124 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_0479 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007517  Gmet_0479  DNA polymerase, beta-like region  100 
 
 
105 aa  213  9e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1934  DNA polymerase beta domain protein region  60.58 
 
 
104 aa  128  3e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.739683  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1475  DNA polymerase beta domain protein region  58.76 
 
 
129 aa  126  8.000000000000001e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.125283  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3135  DNA polymerase beta domain protein region  55.1 
 
 
108 aa  114  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.434644 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2974  DNA polymerase beta domain protein region  55.1 
 
 
108 aa  114  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0033  hypothetical protein  51.96 
 
 
110 aa  112  1.0000000000000001e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3960  DNA polymerase beta subunit  53 
 
 
104 aa  113  1.0000000000000001e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.886641  normal  0.332553 
 
 
-
 
NC_007595  Synpcc7942_B2615  hypothetical protein  54.44 
 
 
109 aa  112  2.0000000000000002e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.111377 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1806  DNA polymerase beta domain protein region  50.96 
 
 
104 aa  112  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.943156  normal  0.843762 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3447  DNA polymerase beta subunit  53.61 
 
 
98 aa  111  4.0000000000000004e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.665517  normal  0.0889414 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0274  hypothetical protein  49.02 
 
 
112 aa  110  8.000000000000001e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2416  DNA polymerase beta subunit  55.1 
 
 
103 aa  107  6e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.606985  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1879  DNA polymerase beta domain protein region  46 
 
 
113 aa  106  1e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1853  DNA polymerase beta domain protein region  46 
 
 
113 aa  106  1e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0337  DNA polymerase beta domain protein region  60 
 
 
86 aa  102  3e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.707738 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3907  DNA polymerase beta domain protein region  44.55 
 
 
109 aa  99.4  2e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3484  DNA polymerase beta domain protein region  44.66 
 
 
115 aa  94.7  4e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.628631 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2453  DNA polymerase beta domain protein region  42.57 
 
 
109 aa  94.4  5e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.17145 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2968  DNA polymerase beta domain protein region  41.75 
 
 
126 aa  94  7e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.201607  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4407  DNA polymerase beta domain protein region  41 
 
 
112 aa  90.1  9e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.622454  hitchhiker  0.00236557 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4370  DNA polymerase beta domain protein region  42.16 
 
 
132 aa  90.1  9e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.541368 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4345  DNA polymerase beta domain protein region  40 
 
 
112 aa  89.4  1e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0871  DNA polymerase beta domain protein region  45.54 
 
 
99 aa  79.3  0.00000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0844  DNA polymerase beta subunit  48.28 
 
 
116 aa  77  0.00000000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.909458  normal  0.0926269 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2453  DNA polymerase beta subunit  40.2 
 
 
100 aa  76.3  0.0000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00090311  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1968  nucleotidyltransferase  39.6 
 
 
99 aa  72.4  0.000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2793  DNA polymerase, beta-like region  36.84 
 
 
270 aa  72  0.000000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.196612 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0898  DNA polymerase, beta-like region  37.76 
 
 
103 aa  67  0.00000000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1342  DNA polymerase beta domain protein region  43.37 
 
 
111 aa  66.6  0.0000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0998  DNA polymerase beta domain protein region  40.62 
 
 
102 aa  66.6  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.050559 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1883  DNA polymerase, beta-like region  41.94 
 
 
108 aa  65.1  0.0000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.230497 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0697  DNA polymerase beta subunit  40.86 
 
 
96 aa  64.3  0.0000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.424952 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2568  hypothetical protein  70 
 
 
68 aa  63.5  0.0000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0152  DNA polymerase  35.64 
 
 
100 aa  62  0.000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0274  DNA polymerase beta subunit  35.48 
 
 
96 aa  60.8  0.000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.122937  unclonable  0.00000800451 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0202  DNA polymerase beta domain protein region  40 
 
 
131 aa  58.9  0.00000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.368731 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0626  DNA polymerase beta subunit  35.48 
 
 
102 aa  57.8  0.00000005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.717752  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0053  DNA polymerase beta subunit  35.48 
 
 
102 aa  57.8  0.00000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0582464  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0854  DNA polymerase beta subunit  37.08 
 
 
96 aa  57  0.00000007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2036  DNA polymerase beta domain protein region  35.11 
 
 
98 aa  57  0.00000009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.18823  normal  0.524072 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0374  DNA polymerase, beta-like region  41.94 
 
 
121 aa  56.2  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3676  DNA polymerase beta domain protein region  41.54 
 
 
132 aa  56.2  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.839378  normal  0.137366 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3299  DNA polymerase beta domain protein region  34.41 
 
 
96 aa  56.2  0.0000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000315403 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1784  nucleotidyltransferase  30.61 
 
 
97 aa  55.8  0.0000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2366  DNA polymerase beta subunit  40 
 
 
115 aa  55.5  0.0000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.878119  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3743  DNA polymerase beta domain protein region  38.96 
 
 
98 aa  53.5  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3213  DNA polymerase beta domain protein region  32.1 
 
 
96 aa  53.1  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1854  nucleotidyltransferase family protein  40.4 
 
 
107 aa  52.8  0.000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.00000000063807  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0028  nucleotidyltransferase family protein  38.24 
 
 
96 aa  52.4  0.000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.422617  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0279  DNA polymerase beta domain protein region  43.33 
 
 
115 aa  52.4  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.155068  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1790  DNA polymerase beta domain protein region  37.65 
 
 
114 aa  52.4  0.000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1766  DNA polymerase beta domain protein region  36.26 
 
 
100 aa  51.6  0.000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.669718  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0547  DNA polymerase beta subunit  38.46 
 
 
100 aa  52  0.000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.790238  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1228  DNA polymerase beta subunit  30.53 
 
 
97 aa  51.6  0.000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1637  DNA polymerase beta subunit  37.88 
 
 
106 aa  51.6  0.000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1075  DNA polymerase beta domain protein region  30.23 
 
 
97 aa  51.2  0.000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.796392  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6474  DNA polymerase beta domain protein region  35.87 
 
 
102 aa  50.8  0.000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1926  DNA polymerase, beta-like region  37.88 
 
 
104 aa  50.8  0.000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.327788  normal  0.570166 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1789  DNA polymerase beta domain protein region  35.14 
 
 
109 aa  50.4  0.000008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2017  DNA polymerase beta domain protein region  35.9 
 
 
103 aa  50.4  0.000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.538218  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0142  nucleotidyltransferase  42.62 
 
 
86 aa  49.7  0.00001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3260  transcriptional regulator, XRE family  36.47 
 
 
152 aa  50.1  0.00001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0348  DNA polymerase beta subunit  35.71 
 
 
94 aa  49.3  0.00002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0845  DNA polymerase beta subunit  39.06 
 
 
96 aa  49.3  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.406591  normal  0.358781 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3618  DNA polymerase beta domain protein region  33.72 
 
 
96 aa  48.9  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0273  DNA polymerase, beta-like region  36.21 
 
 
98 aa  48.5  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.288603 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0157  DNA polymerase beta domain protein region  33.33 
 
 
109 aa  48.5  0.00003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0444  nucleotidyltransferase  34.72 
 
 
98 aa  47.8  0.00005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.190147  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2192  DNA polymerase, beta-like region  34.58 
 
 
110 aa  47.8  0.00005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.479342  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0949  DNA polymerase beta subunit  32.93 
 
 
102 aa  47.8  0.00005  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.878884  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3948  DNA polymerase beta subunit  32.22 
 
 
97 aa  47.4  0.00006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0222602 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0506  DNA polymerase beta subunit  30.67 
 
 
96 aa  47.4  0.00006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3031  DNA polymerase beta subunit  34.12 
 
 
96 aa  47  0.00008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.424813  normal  0.471509 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1148  DNA polymerase beta subunit  31.43 
 
 
115 aa  47  0.00009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2493  DNA polymerase beta domain-containing protein region  37.31 
 
 
96 aa  47  0.00009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3039  DNA polymerase beta domain protein region  34.09 
 
 
99 aa  47  0.00009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0867  DNA polymerase beta domain protein region  29.33 
 
 
96 aa  47  0.00009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1762  nucleotidyltransferase family protein  36.84 
 
 
97 aa  46.2  0.0001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.324196 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0886  hypothetical protein  37.8 
 
 
129 aa  46.6  0.0001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0454668  hitchhiker  0.00000000702025 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3117  DNA polymerase beta subunit  25 
 
 
110 aa  46.2  0.0001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0357  DNA polymerase beta subunit  33.68 
 
 
101 aa  47  0.0001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0316504 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0409  DNA polymerase beta subunit  34.78 
 
 
96 aa  46.2  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3457  DNA polymerase beta subunit  32.18 
 
 
98 aa  46.2  0.0002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0288007 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1694  DNA polymerase beta subunit  34.48 
 
 
97 aa  45.8  0.0002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.366424  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3786  DNA polymerase beta domain protein region  34.85 
 
 
97 aa  45.8  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.123289  normal  0.700807 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0241  DNA polymerase beta subunit  32.5 
 
 
99 aa  45.1  0.0003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1733  DNA polymerase beta domain protein region  32.88 
 
 
98 aa  45.1  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.3433 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1114  nucleotidyltransferases-like  42 
 
 
105 aa  45.1  0.0004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1408  DNA polymerase beta subunit  35.62 
 
 
96 aa  44.7  0.0004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2148  DNA polymerase beta domain protein region  35.62 
 
 
96 aa  44.7  0.0004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.664175  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1948  DNA polymerase beta domain protein region  28.4 
 
 
96 aa  44.7  0.0005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.506279 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1959  DNA polymerase beta domain protein region  28.4 
 
 
96 aa  44.7  0.0005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.332639 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0296  DNA polymerase beta domain protein region  28.17 
 
 
97 aa  44.3  0.0006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.499305 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5818  DNA polymerase beta domain protein region  31.65 
 
 
96 aa  44.3  0.0006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0015  hypothetical protein  28.57 
 
 
95 aa  43.9  0.0008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1113  DNA polymerase beta subunit  32.29 
 
 
109 aa  43.1  0.001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0033  transcriptional regulator, XRE family  36.62 
 
 
169 aa  43.1  0.001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.400371  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0943  DNA polymerase beta subunit  32.5 
 
 
97 aa  43.5  0.001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.744259 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1527  transcriptional regulator, XRE family  27.06 
 
 
145 aa  43.1  0.001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4907  DNA polymerase beta domain protein region  32.56 
 
 
97 aa  43.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>