105 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_A0017 on replicon NC_004349
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004349  SO_A0017  ISSo9, nucleotidyltransferase domain-containing protein  100 
 
 		 96 aa  183  7e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.378069  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0168  ISSo9, nucleotidyltransferase domain-containing protein  100 
 
 		 96 aa  183  7e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.172039  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2148  DNA polymerase beta domain protein region  77.08 
 
 		 96 aa  147  5e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.664175  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1408  DNA polymerase beta subunit  77.08 
 
 		 96 aa  145  1.0000000000000001e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1812  DNA polymerase beta subunit  72.92 
 
 		 96 aa  143  9e-34  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.337517  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2288  DNA polymerase, beta-like region  68.75 
 
 		 96 aa  128  2.0000000000000002e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2452  DNA polymerase, beta-like region  65.62 
 
 		 96 aa  125  2.0000000000000002e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000219498  normal  0.98292 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5352  DNA polymerase, beta-like region  65.26 
 
 		 98 aa  113  1.0000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.102703 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50230  DNA polymerase, beta-like region-containing protein  56.25 
 
 		 96 aa  103  6e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3618  DNA polymerase beta domain protein region  55.21 
 
 		 96 aa  97.8  4e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0012  DNA polymerase, beta-like region  72.73 
 
 		 88 aa  97.4  6e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0162009  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1104  DNA polymerase beta domain protein region  48.96 
 
 		 96 aa  96.3  1e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0953254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2046  hypothetical protein  76.27 
 
 		 135 aa  91.7  3e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.408644  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1652  ISSo9, nucleotidyltransferase domain-containing protein  59.42 
 
 		 69 aa  83.2  0.000000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.175672 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5548  DNA polymerase beta subunit  47.62 
 
 		 93 aa  72.8  0.000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.861724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1512  ISSo9, nucleotidyltransferase domain-containing protein  37.5 
 
 		 96 aa  72  0.000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0340826  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3457  DNA polymerase beta subunit  46.43 
 
 		 98 aa  70.9  0.000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0288007 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3299  DNA polymerase beta domain protein region  40.62 
 
 		 96 aa  70.5  0.000000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000315403 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0274  DNA polymerase beta subunit  42.53 
 
 		 96 aa  68.2  0.00000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.122937  unclonable  0.00000800451 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2366  DNA polymerase beta subunit  43 
 
 		 115 aa  64.7  0.0000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.878119  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1527  transcriptional regulator, XRE family  46.32 
 
 		 145 aa  62.8  0.000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0854  DNA polymerase beta subunit  39.56 
 
 		 96 aa  62.4  0.000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0033  transcriptional regulator, XRE family  42.53 
 
 		 169 aa  62.4  0.000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.400371  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0697  DNA polymerase beta subunit  44.83 
 
 		 96 aa  60.8  0.000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.424952 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1883  DNA polymerase, beta-like region  44.83 
 
 		 108 aa  60.5  0.000000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.230497 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2714  DNA polymerase, beta-like region  39.76 
 
 		 110 aa  59.3  0.00000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.505964  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2072  DNA polymerase beta domain protein region  37.76 
 
 		 97 aa  58.2  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0110003  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3146  DNA polymerase beta domain protein region  43.18 
 
 		 98 aa  57.4  0.00000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.94354 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10090  predicted nucleotidyltransferase  40.45 
 
 		 106 aa  57.4  0.00000007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0152  DNA polymerase  38.14 
 
 		 100 aa  56.6  0.0000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1228  DNA polymerase beta subunit  41.38 
 
 		 97 aa  56.2  0.0000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2453  DNA polymerase beta subunit  52.17 
 
 		 100 aa  55.8  0.0000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00090311  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1203  DNA polymerase beta domain protein region  39.56 
 
 		 102 aa  56.2  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4907  DNA polymerase beta domain protein region  36.17 
 
 		 97 aa  55.5  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1790  DNA polymerase beta domain protein region  39.56 
 
 		 114 aa  55.5  0.0000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1766  DNA polymerase beta domain protein region  44.83 
 
 		 100 aa  55.1  0.0000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.669718  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3260  transcriptional regulator, XRE family  40.26 
 
 		 152 aa  54.3  0.0000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1345  DNA polymerase, beta-like region  56.86 
 
 		 55 aa  53.5  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.230797 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0357  DNA polymerase beta subunit  39.58 
 
 		 101 aa  53.1  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0316504 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2969  DNA polymerase beta domain protein region  37.23 
 
 		 97 aa  53.1  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3140  DNA polymerase beta domain protein region  37.23 
 
 		 97 aa  53.1  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.440273 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1188  DNA polymerase beta domain protein region  36.46 
 
 		 113 aa  52.8  0.000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0871  DNA polymerase beta domain protein region  37.08 
 
 		 99 aa  52  0.000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0898  DNA polymerase, beta-like region  39.08 
 
 		 103 aa  51.2  0.000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0258  DNA polymerase beta domain protein region  37.23 
 
 		 97 aa  51.2  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1789  DNA polymerase beta domain protein region  35.9 
 
 		 109 aa  50.8  0.000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1948  DNA polymerase beta domain protein region  32.61 
 
 		 96 aa  50.4  0.000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.506279 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1959  DNA polymerase beta domain protein region  32.61 
 
 		 96 aa  50.4  0.000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.332639 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0548  nucleotidyltransferase family protein  36.59 
 
 		 93 aa  49.7  0.00001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0638  nucleotidyltransferase  38.82 
 
 		 101 aa  48.9  0.00002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0202  DNA polymerase beta domain protein region  37.5 
 
 		 131 aa  49.3  0.00002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.368731 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2705  DNA polymerase, beta-like region  33.33 
 
 		 102 aa  48.1  0.00004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.569902  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1298  hypothetical protein  42.22 
 
 		 97 aa  48.1  0.00004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3557  DNA polymerase beta subunit  34.48 
 
 		 254 aa  47.4  0.00007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0946906  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1295  DNA polymerase beta domain protein region  41.79 
 
 		 99 aa  47.4  0.00007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.599396  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1637  DNA polymerase beta subunit  41.3 
 
 		 106 aa  47  0.00008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1694  DNA polymerase beta subunit  27.78 
 
 		 97 aa  47  0.00008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.366424  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26330  predicted nucleotidyltransferase  39.68 
 
 		 121 aa  47.4  0.00008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.155672  normal  0.055633 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1102  hypothetical protein  31.71 
 
 		 100 aa  47  0.00009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.836571  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3147  DNA polymerase beta domain protein region  41.77 
 
 		 96 aa  46.2  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.949814 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1968  nucleotidyltransferase  35.56 
 
 		 99 aa  45.8  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0943  DNA polymerase beta subunit  37.5 
 
 		 97 aa  45.8  0.0002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.744259 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0479  DNA polymerase, beta-like region  36.99 
 
 		 105 aa  45.1  0.0003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0998  DNA polymerase beta domain protein region  32.1 
 
 		 102 aa  45.4  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.050559 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3786  DNA polymerase beta domain protein region  32.18 
 
 		 97 aa  45.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.123289  normal  0.700807 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0626  DNA polymerase beta subunit  28.12 
 
 		 102 aa  44.7  0.0004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.717752  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0053  DNA polymerase beta subunit  28.12 
 
 		 102 aa  45.1  0.0004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0582464  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2672  DNA polymerase, beta-like region  37.65 
 
 		 96 aa  45.1  0.0004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.836328  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19940  predicted nucleotidyltransferase  46.43 
 
 		 100 aa  44.7  0.0004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.0104125 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3948  DNA polymerase beta subunit  38.64 
 
 		 97 aa  44.7  0.0005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0222602 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0867  DNA polymerase beta domain protein region  32.5 
 
 		 96 aa  44.3  0.0005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0274  hypothetical protein  39.19 
 
 		 112 aa  44.3  0.0006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0547  DNA polymerase beta subunit  37.97 
 
 		 100 aa  44.3  0.0006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.790238  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1342  DNA polymerase beta domain protein region  40 
 
 		 111 aa  44.3  0.0006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0506  DNA polymerase beta subunit  32.47 
 
 		 96 aa  43.9  0.0007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2359  DNA polymerase beta domain protein region  37.68 
 
 		 100 aa  43.9  0.0008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0088  DNA polymerase beta subunit  36.25 
 
 		 103 aa  43.5  0.0009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0340868 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0444  nucleotidyltransferase  32.88 
 
 		 98 aa  43.5  0.001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.190147  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1784  nucleotidyltransferase  32.29 
 
 		 97 aa  43.5  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3117  DNA polymerase beta subunit  32.5 
 
 		 110 aa  43.5  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0348  DNA polymerase beta subunit  34.83 
 
 		 94 aa  43.5  0.001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0157  DNA polymerase beta domain protein region  35.37 
 
 		 109 aa  42.7  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1203  DNA polymerase, beta-like region  34.09 
 
 		 96 aa  42.7  0.002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.229672  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0015  hypothetical protein  28.87 
 
 		 95 aa  42.7  0.002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2036  DNA polymerase beta domain protein region  32.05 
 
 		 98 aa  42.7  0.002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.18823  normal  0.524072 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0627  DNA polymerase beta subunit  31.65 
 
 		 101 aa  42.7  0.002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0409  DNA polymerase beta subunit  32.1 
 
 		 96 aa  42  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0369  DNA polymerase beta subunit  31.33 
 
 		 105 aa  42.7  0.002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.832865  normal  0.194305 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0374  DNA polymerase beta subunit  39.47 
 
 		 108 aa  42.7  0.002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.509035  normal  0.373075 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0052  DNA polymerase beta subunit  31.65 
 
 		 101 aa  42.7  0.002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0550488  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1806  DNA polymerase beta domain protein region  35.71 
 
 		 104 aa  42.4  0.002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.943156  normal  0.843762 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2192  DNA polymerase, beta-like region  34.31 
 
 		 110 aa  42  0.003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.479342  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1148  DNA polymerase beta subunit  36.14 
 
 		 115 aa  42  0.003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0686  DNA polymerase beta subunit  40.26 
 
 		 96 aa  42  0.003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1851  DNA polymerase beta domain protein region  32.29 
 
 		 96 aa  42  0.003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3743  DNA polymerase beta domain protein region  36.59 
 
 		 98 aa  41.6  0.003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1877  DNA polymerase beta domain protein region  32.29 
 
 		 96 aa  42  0.003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2704  DNA polymerase beta domain-containing protein region  39.47 
 
 		 95 aa  41.6  0.004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.272306 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1803  DNA polymerase beta domain protein region  33.33 
 
 		 96 aa  41.6  0.004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2493  DNA polymerase beta domain-containing protein region  33.33 
 
 		 96 aa  41.6  0.004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>