131 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_0088 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_0088  DNA polymerase beta subunit  100 
 
 		 103 aa  211  2.9999999999999995e-54  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0340868 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0900  DNA polymerase beta subunit  63.11 
 
 		 103 aa  140  6e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000013918 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3265  DNA polymerase beta subunit  68.97 
 
 		 87 aa  129  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00407875  normal  0.255152 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1162  DNA polymerase beta subunit  53.19 
 
 		 100 aa  110  4.0000000000000004e-24  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2757  nucleotidyltransferase family protein  43.56 
 
 		 102 aa  104  4e-22  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1036  DNA polymerase beta domain protein region  45.74 
 
 		 96 aa  103  7e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0795086  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0348  DNA polymerase beta subunit  50 
 
 		 94 aa  92.4  2e-18  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0374  DNA polymerase beta subunit  55.84 
 
 		 108 aa  89.7  1e-17  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.509035  normal  0.373075 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0547  DNA polymerase beta subunit  44.21 
 
 		 100 aa  88.2  4e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.790238  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0862  DNA polymerase beta domain protein region  44.79 
 
 		 101 aa  87.8  4e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000000634599  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0506  DNA polymerase beta subunit  41.3 
 
 		 96 aa  85.5  2e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0627  DNA polymerase beta subunit  43.48 
 
 		 101 aa  84.3  4e-16  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0052  DNA polymerase beta subunit  43.48 
 
 		 101 aa  84.3  4e-16  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0550488  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0867  DNA polymerase beta domain protein region  39.13 
 
 		 96 aa  84  6e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1637  DNA polymerase beta subunit  45.16 
 
 		 106 aa  76.3  0.0000000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0638  nucleotidyltransferase  36.84 
 
 		 101 aa  75.1  0.0000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1691  DNA polymerase beta domain protein region  41.77 
 
 		 101 aa  75.1  0.0000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5818  DNA polymerase beta domain protein region  39.58 
 
 		 96 aa  73.9  0.0000000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0409  DNA polymerase beta subunit  41.05 
 
 		 96 aa  72  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3743  DNA polymerase beta domain protein region  42.11 
 
 		 98 aa  72  0.000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2529  DNA polymerase beta subunit  44.68 
 
 		 104 aa  70.9  0.000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0400211 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2422  DNA polymerase, beta-like region  39 
 
 		 109 aa  70.1  0.000000000009  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2532  DNA polymerase beta subunit  43.62 
 
 		 104 aa  68.9  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0127103 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3039  DNA polymerase beta domain protein region  34.02 
 
 		 99 aa  69.3  0.00000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1762  nucleotidyltransferase family protein  42.86 
 
 		 97 aa  68.6  0.00000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.324196 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3786  DNA polymerase beta domain protein region  41.24 
 
 		 97 aa  67  0.00000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.123289  normal  0.700807 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0241  DNA polymerase beta subunit  32.63 
 
 		 99 aa  66.6  0.0000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1803  DNA polymerase beta domain protein region  38.46 
 
 		 96 aa  66.2  0.0000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2714  DNA polymerase, beta-like region  33.33 
 
 		 110 aa  65.5  0.0000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.505964  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0273  DNA polymerase, beta-like region  35.42 
 
 		 98 aa  64.3  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.288603 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0157  DNA polymerase beta domain protein region  36.73 
 
 		 109 aa  63.5  0.0000000009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0208  hypothetical protein  47.62 
 
 		 120 aa  63.5  0.000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0639288  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3031  DNA polymerase beta subunit  38.64 
 
 		 96 aa  63.2  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.424813  normal  0.471509 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0871  DNA polymerase beta domain protein region  41.86 
 
 		 99 aa  62.8  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0142  nucleotidyltransferase  42.67 
 
 		 86 aa  62  0.000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0886  hypothetical protein  39.77 
 
 		 129 aa  62.4  0.000000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0454668  hitchhiker  0.00000000702025 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0845  DNA polymerase beta subunit  38.95 
 
 		 96 aa  62  0.000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.406591  normal  0.358781 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3117  DNA polymerase beta subunit  37.66 
 
 		 110 aa  61.2  0.000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0369  DNA polymerase beta subunit  38.78 
 
 		 105 aa  60.8  0.000000006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.832865  normal  0.194305 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0279  DNA polymerase beta domain protein region  31.58 
 
 		 115 aa  60.8  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.155068  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0548  nucleotidyltransferase family protein  41.57 
 
 		 93 aa  60.5  0.000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0686  DNA polymerase beta subunit  41.76 
 
 		 96 aa  60.5  0.000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0943  DNA polymerase beta subunit  34.38 
 
 		 97 aa  60.5  0.000000008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.744259 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0315  DNA polymerase beta domain protein region  36.71 
 
 		 97 aa  60.1  0.00000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0889475 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0028  nucleotidyltransferase family protein  34.41 
 
 		 96 aa  58.9  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.422617  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0703  DNA polymerase beta domain protein region  32.1 
 
 		 109 aa  58.9  0.00000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000025763  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1877  DNA polymerase beta domain protein region  32.97 
 
 		 96 aa  58.9  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1518  DNA polymerase beta domain protein region  37.97 
 
 		 104 aa  58.5  0.00000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.361827  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1948  DNA polymerase beta domain protein region  32.65 
 
 		 96 aa  58.5  0.00000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.506279 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1959  DNA polymerase beta domain protein region  32.65 
 
 		 96 aa  58.5  0.00000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.332639 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1851  DNA polymerase beta domain protein region  32.97 
 
 		 96 aa  58.9  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2017  DNA polymerase beta domain protein region  39.6 
 
 		 103 aa  57.4  0.00000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.538218  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3147  DNA polymerase beta domain protein region  36.17 
 
 		 96 aa  57.4  0.00000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.949814 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0274  DNA polymerase beta subunit  34.07 
 
 		 96 aa  57.4  0.00000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.122937  unclonable  0.00000800451 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0927  hypothetical protein  35.79 
 
 		 109 aa  57  0.00000008  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.430224  normal  0.445553 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0626  DNA polymerase beta subunit  37.04 
 
 		 102 aa  57  0.00000008  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.717752  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3457  DNA polymerase beta subunit  35.48 
 
 		 98 aa  57  0.00000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0288007 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0053  DNA polymerase beta subunit  37.04 
 
 		 102 aa  57  0.00000009  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0582464  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1784  nucleotidyltransferase  35.87 
 
 		 97 aa  55.5  0.0000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0332  DNA polymerase beta domain protein region  35.42 
 
 		 94 aa  56.2  0.0000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1148  DNA polymerase beta subunit  38.04 
 
 		 115 aa  55.1  0.0000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0844  DNA polymerase beta subunit  40.38 
 
 		 116 aa  55.1  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.909458  normal  0.0926269 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2366  DNA polymerase beta subunit  34.38 
 
 		 115 aa  55.1  0.0000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.878119  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2704  DNA polymerase beta domain-containing protein region  38.46 
 
 		 95 aa  54.7  0.0000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.272306 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3299  DNA polymerase beta domain protein region  34.07 
 
 		 96 aa  54.7  0.0000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000315403 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0152  DNA polymerase  38.67 
 
 		 100 aa  54.3  0.0000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3960  DNA polymerase beta subunit  42.67 
 
 		 104 aa  53.9  0.0000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.886641  normal  0.332553 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0357  DNA polymerase beta subunit  37.35 
 
 		 101 aa  53.5  0.0000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0316504 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0374  DNA polymerase, beta-like region  28.28 
 
 		 121 aa  53.5  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3146  DNA polymerase beta domain protein region  35.16 
 
 		 98 aa  53.5  0.0000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.94354 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6474  DNA polymerase beta domain protein region  38.95 
 
 		 102 aa  53.1  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0949  DNA polymerase beta subunit  32.67 
 
 		 102 aa  53.1  0.000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.878884  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1320  DNA polymerase, beta-like region  30.61 
 
 		 106 aa  52.8  0.000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3948  DNA polymerase beta subunit  38.04 
 
 		 97 aa  52.4  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0222602 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2453  DNA polymerase beta subunit  41.67 
 
 		 100 aa  52.4  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00090311  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3676  DNA polymerase beta domain protein region  36.05 
 
 		 132 aa  52.4  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.839378  normal  0.137366 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2192  DNA polymerase, beta-like region  41.18 
 
 		 110 aa  52  0.000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.479342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0015  hypothetical protein  32.65 
 
 		 95 aa  51.6  0.000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1694  DNA polymerase beta subunit  31.58 
 
 		 97 aa  51.2  0.000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.366424  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0444  nucleotidyltransferase  34.57 
 
 		 98 aa  50.8  0.000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.190147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1228  DNA polymerase beta subunit  35.87 
 
 		 97 aa  50.4  0.000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1789  DNA polymerase beta domain protein region  38.04 
 
 		 109 aa  50.4  0.000009  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0548  DNA polymerase beta domain protein region  34.41 
 
 		 102 aa  50.1  0.00001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2672  DNA polymerase, beta-like region  39.73 
 
 		 96 aa  50.1  0.00001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.836328  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5548  DNA polymerase beta subunit  33.33 
 
 		 93 aa  49.7  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.861724  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1188  DNA polymerase beta domain protein region  37.97 
 
 		 113 aa  49.3  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0829  DNA polymerase beta subunit  34.44 
 
 		 98 aa  48.9  0.00002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.141069  normal  0.412533 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1527  transcriptional regulator, XRE family  38.64 
 
 		 145 aa  49.3  0.00002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2495  DNA polymerase beta domain protein region  32.71 
 
 		 113 aa  48.9  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0274  hypothetical protein  32.32 
 
 		 112 aa  48.5  0.00003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0929  DNA polymerase beta domain protein region  28 
 
 		 96 aa  48.5  0.00003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.887181  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1295  DNA polymerase beta domain protein region  38.89 
 
 		 99 aa  48.9  0.00003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.599396  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1203  DNA polymerase, beta-like region  36.96 
 
 		 96 aa  48.1  0.00004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.229672  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1806  DNA polymerase beta domain protein region  37.21 
 
 		 104 aa  48.1  0.00004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.943156  normal  0.843762 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1766  DNA polymerase beta domain protein region  31.63 
 
 		 100 aa  47.8  0.00005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.669718  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2462  DNA polymerase beta subunit  37.89 
 
 		 98 aa  47.8  0.00006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.266656  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1968  nucleotidyltransferase  39.02 
 
 		 99 aa  47.4  0.00007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1113  DNA polymerase beta subunit  31.52 
 
 		 109 aa  47.4  0.00007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1164  DNA polymerase beta subunit  30.43 
 
 		 113 aa  47  0.00008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1790  DNA polymerase beta domain protein region  30.21 
 
 		 114 aa  47  0.0001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>