156 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_0844 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_0844  DNA polymerase beta subunit  100 
 
 		 116 aa  231  3e-60  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.909458  normal  0.0926269 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2416  DNA polymerase beta subunit  48.42 
 
 		 103 aa  92.4  2e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.606985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0871  DNA polymerase beta domain protein region  50 
 
 		 99 aa  90.1  8e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3135  DNA polymerase beta domain protein region  45.26 
 
 		 108 aa  89  2e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.434644 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2974  DNA polymerase beta domain protein region  45.26 
 
 		 108 aa  89  2e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1968  nucleotidyltransferase  47.67 
 
 		 99 aa  86.3  1e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1934  DNA polymerase beta domain protein region  44.9 
 
 		 104 aa  86.7  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.739683  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1806  DNA polymerase beta domain protein region  44.12 
 
 		 104 aa  85.1  3e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.943156  normal  0.843762 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3907  DNA polymerase beta domain protein region  43.75 
 
 		 109 aa  84.7  4e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0274  hypothetical protein  42.27 
 
 		 112 aa  82.4  0.000000000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007595  Synpcc7942_B2615  hypothetical protein  46.67 
 
 		 109 aa  81.3  0.000000000000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.111377 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0033  hypothetical protein  38.38 
 
 		 110 aa  80.9  0.000000000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1475  DNA polymerase beta domain protein region  50.6 
 
 		 129 aa  80.9  0.000000000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.125283  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3447  DNA polymerase beta subunit  42.11 
 
 		 98 aa  80.5  0.000000000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.665517  normal  0.0889414 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2453  DNA polymerase beta domain protein region  40.62 
 
 		 109 aa  79.7  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.17145 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0998  DNA polymerase beta domain protein region  41.3 
 
 		 102 aa  79.3  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.050559 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2968  DNA polymerase beta domain protein region  37.25 
 
 		 126 aa  79  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.201607  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2453  DNA polymerase beta subunit  43.62 
 
 		 100 aa  78.2  0.00000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00090311  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0479  DNA polymerase, beta-like region  48.28 
 
 		 105 aa  77  0.00000000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0357  DNA polymerase beta subunit  44.44 
 
 		 101 aa  77.4  0.00000000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0316504 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3960  DNA polymerase beta subunit  40.82 
 
 		 104 aa  76.3  0.0000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.886641  normal  0.332553 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0152  DNA polymerase  43.18 
 
 		 100 aa  74.3  0.0000000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3484  DNA polymerase beta domain protein region  38.46 
 
 		 115 aa  72.8  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.628631 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1879  DNA polymerase beta domain protein region  38.04 
 
 		 113 aa  70.9  0.000000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1853  DNA polymerase beta domain protein region  38.04 
 
 		 113 aa  70.9  0.000000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1883  DNA polymerase, beta-like region  42.86 
 
 		 108 aa  68.2  0.00000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.230497 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0845  DNA polymerase beta subunit  40 
 
 		 96 aa  68.2  0.00000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.406591  normal  0.358781 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0279  DNA polymerase beta domain protein region  47.95 
 
 		 115 aa  67.8  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.155068  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0337  DNA polymerase beta domain protein region  50 
 
 		 86 aa  66.6  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.707738 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0898  DNA polymerase, beta-like region  41.67 
 
 		 103 aa  66.6  0.0000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4370  DNA polymerase beta domain protein region  37.23 
 
 		 132 aa  66.6  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.541368 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0697  DNA polymerase beta subunit  41.67 
 
 		 96 aa  66.6  0.0000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.424952 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0273  DNA polymerase, beta-like region  43.21 
 
 		 98 aa  65.5  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.288603 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0444  nucleotidyltransferase  35.56 
 
 		 98 aa  63.9  0.0000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.190147  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4407  DNA polymerase beta domain protein region  33.02 
 
 		 112 aa  63.5  0.0000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.622454  hitchhiker  0.00236557 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1790  DNA polymerase beta domain protein region  37.35 
 
 		 114 aa  62.4  0.000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1342  DNA polymerase beta domain protein region  46.25 
 
 		 111 aa  62.4  0.000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0033  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 		 169 aa  62.4  0.000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.400371  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0202  DNA polymerase beta domain protein region  38.89 
 
 		 131 aa  62.8  0.000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.368731 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0374  DNA polymerase, beta-like region  41.79 
 
 		 121 aa  61.2  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4345  DNA polymerase beta domain protein region  32.08 
 
 		 112 aa  61.2  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0627  DNA polymerase beta subunit  35.11 
 
 		 101 aa  60.8  0.000000006  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0052  DNA polymerase beta subunit  35.11 
 
 		 101 aa  60.8  0.000000006  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0550488  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0626  DNA polymerase beta subunit  35.64 
 
 		 102 aa  60.5  0.000000007  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.717752  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2036  DNA polymerase beta domain protein region  37.65 
 
 		 98 aa  59.7  0.00000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.18823  normal  0.524072 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2793  DNA polymerase, beta-like region  34.74 
 
 		 270 aa  60.1  0.00000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.196612 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1148  DNA polymerase beta subunit  38.55 
 
 		 115 aa  59.3  0.00000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0053  DNA polymerase beta subunit  35.64 
 
 		 102 aa  59.7  0.00000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0582464  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1784  nucleotidyltransferase  40.74 
 
 		 97 aa  58.9  0.00000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3117  DNA polymerase beta subunit  35 
 
 		 110 aa  59.3  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1162  DNA polymerase beta subunit  45.71 
 
 		 100 aa  58.2  0.00000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1691  DNA polymerase beta domain protein region  41.25 
 
 		 101 aa  57.8  0.00000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0274  DNA polymerase beta subunit  40.26 
 
 		 96 aa  57.4  0.00000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.122937  unclonable  0.00000800451 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3538  DNA polymerase beta subunit  40 
 
 		 98 aa  57.4  0.00000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.114192  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3743  DNA polymerase beta domain protein region  45.21 
 
 		 98 aa  57.4  0.00000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0862  DNA polymerase beta domain protein region  43.66 
 
 		 101 aa  57  0.00000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000000634599  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3213  DNA polymerase beta domain protein region  39.39 
 
 		 96 aa  56.6  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3457  DNA polymerase beta subunit  41.77 
 
 		 98 aa  56.6  0.0000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0288007 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0348  DNA polymerase beta subunit  41.46 
 
 		 94 aa  56.2  0.0000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1178  DNA polymerase beta subunit  35.9 
 
 		 98 aa  55.5  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.448012  normal  0.179286 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0506  DNA polymerase beta subunit  35.71 
 
 		 96 aa  55.5  0.0000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0088  DNA polymerase beta subunit  40.38 
 
 		 103 aa  55.1  0.0000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0340868 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2366  DNA polymerase beta subunit  36.14 
 
 		 115 aa  54.7  0.0000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.878119  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0867  DNA polymerase beta domain protein region  35.71 
 
 		 96 aa  54.7  0.0000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2017  DNA polymerase beta domain protein region  47.22 
 
 		 103 aa  54.7  0.0000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.538218  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2714  DNA polymerase, beta-like region  41.67 
 
 		 110 aa  54.3  0.0000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.505964  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1241  DNA polymerase beta domain-containing protein region  45.31 
 
 		 101 aa  53.1  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.282265  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3948  DNA polymerase beta subunit  36.59 
 
 		 97 aa  52.4  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0222602 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3299  DNA polymerase beta domain protein region  33.33 
 
 		 96 aa  52.8  0.000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000315403 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0886  hypothetical protein  39.51 
 
 		 129 aa  52.8  0.000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0454668  hitchhiker  0.00000000702025 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0900  DNA polymerase beta subunit  42.35 
 
 		 103 aa  52.4  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000013918 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1188  DNA polymerase beta domain protein region  41.38 
 
 		 113 aa  51.6  0.000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0547  DNA polymerase beta subunit  45.57 
 
 		 100 aa  51.6  0.000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.790238  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1036  DNA polymerase beta domain protein region  30.43 
 
 		 96 aa  51.6  0.000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0795086  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6474  DNA polymerase beta domain protein region  38.2 
 
 		 102 aa  51.2  0.000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1789  DNA polymerase beta domain protein region  29.79 
 
 		 109 aa  51.2  0.000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1637  DNA polymerase beta subunit  38.67 
 
 		 106 aa  50.8  0.000006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0028  nucleotidyltransferase family protein  41.25 
 
 		 96 aa  50.4  0.000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.422617  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0638  nucleotidyltransferase  37.66 
 
 		 101 aa  50.8  0.000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2568  hypothetical protein  55.26 
 
 		 68 aa  50.8  0.000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1926  DNA polymerase, beta-like region  59.52 
 
 		 104 aa  50.4  0.000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.327788  normal  0.570166 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0587  DNA polymerase, beta-like region  47.83 
 
 		 76 aa  50.1  0.000009  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.204552  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1803  DNA polymerase beta domain protein region  35.53 
 
 		 96 aa  49.7  0.00001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3786  DNA polymerase beta domain protein region  37.97 
 
 		 97 aa  50.1  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.123289  normal  0.700807 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0927  hypothetical protein  42.5 
 
 		 109 aa  49.7  0.00001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.430224  normal  0.445553 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0854  DNA polymerase beta subunit  35.44 
 
 		 96 aa  49.7  0.00001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1203  DNA polymerase, beta-like region  43.24 
 
 		 96 aa  49.3  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.229672  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3676  DNA polymerase beta domain protein region  35.56 
 
 		 132 aa  49.3  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.839378  normal  0.137366 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2672  DNA polymerase, beta-like region  44.59 
 
 		 96 aa  48.9  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.836328  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3031  DNA polymerase beta subunit  40.74 
 
 		 96 aa  48.9  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.424813  normal  0.471509 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1733  DNA polymerase beta domain protein region  37.31 
 
 		 98 aa  48.1  0.00004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.3433 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1527  transcriptional regulator, XRE family  43.94 
 
 		 145 aa  48.1  0.00004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2192  DNA polymerase, beta-like region  37.63 
 
 		 110 aa  47.8  0.00005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.479342  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1877  DNA polymerase beta domain protein region  37.5 
 
 		 96 aa  47.4  0.00007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1851  DNA polymerase beta domain protein region  37.5 
 
 		 96 aa  47.4  0.00007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0829  DNA polymerase beta subunit  28.89 
 
 		 98 aa  47  0.00008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.141069  normal  0.412533 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3618  DNA polymerase beta domain protein region  34.67 
 
 		 96 aa  47  0.00008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2532  DNA polymerase beta subunit  40.58 
 
 		 104 aa  47  0.00009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0127103 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2072  DNA polymerase beta domain protein region  38.57 
 
 		 97 aa  47  0.00009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0110003  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1075  DNA polymerase beta domain protein region  32.05 
 
 		 97 aa  47  0.0001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.796392  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>