111 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0279 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0279  DNA polymerase beta domain protein region  100 
 
 		 115 aa  234  3e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.155068  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0374  DNA polymerase, beta-like region  67 
 
 		 121 aa  140  8e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0273  DNA polymerase, beta-like region  66.33 
 
 		 98 aa  134  5e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.288603 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1178  DNA polymerase beta subunit  47.96 
 
 		 98 aa  92  2e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.448012  normal  0.179286 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3538  DNA polymerase beta subunit  51.02 
 
 		 98 aa  85.9  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.114192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0844  DNA polymerase beta subunit  47.95 
 
 		 116 aa  67.8  0.00000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.909458  normal  0.0926269 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0862  DNA polymerase beta domain protein region  42.86 
 
 		 101 aa  66.6  0.0000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000000634599  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3117  DNA polymerase beta subunit  40.91 
 
 		 110 aa  65.1  0.0000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1784  nucleotidyltransferase  34.69 
 
 		 97 aa  64.7  0.0000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0409  DNA polymerase beta subunit  31.63 
 
 		 96 aa  62.4  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3031  DNA polymerase beta subunit  40.62 
 
 		 96 aa  62.8  0.000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.424813  normal  0.471509 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1036  DNA polymerase beta domain protein region  30.93 
 
 		 96 aa  61.6  0.000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0795086  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1762  nucleotidyltransferase family protein  37.5 
 
 		 97 aa  60.8  0.000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.324196 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1162  DNA polymerase beta subunit  38.64 
 
 		 100 aa  60.8  0.000000006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0088  DNA polymerase beta subunit  31.58 
 
 		 103 aa  60.8  0.000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0340868 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1691  DNA polymerase beta domain protein region  41.25 
 
 		 101 aa  59.7  0.00000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0547  DNA polymerase beta subunit  35.35 
 
 		 100 aa  58.9  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.790238  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0845  DNA polymerase beta subunit  38.04 
 
 		 96 aa  59.3  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.406591  normal  0.358781 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5818  DNA polymerase beta domain protein region  33.67 
 
 		 96 aa  57.8  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0900  DNA polymerase beta subunit  30.53 
 
 		 103 aa  56.6  0.0000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000013918 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0315  DNA polymerase beta domain protein region  31.63 
 
 		 97 aa  56.2  0.0000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0889475 
 
 
-
 
NC_007595  Synpcc7942_B2615  hypothetical protein  32.95 
 
 		 109 aa  55.8  0.0000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.111377 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1148  DNA polymerase beta subunit  33.7 
 
 		 115 aa  55.8  0.0000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0686  DNA polymerase beta subunit  39.58 
 
 		 96 aa  55.8  0.0000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0927  hypothetical protein  37.5 
 
 		 109 aa  56.2  0.0000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.430224  normal  0.445553 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1475  DNA polymerase beta domain protein region  45 
 
 		 129 aa  55.8  0.0000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.125283  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0703  DNA polymerase beta domain protein region  34.94 
 
 		 109 aa  55.1  0.0000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000025763  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1733  DNA polymerase beta domain protein region  31.63 
 
 		 98 aa  54.7  0.0000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.3433 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0506  DNA polymerase beta subunit  35.06 
 
 		 96 aa  54.3  0.0000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0337  DNA polymerase beta domain protein region  45.45 
 
 		 86 aa  53.9  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.707738 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0867  DNA polymerase beta domain protein region  35.06 
 
 		 96 aa  53.5  0.0000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1637  DNA polymerase beta subunit  31.71 
 
 		 106 aa  53.1  0.000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1934  DNA polymerase beta domain protein region  43.33 
 
 		 104 aa  53.1  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.739683  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1188  DNA polymerase beta domain protein region  36.49 
 
 		 113 aa  53.1  0.000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0479  DNA polymerase, beta-like region  43.33 
 
 		 105 aa  52.4  0.000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0152  DNA polymerase  37 
 
 		 100 aa  52.4  0.000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0886  hypothetical protein  35.24 
 
 		 129 aa  52.4  0.000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0454668  hitchhiker  0.00000000702025 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0348  DNA polymerase beta subunit  32.26 
 
 		 94 aa  52.8  0.000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1789  DNA polymerase beta domain protein region  32.05 
 
 		 109 aa  52.4  0.000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0157  DNA polymerase beta domain protein region  34.57 
 
 		 109 aa  52  0.000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1790  DNA polymerase beta domain protein region  35.19 
 
 		 114 aa  52  0.000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2704  DNA polymerase beta domain-containing protein region  37.65 
 
 		 95 aa  51.2  0.000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.272306 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0638  nucleotidyltransferase  33.01 
 
 		 101 aa  51.6  0.000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1757  DNA polymerase, beta-like region  34.78 
 
 		 104 aa  50.8  0.000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.511346  normal  0.1342 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1926  DNA polymerase, beta-like region  41.18 
 
 		 104 aa  50.8  0.000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.327788  normal  0.570166 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3447  DNA polymerase beta subunit  34.21 
 
 		 98 aa  50.4  0.000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.665517  normal  0.0889414 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3265  DNA polymerase beta subunit  30.12 
 
 		 87 aa  49.7  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00407875  normal  0.255152 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2017  DNA polymerase beta domain protein region  34.09 
 
 		 103 aa  48.9  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.538218  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0202  DNA polymerase beta domain protein region  40.62 
 
 		 131 aa  48.9  0.00002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.368731 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2453  DNA polymerase beta domain protein region  40.32 
 
 		 109 aa  48.9  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.17145 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1803  DNA polymerase beta domain protein region  32.89 
 
 		 96 aa  48.9  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0548  DNA polymerase beta domain protein region  37.5 
 
 		 102 aa  49.3  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0028  nucleotidyltransferase family protein  35.63 
 
 		 96 aa  48.5  0.00003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.422617  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2973  DNA polymerase beta subunit  47.37 
 
 		 132 aa  48.5  0.00003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0949  DNA polymerase beta subunit  31.18 
 
 		 102 aa  48.5  0.00003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.878884  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1851  DNA polymerase beta domain protein region  27.84 
 
 		 96 aa  48.5  0.00003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3907  DNA polymerase beta domain protein region  40.32 
 
 		 109 aa  48.1  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0929  DNA polymerase beta domain protein region  30.3 
 
 		 96 aa  48.5  0.00003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.887181  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1877  DNA polymerase beta domain protein region  27.84 
 
 		 96 aa  48.5  0.00003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1207  DNA polymerase beta domain protein region  32.95 
 
 		 96 aa  48.1  0.00004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2416  DNA polymerase beta subunit  33.87 
 
 		 103 aa  48.1  0.00004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.606985  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1968  nucleotidyltransferase  32.91 
 
 		 99 aa  47.8  0.00005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3147  DNA polymerase beta domain protein region  32.99 
 
 		 96 aa  47  0.00009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.949814 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50230  DNA polymerase, beta-like region-containing protein  36.67 
 
 		 96 aa  47  0.00009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0627  DNA polymerase beta subunit  30.95 
 
 		 101 aa  46.2  0.0001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0052  DNA polymerase beta subunit  30.95 
 
 		 101 aa  46.2  0.0001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0550488  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2036  DNA polymerase beta domain protein region  39.06 
 
 		 98 aa  46.2  0.0002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.18823  normal  0.524072 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1806  DNA polymerase beta domain protein region  36.11 
 
 		 104 aa  45.8  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.943156  normal  0.843762 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3039  DNA polymerase beta domain protein region  30.53 
 
 		 99 aa  45.1  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3786  DNA polymerase beta domain protein region  30.67 
 
 		 97 aa  45.4  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.123289  normal  0.700807 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1241  DNA polymerase beta domain-containing protein region  41.67 
 
 		 101 aa  44.7  0.0004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.282265  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0829  DNA polymerase beta subunit  30.93 
 
 		 98 aa  44.7  0.0004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.141069  normal  0.412533 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2974  DNA polymerase beta domain protein region  36.54 
 
 		 108 aa  44.7  0.0004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3676  DNA polymerase beta domain protein region  31.18 
 
 		 132 aa  44.7  0.0004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.839378  normal  0.137366 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3135  DNA polymerase beta domain protein region  36.54 
 
 		 108 aa  44.7  0.0004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.434644 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0241  DNA polymerase beta subunit  30.21 
 
 		 99 aa  44.3  0.0005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2453  DNA polymerase beta subunit  35.29 
 
 		 100 aa  44.3  0.0005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00090311  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0274  hypothetical protein  28.26 
 
 		 112 aa  44.3  0.0006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1164  DNA polymerase beta subunit  29.59 
 
 		 113 aa  44.3  0.0006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0587  DNA polymerase, beta-like region  47.83 
 
 		 76 aa  43.9  0.0007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.204552  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3618  DNA polymerase beta domain protein region  33.33 
 
 		 96 aa  43.9  0.0007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3062  DNA polymerase beta domain protein region  39.68 
 
 		 189 aa  43.9  0.0007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2714  DNA polymerase, beta-like region  36.84 
 
 		 110 aa  43.9  0.0008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.505964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0943  DNA polymerase beta subunit  35.53 
 
 		 97 aa  43.9  0.0008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.744259 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3743  DNA polymerase beta domain protein region  31.52 
 
 		 98 aa  43.9  0.0008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3539  DNA polymerase, beta-like region  30.49 
 
 		 104 aa  43.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.418484  normal  0.469828 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2793  DNA polymerase, beta-like region  34.48 
 
 		 270 aa  43.5  0.001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.196612 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0369  DNA polymerase beta subunit  28.95 
 
 		 105 aa  43.1  0.001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.832865  normal  0.194305 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0871  DNA polymerase beta domain protein region  33.33 
 
 		 99 aa  43.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1853  DNA polymerase beta domain protein region  35 
 
 		 113 aa  43.5  0.001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1104  DNA polymerase beta domain protein region  37.84 
 
 		 96 aa  43.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0953254  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1879  DNA polymerase beta domain protein region  35 
 
 		 113 aa  43.5  0.001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2757  nucleotidyltransferase family protein  21.88 
 
 		 102 aa  42.7  0.002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0444  nucleotidyltransferase  28.21 
 
 		 98 aa  42.7  0.002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.190147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2366  DNA polymerase beta subunit  36 
 
 		 115 aa  42.7  0.002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.878119  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0033  transcriptional regulator, XRE family  34.67 
 
 		 169 aa  42.7  0.002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.400371  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2462  DNA polymerase beta subunit  32.91 
 
 		 98 aa  42  0.003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.266656  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0548  nucleotidyltransferase family protein  29.33 
 
 		 93 aa  41.6  0.004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1527  transcriptional regulator, XRE family  37.29 
 
 		 145 aa  41.2  0.004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1342  DNA polymerase beta domain protein region  33.9 
 
 		 111 aa  41.6  0.004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>