70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2192 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_2192  DNA polymerase, beta-like region  100 
 
 		 110 aa  221  2e-57  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.479342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2185  hypothetical protein  96 
 
 		 110 aa  145  2.0000000000000003e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.141631  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6474  DNA polymerase beta domain protein region  64.08 
 
 		 102 aa  135  2e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2416  DNA polymerase beta subunit  41.3 
 
 		 103 aa  65.9  0.0000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.606985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0871  DNA polymerase beta domain protein region  39.42 
 
 		 99 aa  60.8  0.000000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3299  DNA polymerase beta domain protein region  36 
 
 		 96 aa  60.5  0.000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000315403 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0900  DNA polymerase beta subunit  42.35 
 
 		 103 aa  57  0.00000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000013918 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4345  DNA polymerase beta domain protein region  36.84 
 
 		 112 aa  56.2  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2453  DNA polymerase beta subunit  44.21 
 
 		 100 aa  56.2  0.0000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00090311  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4407  DNA polymerase beta domain protein region  36.46 
 
 		 112 aa  55.8  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.622454  hitchhiker  0.00236557 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0274  DNA polymerase beta subunit  33.68 
 
 		 96 aa  55.8  0.0000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.122937  unclonable  0.00000800451 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1968  nucleotidyltransferase  34.62 
 
 		 99 aa  54.7  0.0000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0854  DNA polymerase beta subunit  37.62 
 
 		 96 aa  54.7  0.0000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1228  DNA polymerase beta subunit  38.14 
 
 		 97 aa  54.3  0.0000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0357  DNA polymerase beta subunit  38.38 
 
 		 101 aa  52  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0316504 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0088  DNA polymerase beta subunit  41.18 
 
 		 103 aa  52  0.000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0340868 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1762  nucleotidyltransferase family protein  41.49 
 
 		 97 aa  51.6  0.000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.324196 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2714  DNA polymerase, beta-like region  40.54 
 
 		 110 aa  51.2  0.000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.505964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1162  DNA polymerase beta subunit  40.23 
 
 		 100 aa  50.8  0.000007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1036  DNA polymerase beta domain protein region  33.33 
 
 		 96 aa  50.4  0.000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0795086  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3948  DNA polymerase beta subunit  37.36 
 
 		 97 aa  50.1  0.00001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0222602 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0152  DNA polymerase  36 
 
 		 100 aa  50.1  0.00001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0374  DNA polymerase beta subunit  35 
 
 		 108 aa  48.9  0.00002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.509035  normal  0.373075 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0028  nucleotidyltransferase family protein  43.21 
 
 		 96 aa  49.3  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.422617  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1806  DNA polymerase beta domain protein region  35.71 
 
 		 104 aa  48.5  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.943156  normal  0.843762 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0898  DNA polymerase, beta-like region  37.33 
 
 		 103 aa  48.1  0.00004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0844  DNA polymerase beta subunit  37.63 
 
 		 116 aa  47.8  0.00005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.909458  normal  0.0926269 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0479  DNA polymerase, beta-like region  34.58 
 
 		 105 aa  47.8  0.00005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3484  DNA polymerase beta domain protein region  32.71 
 
 		 115 aa  47.8  0.00006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.628631 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2366  DNA polymerase beta subunit  35.19 
 
 		 115 aa  47  0.00008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.878119  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2974  DNA polymerase beta domain protein region  31.07 
 
 		 108 aa  46.2  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0998  DNA polymerase beta domain protein region  32.61 
 
 		 102 aa  47  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.050559 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3457  DNA polymerase beta subunit  32.98 
 
 		 98 aa  46.6  0.0001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0288007 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3265  DNA polymerase beta subunit  34.57 
 
 		 87 aa  46.2  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00407875  normal  0.255152 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1883  DNA polymerase, beta-like region  36 
 
 		 108 aa  46.6  0.0001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.230497 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4370  DNA polymerase beta domain protein region  31.18 
 
 		 132 aa  46.6  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.541368 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3135  DNA polymerase beta domain protein region  31.07 
 
 		 108 aa  46.2  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.434644 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1203  DNA polymerase, beta-like region  35.16 
 
 		 96 aa  46.2  0.0002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.229672  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3960  DNA polymerase beta subunit  33.33 
 
 		 104 aa  45.1  0.0003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.886641  normal  0.332553 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1934  DNA polymerase beta domain protein region  38.14 
 
 		 104 aa  45.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.739683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3447  DNA polymerase beta subunit  32.65 
 
 		 98 aa  45.4  0.0003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.665517  normal  0.0889414 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2036  DNA polymerase beta domain protein region  35.79 
 
 		 98 aa  45.1  0.0004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.18823  normal  0.524072 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0274  hypothetical protein  34.69 
 
 		 112 aa  44.7  0.0004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0337  DNA polymerase beta domain protein region  40.79 
 
 		 86 aa  44.3  0.0006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.707738 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2672  DNA polymerase, beta-like region  35.16 
 
 		 96 aa  44.3  0.0006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.836328  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0548  nucleotidyltransferase family protein  36.84 
 
 		 93 aa  43.9  0.0007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1854  nucleotidyltransferase family protein  30.3 
 
 		 107 aa  43.9  0.0007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.00000000063807  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1877  DNA polymerase beta domain protein region  36.14 
 
 		 96 aa  43.9  0.0008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1851  DNA polymerase beta domain protein region  36.14 
 
 		 96 aa  43.9  0.0008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2017  DNA polymerase beta domain protein region  33.65 
 
 		 103 aa  43.9  0.0008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.538218  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0686  DNA polymerase beta subunit  41.03 
 
 		 96 aa  43.9  0.0008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5548  DNA polymerase beta subunit  36.05 
 
 		 93 aa  43.1  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.861724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0697  DNA polymerase beta subunit  34 
 
 		 96 aa  43.5  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.424952 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0886  hypothetical protein  40.26 
 
 		 129 aa  43.1  0.001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0454668  hitchhiker  0.00000000702025 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0506  DNA polymerase beta subunit  37.5 
 
 		 96 aa  43.5  0.001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3147  DNA polymerase beta domain protein region  38.54 
 
 		 96 aa  43.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.949814 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3031  DNA polymerase beta subunit  36.46 
 
 		 96 aa  43.1  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.424813  normal  0.471509 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0867  DNA polymerase beta domain protein region  36.25 
 
 		 96 aa  43.1  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1691  DNA polymerase beta domain protein region  37.5 
 
 		 101 aa  42.7  0.002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2968  DNA polymerase beta domain protein region  30.19 
 
 		 126 aa  42.4  0.002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.201607  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0927  hypothetical protein  37.21 
 
 		 109 aa  42.4  0.002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.430224  normal  0.445553 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0202  DNA polymerase beta domain protein region  33.03 
 
 		 131 aa  42.4  0.002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.368731 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0547  DNA polymerase beta subunit  44.12 
 
 		 100 aa  42  0.003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.790238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0053  DNA polymerase beta subunit  29.35 
 
 		 102 aa  42  0.003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0582464  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0949  DNA polymerase beta subunit  30.12 
 
 		 102 aa  42  0.003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.878884  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1790  DNA polymerase beta domain protein region  33.33 
 
 		 114 aa  41.6  0.004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0157  DNA polymerase beta domain protein region  27.66 
 
 		 109 aa  41.6  0.004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2493  DNA polymerase beta domain-containing protein region  41.1 
 
 		 96 aa  41.2  0.004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0626  DNA polymerase beta subunit  29.35 
 
 		 102 aa  41.6  0.004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.717752  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0258  DNA polymerase beta domain protein region  27.55 
 
 		 97 aa  40  0.01  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>