104 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0315 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_0315  DNA polymerase beta domain protein region  100 
 
 		 97 aa  190  6e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0889475 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1733  DNA polymerase beta domain protein region  44.9 
 
 		 98 aa  77.4  0.00000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.3433 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0547  DNA polymerase beta subunit  36.46 
 
 		 100 aa  64.3  0.0000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.790238  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1851  DNA polymerase beta domain protein region  35.05 
 
 		 96 aa  64.3  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1877  DNA polymerase beta domain protein region  35.05 
 
 		 96 aa  64.3  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0845  DNA polymerase beta subunit  34.04 
 
 		 96 aa  61.2  0.000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.406591  normal  0.358781 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0686  DNA polymerase beta subunit  41.24 
 
 		 96 aa  60.8  0.000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0088  DNA polymerase beta subunit  36.71 
 
 		 103 aa  60.1  0.00000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0340868 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3147  DNA polymerase beta domain protein region  35.79 
 
 		 96 aa  59.7  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.949814 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0410  DNA polymerase beta domain protein region  41.41 
 
 		 99 aa  59.3  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0377934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0273  DNA polymerase, beta-like region  32.65 
 
 		 98 aa  57.4  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.288603 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3117  DNA polymerase beta subunit  36.49 
 
 		 110 aa  57.8  0.00000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0202  DNA polymerase beta domain protein region  40 
 
 		 131 aa  57.8  0.00000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.368731 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0638  nucleotidyltransferase  31.11 
 
 		 101 aa  57  0.00000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3203  DNA polymerase beta subunit  43.42 
 
 		 98 aa  56.6  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0279  DNA polymerase beta domain protein region  31.63 
 
 		 115 aa  56.2  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.155068  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1784  nucleotidyltransferase  30.93 
 
 		 97 aa  56.2  0.0000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5818  DNA polymerase beta domain protein region  34.38 
 
 		 96 aa  55.5  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2036  DNA polymerase beta domain protein region  37.33 
 
 		 98 aa  56.2  0.0000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.18823  normal  0.524072 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1162  DNA polymerase beta subunit  35 
 
 		 100 aa  55.1  0.0000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5548  DNA polymerase beta subunit  38.04 
 
 		 93 aa  55.1  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.861724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1178  DNA polymerase beta subunit  31.63 
 
 		 98 aa  55.5  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.448012  normal  0.179286 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1762  nucleotidyltransferase family protein  36.08 
 
 		 97 aa  54.3  0.0000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.324196 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1320  DNA polymerase, beta-like region  35.42 
 
 		 106 aa  54.3  0.0000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0374  DNA polymerase beta subunit  32.63 
 
 		 108 aa  53.9  0.0000007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.509035  normal  0.373075 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0374  DNA polymerase, beta-like region  31.63 
 
 		 121 aa  53.5  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1637  DNA polymerase beta subunit  37.65 
 
 		 106 aa  53.1  0.000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0900  DNA polymerase beta subunit  26.44 
 
 		 103 aa  53.1  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000013918 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0697  DNA polymerase beta subunit  38.36 
 
 		 96 aa  53.1  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.424952 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1036  DNA polymerase beta domain protein region  26.88 
 
 		 96 aa  53.5  0.000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0795086  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2422  DNA polymerase, beta-like region  30.93 
 
 		 109 aa  52.4  0.000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0506  DNA polymerase beta subunit  28.12 
 
 		 96 aa  52.4  0.000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0867  DNA polymerase beta domain protein region  27.08 
 
 		 96 aa  52  0.000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0348  DNA polymerase beta subunit  33.33 
 
 		 94 aa  51.6  0.000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1803  DNA polymerase beta domain protein region  30.21 
 
 		 96 aa  51.6  0.000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0028  nucleotidyltransferase family protein  31.96 
 
 		 96 aa  50.8  0.000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.422617  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0886  hypothetical protein  30.34 
 
 		 129 aa  51.2  0.000005  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0454668  hitchhiker  0.00000000702025 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1883  DNA polymerase, beta-like region  39.19 
 
 		 108 aa  50.8  0.000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.230497 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2704  DNA polymerase beta domain-containing protein region  40.23 
 
 		 95 aa  50.4  0.000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.272306 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1102  hypothetical protein  37.65 
 
 		 100 aa  48.9  0.00002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.836571  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0274  DNA polymerase beta subunit  34.15 
 
 		 96 aa  49.3  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.122937  unclonable  0.00000800451 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3457  DNA polymerase beta subunit  35.14 
 
 		 98 aa  48.9  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0288007 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3538  DNA polymerase beta subunit  32.65 
 
 		 98 aa  48.9  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.114192  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3265  DNA polymerase beta subunit  31.25 
 
 		 87 aa  49.3  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00407875  normal  0.255152 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3539  DNA polymerase, beta-like region  33.67 
 
 		 104 aa  48.5  0.00003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.418484  normal  0.469828 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3447  DNA polymerase beta subunit  30.11 
 
 		 98 aa  48.1  0.00003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.665517  normal  0.0889414 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1926  DNA polymerase, beta-like region  30.61 
 
 		 104 aa  48.1  0.00004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.327788  normal  0.570166 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1694  DNA polymerase beta subunit  31.65 
 
 		 97 aa  48.1  0.00004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.366424  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0929  DNA polymerase beta domain protein region  30.61 
 
 		 96 aa  47.4  0.00006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.887181  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0258  DNA polymerase beta domain protein region  34.21 
 
 		 97 aa  47.4  0.00007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0626  DNA polymerase beta subunit  27.85 
 
 		 102 aa  47  0.00008  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.717752  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0053  DNA polymerase beta subunit  27.85 
 
 		 102 aa  47  0.00008  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0582464  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0548  nucleotidyltransferase family protein  32.1 
 
 		 93 aa  46.6  0.0001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0241  DNA polymerase beta subunit  27.08 
 
 		 99 aa  46.6  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0157  DNA polymerase beta domain protein region  36.36 
 
 		 109 aa  46.2  0.0001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2072  DNA polymerase beta domain protein region  33.33 
 
 		 97 aa  46.6  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0110003  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1164  DNA polymerase beta subunit  29.9 
 
 		 113 aa  45.8  0.0002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0949  DNA polymerase beta subunit  28.89 
 
 		 102 aa  46.2  0.0002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.878884  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0033  transcriptional regulator, XRE family  32.22 
 
 		 169 aa  45.8  0.0002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.400371  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3062  DNA polymerase beta domain protein region  39.39 
 
 		 189 aa  46.2  0.0002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2495  DNA polymerase beta domain protein region  38.64 
 
 		 113 aa  46.2  0.0002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3031  DNA polymerase beta subunit  31.96 
 
 		 96 aa  45.4  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.424813  normal  0.471509 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3299  DNA polymerase beta domain protein region  31.18 
 
 		 96 aa  45.1  0.0003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000315403 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1188  DNA polymerase beta domain protein region  28.21 
 
 		 113 aa  45.4  0.0003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1342  DNA polymerase beta domain protein region  34.25 
 
 		 111 aa  45.1  0.0004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1241  DNA polymerase beta domain-containing protein region  33.67 
 
 		 101 aa  45.1  0.0004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.282265  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0844  DNA polymerase beta subunit  32.91 
 
 		 116 aa  44.3  0.0005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.909458  normal  0.0926269 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3557  DNA polymerase beta subunit  31.58 
 
 		 254 aa  44.7  0.0005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0946906  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0703  DNA polymerase beta domain protein region  25.53 
 
 		 109 aa  44.7  0.0005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000025763  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1298  hypothetical protein  29.87 
 
 		 97 aa  43.9  0.0007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1113  DNA polymerase beta subunit  30.11 
 
 		 109 aa  43.9  0.0007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2017  DNA polymerase beta domain protein region  32.1 
 
 		 103 aa  43.9  0.0008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.538218  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0444  nucleotidyltransferase  29.87 
 
 		 98 aa  43.1  0.001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.190147  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0152  DNA polymerase  31.87 
 
 		 100 aa  43.5  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0829  DNA polymerase beta subunit  27.37 
 
 		 98 aa  43.5  0.001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.141069  normal  0.412533 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0357  DNA polymerase beta subunit  35.62 
 
 		 101 aa  43.5  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0316504 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2969  DNA polymerase beta domain protein region  27.63 
 
 		 97 aa  43.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0998  DNA polymerase beta domain protein region  27.63 
 
 		 102 aa  43.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.050559 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3140  DNA polymerase beta domain protein region  27.63 
 
 		 97 aa  43.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.440273 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2359  DNA polymerase beta domain protein region  40.32 
 
 		 100 aa  43.1  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2493  DNA polymerase beta domain-containing protein region  32.5 
 
 		 96 aa  42.7  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2714  DNA polymerase, beta-like region  33.82 
 
 		 110 aa  42  0.002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.505964  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3948  DNA polymerase beta subunit  30.56 
 
 		 97 aa  42.4  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0222602 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3039  DNA polymerase beta domain protein region  30.61 
 
 		 99 aa  42.4  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2453  DNA polymerase beta domain protein region  30.56 
 
 		 109 aa  42.4  0.002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.17145 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4907  DNA polymerase beta domain protein region  30.26 
 
 		 97 aa  42.7  0.002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2672  DNA polymerase, beta-like region  29.87 
 
 		 96 aa  42.7  0.002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.836328  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0548  DNA polymerase beta domain protein region  28.21 
 
 		 102 aa  42.4  0.002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4165  DNA polymerase beta subunit  35.71 
 
 		 109 aa  42  0.003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1148  DNA polymerase beta subunit  29.47 
 
 		 115 aa  41.6  0.004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0369  DNA polymerase beta subunit  30.67 
 
 		 105 aa  41.6  0.004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.832865  normal  0.194305 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0854  DNA polymerase beta subunit  25.93 
 
 		 96 aa  41.2  0.004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3676  DNA polymerase beta domain protein region  32.56 
 
 		 132 aa  41.6  0.004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.839378  normal  0.137366 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1228  DNA polymerase beta subunit  33.75 
 
 		 97 aa  41.2  0.005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0409  DNA polymerase beta subunit  25.56 
 
 		 96 aa  41.2  0.005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1766  DNA polymerase beta domain protein region  32.89 
 
 		 100 aa  41.2  0.005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.669718  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0927  hypothetical protein  28.72 
 
 		 109 aa  40.8  0.006  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.430224  normal  0.445553 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3907  DNA polymerase beta domain protein region  28.75 
 
 		 109 aa  40.8  0.006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1203  DNA polymerase beta domain protein region  31.51 
 
 		 102 aa  40.8  0.006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2366  DNA polymerase beta subunit  32.05 
 
 		 115 aa  40.4  0.008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.878119  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>