58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3539 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3539  DNA polymerase, beta-like region  100 
 
 		 104 aa  203  7e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.418484  normal  0.469828 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1757  DNA polymerase, beta-like region  59.62 
 
 		 104 aa  124  5e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.511346  normal  0.1342 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1926  DNA polymerase, beta-like region  51.92 
 
 		 104 aa  103  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.327788  normal  0.570166 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1733  DNA polymerase beta domain protein region  41.3 
 
 		 98 aa  67.8  0.00000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.3433 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5818  DNA polymerase beta domain protein region  33.67 
 
 		 96 aa  55.8  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0028  nucleotidyltransferase family protein  41.67 
 
 		 96 aa  53.5  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.422617  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3213  DNA polymerase beta domain protein region  32.29 
 
 		 96 aa  51.2  0.000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3538  DNA polymerase beta subunit  37.18 
 
 		 98 aa  51.2  0.000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.114192  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0273  DNA polymerase, beta-like region  35.11 
 
 		 98 aa  50.8  0.000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.288603 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0845  DNA polymerase beta subunit  35.79 
 
 		 96 aa  50.1  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.406591  normal  0.358781 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1851  DNA polymerase beta domain protein region  37.04 
 
 		 96 aa  49.3  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1877  DNA polymerase beta domain protein region  37.04 
 
 		 96 aa  49.3  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0315  DNA polymerase beta domain protein region  33.67 
 
 		 97 aa  48.5  0.00003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0889475 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2529  DNA polymerase beta subunit  32.99 
 
 		 104 aa  48.5  0.00003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0400211 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0357  DNA polymerase beta subunit  36.49 
 
 		 101 aa  47.8  0.00005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0316504 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1162  DNA polymerase beta subunit  34.09 
 
 		 100 aa  47.8  0.00005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0547  DNA polymerase beta subunit  33.71 
 
 		 100 aa  47.4  0.00006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.790238  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0867  DNA polymerase beta domain protein region  30.86 
 
 		 96 aa  47.4  0.00007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1241  DNA polymerase beta domain-containing protein region  36.14 
 
 		 101 aa  47.4  0.00007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.282265  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0506  DNA polymerase beta subunit  30.86 
 
 		 96 aa  47.4  0.00007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2017  DNA polymerase beta domain protein region  36 
 
 		 103 aa  47  0.00008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.538218  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0444  nucleotidyltransferase  28.05 
 
 		 98 aa  47  0.00009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.190147  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1397  DNA polymerase, beta-like region  36.67 
 
 		 113 aa  45.8  0.0002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1784  nucleotidyltransferase  39.24 
 
 		 97 aa  45.8  0.0002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1762  nucleotidyltransferase family protein  41.98 
 
 		 97 aa  45.4  0.0003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.324196 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3786  DNA polymerase beta domain protein region  34.67 
 
 		 97 aa  45.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.123289  normal  0.700807 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0548  DNA polymerase beta domain protein region  36.47 
 
 		 102 aa  45.4  0.0003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0410  DNA polymerase beta domain protein region  36.27 
 
 		 99 aa  44.3  0.0005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0377934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3117  DNA polymerase beta subunit  30.56 
 
 		 110 aa  44.7  0.0005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2532  DNA polymerase beta subunit  31.96 
 
 		 104 aa  44.7  0.0005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0127103 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0241  DNA polymerase beta subunit  29.49 
 
 		 99 aa  44.3  0.0006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2072  DNA polymerase beta domain protein region  33.33 
 
 		 97 aa  44.3  0.0006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0110003  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0686  DNA polymerase beta subunit  38.54 
 
 		 96 aa  44.3  0.0006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3039  DNA polymerase beta domain protein region  32.05 
 
 		 99 aa  44.3  0.0006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1803  DNA polymerase beta domain protein region  32.63 
 
 		 96 aa  43.5  0.0009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0374  DNA polymerase beta subunit  27.96 
 
 		 108 aa  43.5  0.0009  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.509035  normal  0.373075 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0145  hypothetical protein  33.87 
 
 		 131 aa  43.1  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.345001  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3743  DNA polymerase beta domain protein region  37.97 
 
 		 98 aa  43.5  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2714  DNA polymerase, beta-like region  32.32 
 
 		 110 aa  43.5  0.001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.505964  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0279  DNA polymerase beta domain protein region  30.49 
 
 		 115 aa  43.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.155068  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0638  nucleotidyltransferase  29.79 
 
 		 101 aa  43.1  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0463  DNA polymerase beta subunit  53.85 
 
 		 127 aa  42.7  0.001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3041  DNA polymerase beta subunit  60.53 
 
 		 116 aa  42.7  0.002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1292  DNA polymerase beta domain protein region  34.74 
 
 		 177 aa  42.4  0.002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.114397  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0763  DNA polymerase beta domain protein region  33.85 
 
 		 111 aa  42.7  0.002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.667533  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3031  DNA polymerase beta subunit  37.5 
 
 		 96 aa  42.7  0.002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.424813  normal  0.471509 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2757  nucleotidyltransferase family protein  26.09 
 
 		 102 aa  42.4  0.002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1694  DNA polymerase beta subunit  29.17 
 
 		 97 aa  42  0.003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.366424  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3676  DNA polymerase beta domain protein region  30.26 
 
 		 132 aa  42  0.003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.839378  normal  0.137366 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2704  DNA polymerase beta domain-containing protein region  33.33 
 
 		 95 aa  41.6  0.004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.272306 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2672  DNA polymerase, beta-like region  29.52 
 
 		 96 aa  41.6  0.004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.836328  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1089  DNA polymerase beta subunit  57.58 
 
 		 127 aa  41.2  0.005  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.947057 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0374  DNA polymerase, beta-like region  31.33 
 
 		 121 aa  40.8  0.006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0088  DNA polymerase beta subunit  34.04 
 
 		 103 aa  40.8  0.006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0340868 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4035  DNA polymerase beta domain protein region  38.1 
 
 		 113 aa  40.8  0.007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1178  DNA polymerase beta subunit  44.68 
 
 		 98 aa  40.4  0.008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.448012  normal  0.179286 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3457  DNA polymerase beta subunit  36 
 
 		 98 aa  40.4  0.008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0288007 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1228  DNA polymerase beta subunit  37.33 
 
 		 97 aa  40  0.01  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>