136 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3618 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3618  DNA polymerase beta domain protein region  100 
 
 		 96 aa  191  3e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50230  DNA polymerase, beta-like region-containing protein  61.46 
 
 		 96 aa  117  4.9999999999999996e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1104  DNA polymerase beta domain protein region  56.99 
 
 		 96 aa  110  5e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0953254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5352  DNA polymerase, beta-like region  61.05 
 
 		 98 aa  110  9e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.102703 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1408  DNA polymerase beta subunit  52.08 
 
 		 96 aa  91.7  3e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2148  DNA polymerase beta domain protein region  51.04 
 
 		 96 aa  91.7  3e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.664175  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2452  DNA polymerase, beta-like region  47.92 
 
 		 96 aa  90.5  6e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000219498  normal  0.98292 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1812  DNA polymerase beta subunit  50 
 
 		 96 aa  88.6  3e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.337517  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1652  ISSo9, nucleotidyltransferase domain-containing protein  59.42 
 
 		 69 aa  85.1  3e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.175672 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2288  DNA polymerase, beta-like region  48.96 
 
 		 96 aa  82  0.000000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0017  ISSo9, nucleotidyltransferase domain-containing protein  55.21 
 
 		 96 aa  79.7  0.00000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.378069  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0168  ISSo9, nucleotidyltransferase domain-containing protein  55.21 
 
 		 96 aa  79.7  0.00000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.172039  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1228  DNA polymerase beta subunit  44.44 
 
 		 97 aa  77.8  0.00000000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3457  DNA polymerase beta subunit  38.71 
 
 		 98 aa  75.9  0.0000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0288007 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2072  DNA polymerase beta domain protein region  39.8 
 
 		 97 aa  74.3  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0110003  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3299  DNA polymerase beta domain protein region  39.58 
 
 		 96 aa  71.2  0.000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000315403 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5548  DNA polymerase beta subunit  44.44 
 
 		 93 aa  71.2  0.000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.861724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0854  DNA polymerase beta subunit  41.67 
 
 		 96 aa  70.5  0.000000000008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1345  DNA polymerase, beta-like region  76.09 
 
 		 55 aa  69.7  0.00000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.230797 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1203  DNA polymerase beta domain protein region  43.01 
 
 		 102 aa  69.7  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2366  DNA polymerase beta subunit  43.33 
 
 		 115 aa  68.9  0.00000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.878119  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3146  DNA polymerase beta domain protein region  43.01 
 
 		 98 aa  69.3  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.94354 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1512  ISSo9, nucleotidyltransferase domain-containing protein  34.38 
 
 		 96 aa  67  0.00000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0340826  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1298  hypothetical protein  42.22 
 
 		 97 aa  67  0.00000000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4907  DNA polymerase beta domain protein region  36.08 
 
 		 97 aa  66.6  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0274  DNA polymerase beta subunit  37.5 
 
 		 96 aa  65.1  0.0000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.122937  unclonable  0.00000800451 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2705  DNA polymerase, beta-like region  34.38 
 
 		 102 aa  64.7  0.0000000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.569902  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3260  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 152 aa  64.3  0.0000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0053  DNA polymerase beta subunit  37.5 
 
 		 102 aa  64.7  0.0000000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0582464  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0033  transcriptional regulator, XRE family  37.78 
 
 		 169 aa  63.9  0.0000000006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.400371  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0626  DNA polymerase beta subunit  37.5 
 
 		 102 aa  64.3  0.0000000006  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.717752  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1527  transcriptional regulator, XRE family  45.26 
 
 		 145 aa  64.3  0.0000000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0845  DNA polymerase beta subunit  45.83 
 
 		 96 aa  63.5  0.0000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.406591  normal  0.358781 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1766  DNA polymerase beta domain protein region  44.44 
 
 		 100 aa  63.2  0.000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.669718  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1790  DNA polymerase beta domain protein region  37.11 
 
 		 114 aa  62.4  0.000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2453  DNA polymerase beta subunit  45.78 
 
 		 100 aa  62  0.000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00090311  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3147  DNA polymerase beta domain protein region  43.18 
 
 		 96 aa  61.6  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.949814 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0258  DNA polymerase beta domain protein region  36.73 
 
 		 97 aa  61.6  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0357  DNA polymerase beta subunit  46.84 
 
 		 101 aa  61.2  0.000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0316504 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2969  DNA polymerase beta domain protein region  35.05 
 
 		 97 aa  60.8  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3140  DNA polymerase beta domain protein region  35.05 
 
 		 97 aa  60.8  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.440273 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1784  nucleotidyltransferase  38.89 
 
 		 97 aa  60.5  0.000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1789  DNA polymerase beta domain protein region  36.36 
 
 		 109 aa  60.1  0.000000009  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0444  nucleotidyltransferase  37.84 
 
 		 98 aa  58.9  0.00000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.190147  normal  1 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0012  DNA polymerase, beta-like region  53.85 
 
 		 88 aa  58.9  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0162009  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1164  DNA polymerase beta subunit  36.05 
 
 		 113 aa  58.9  0.00000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1803  DNA polymerase beta domain protein region  37.84 
 
 		 96 aa  58.5  0.00000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0548  nucleotidyltransferase family protein  31.91 
 
 		 93 aa  56.2  0.0000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1113  DNA polymerase beta subunit  34.09 
 
 		 109 aa  56.2  0.0000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0152  DNA polymerase  37.93 
 
 		 100 aa  56.2  0.0000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0296  DNA polymerase beta domain protein region  30 
 
 		 97 aa  55.5  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.499305 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3786  DNA polymerase beta domain protein region  34.44 
 
 		 97 aa  54.3  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.123289  normal  0.700807 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0697  DNA polymerase beta subunit  39.02 
 
 		 96 aa  54.7  0.0000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.424952 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1188  DNA polymerase beta domain protein region  40.26 
 
 		 113 aa  54.3  0.0000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1637  DNA polymerase beta subunit  39.47 
 
 		 106 aa  53.5  0.0000009  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1883  DNA polymerase, beta-like region  39.02 
 
 		 108 aa  52.8  0.000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.230497 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0369  DNA polymerase beta subunit  31.82 
 
 		 105 aa  52.4  0.000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.832865  normal  0.194305 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1851  DNA polymerase beta domain protein region  36.49 
 
 		 96 aa  52.8  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1877  DNA polymerase beta domain protein region  36.49 
 
 		 96 aa  52.8  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1203  DNA polymerase, beta-like region  41.67 
 
 		 96 aa  52  0.000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.229672  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0548  DNA polymerase beta domain protein region  34.44 
 
 		 102 aa  51.6  0.000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1148  DNA polymerase beta subunit  36.14 
 
 		 115 aa  51.6  0.000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1694  DNA polymerase beta subunit  30.49 
 
 		 97 aa  51.2  0.000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.366424  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0638  nucleotidyltransferase  33.77 
 
 		 101 aa  51.2  0.000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0886  hypothetical protein  32.97 
 
 		 129 aa  50.8  0.000007  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0454668  hitchhiker  0.00000000702025 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2493  DNA polymerase beta domain-containing protein region  37.14 
 
 		 96 aa  50.8  0.000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0547  DNA polymerase beta subunit  37.78 
 
 		 100 aa  50.4  0.000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.790238  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1806  DNA polymerase beta domain protein region  33.8 
 
 		 104 aa  50.1  0.000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.943156  normal  0.843762 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3031  DNA polymerase beta subunit  35.37 
 
 		 96 aa  50.4  0.000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.424813  normal  0.471509 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3039  DNA polymerase beta domain protein region  36.59 
 
 		 99 aa  50.1  0.000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2359  DNA polymerase beta domain protein region  32.97 
 
 		 100 aa  50.1  0.000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2046  hypothetical protein  47.46 
 
 		 135 aa  49.7  0.00001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.408644  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2672  DNA polymerase, beta-like region  44.29 
 
 		 96 aa  49.7  0.00001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.836328  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0273  DNA polymerase, beta-like region  35.37 
 
 		 98 aa  50.1  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.288603 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0627  DNA polymerase beta subunit  30.77 
 
 		 101 aa  49.7  0.00001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3117  DNA polymerase beta subunit  33.33 
 
 		 110 aa  50.1  0.00001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0241  DNA polymerase beta subunit  39.02 
 
 		 99 aa  50.1  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3557  DNA polymerase beta subunit  33.75 
 
 		 254 aa  50.1  0.00001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0946906  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0052  DNA polymerase beta subunit  30.77 
 
 		 101 aa  49.7  0.00001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0550488  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0871  DNA polymerase beta domain protein region  37.8 
 
 		 99 aa  49.7  0.00001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0479  DNA polymerase, beta-like region  33.72 
 
 		 105 aa  48.9  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0867  DNA polymerase beta domain protein region  30.77 
 
 		 96 aa  49.3  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1075  DNA polymerase beta domain protein region  30.86 
 
 		 97 aa  49.3  0.00002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.796392  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10090  predicted nucleotidyltransferase  34.78 
 
 		 106 aa  49.3  0.00002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1733  DNA polymerase beta domain protein region  37.33 
 
 		 98 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.3433 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2704  DNA polymerase beta domain-containing protein region  36.14 
 
 		 95 aa  48.1  0.00004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.272306 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0506  DNA polymerase beta subunit  29.49 
 
 		 96 aa  48.1  0.00004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0410  DNA polymerase beta domain protein region  38.46 
 
 		 99 aa  48.1  0.00004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0377934  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1948  DNA polymerase beta domain protein region  31.82 
 
 		 96 aa  47.8  0.00005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.506279 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1959  DNA polymerase beta domain protein region  31.82 
 
 		 96 aa  47.8  0.00005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.332639 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3743  DNA polymerase beta domain protein region  35.37 
 
 		 98 aa  47.4  0.00006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19940  predicted nucleotidyltransferase  42.86 
 
 		 100 aa  47.8  0.00006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.0104125 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5818  DNA polymerase beta domain protein region  35.53 
 
 		 96 aa  47.4  0.00007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0844  DNA polymerase beta subunit  34.67 
 
 		 116 aa  47  0.00008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.909458  normal  0.0926269 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3447  DNA polymerase beta subunit  36.36 
 
 		 98 aa  47.4  0.00008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.665517  normal  0.0889414 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2714  DNA polymerase, beta-like region  31.43 
 
 		 110 aa  46.6  0.0001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.505964  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1926  DNA polymerase, beta-like region  32.58 
 
 		 104 aa  47  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.327788  normal  0.570166 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2036  DNA polymerase beta domain protein region  33.33 
 
 		 98 aa  46.6  0.0001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.18823  normal  0.524072 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0374  DNA polymerase beta subunit  34.62 
 
 		 108 aa  46.6  0.0001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.509035  normal  0.373075 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1968  nucleotidyltransferase  36.71 
 
 		 99 aa  45.8  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>