protein region  36.78 
 
 		 101 aa  46.6  0.0001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000000634599  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1784  nucleotidyltransferase  31.11 
 
 		 97 aa  46.2  0.0002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0638  nucleotidyltransferase  34.18 
 
 		 101 aa  45.4  0.0002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2017  DNA polymerase beta domain protein region  57.14 
 
 		 103 aa  45.8  0.0002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.538218  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1691  DNA polymerase beta domain protein region  32.26 
 
 		 101 aa  45.8  0.0002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2704  DNA polymerase beta domain-containing protein region  42.25 
 
 		 95 aa  45.8  0.0002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.272306 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0627  DNA polymerase beta subunit  32.1 
 
 		 101 aa  45.4  0.0003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0052  DNA polymerase beta subunit  32.1 
 
 		 101 aa  45.4  0.0003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0550488  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>